genome.fa.s54.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold54
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3629595

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10040--10065	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
10275--10304	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00
10385--10414	12	2.5	12	94	0	51	56	0	0	43	0.99
13295--13346	27	1.9	27	84	7	70	42	0	0	57	0.98
15349--15460	18	6.4	17	66	29	58	58	1	1	38	1.19
17213--17302	46	2.0	46	95	0	162	31	13	12	43	1.81
17587--17626	2	20.0	2	84	0	53	45	2	2	50	1.28
18976--19021	20	2.2	21	84	3	58	32	4	26	36	1.76
20122--20169	26	1.9	25	87	8	71	31	2	10	56	1.45
20432--20473	18	2.4	19	84	11	54	66	0	0	33	0.92
20427--20488	31	2.0	32	87	9	92	62	0	0	37	0.95
20436--20498	30	2.1	31	82	8	76	60	3	0	36	1.13
21991--22038	22	2.3	20	77	16	53	33	0	0	66	0.92
23447--23488	16	2.6	16	85	11	50	57	0	0	42	0.99
23447--23494	17	2.8	18	78	15	57	58	0	0	41	0.98
24888--24958	31	2.3	31	90	0	106	15	25	12	46	1.81
25118--25208	34	2.8	33	91	5	141	59	0	3	37	1.14
26419--26498	32	2.6	30	81	14	101	35	1	3	60	1.23
26607--26657	21	2.3	23	83	6	61	45	1	1	50	1.24
27357--27393	14	2.4	16	86	8	51	67	0	5	27	1.12
29980--30026	22	2.4	21	80	19	57	68	0	0	31	0.90
29995--30029	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35141--35187	22	2.4	21	80	19	57	68	0	0	31	0.90
35156--35190	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
35206--35235	8	3.6	8	91	8	51	23	43	23	10	1.83
37835--37893	20	3.1	18	77	22	66	61	0	0	38	0.96
37835--37895	6	10.2	6	73	19	56	60	0	0	39	0.97
37852--37921	14	5.8	13	72	24	55	54	1	0	44	1.09
37821--37919	40	2.6	37	73	10	94	54	1	0	44	1.06
38696--38765	32	2.4	28	83	13	79	62	0	1	35	1.04
38728--38812	18	4.8	18	71	22	65	58	1	0	40	1.05
39471--39538	35	1.9	35	82	11	86	57	1	0	41	1.08
39842--39874	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
43020--43059	21	1.9	21	89	0	62	52	22	10	15	1.71
43073--43107	11	3.0	11	91	8	52	37	0	0	62	0.95
45372--45416	3	15.0	3	95	0	81	31	0	0	68	0.89
48010--48050	18	2.2	20	91	8	68	56	2	0	41	1.13
48982--49062	28	2.9	27	82	12	101	22	7	23	46	1.76
49129--49174	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
53556--53636	28	2.9	27	82	12	101	22	7	23	46	1.76
53703--53748	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
54962--55000	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
55269--55407	75	1.9	75	84	0	188	34	19	25	20	1.96
67677--67709	14	2.4	14	90	5	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68482--68530	20	2.4	20	86	3	62	51	2	0	46	1.12
69415--69440	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
74256--74296	19	2.0	21	86	9	59	26	2	2	68	1.15
75216--75267	19	2.8	18	82	5	59	53	0	0	46	1.00
75745--75771	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
76288--76319	13	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
76696--76735	9	4.2	10	84	9	57	90	0	10	0	0.47
76696--76735	19	2.2	18	90	4	62	90	0	10	0	0.47
79860--80064	101	2.0	100	84	8	265	49	20	11	19	1.77
80218--80286	22	3.0	21	71	12	57	62	2	0	34	1.10
80204--80261	17	3.6	16	77	11	55	62	1	0	36	1.06
80233--80287	27	1.9	30	85	10	80	65	3	0	30	1.10
80400--80432	10	3.0	11	86	13	50	18	3	0	78	0.87
81218--81276	25	2.4	24	80	5	64	62	0	0	37	0.95
83112--83147	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
84126--84201	33	2.3	33	84	2	91	39	2	1	56	1.21
84347--84407	26	2.3	26	88	0	95	50	0	16	32	1.45
85098--85304	100	2.1	100	99	0	405	42	11	5	40	1.64
85998--86029	3	10.7	3	93	0	55	62	3	0	34	1.11
86159--86203	18	2.5	18	86	10	65	55	0	2	42	1.12
86566--86628	22	2.8	21	81	15	65	50	1	4	42	1.32
89372--89411	3	13.3	3	89	0	62	67	5	0	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89372--89411	12	3.3	12	96	0	71	67	5	0	27	1.11
97895--97936	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
100702--100746	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
101184--101222	20	1.9	21	89	5	62	58	0	5	35	1.20
101311--101373	13	4.5	13	70	14	54	41	4	6	47	1.50
102125--102151	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
102498--102525	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
102498--102535	18	2.1	18	85	9	51	34	0	2	63	1.09
104382--104529	72	2.1	72	86	7	203	32	12	24	30	1.93
107158--107196	21	1.9	21	89	5	62	66	10	7	15	1.43
107888--107917	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
108156--108274	60	2.0	60	88	3	177	33	13	15	36	1.87
114012--114054	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
120341--120381	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
120540--120580	20	2.0	20	85	9	55	43	0	0	56	0.99
120542--120580	19	2.0	20	90	5	62	41	0	0	58	0.98
120960--121026	26	2.4	28	78	16	77	41	0	1	56	1.08
121043--121082	17	2.4	17	87	4	55	25	0	5	70	1.08
121428--121493	34	1.9	34	81	6	80	43	3	0	53	1.16
121496--121580	42	2.1	40	80	8	91	50	4	1	43	1.30
122034--122083	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
124026--124074	15	3.3	15	82	0	53	34	4	38	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124020--124084	30	2.2	30	82	0	76	38	4	40	16	1.70
125386--125418	14	2.4	14	90	5	50	69	0	0	30	0.88
125765--125797	13	2.5	13	86	13	50	21	9	12	57	1.62
131530--131562	13	2.3	15	90	10	52	42	3	0	54	1.15
131936--131979	24	1.9	22	81	9	52	20	6	9	63	1.46
133454--133492	20	2.0	20	85	10	53	43	0	0	56	0.99
133649--133690	22	1.9	22	90	9	68	52	19	2	26	1.58
133789--133826	13	2.9	13	85	11	51	55	0	0	44	0.99
135063--135110	19	2.6	19	86	3	62	47	0	0	52	1.00
138862--138909	21	2.4	20	79	6	53	64	4	4	27	1.30
141596--141654	27	2.1	29	81	9	68	42	1	1	54	1.20
142935--142971	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
148651--148809	69	2.3	69	96	0	291	23	25	15	35	1.94
149075--149222	72	2.1	72	87	7	212	31	12	25	30	1.93
150668--150693	3	8.7	3	100	0	52	34	30	34	0	1.58
152288--152328	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
152567--152685	60	2.0	60	88	3	177	33	13	15	36	1.87
164794--164865	36	2.0	36	100	0	144	41	0	13	44	1.44
165070--165117	19	2.6	18	80	9	60	41	0	2	56	1.11
165565--165609	11	4.3	11	80	11	58	31	0	4	64	1.13
165549--165609	31	1.9	32	93	3	106	34	0	3	62	1.12
165549--165616	31	2.3	30	80	16	81	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165998--166028	16	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
166031--166115	42	2.1	40	82	8	100	50	5	1	42	1.34
166521--166552	6	5.3	6	92	0	55	34	46	15	3	1.62
166571--166610	2	20.0	2	94	0	71	0	52	0	47	1.00
168516--168635	21	5.6	21	73	8	80	40	5	39	15	1.71
168536--168593	3	19.3	3	78	0	62	34	5	36	24	1.78
170000--170032	14	2.4	14	95	5	59	72	0	0	27	0.85
170257--170296	17	2.3	17	86	4	53	32	2	0	65	1.06
170383--170415	13	2.5	13	86	13	50	21	9	12	57	1.62
170835--170875	17	2.3	18	87	4	57	51	2	0	46	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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