genome.fa.s54.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold54
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3629595

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493006--2493058	26	2.0	26	92	0	88	33	24	11	30	1.90
2494593--2494649	22	2.6	21	81	8	69	29	1	0	68	1.00
2494640--2494664	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2495116--2495147	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2495169--2495222	28	1.9	28	82	14	67	61	1	1	35	1.18
2495915--2495963	23	2.1	23	100	0	98	38	4	0	57	1.18
2501804--2501828	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2502964--2502994	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2503868--2503963	48	2.0	48	95	0	174	29	25	15	30	1.96
2507162--2507198	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
2507543--2507590	12	4.4	12	75	20	52	70	2	0	27	0.98
2507612--2507636	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2508285--2508374	24	3.6	25	73	14	78	57	0	2	40	1.11
2508283--2508375	16	5.8	16	68	20	59	58	0	2	39	1.10
2509025--2509076	14	3.4	14	76	19	59	51	0	0	48	1.00
2509010--2509084	32	2.3	33	86	9	109	57	0	0	42	0.98
2509024--2509083	16	3.8	16	75	16	54	53	0	0	46	1.00
2510057--2510098	8	5.2	8	88	0	66	64	11	23	0	1.27
2510053--2510105	24	2.2	24	86	3	72	64	13	22	0	1.28
2511297--2511341	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
2511310--2511349	18	2.2	18	95	0	71	40	0	12	47	1.41
2511689--2511714	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2516304--2516342	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2517472--2517532	23	2.6	23	75	12	61	49	0	0	50	1.00
2517808--2517867	24	2.5	24	82	15	72	45	0	1	53	1.10
2521368--2521435	11	6.4	11	75	10	61	51	7	1	39	1.39
2521378--2521437	21	2.9	21	76	0	75	48	8	3	40	1.50
2525113--2525147	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2529515--2529554	6	6.7	6	97	0	71	37	30	17	15	1.90
2531309--2531357	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
2533493--2533531	6	6.5	6	100	0	78	33	0	15	51	1.44
2535375--2535412	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2541392--2541507	4	29.0	4	91	0	142	41	0	8	50	1.33
2541390--2541507	18	6.7	18	86	3	159	40	0	9	50	1.35
2541392--2541507	22	5.3	22	95	0	214	41	0	8	50	1.33
2541393--2541492	26	4.0	26	88	10	154	42	0	8	50	1.32
2544934--2544974	12	2.9	15	75	20	52	51	0	0	48	1.00
2545098--2545154	27	2.1	28	80	9	64	47	7	0	45	1.30
2546994--2547051	14	4.2	13	77	18	55	41	0	0	58	0.98
2546993--2547030	15	2.7	14	80	11	51	42	0	0	57	0.98
2546993--2547054	28	2.1	30	88	5	92	43	0	0	56	0.99
2546994--2547041	13	3.6	12	79	20	51	37	0	0	62	0.95
2547041--2547087	18	2.7	17	78	12	51	63	0	2	34	1.06
2547146--2547191	20	2.2	20	84	7	56	39	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557246--2557309	20	3.1	21	78	13	71	40	1	0	57	1.08
2557274--2557336	27	2.2	30	80	11	78	41	0	0	58	0.98
2557555--2557653	37	2.6	40	78	14	109	47	6	3	43	1.43
2557576--2557662	37	2.4	38	84	5	108	48	4	3	43	1.40
2557649--2557720	32	2.5	28	80	14	83	51	1	0	47	1.09
2557839--2557896	24	2.5	24	77	2	64	48	0	0	51	1.00
2557845--2557932	29	2.8	33	78	18	105	46	0	0	53	1.00
2557876--2557922	13	3.4	13	78	16	58	36	0	0	63	0.94
2557864--2557943	29	2.7	29	80	5	99	46	0	1	52	1.08
2558319--2558348	7	4.3	7	91	0	51	23	20	56	0	1.42
2558938--2559071	43	3.2	42	85	11	145	41	0	2	55	1.20
2558967--2559028	21	3.0	20	71	13	54	43	0	1	54	1.09
2558994--2559079	43	2.0	43	100	0	172	41	2	2	53	1.26
2558994--2559094	43	2.2	44	86	10	150	39	1	1	56	1.22
2564042--2564066	5	5.0	5	100	0	50	20	20	60	0	1.37
2565986--2566017	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2566988--2567027	20	2.0	21	85	5	55	22	15	7	55	1.65
2570064--2570131	5	13.6	5	71	11	50	60	0	1	38	1.06
2570104--2570173	17	4.1	18	78	9	65	60	0	0	40	0.97
2570071--2570161	45	2.1	41	84	11	112	63	0	0	36	0.94
2571140--2571216	18	4.2	18	77	14	61	70	0	1	28	0.96
2574772--2574828	16	3.7	15	79	13	62	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574798--2574919	5	25.0	5	68	18	62	57	0	0	41	1.04
2574809--2574877	19	3.7	18	74	24	61	59	0	0	40	0.97
2574798--2574912	13	8.6	14	71	18	61	56	0	0	43	0.99
2574798--2574898	39	2.7	40	80	11	115	57	0	0	42	0.98
2575922--2576018	28	3.5	26	76	21	81	60	1	0	38	1.03
2575891--2576017	11	11.8	11	67	23	58	62	1	0	36	1.05
2577282--2577314	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2582429--2582467	19	2.1	19	100	0	78	15	20	0	64	1.30
2588430--2588490	14	4.3	14	74	16	54	60	0	4	34	1.18
2590686--2590736	2	25.5	2	95	0	93	47	1	50	0	1.12
2596296--2596321	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2611270--2611301	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2611673--2611715	16	2.6	16	77	3	50	41	0	0	58	0.98
2611676--2611717	19	2.2	20	87	12	61	38	0	0	61	0.96
2611682--2611736	18	2.9	18	76	15	58	41	0	0	58	0.98
2611952--2611999	17	2.8	18	78	15	57	72	2	2	22	1.05
2612228--2612288	29	2.2	28	85	5	79	54	1	1	42	1.20
2612229--2612282	13	3.9	13	75	13	54	57	1	1	38	1.20
2612409--2612457	26	2.0	24	84	11	64	32	0	2	65	1.04
2616754--2616787	16	2.1	16	94	0	59	8	32	8	50	1.64
2621993--2622048	20	2.5	22	80	11	62	39	0	0	60	0.97
2622004--2622056	19	2.8	20	81	16	67	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622000--2622043	16	2.7	16	78	3	52	40	0	0	59	0.98
2622004--2622061	22	2.9	19	85	12	64	41	0	0	58	0.98
2622010--2622056	20	2.5	19	76	16	53	42	0	0	57	0.98
2622550--2622603	13	3.9	13	75	13	54	55	0	3	40	1.17
2622825--2622885	23	2.7	22	75	5	59	47	0	0	52	1.00
2627083--2627116	16	2.1	16	94	0	59	8	32	8	50	1.64
2631977--2632008	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2632380--2632422	16	2.6	16	77	3	50	41	0	0	58	0.98
2632383--2632424	19	2.2	20	87	12	61	38	0	0	61	0.96
2632389--2632443	18	2.9	18	76	15	58	41	0	0	58	0.98
2632659--2632706	17	2.8	18	78	15	57	72	2	2	22	1.05
2632935--2632995	29	2.2	28	85	5	79	54	1	1	42	1.20
2632936--2632989	13	3.9	13	75	13	54	57	1	1	38	1.20
2633116--2633164	26	2.0	24	84	11	64	32	0	2	65	1.04
2642855--2642920	29	2.2	30	82	17	84	30	4	15	50	1.64
2642783--2642920	61	2.3	61	81	5	163	34	3	15	47	1.63
2643866--2643906	20	2.0	21	85	4	57	39	2	2	56	1.26
2643887--2643922	15	2.4	16	90	9	58	41	0	2	55	1.14
2651669--2651706	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2652477--2652516	2	20.5	2	89	5	64	52	2	0	45	1.14
2652645--2652688	23	1.9	23	86	9	63	56	0	0	43	0.99
2652642--2652703	27	2.2	29	82	8	74	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652773--2652812	18	2.2	18	86	8	55	55	2	0	42	1.13
2653191--2653216	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2653312--2653342	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
2653626--2653654	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2661343--2661382	17	2.4	16	84	12	53	57	0	0	42	0.98
2661704--2661743	20	2.0	20	85	9	55	50	0	0	50	1.00
2661754--2661789	15	2.4	14	90	9	54	36	0	0	63	0.94
2661697--2661794	31	3.0	31	73	14	90	41	0	1	57	1.05
2662137--2662168	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
2669164--2669207	22	2.0	22	100	0	88	18	9	13	59	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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