genome.fa.s54.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold54
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3629595

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2675731--2675773	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
2675773--2675797	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2675823--2675984	83	2.0	83	97	0	306	35	12	22	29	1.91
2679614--2679655	20	2.0	20	86	13	59	40	2	0	57	1.12
2688664--2688722	23	2.5	22	78	10	64	25	0	5	69	1.09
2689846--2689899	6	8.5	6	78	10	54	31	0	1	66	1.02
2689828--2689891	26	2.4	27	75	14	71	29	0	1	68	0.99
2689971--2690036	13	5.0	13	73	15	55	37	0	1	60	1.06
2689970--2690020	6	8.0	6	77	18	50	31	0	1	66	1.03
2690236--2690271	17	2.0	18	89	10	56	27	0	0	72	0.85
2695753--2695820	24	2.8	25	80	4	77	36	1	2	58	1.22
2697524--2697561	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
2698182--2698213	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
2699793--2699846	20	2.7	21	72	18	60	61	1	0	37	1.07
2701169--2701207	21	1.9	19	90	10	60	41	0	0	58	0.98
2712278--2712311	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2713146--2713200	19	2.9	19	78	7	67	43	0	0	56	0.99
2713230--2713276	15	3.0	15	75	19	51	42	2	2	53	1.25
2716680--2716707	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2721750--2721811	28	2.1	31	82	8	76	41	4	0	53	1.22
2723880--2723912	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2724751--2724789	13	3.0	13	85	10	53	23	2	0	74	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2729067--2729102	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
2729071--2729135	6	10.8	6	86	0	58	38	1	4	55	1.30
2739374--2739420	17	2.8	17	75	12	51	46	2	2	48	1.25
2739394--2739477	29	2.9	28	77	16	91	55	0	1	42	1.07
2743206--2743251	14	3.4	14	76	11	51	58	0	2	39	1.10
2746164--2746207	22	2.0	23	86	4	63	56	0	0	43	0.99
2746805--2746854	16	3.1	16	78	16	59	48	0	2	50	1.12
2749050--2749076	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
2749406--2749443	13	3.1	13	85	7	53	42	2	0	55	1.14
2756682--2756713	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2759249--2759282	12	2.7	13	86	9	52	44	0	0	55	0.99
2759307--2759342	19	1.9	18	88	5	54	47	0	0	52	1.00
2766401--2766429	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2767447--2767487	16	2.5	17	80	11	50	39	0	0	60	0.96
2769568--2769602	2	17.5	2	93	0	61	0	45	0	54	0.99
2779098--2779126	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2779777--2779836	14	4.2	14	71	16	52	48	0	0	51	1.00
2779789--2779840	27	2.0	26	82	17	63	53	0	0	46	1.00
2785096--2785147	26	2.0	26	92	0	86	21	19	17	42	1.89
2786358--2786410	12	4.7	12	79	11	67	58	0	0	41	0.98
2786344--2786410	33	2.0	33	85	5	91	58	0	0	41	0.98
2786416--2786467	17	3.2	16	77	17	54	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786993--2787035	21	2.1	20	91	4	68	67	0	0	32	0.91
2786993--2787035	5	8.4	5	92	5	59	67	0	0	32	0.91
2787051--2787088	14	2.9	14	88	11	55	55	0	0	44	0.99
2791409--2791497	31	2.9	31	71	17	78	40	0	0	59	0.97
2791898--2791959	25	2.5	25	78	5	72	58	0	1	40	1.08
2791898--2791964	28	2.3	29	79	2	82	56	0	1	41	1.08
2800669--2800709	18	2.4	17	81	18	50	56	2	0	41	1.13
2801354--2801391	18	2.2	18	86	9	53	42	0	2	55	1.14
2801565--2801597	16	2.1	16	88	5	50	57	0	0	42	0.98
2808446--2808544	28	3.4	29	78	9	103	42	1	3	53	1.23
2809212--2809255	21	2.0	22	86	4	63	50	0	4	45	1.22
2809222--2809264	21	2.0	21	81	4	50	53	0	4	41	1.21
2809387--2809442	30	1.9	30	85	7	80	57	3	3	35	1.34
2813944--2813991	24	2.0	24	95	0	87	31	12	20	35	1.90
2815233--2815280	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
2816933--2816962	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2816960--2817039	29	2.7	29	78	7	81	50	0	0	50	1.00
2817792--2818142	117	3.0	117	99	0	695	36	14	14	34	1.87
2818482--2818535	14	4.1	14	81	13	55	62	0	0	37	0.95
2818489--2818534	11	3.8	12	80	13	58	63	0	0	36	0.95
2818570--2818627	19	3.1	19	75	5	64	55	0	0	44	0.99
2818597--2818652	26	2.2	26	84	12	71	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2819590--2819624	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2819853--2819895	12	3.6	12	78	12	52	48	0	4	46	1.22
2832817--2832866	15	3.4	15	84	13	68	32	0	0	68	0.90
2833015--2833059	16	2.7	17	79	6	56	51	2	0	46	1.13
2836144--2836201	23	2.5	23	72	10	55	36	0	1	62	1.06
2836196--2836240	19	2.3	19	84	7	54	55	0	0	44	0.99
2836258--2836322	26	2.5	28	78	14	75	52	0	0	47	1.00
2837652--2837728	21	3.6	21	71	16	61	41	0	2	55	1.13
2837686--2837737	16	3.2	16	70	20	54	40	0	3	55	1.18
2837685--2837735	15	3.3	15	70	20	50	41	0	3	54	1.19
2841510--2841542	6	5.5	6	92	0	57	18	15	48	18	1.81
2843512--2843572	2	30.5	2	79	0	50	47	8	4	39	1.55
2843921--2843950	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2844164--2844232	25	2.9	24	80	8	70	39	4	0	56	1.19
2845166--2845398	116	2.0	117	90	0	369	29	22	20	27	1.98
2846693--2846773	40	2.0	40	100	0	162	60	2	24	12	1.44
2849712--2849772	22	2.7	22	82	7	70	67	3	0	29	1.07
2849714--2849791	18	4.1	19	74	22	58	65	2	0	32	1.06
2850463--2850559	37	2.6	37	74	9	99	60	0	0	39	0.97
2850499--2850580	10	8.0	10	69	15	60	53	0	0	46	1.00
2850495--2850586	16	5.9	16	79	14	111	54	1	0	44	1.07
2850487--2850578	31	3.0	31	98	1	177	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2850685--2850721	19	1.9	19	88	0	56	64	2	0	32	1.07
2852466--2852525	26	2.4	24	83	5	75	53	1	0	45	1.10
2859277--2859385	5	22.0	5	65	22	52	60	0	0	37	1.09
2859271--2859328	22	2.7	22	85	12	77	68	0	0	31	0.89
2859283--2859346	17	3.9	17	75	21	64	65	0	0	34	0.93
2859275--2859350	31	2.5	32	78	8	95	65	0	0	34	0.93
2859271--2859372	31	2.9	33	77	18	91	63	0	0	34	1.07
2859274--2859370	9	10.9	9	72	14	69	63	1	1	34	1.08
2859285--2859347	16	3.9	17	71	24	55	65	0	0	34	0.93
2861009--2861157	34	4.4	34	89	0	228	25	8	27	38	1.85
2861462--2861524	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
2865590--2865740	34	4.5	34	89	0	232	25	8	27	38	1.85
2876401--2876450	15	3.5	15	78	10	61	42	0	0	58	0.98
2876401--2876453	27	2.0	26	85	14	72	43	0	0	56	0.99
2883419--2883443	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2889029--2889104	23	3.3	23	83	1	100	36	1	1	60	1.13
2889170--2889258	29	3.1	28	78	15	76	61	1	0	37	1.03
2889176--2889259	25	3.0	27	78	11	82	61	1	0	36	1.04
2889325--2889361	17	2.2	17	90	0	56	21	24	16	37	1.93
2895097--2895145	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
2896832--2896902	26	2.9	25	76	17	78	46	0	0	53	1.00
2896905--2896955	11	4.6	11	77	13	52	31	1	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896909--2896960	23	2.2	24	86	10	72	28	1	0	69	0.99
2897042--2897080	16	2.4	16	86	0	51	46	5	2	46	1.38
2897055--2897152	16	6.0	16	77	9	99	41	1	3	54	1.23
2897061--2897152	33	2.8	33	81	6	105	41	1	3	54	1.24
2897058--2897164	16	6.6	16	77	8	90	39	0	4	55	1.27
2897245--2897279	16	2.2	16	89	0	52	37	8	0	54	1.31
2897253--2897284	16	2.0	16	93	0	55	46	6	0	46	1.27
2899649--2899678	14	2.1	14	93	0	51	43	3	0	53	1.17
2903187--2903238	21	2.4	22	76	17	56	65	1	0	32	1.04
2910363--2910415	17	2.9	18	81	15	65	62	1	0	35	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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