genome.fa.s54.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold54
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3629595

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658901--658959	10	5.9	10	76	13	52	47	1	3	47	1.29
659046--659091	22	2.2	22	88	7	69	13	10	8	67	1.42
659396--659434	16	2.4	16	86	0	51	41	23	17	17	1.91
660431--660478	23	2.0	23	84	4	60	37	2	4	56	1.30
660701--660758	27	2.0	30	83	12	77	53	3	0	43	1.17
661870--661958	38	2.3	39	81	14	112	43	0	1	55	1.07
661919--661960	17	2.5	17	88	7	59	42	0	0	57	0.99
661919--661958	16	2.5	17	84	12	57	42	0	0	57	0.98
665235--665376	49	2.9	50	77	6	146	55	4	2	37	1.34
665235--665373	16	8.4	16	74	7	109	55	4	2	37	1.35
665301--665373	33	2.2	32	88	7	110	58	2	1	36	1.21
667784--667820	2	18.5	2	94	0	65	0	45	2	51	1.15
667925--668014	35	2.5	35	80	10	94	52	4	3	40	1.38
668306--668347	21	2.0	20	86	9	57	35	4	0	59	1.19
671350--671386	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
671497--671580	36	2.3	36	79	6	89	55	3	1	39	1.25
672213--672251	17	2.2	19	86	9	55	58	2	0	38	1.12
672289--672329	17	2.4	18	80	12	50	70	0	0	29	0.87
673659--673700	12	3.8	12	81	18	63	47	0	0	52	1.00
673651--673705	21	2.7	21	97	2	103	49	0	0	50	1.00
674271--674383	35	3.5	32	79	8	86	42	0	0	55	1.12
674271--674339	30	2.2	31	82	5	77	43	1	1	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674307--674382	35	2.2	35	87	0	107	42	0	0	57	0.98
675991--676032	16	2.4	19	84	11	54	33	2	2	61	1.21
675991--676023	15	2.1	16	88	5	50	27	3	3	66	1.21
697786--697825	20	2.0	21	95	5	73	57	0	0	42	0.98
697792--697834	20	2.2	20	83	8	52	60	0	4	34	1.17
704378--704502	63	2.0	64	87	3	180	52	24	8	13	1.69
705992--706257	137	1.9	137	92	0	442	43	18	16	21	1.88
707182--707223	16	2.7	16	85	3	50	59	4	0	35	1.19
707348--707419	31	2.3	31	75	4	72	58	6	2	31	1.39
707660--707690	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
714978--715020	6	7.0	6	78	5	50	46	0	0	53	1.00
716230--716302	31	2.3	33	79	9	89	47	0	0	52	1.00
716247--716310	28	2.3	28	78	13	69	50	0	0	50	1.00
718869--718901	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
719880--719908	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
719908--719937	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
720632--720661	6	5.0	6	100	0	60	16	16	33	33	1.92
720869--720902	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
720927--720962	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
725009--725043	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
726826--726863	20	1.9	20	89	10	60	52	0	0	47	1.00
727336--727411	38	1.9	38	82	10	91	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727354--727431	32	2.5	31	81	8	88	50	0	0	50	1.00
728784--728841	3	19.3	3	96	0	107	0	31	0	68	0.89
729684--729723	3	13.0	3	84	5	53	35	0	2	62	1.09
729676--729735	22	2.7	22	72	12	59	30	3	5	61	1.33
731012--731117	50	2.1	50	96	0	194	31	14	25	29	1.94
733815--733852	19	2.0	19	100	0	76	57	10	0	31	1.32
737455--737509	15	3.9	14	72	13	51	54	0	5	40	1.23
737838--737914	21	3.8	20	83	6	93	51	0	5	42	1.24
737833--737913	41	2.0	41	87	4	119	51	0	4	43	1.23
738602--738649	2	24.5	2	82	4	62	50	6	0	43	1.27
739193--739233	20	2.0	21	85	4	57	48	0	7	43	1.30
742300--742354	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
742336--742404	24	2.8	24	77	4	66	23	5	26	44	1.75
744927--744972	21	2.1	22	84	4	58	30	17	30	21	1.96
746880--746944	28	2.3	28	89	5	105	18	7	20	53	1.68
746916--746984	24	2.8	24	77	4	66	23	5	26	44	1.75
748515--748574	4	15.2	4	89	3	59	40	0	10	50	1.36
748516--748574	8	7.5	8	84	1	75	38	0	10	50	1.36
748520--748570	20	2.5	20	93	0	84	37	0	11	50	1.39
748516--748574	24	2.5	24	97	2	111	38	0	10	50	1.36
749416--749441	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
750698--750738	21	2.0	21	85	4	57	31	7	19	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752855--752885	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
759077--759210	16	7.9	16	72	14	92	54	5	2	38	1.35
759183--759226	24	1.9	22	86	9	61	63	0	0	36	0.95
759083--759229	70	2.1	71	81	11	176	54	4	2	38	1.33
761462--761511	20	2.5	20	73	3	55	40	4	10	46	1.56
765253--765297	20	2.1	22	84	8	58	55	4	0	40	1.20
765403--765448	22	2.1	22	88	8	67	34	2	0	63	1.07
766685--766731	20	2.3	21	81	3	60	19	4	6	70	1.26
767479--767510	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
767907--767944	13	2.8	14	84	15	53	52	0	0	47	1.00
768870--768948	21	3.3	23	66	22	56	48	0	0	51	1.00
769225--769268	14	3.2	13	80	6	52	50	0	0	50	1.00
769245--769293	5	10.6	5	80	12	52	65	0	0	34	0.93
769228--769293	27	2.4	27	82	7	71	60	0	0	39	0.97
774668--774710	21	2.0	22	81	4	52	46	0	2	51	1.13
776202--776287	36	2.4	36	98	0	163	19	29	17	33	1.95
778038--778081	18	2.3	20	80	7	56	36	4	2	56	1.32
778413--778519	56	1.9	57	90	1	171	53	5	3	37	1.43
778752--778788	10	3.8	10	82	17	51	40	0	0	59	0.97
778749--778788	18	2.2	19	90	4	64	40	0	0	60	0.97
778746--778793	11	4.5	10	78	14	51	39	0	0	60	0.97
778776--778822	20	2.6	18	78	18	53	36	2	2	59	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778904--778965	31	2.1	28	82	8	70	58	1	0	40	1.08
779136--779244	55	2.0	56	85	1	148	51	3	2	42	1.34
777801--780178	712	3.3	714	84	7	2945	47	7	5	39	1.54
779437--779471	14	2.5	14	90	0	52	42	2	2	51	1.31
779469--779511	18	2.3	19	92	4	70	37	0	0	62	0.95
779830--779940	55	2.0	56	87	5	163	52	2	5	39	1.39
788020--788053	6	5.7	6	85	0	50	47	0	5	47	1.26
789311--789379	29	2.6	28	80	13	74	52	0	1	46	1.09
790216--790430	109	2.0	106	96	2	394	27	9	12	50	1.71
795683--795715	15	2.2	15	94	0	57	90	0	9	0	0.44
795682--795715	8	4.4	8	88	7	52	91	0	8	0	0.43
798495--798546	19	2.7	20	73	8	54	48	15	0	36	1.45
800257--800292	17	2.1	17	100	0	72	41	5	16	36	1.72
803322--803367	21	2.1	22	84	4	58	23	13	19	43	1.86
804115--804139	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
806111--806139	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
806679--806705	4	6.8	4	100	0	54	0	0	25	74	0.83
807350--807388	3	13.0	3	100	0	78	0	33	0	66	0.92
809571--809619	24	2.1	23	84	3	62	10	2	8	79	1.01
810129--810157	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
813279--813303	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
815019--815048	5	5.8	5	92	7	51	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816108--816147	21	1.9	21	85	10	55	62	0	2	35	1.09
818355--818416	30	2.1	29	88	8	90	58	1	0	40	1.08
818633--818674	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
818892--818935	21	2.3	20	82	17	58	45	0	0	54	0.99
819082--819137	29	1.9	29	82	7	69	60	0	3	35	1.14
819126--819167	19	2.3	18	91	4	66	61	0	0	38	0.96
820896--820962	16	4.1	15	78	17	62	43	1	0	55	1.09
820914--820967	17	3.1	18	78	10	67	48	0	0	51	1.00
824185--824217	6	5.5	6	89	10	50	87	0	12	0	0.53
824185--824217	13	2.7	13	90	9	52	87	0	12	0	0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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