genome.fa.s54.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold54
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3629595

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122412--2122456	2	23.0	2	90	4	74	46	0	2	51	1.13
2124960--2125003	19	2.3	19	80	0	52	50	2	4	43	1.35
2126784--2126855	24	2.9	24	76	15	74	47	0	0	52	1.00
2126799--2126903	30	3.4	31	75	11	99	40	0	0	59	0.98
2126811--2126911	38	2.6	38	71	14	89	38	0	0	61	0.96
2126819--2126884	21	3.1	22	79	14	75	37	0	0	62	0.96
2126836--2126896	21	2.9	21	87	7	79	32	0	0	67	0.91
2126868--2126907	21	1.9	21	84	0	53	32	0	0	67	0.91
2127328--2127377	20	2.6	19	77	3	55	58	2	0	40	1.10
2127326--2127396	24	2.9	25	72	8	83	57	1	0	40	1.07
2127415--2127458	17	2.6	16	79	10	52	52	0	0	47	1.00
2127601--2127662	18	3.2	18	82	15	63	37	0	0	62	0.95
2127600--2127691	33	2.6	33	80	14	87	34	0	0	65	0.93
2127620--2127691	16	4.4	17	78	16	71	33	0	0	66	0.92
2127638--2127683	24	1.9	24	91	8	76	32	0	0	67	0.91
2127633--2127691	9	7.0	8	75	21	50	30	0	0	69	0.89
2127694--2127723	14	2.1	14	93	0	51	46	6	0	46	1.29
2132529--2132563	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2132563--2132596	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2133056--2133132	38	2.0	38	100	0	154	25	23	10	40	1.86
2136345--2136377	16	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
2136345--2136382	8	4.3	9	81	18	53	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136868--2136912	18	2.4	20	75	24	53	51	0	0	48	1.00
2136877--2136922	17	2.8	17	75	18	53	56	0	0	43	0.99
2137303--2137344	17	2.5	17	84	0	57	66	2	0	30	1.04
2137239--2137344	23	4.7	22	70	16	60	65	4	1	28	1.23
2137278--2137354	25	3.2	24	73	21	72	62	1	1	35	1.12
2137287--2137354	27	2.5	27	76	13	68	63	1	1	33	1.13
2138271--2138296	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2138558--2138623	28	2.3	28	78	2	78	46	0	0	53	1.00
2139751--2139797	12	3.8	12	76	23	53	72	0	0	27	0.85
2139771--2139805	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
2145076--2145126	26	2.0	25	85	11	68	64	0	1	33	1.05
2148708--2148736	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2148995--2149040	25	1.9	24	86	8	67	54	0	0	45	0.99
2149203--2149256	22	2.3	25	78	15	62	57	3	0	38	1.17
2149491--2149545	29	2.0	27	86	13	78	50	1	0	47	1.11
2149757--2149801	12	3.8	12	80	11	56	51	0	2	46	1.13
2158599--2158629	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2159919--2160005	43	2.0	43	97	0	165	24	28	22	24	1.99
2159858--2160066	104	2.0	104	99	0	409	24	26	21	26	1.99
2162100--2162237	27	5.0	26	72	21	86	55	0	0	43	1.04
2162114--2162193	32	2.4	32	83	8	99	51	0	1	47	1.08
2162136--2162237	16	6.3	17	70	24	69	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162172--2162231	21	3.0	20	82	7	59	56	0	0	43	0.99
2162482--2162534	13	4.3	12	75	20	56	64	0	0	35	0.94
2162482--2162534	25	2.2	24	89	3	79	64	0	0	35	0.94
2162486--2162537	11	4.5	11	77	15	52	67	0	0	32	0.91
2162489--2162544	25	2.2	25	78	6	60	71	0	1	26	0.96
2162871--2162913	15	2.9	15	79	10	52	62	0	0	37	0.95
2165015--2165057	19	2.4	17	81	14	50	51	0	0	48	1.00
2168667--2168713	17	2.7	18	77	9	53	61	6	0	31	1.21
2172138--2172162	13	1.9	13	100	0	50	40	0	24	36	1.55
2172241--2172287	24	1.9	25	86	4	69	61	2	6	29	1.32
2177003--2177044	15	2.8	16	85	7	52	54	2	0	42	1.13
2178931--2178958	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2179776--2179824	18	2.8	17	75	6	62	36	0	0	63	0.95
2179769--2179832	18	3.6	18	71	12	60	35	3	1	59	1.23
2179828--2179895	33	2.1	33	82	0	82	44	8	1	45	1.44
2186826--2186860	16	2.2	16	100	0	70	25	0	22	51	1.48
2189562--2189612	24	2.1	25	82	7	61	50	3	0	45	1.20
2190804--2190836	16	2.2	16	89	10	52	0	12	0	87	0.53
2191931--2191963	2	17.0	2	93	6	59	0	48	0	51	1.00
2191964--2192004	6	6.8	6	94	0	64	60	39	0	0	0.96
2200070--2200132	24	2.6	24	82	2	72	36	4	1	57	1.30
2200515--2200586	30	2.5	30	86	4	94	45	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200606--2200694	29	3.1	29	84	9	103	34	0	1	64	1.01
2200637--2200693	16	3.7	17	71	21	54	38	0	0	61	0.96
2200643--2200705	28	2.2	29	82	2	74	44	0	0	55	0.99
2200668--2200724	23	2.5	24	75	16	66	47	0	1	50	1.11
2200877--2200921	12	4.0	12	75	16	51	71	0	0	28	0.87
2203128--2203153	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
2206281--2206308	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2206292--2206364	36	2.0	36	100	0	146	35	16	2	45	1.62
2207882--2207986	45	2.4	43	80	13	117	56	0	0	42	1.06
2209088--2209183	19	4.8	19	69	13	59	10	11	0	78	0.98
2209109--2209145	16	2.3	16	90	0	56	16	2	0	81	0.81
2211230--2211268	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
2212244--2212285	7	6.0	7	89	8	59	85	4	0	9	0.72
2213958--2214007	21	2.4	22	83	9	61	34	0	2	64	1.05
2215341--2215419	39	2.0	39	92	0	131	46	3	2	46	1.34
2216687--2216720	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2217017--2217078	21	3.2	19	76	17	65	45	0	0	54	0.99
2227057--2227121	24	2.7	24	83	4	78	32	0	0	67	0.91
2227090--2227132	22	1.9	22	85	4	59	32	4	0	62	1.15
2227784--2227850	19	3.6	19	76	11	57	52	0	2	44	1.16
2227795--2227850	20	2.8	20	80	17	64	53	0	1	44	1.11
2227889--2227951	18	3.2	20	82	17	71	36	0	1	61	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228043--2228095	23	2.4	22	74	3	52	50	1	0	47	1.12
2228190--2228233	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
2228356--2228397	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2229834--2229870	19	2.0	18	89	5	56	48	5	2	43	1.40
2230915--2230979	29	2.2	29	86	0	85	44	3	18	33	1.65
2231400--2231433	17	2.0	17	88	0	50	67	2	2	26	1.19
2231711--2231744	13	2.6	13	90	0	50	79	2	0	17	0.86
2232078--2232135	26	2.2	25	77	14	64	65	3	1	29	1.19
2232099--2232146	17	2.9	16	79	11	53	62	2	0	35	1.07
2232099--2232174	15	4.3	18	72	20	54	61	1	0	36	1.04
2232097--2232174	11	7.1	11	69	19	56	61	1	0	37	1.04
2232094--2232193	32	3.2	31	71	20	84	58	2	0	40	1.10
2232466--2232517	18	2.9	18	77	13	54	57	0	0	42	0.98
2235800--2235834	14	2.4	15	90	4	54	51	0	5	42	1.25
2247163--2247196	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2247539--2247578	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2248826--2248875	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2249051--2249088	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2254009--2254063	26	2.1	27	83	16	71	49	3	0	47	1.19
2254025--2254077	26	2.0	25	82	13	63	49	1	0	49	1.12
2256788--2256836	24	2.0	24	100	0	98	55	8	8	28	1.58
2258542--2258593	18	2.9	17	79	20	54	26	0	1	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263595--2263651	17	3.5	17	68	31	52	45	0	0	54	0.99
2263588--2263663	32	2.4	29	81	12	89	44	0	0	55	0.99
2263626--2263688	10	6.9	9	73	26	53	34	0	0	65	0.93
2263637--2263688	17	3.1	17	74	17	54	32	0	0	67	0.91
2263628--2263689	28	2.3	26	78	13	65	35	0	0	64	0.94
2263654--2263687	15	2.2	16	89	5	52	26	0	0	73	0.83
2263795--2263831	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2266963--2266995	15	2.2	16	89	10	52	36	3	0	60	1.12
2266912--2266995	15	5.9	14	67	22	50	35	1	1	61	1.11
2266978--2267022	22	2.0	22	82	0	54	42	6	0	51	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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