genome.fa.s60.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold60
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3815296

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

This is table  1  of  21  ( 2419 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
385--414	14	2.1	15	93	6	53	13	20	16	50	1.78
2233--2277	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
4492--4517	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5835--5932	43	2.3	43	100	0	196	34	14	20	30	1.92
6658--6691	18	1.9	18	88	5	52	47	14	0	38	1.45
12963--13034	20	3.7	20	80	12	78	30	15	16	37	1.90
14556--14618	32	2.0	32	87	6	92	42	14	14	28	1.84
17121--17163	20	2.0	22	86	8	63	13	13	25	46	1.81
18583--18635	19	2.7	20	88	2	81	37	15	16	30	1.90
20891--20965	20	3.8	20	85	0	114	33	10	12	44	1.76
21880--21920	20	2.0	20	86	9	57	21	19	9	48	1.77
24705--24820	50	2.3	51	85	7	148	36	14	20	28	1.92
24660--24953	129	2.3	130	86	0	392	34	14	22	28	1.94
24836--24981	51	2.9	51	90	0	220	30	11	26	30	1.92
27050--27679	61	10.4	61	82	2	768	30	19	24	26	1.98
32994--33033	13	3.1	13	85	0	62	35	15	12	37	1.85
34588--34614	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
36276--37059	392	2.0	392	94	0	1363	26	20	18	33	1.96
40083--40156	20	3.8	19	84	8	87	36	14	16	32	1.89
48828--48854	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
51785--52028	79	3.1	79	81	7	264	34	15	23	26	1.94
55035--55520	45	11.5	43	75	12	386	41	13	26	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55080--55488	168	2.4	167	81	4	457	42	12	26	18	1.86
55011--55409	212	1.9	210	85	1	555	43	12	26	17	1.85
55080--55520	83	5.3	82	80	7	433	41	13	26	18	1.87
55483--56560	62	17.6	62	82	6	1053	29	18	26	25	1.98
57500--57570	1	71.0	1	75	0	61	1	5	5	87	0.72
57499--57571	11	6.1	11	83	13	74	1	5	8	84	0.81
61218--61262	22	2.0	22	95	0	81	35	22	6	35	1.80
62436--62494	20	3.0	20	92	0	91	40	3	18	37	1.68
62533--62613	31	2.6	31	94	0	144	34	12	11	41	1.78
72709--72756	25	1.9	25	82	0	60	27	2	2	68	1.11
73313--73345	17	1.9	17	88	11	50	24	3	12	60	1.46
74905--75146	96	2.5	98	79	10	284	38	11	19	29	1.87
77654--77691	20	1.9	20	100	0	76	34	23	5	36	1.78
77653--77697	20	2.2	20	88	0	72	31	22	8	37	1.85
78059--78103	22	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
78533--78566	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
80929--81058	43	2.9	47	66	23	116	37	3	3	55	1.34
80975--81011	11	3.4	11	85	14	58	40	0	0	59	0.97
80974--81023	22	2.3	22	89	3	75	40	2	0	58	1.10
80854--81511	297	2.2	297	90	3	1029	36	8	7	46	1.64
83610--83637	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
83585--83653	33	2.1	33	86	5	95	36	18	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83682--83737	19	2.9	19	86	2	76	37	17	14	30	1.90
83722--83748	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
83706--83767	33	1.9	32	83	9	81	43	14	14	27	1.84
87249--87324	39	1.9	39	100	0	152	35	10	30	23	1.89
90255--90299	21	2.2	20	84	4	54	22	11	4	62	1.46
92505--92555	13	4.4	13	70	27	51	41	17	9	31	1.82
92505--92574	33	2.1	33	89	0	104	40	17	10	32	1.82
92624--92650	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
94117--94147	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
94192--94244	19	2.7	20	88	2	72	35	16	15	32	1.90
94216--94278	33	1.9	33	87	3	92	39	15	14	30	1.87
96766--96792	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
102940--103005	34	2.0	33	88	8	98	33	19	13	33	1.91
103035--103089	19	2.8	20	80	5	67	38	16	12	32	1.86
103075--103101	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
103115--103162	20	2.4	20	85	0	69	25	10	25	39	1.87
104657--104863	92	2.2	92	82	3	229	30	18	10	40	1.84
104869--105260	95	4.4	88	78	8	361	35	13	7	43	1.72
104962--105260	88	3.5	86	79	9	313	35	14	7	43	1.73
104988--105154	82	2.0	83	88	3	248	38	16	5	40	1.71
104901--105239	170	1.9	174	80	6	391	35	14	6	43	1.72
106770--106800	11	2.8	11	100	0	62	80	0	9	9	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107499--107548	18	2.8	18	81	0	55	38	6	4	52	1.45
107693--107732	11	3.5	11	80	6	53	67	0	5	27	1.11
107690--107732	23	1.9	22	95	4	77	67	0	4	27	1.10
107725--107769	22	2.1	21	83	4	54	51	0	0	48	1.00
108444--108493	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
113264--113311	24	2.0	24	100	0	96	33	4	16	45	1.67
113374--113487	41	2.8	41	76	7	126	47	5	11	35	1.62
115190--115375	92	2.0	92	88	0	273	30	20	13	34	1.92
117359--117385	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
117880--117910	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
123127--123224	52	1.9	51	95	2	178	40	12	13	33	1.81
126163--126196	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
132015--132099	21	4.0	21	77	11	84	10	8	37	43	1.69
136976--137075	48	2.1	48	96	0	182	28	17	25	30	1.97
137176--137215	20	2.0	20	100	0	80	20	10	15	55	1.68
141344--141583	79	3.1	79	83	4	290	27	22	11	37	1.89
147554--147610	27	2.1	27	93	0	96	36	10	28	24	1.88
148727--148793	28	2.4	28	94	0	116	26	17	31	23	1.97
148751--149079	79	4.2	78	79	6	310	33	12	24	29	1.92
148752--149079	157	2.1	156	79	9	355	33	12	24	29	1.92
150602--150736	50	2.7	50	87	7	177	43	14	16	25	1.86
150700--150737	20	1.9	20	94	0	67	47	13	15	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151304--151445	72	2.0	73	83	9	184	35	16	26	22	1.95
151431--151535	43	2.5	42	84	7	140	40	11	29	18	1.85
151579--151731	42	3.6	43	80	5	166	42	10	24	22	1.85
151748--152948	62	19.4	61	83	5	1274	31	19	24	25	1.98
151748--152948	247	4.9	246	82	5	1295	31	19	24	25	1.98
154163--154209	19	2.6	18	81	18	53	8	4	6	80	1.00
154163--154209	18	2.6	17	83	12	58	8	4	6	80	1.00
159051--159415	79	4.7	79	77	5	375	32	12	26	28	1.92
161005--161072	32	2.1	33	86	8	95	30	13	17	38	1.88
167250--167276	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
167406--167445	21	2.0	21	90	5	64	32	20	0	47	1.50
169866--169916	20	2.5	20	100	0	102	39	11	13	35	1.82
172583--172638	21	2.6	22	91	5	87	37	7	25	30	1.82
172670--172806	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
172776--172846	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
172886--172926	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
180823--181381	61	9.2	59	80	4	544	26	27	17	29	1.97
180823--181381	120	4.6	120	80	4	568	26	27	17	29	1.97
180823--181453	185	3.5	182	79	4	506	26	26	17	29	1.97
182401--182461	19	3.2	19	77	9	70	40	14	16	27	1.88
182449--182473	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
182428--182500	32	2.3	32	95	0	128	35	12	16	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182430--182492	19	3.7	18	74	24	64	34	12	15	36	1.86
182517--182558	21	2.0	21	95	0	75	42	7	19	30	1.78
184932--185115	51	3.6	49	79	7	197	31	25	11	32	1.91
185098--185174	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
184946--185436	211	2.3	211	92	0	820	28	25	13	32	1.94
184931--185326	52	7.6	51	71	5	245	29	25	12	33	1.92
185339--185573	79	3.0	78	79	5	274	25	27	14	31	1.95
193713--193783	1	71.0	1	75	0	61	87	9	2	0	0.65
193713--193783	13	5.5	13	81	9	83	87	9	2	0	0.65
193713--193781	14	4.9	14	81	10	70	86	10	2	0	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21