genome.fa.s60.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold60
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3815296

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266546--2266592	16	2.8	17	78	12	53	46	0	0	53	1.00
2269949--2269978	14	2.2	13	94	5	51	40	0	0	60	0.97
2273675--2273730	22	2.4	24	82	14	64	48	0	0	51	1.00
2274212--2274249	20	1.9	20	94	0	67	52	0	0	47	1.00
2274311--2274387	32	2.4	34	78	10	90	51	1	2	44	1.23
2274241--2274357	57	2.1	57	80	9	132	44	2	2	50	1.29
2274422--2274462	17	2.3	18	80	16	50	46	2	0	51	1.14
2276250--2276289	21	2.0	21	85	9	57	40	17	25	17	1.91
2278404--2278436	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2279612--2279653	14	2.9	15	78	7	59	59	0	0	40	0.97
2279825--2279866	21	2.0	21	90	4	66	64	0	4	30	1.14
2280504--2280535	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
2281034--2281066	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
2284498--2284560	32	2.0	32	84	12	85	61	0	0	38	0.96
2284493--2284560	31	2.2	30	85	15	86	60	1	0	38	1.06
2286990--2287038	2	25.0	2	95	4	91	0	51	0	48	1.00
2289128--2289168	8	5.4	8	88	11	68	39	0	9	51	1.35
2289130--2289164	14	2.5	14	95	0	61	40	0	8	51	1.33
2290733--2290763	15	2.1	15	100	0	62	45	12	32	9	1.75
2293298--2293354	2	29.0	2	89	3	89	45	0	1	52	1.11
2294952--2294983	16	2.0	16	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2301246--2301283	19	2.0	20	84	5	51	71	0	2	26	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301809--2301842	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2304246--2304301	28	2.0	28	82	6	69	37	5	1	55	1.33
2304940--2304992	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2305039--2305113	23	3.1	24	80	14	82	45	1	2	50	1.24
2305039--2305128	26	3.6	25	78	14	80	45	1	2	51	1.21
2310091--2310124	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2314199--2314240	18	2.3	18	84	8	50	45	0	2	52	1.13
2314246--2314289	19	2.4	19	88	7	65	43	0	0	56	0.99
2314224--2314278	24	2.2	24	81	9	58	41	1	0	56	1.10
2314426--2314456	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2314567--2314621	17	3.2	17	73	21	60	41	9	10	38	1.72
2316213--2316283	16	4.5	15	69	19	54	39	4	2	53	1.35
2324804--2324846	20	2.2	20	100	0	86	62	4	18	13	1.48
2333122--2333160	16	2.6	15	84	11	53	38	0	0	61	0.96
2334486--2334517	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2341895--2341922	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2348621--2348662	6	7.0	6	100	0	84	66	33	0	0	0.92
2359758--2359790	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2360364--2360394	13	2.4	13	94	0	53	0	3	9	87	0.66
2366608--2366674	22	3.0	21	80	10	62	64	1	0	34	1.03
2366629--2366677	5	10.4	5	81	14	52	65	0	0	34	0.93
2367775--2367817	22	2.0	22	90	4	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367817--2367861	21	2.1	21	87	0	63	51	0	0	48	1.00
2368344--2368399	28	2.1	25	83	12	67	50	0	0	50	1.00
2368378--2368420	14	3.0	14	83	16	61	58	0	0	41	0.98
2375814--2375840	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
2377763--2377800	15	2.6	15	87	4	60	73	0	0	26	0.83
2377759--2377798	13	2.9	13	82	13	53	72	0	0	27	0.85
2378257--2378300	17	2.5	19	75	24	51	63	0	0	36	0.95
2379314--2379350	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2384959--2385017	21	2.7	22	75	15	68	47	0	8	44	1.33
2384959--2385070	42	2.6	43	80	1	127	42	1	9	45	1.47
2388948--2388998	18	2.7	19	81	6	59	45	0	0	54	0.99
2390056--2390086	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
2390254--2390286	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2392679--2392732	20	2.7	20	82	2	54	53	1	5	38	1.35
2394843--2394930	8	10.8	8	70	18	56	57	0	1	40	1.06
2394822--2394880	20	3.0	20	79	18	61	62	0	0	37	0.95
2394873--2394920	20	2.6	18	84	15	71	60	0	0	39	0.97
2394877--2394936	18	3.2	18	83	9	59	56	0	1	41	1.09
2400473--2400582	42	2.6	43	82	7	127	37	8	18	36	1.80
2401827--2401945	30	4.0	30	71	13	86	32	25	7	34	1.84
2409142--2409181	15	2.7	16	85	14	59	57	0	0	42	0.98
2414168--2414210	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414878--2414958	17	5.1	17	68	15	50	38	0	2	59	1.11
2414933--2414995	28	2.2	28	83	5	74	28	1	3	66	1.16
2415068--2415104	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2415159--2415198	21	2.0	19	85	9	53	5	27	7	60	1.45
2416537--2416600	32	2.0	31	81	3	74	51	1	0	46	1.10
2430526--2430565	17	2.4	17	95	4	73	55	30	10	5	1.54
2434618--2435462	287	2.9	285	83	7	1027	34	11	12	41	1.80
2438860--2438917	30	1.9	31	96	3	109	62	10	13	13	1.55
2444170--2444218	26	2.0	24	84	15	64	42	6	2	48	1.39
2444169--2444226	25	2.3	26	80	14	68	39	5	1	53	1.33
2445115--2445154	17	2.5	16	84	11	55	55	0	0	45	0.99
2445382--2445419	17	2.2	18	85	4	51	34	0	13	52	1.40
2446064--2446109	22	2.0	24	91	8	78	34	21	17	26	1.95
2448124--2448153	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2449104--2449182	33	2.4	33	84	2	95	31	5	20	43	1.73
2449101--2449214	34	3.4	34	83	2	131	28	4	22	44	1.72
2454581--2454614	16	2.2	16	89	5	52	79	0	0	20	0.73
2455914--2456000	12	7.0	12	68	17	52	65	1	0	33	1.00
2455896--2455968	18	3.9	18	78	7	74	68	0	0	31	0.90
2455915--2456008	11	8.7	11	73	8	52	63	1	0	35	1.01
2455972--2456028	22	2.4	24	77	8	64	57	0	0	42	0.98
2455961--2456027	33	2.0	32	83	11	82	56	1	0	41	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456009--2456042	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
2462744--2462775	14	2.3	14	100	0	64	12	15	6	65	1.44
2463015--2463043	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2464278--2464320	21	2.0	22	86	13	63	46	0	2	51	1.13
2464761--2464790	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
2467814--2467848	12	2.9	12	91	0	52	62	8	28	0	1.24
2467847--2467877	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
2469108--2469147	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
2469421--2469449	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2489819--2489848	7	4.3	7	100	0	60	40	0	0	60	0.97
2492171--2492196	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
2493064--2493089	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2493837--2493879	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
2497392--2497469	39	2.0	39	100	0	156	30	12	15	41	1.85
2500457--2500499	2	21.5	2	95	0	77	46	0	2	51	1.13
2502429--2502470	20	2.1	20	100	0	84	38	14	23	23	1.92
2504487--2504523	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2505294--2505324	13	2.4	13	94	0	53	83	0	0	16	0.64
2505891--2505957	24	2.9	23	76	10	57	46	0	2	50	1.16
2506508--2506556	22	2.2	22	82	13	57	57	0	2	40	1.10
2507057--2507128	32	2.3	31	83	9	83	36	1	0	62	1.04
2507106--2507183	17	4.4	17	72	13	59	41	1	0	57	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2507135--2507187	25	2.1	25	85	0	70	39	0	0	60	0.97
2507155--2507212	20	3.0	20	87	9	77	32	0	0	67	0.91
2507449--2507506	15	3.7	15	80	15	73	67	0	1	31	1.01
2507433--2507514	11	7.5	11	75	17	82	64	1	1	32	1.09
2507438--2507520	31	2.8	28	81	15	96	65	1	1	32	1.08
2507433--2507514	32	2.5	31	83	12	103	64	1	1	32	1.09
2507678--2507705	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
2508012--2508051	18	2.2	18	86	0	53	47	10	2	40	1.50
2508604--2508661	19	3.2	19	73	9	57	60	0	0	39	0.97
2508942--2508984	18	2.3	19	92	8	63	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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