genome.fa.s60.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold60
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3815296

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753382--2753420	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2753780--2753809	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
2755414--2755450	2	19.0	2	88	5	58	51	0	0	48	1.00
2762206--2762234	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2762625--2762668	15	3.1	14	80	12	54	47	0	0	52	1.00
2762615--2762684	28	2.4	29	86	6	90	44	0	2	52	1.15
2762627--2762708	8	10.5	8	74	19	59	45	1	1	52	1.16
2763542--2763622	27	3.0	27	80	7	85	45	1	1	51	1.16
2763935--2763969	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
2764722--2764756	6	5.8	6	96	0	61	54	11	17	17	1.71
2764718--2764757	12	3.3	12	89	0	53	55	10	17	17	1.69
2764718--2764757	18	2.2	18	86	0	62	55	10	17	17	1.69
2767807--2767858	26	2.0	26	85	7	70	61	5	1	30	1.30
2769472--2769528	5	11.0	5	76	12	53	61	0	1	36	1.07
2769550--2769583	17	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
2769542--2769602	27	2.2	28	86	13	92	57	0	0	42	0.98
2769475--2769609	25	5.7	23	70	22	93	56	0	0	42	1.04
2772405--2772436	15	2.1	15	94	0	55	78	0	18	3	0.89
2774482--2774518	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2775427--2775455	13	2.2	13	100	0	58	13	24	13	48	1.79
2777999--2778039	21	2.0	21	90	9	66	60	0	0	39	0.96
2778535--2778564	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779900--2779945	23	2.0	24	83	12	60	15	39	6	39	1.73
2781648--2781693	19	2.5	19	86	10	60	58	0	2	39	1.10
2781660--2781747	27	3.5	25	84	9	83	47	0	2	50	1.13
2781681--2781747	27	2.5	27	100	0	134	44	0	2	52	1.16
2781655--2781756	21	4.6	21	73	18	55	49	0	1	49	1.12
2781775--2781847	14	5.6	13	72	18	55	41	1	0	57	1.07
2781817--2781841	9	2.8	9	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2781841--2781935	44	2.3	42	85	8	124	49	5	1	44	1.32
2781832--2781922	39	2.4	38	82	10	116	45	5	1	48	1.33
2781940--2782012	24	3.2	23	65	21	55	47	1	0	50	1.09
2781972--2782008	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
2790115--2790233	38	3.1	38	81	4	132	36	30	8	25	1.85
2801378--2801456	41	1.9	41	94	0	140	49	13	6	30	1.67
2802954--2802998	15	3.2	14	81	9	56	48	0	2	48	1.13
2804391--2804422	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
2805289--2805336	18	2.6	18	73	3	51	50	0	0	50	1.00
2807127--2807203	35	2.1	36	81	9	86	50	11	2	35	1.53
2807428--2807467	2	20.0	2	89	0	62	47	2	0	50	1.14
2807853--2807927	40	1.9	39	83	5	98	38	1	5	54	1.31
2807858--2807922	20	3.2	20	70	8	51	40	1	6	52	1.36
2809231--2809261	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2809752--2809796	21	2.3	18	82	14	54	42	0	2	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810169--2810219	22	2.4	21	83	3	57	31	0	1	66	1.03
2810168--2810230	21	3.0	21	73	15	58	31	0	1	66	1.01
2810230--2810287	8	7.5	8	74	18	52	60	0	0	39	0.97
2810237--2810281	21	2.1	21	91	0	72	64	0	0	35	0.94
2812423--2812452	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2814642--2814669	4	7.0	4	100	0	56	50	25	25	0	1.50
2819282--2819342	15	3.8	16	77	16	63	65	0	3	31	1.09
2819732--2819788	14	3.9	14	77	11	53	45	3	1	49	1.29
2820743--2820794	24	2.1	25	86	10	72	55	1	0	42	1.10
2821050--2821079	1	30.0	1	93	0	51	0	96	0	3	0.21
2822470--2822499	13	2.2	14	94	5	53	63	0	0	36	0.95
2825977--2826025	21	2.3	21	86	6	64	69	2	6	22	1.21
2826211--2826258	20	2.4	19	77	16	53	50	0	2	47	1.12
2826628--2826677	25	1.9	27	88	8	77	48	2	2	48	1.24
2828570--2828633	23	2.6	26	73	19	64	53	0	0	46	1.00
2829057--2829110	27	2.1	26	82	6	65	51	0	0	48	1.00
2829702--2829746	23	1.9	23	82	13	56	46	0	0	53	1.00
2832216--2832251	13	2.7	13	91	4	54	30	0	69	0	0.89
2833313--2833347	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2837207--2837233	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2837682--2837721	20	2.0	20	85	0	53	45	0	7	47	1.31
2844529--2844558	1	30.0	1	93	0	51	3	96	0	0	0.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844975--2845011	7	5.3	7	86	0	56	32	0	24	43	1.55
2844970--2845011	14	2.9	14	89	3	57	35	2	21	40	1.66
2848360--2848391	6	5.3	6	92	0	55	65	0	34	0	0.93
2849134--2849167	15	2.4	14	86	13	52	32	0	5	61	1.20
2850091--2850120	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2854510--2854537	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2855671--2856041	195	1.9	198	87	8	560	46	6	1	45	1.38
2861273--2861302	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
2863490--2863514	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2865160--2865210	17	2.9	17	85	11	59	58	1	0	39	1.09
2865536--2865586	22	2.3	22	76	6	59	52	1	0	45	1.12
2865490--2865617	62	2.1	60	82	8	152	47	0	2	49	1.19
2866872--2866920	17	3.0	17	69	19	50	46	0	0	53	1.00
2867153--2867252	34	2.9	33	75	20	98	45	0	0	55	0.99
2874945--2875003	26	2.3	26	80	13	68	45	0	1	52	1.10
2881798--2881826	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2888122--2888146	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2888182--2888228	24	1.9	25	83	12	62	59	0	0	40	0.97
2888790--2888825	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2891355--2891389	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
2892167--2892226	27	2.2	25	81	18	68	26	1	1	70	1.07
2892170--2892226	28	2.1	26	84	15	71	26	1	1	70	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2898898--2898933	17	2.1	17	100	0	72	5	22	33	38	1.77
2903736--2903777	6	7.3	6	94	5	70	33	0	0	66	0.92
2903681--2903875	104	1.9	102	86	4	266	42	5	3	49	1.42
2906134--2906325	21	8.9	21	68	23	87	53	5	40	1	1.30
2906132--2906328	24	9.0	22	65	18	83	53	5	40	1	1.30
2906208--2906326	3	37.0	3	70	14	60	57	5	36	1	1.31
2906248--2906289	16	2.8	15	82	7	50	47	7	45	0	1.30
2906140--2906440	9	30.4	9	66	23	74	52	6	40	0	1.32
2906139--2906362	69	3.5	63	76	15	208	53	6	39	0	1.32
2906245--2906394	36	4.3	35	75	14	130	52	8	38	0	1.37
2906379--2906463	6	13.7	6	74	18	50	50	3	45	0	1.18
2906503--2906534	3	10.7	3	93	0	55	65	0	34	0	0.93
2909499--2909831	166	2.0	163	92	1	558	45	11	17	26	1.82
2911667--2911720	20	2.6	20	77	16	56	48	1	1	48	1.23
2911723--2911775	21	2.7	20	85	5	72	58	3	0	37	1.16
2911731--2911775	10	4.4	10	83	5	54	53	4	0	42	1.21
2912207--2912276	33	2.0	36	86	13	103	65	0	4	30	1.11
2912231--2912300	14	4.8	14	76	5	59	61	0	1	37	1.05
2924539--2924573	17	2.1	17	100	0	70	40	5	11	42	1.65
2925149--2925183	16	2.1	16	89	5	52	42	0	0	57	0.99
2926028--2926060	13	2.4	14	90	5	50	54	0	3	42	1.15
2926287--2926337	15	3.3	15	76	15	50	37	0	1	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2926287--2926372	8	10.8	8	74	18	56	38	0	1	60	1.04
2926287--2926368	24	3.5	22	73	18	69	39	0	1	59	1.05
2926337--2926413	17	4.2	19	75	15	74	38	2	0	58	1.12
2927074--2927125	6	9.2	6	80	16	58	65	0	1	32	1.04
2927063--2927132	16	4.3	16	80	18	65	61	1	1	35	1.14
2928642--2928717	30	2.6	30	85	2	109	36	2	3	56	1.32
2928633--2928729	30	3.3	29	79	4	104	41	3	5	50	1.40
2929215--2929266	12	4.0	13	77	22	56	40	0	0	59	0.97
2929483--2929629	76	1.9	76	80	4	172	34	31	18	15	1.92
2931618--2931652	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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