genome.fa.s60.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold60
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3815296

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107868--2107901	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
2108531--2108575	22	2.0	23	86	4	65	46	0	4	48	1.22
2109935--2109976	14	2.9	15	79	17	52	57	0	2	40	1.12
2109942--2109976	14	2.5	15	86	13	56	62	0	0	37	0.95
2110138--2110183	14	3.1	15	87	9	67	43	0	0	56	0.99
2112074--2112100	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2112746--2112820	14	5.3	14	71	21	50	52	0	0	48	1.00
2112747--2112800	18	2.9	18	81	10	56	51	0	0	48	1.00
2112749--2112881	44	3.0	45	74	18	116	53	1	0	44	1.15
2112879--2112934	23	2.5	22	80	11	69	46	5	0	48	1.25
2113074--2113141	21	3.0	23	71	14	61	39	1	0	58	1.07
2113076--2113130	22	2.4	24	87	6	78	36	0	0	63	0.95
2113087--2113144	22	2.5	22	80	5	71	44	1	0	53	1.10
2113692--2113735	22	2.0	23	86	13	65	43	0	0	56	0.99
2113748--2113819	29	2.4	29	90	2	108	37	1	0	61	1.05
2113829--2113911	29	2.8	29	83	1	94	55	1	2	40	1.21
2113872--2113926	23	2.4	24	75	9	69	63	0	0	36	0.95
2113879--2113936	22	2.7	21	76	10	62	60	0	3	36	1.14
2113833--2113915	30	2.8	30	81	9	98	56	1	2	39	1.20
2115329--2115370	21	2.0	20	86	4	57	59	0	0	40	0.97
2115406--2115439	17	2.1	16	94	5	59	52	0	2	44	1.16
2115386--2115439	17	3.1	17	75	12	56	48	0	1	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115301--2115483	99	1.9	97	82	5	215	51	2	4	41	1.36
2115554--2115597	14	3.0	15	76	6	54	40	0	0	59	0.98
2115570--2115621	21	2.5	20	84	6	77	46	0	0	53	1.00
2115570--2115635	21	3.3	19	81	10	60	46	0	0	53	1.00
2116348--2116390	3	14.7	3	90	4	70	67	2	0	30	1.03
2123984--2124019	19	2.0	19	89	10	58	58	0	2	38	1.13
2127436--2127472	17	2.1	17	90	5	56	48	2	0	48	1.15
2129273--2129313	9	4.3	9	87	6	55	63	0	2	34	1.08
2132971--2133054	38	2.2	38	79	10	91	58	0	0	41	0.98
2138327--2138374	25	2.0	24	84	11	64	58	0	0	41	0.98
2138341--2138393	22	2.3	23	81	12	65	60	0	0	39	0.97
2138991--2139028	20	1.9	20	100	0	76	47	23	0	28	1.52
2144692--2144766	30	2.5	30	81	12	82	38	0	1	60	1.06
2144725--2144802	16	5.3	15	73	17	56	30	0	2	66	1.05
2144753--2144782	13	2.4	13	94	5	53	23	0	0	76	0.78
2144855--2144906	18	2.8	17	82	11	50	50	0	0	50	1.00
2144983--2145040	28	2.1	28	87	3	82	34	5	1	58	1.30
2146976--2147077	50	2.0	52	83	11	131	53	1	0	44	1.11
2147012--2147064	27	2.0	26	85	10	72	58	0	0	41	0.98
2147198--2147257	26	2.3	26	91	0	93	31	18	13	36	1.89
2148675--2148715	21	1.9	22	85	5	57	56	0	0	43	0.99
2148663--2148712	24	2.1	24	82	10	59	58	2	0	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154502--2154554	20	2.6	20	78	3	61	41	1	0	56	1.10
2154531--2154606	17	4.2	17	72	21	57	46	5	0	48	1.24
2156720--2156762	22	2.0	20	91	8	68	44	4	2	48	1.36
2156720--2156761	10	3.9	11	79	14	52	42	4	2	50	1.36
2157262--2157314	18	2.8	20	78	10	60	56	0	0	43	0.99
2158657--2158694	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2159307--2159338	7	4.6	7	96	0	55	43	15	40	0	1.47
2165733--2165812	17	4.4	17	74	16	63	46	3	0	50	1.19
2165763--2165807	24	1.9	24	86	4	65	53	4	0	42	1.21
2165867--2165932	30	2.2	30	97	2	123	30	19	3	46	1.65
2166783--2167041	50	5.2	50	90	0	394	29	20	18	31	1.96
2166783--2167041	100	2.6	100	94	1	448	29	20	18	31	1.96
2171082--2171340	50	5.2	50	86	2	369	29	19	18	32	1.96
2171082--2171340	100	2.6	100	91	3	416	29	19	18	32	1.96
2173522--2173563	15	3.0	14	82	6	50	45	2	0	52	1.13
2173470--2173548	33	2.4	34	81	12	92	53	0	1	45	1.08
2174980--2175027	14	3.4	14	82	8	53	43	0	0	56	0.99
2174960--2175046	30	3.0	30	80	11	101	43	0	0	56	0.99
2175200--2175274	24	3.2	24	78	14	68	56	0	0	44	0.99
2175231--2175300	16	4.5	16	71	22	51	54	1	0	44	1.09
2175870--2176011	34	4.2	34	77	1	151	28	2	23	45	1.67
2175869--2176018	68	2.2	68	87	0	210	27	2	23	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176319--2176367	19	2.6	19	96	0	89	32	14	14	38	1.86
2176319--2176373	19	2.9	18	89	7	67	30	16	16	36	1.91
2180442--2180539	34	2.9	33	81	4	124	24	4	25	45	1.70
2180596--2180651	24	2.3	24	90	6	87	33	14	16	35	1.88
2182789--2182861	36	1.9	39	86	8	107	49	1	0	49	1.09
2182945--2183002	25	2.3	26	82	5	75	29	3	0	67	1.07
2182957--2182988	15	2.1	16	94	5	57	25	3	0	71	1.00
2183606--2183639	3	11.7	3	93	6	61	67	0	0	32	0.91
2184013--2184045	11	2.8	12	86	13	50	48	0	0	51	1.00
2193628--2193680	22	2.4	24	76	23	62	47	0	1	50	1.12
2196965--2197004	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2208367--2208470	41	2.7	38	77	15	99	53	0	0	45	1.06
2208401--2208470	21	3.4	21	75	11	63	57	0	0	42	0.99
2209434--2209466	5	6.4	5	93	6	57	42	0	21	36	1.53
2209433--2209465	11	3.1	11	91	8	59	45	0	18	36	1.49
2209434--2209466	16	2.1	15	94	5	57	42	0	21	36	1.53
2209936--2209975	17	2.4	17	91	0	71	25	2	10	62	1.39
2211148--2211195	23	2.1	23	84	7	62	45	0	0	54	0.99
2211195--2211253	19	3.1	19	78	7	66	23	1	5	69	1.18
2211198--2211254	20	3.0	19	77	7	62	22	1	5	70	1.17
2211945--2211974	13	2.3	13	94	0	51	16	36	3	43	1.65
2217474--2217519	22	2.0	24	84	16	62	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217510--2217542	15	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
2217594--2217636	18	2.4	18	92	0	68	41	4	6	46	1.51
2219914--2219970	27	2.1	27	90	3	89	26	12	14	47	1.79
2221742--2221770	7	4.1	7	100	0	58	13	13	27	44	1.82
2236707--2236741	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
2236745--2236800	18	2.9	19	72	20	53	53	0	0	46	1.00
2243507--2243550	19	2.3	20	88	7	65	29	0	0	70	0.88
2245883--2245948	18	3.9	18	67	15	50	56	0	1	42	1.08
2245878--2245957	32	2.5	31	82	10	106	57	0	1	41	1.07
2248060--2248112	27	1.9	28	85	11	74	11	13	5	69	1.34
2248061--2248130	27	2.7	26	78	12	63	15	8	4	71	1.26
2249109--2249154	22	2.0	23	87	4	67	43	0	0	56	0.99
2249109--2249154	12	4.1	11	83	11	58	43	0	0	56	0.99
2249111--2249194	12	7.0	12	73	15	57	45	0	1	53	1.08
2254364--2254390	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2254956--2255008	16	3.4	16	76	10	65	26	3	5	64	1.33
2254951--2255026	30	2.4	30	86	8	98	28	6	3	60	1.40
2255430--2255460	7	4.4	7	100	0	62	16	29	41	12	1.85
2258601--2258728	9	14.4	9	69	21	65	50	0	0	49	1.06
2258609--2258657	20	2.4	22	83	13	68	61	0	0	38	0.96
2258583--2258674	22	4.3	21	75	9	80	50	1	1	47	1.15
2258640--2258756	37	3.1	37	83	10	123	46	0	0	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258977--2259036	21	2.9	21	79	20	65	56	0	1	41	1.09
2258979--2259030	20	2.4	23	79	20	60	55	0	1	42	1.10
2261003--2261060	14	4.1	14	74	12	55	44	0	0	55	0.99
2261009--2261069	29	2.1	29	81	0	68	45	1	0	52	1.10
2261446--2261486	21	2.0	21	85	9	57	41	0	0	58	0.98
2262573--2262719	32	4.6	32	73	19	103	51	0	1	47	1.09
2266347--2266396	24	2.2	24	85	7	68	32	2	2	64	1.16
2266375--2266414	18	2.2	18	86	0	53	35	2	2	60	1.24
2266426--2266504	25	3.2	24	75	10	79	53	2	1	43	1.22
2266452--2266513	31	2.0	30	87	3	88	51	3	0	45	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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