genome.fa.s60.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold60
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3815296

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194761--194945	100	1.9	100	91	0	307	24	30	18	25	1.98
194890--195340	55	8.0	55	84	9	593	27	28	20	23	1.99
194861--195343	233	2.1	226	88	5	702	27	28	20	24	1.99
196147--196209	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
196166--196190	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196145--196217	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
198627--199015	52	7.5	51	70	10	232	29	26	11	32	1.92
198636--199123	211	2.3	211	93	0	823	28	26	13	32	1.93
198777--199153	107	3.6	106	72	8	327	27	26	14	31	1.95
199028--199262	79	3.0	75	75	11	211	26	25	14	33	1.95
202588--202787	51	3.9	52	86	7	268	29	26	10	35	1.89
202724--202984	79	3.3	77	79	10	291	28	22	12	36	1.91
202722--203066	157	2.2	154	80	8	376	28	23	12	35	1.91
205682--205711	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
205741--205792	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
207345--207444	30	3.3	30	83	2	130	53	6	11	30	1.60
207379--207433	15	3.6	15	73	11	58	47	7	9	36	1.63
208884--208919	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
209821--209858	20	1.9	20	100	0	76	31	13	10	44	1.77
209875--209926	20	2.6	20	93	0	95	30	17	11	40	1.85
212061--212301	97	2.5	97	87	4	342	28	29	13	29	1.94
214642--214675	16	2.1	16	88	5	50	47	5	8	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218149--218230	28	2.9	28	81	0	92	24	18	34	23	1.96
218213--218389	52	3.4	53	78	6	173	31	10	27	31	1.90
218307--218435	51	2.5	52	86	3	163	33	13	25	27	1.94
218419--218493	27	2.7	28	89	6	109	22	20	33	24	1.97
220975--221000	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
220954--221020	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
221040--221107	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
221062--221086	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
221043--221105	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
221143--221219	21	3.7	21	91	3	120	36	16	11	35	1.86
221895--222045	55	2.7	54	85	6	196	22	21	27	27	1.99
224407--224450	8	5.6	8	81	5	54	0	18	2	79	0.83
224385--224450	31	2.1	31	82	0	78	6	18	1	74	1.10
224405--224455	15	3.3	16	78	8	61	0	15	1	82	0.76
224405--224456	23	2.3	23	84	15	74	0	17	1	80	0.80
224775--225082	165	1.9	165	79	2	350	50	8	8	31	1.63
226137--226576	85	5.2	84	77	8	302	35	13	30	20	1.91
227585--228104	85	6.1	85	78	7	419	34	12	31	22	1.91
227495--227999	170	3.0	170	75	8	440	34	12	32	21	1.91
227785--228148	85	4.3	85	81	2	356	36	13	29	20	1.91
227877--228380	273	1.8	275	80	4	597	34	12	30	22	1.91
228150--228410	85	3.1	83	76	4	256	32	11	32	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228485--228634	47	3.2	47	77	8	153	38	14	23	23	1.92
228501--228646	47	3.1	47	82	3	177	36	18	22	21	1.95
228501--228716	94	2.3	94	83	3	256	37	18	22	20	1.94
228547--228851	141	2.2	141	80	4	321	40	19	19	21	1.92
228531--228941	47	8.8	47	72	6	235	38	18	21	21	1.94
230751--230792	21	2.0	21	90	0	66	28	19	14	38	1.90
230830--230884	21	2.6	21	77	5	58	45	14	10	29	1.79
230848--230890	21	2.0	21	81	0	50	48	16	9	25	1.75
230903--230942	20	2.0	20	90	0	62	47	15	15	22	1.82
233354--233466	51	2.2	50	92	1	181	29	21	10	38	1.87
235573--235645	31	2.4	29	76	17	76	6	12	2	78	1.06
235590--235631	22	1.9	22	90	0	66	4	14	0	80	0.86
236744--236865	61	2.0	61	80	7	140	40	5	22	31	1.77
237764--237788	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237744--237810	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
237851--237875	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
237884--238012	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
251792--251831	16	2.5	16	95	0	71	87	12	0	0	0.54
251791--251832	17	2.5	17	88	3	68	88	11	0	0	0.53
253213--253390	29	6.0	29	78	9	171	26	29	16	26	1.97
253425--253501	30	2.6	30	83	6	104	31	31	15	22	1.95
253425--253511	30	2.9	30	83	8	99	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253521--253843	49	6.8	49	81	10	375	26	23	17	32	1.96
253521--253795	92	3.0	92	85	7	348	26	24	17	32	1.97
253521--253835	141	2.2	142	92	2	517	26	23	17	33	1.96
253753--253890	52	2.6	52	82	3	159	25	23	15	35	1.94
254716--254769	20	2.7	20	85	0	72	29	11	14	44	1.80
254812--254836	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
254845--254971	52	2.5	51	97	2	238	36	17	18	28	1.93
259721--259754	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
260672--260709	16	2.5	15	80	12	51	26	5	0	68	1.11
267598--267647	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
269445--269483	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
271501--271536	13	2.8	13	91	0	54	36	16	13	33	1.89
273126--273168	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
274016--274041	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
274909--275601	169	4.1	163	75	9	531	49	9	11	29	1.71
278284--278747	165	2.8	164	78	8	408	29	10	9	49	1.70
278385--278794	165	2.5	166	80	4	488	31	10	8	48	1.68
279297--279345	13	3.6	13	76	10	53	81	0	18	0	0.69
279300--279345	17	2.8	17	93	3	76	84	0	15	0	0.62
280231--280497	141	1.9	141	85	6	371	34	9	11	44	1.73
284664--284749	43	2.0	43	86	0	118	44	12	8	34	1.72
285719--285760	22	1.9	23	85	9	61	23	19	7	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286647--286680	16	2.1	16	89	10	52	82	0	17	0	0.67
288747--288834	45	1.9	46	84	6	117	19	20	18	42	1.90
288796--289467	46	14.7	47	68	8	184	20	21	18	39	1.93
288809--289136	46	7.2	45	71	10	209	19	22	19	38	1.93
288785--289395	91	6.7	91	79	3	539	19	21	18	39	1.93
288795--289335	181	3.0	182	79	3	530	19	21	18	39	1.93
288907--289153	45	5.5	45	71	12	164	19	21	21	37	1.94
288764--289395	182	3.5	182	77	4	621	19	21	18	39	1.93
289556--289664	45	2.6	44	85	10	147	20	18	17	44	1.88
290443--290477	12	2.9	12	82	0	52	85	0	8	5	0.73
290720--290787	23	3.0	23	66	14	59	69	7	13	10	1.37
297098--297721	79	7.9	79	73	9	412	28	24	13	33	1.94
297383--297456	28	2.7	27	89	8	105	24	31	18	25	1.98
297309--297509	107	1.9	107	81	2	242	28	28	13	29	1.95
297463--297561	51	1.9	51	82	8	121	28	24	12	35	1.91
303567--303592	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
303545--303612	33	2.1	33	91	2	111	33	13	16	36	1.87
303645--303697	20	2.7	20	87	0	70	30	13	15	41	1.85
311269--311326	16	3.6	16	86	9	73	84	10	5	0	0.77
312478--312915	62	7.1	62	86	3	560	22	26	20	29	1.99
312397--312915	123	4.3	123	83	6	611	23	26	20	29	1.99
312923--313180	45	5.8	45	74	10	235	19	27	11	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312905--313164	88	2.9	87	76	9	242	20	27	11	40	1.86
313127--313198	37	1.9	37	86	10	103	20	23	13	41	1.88
313206--313304	41	2.4	40	78	8	92	20	28	10	41	1.84
316249--316550	79	3.8	79	84	4	385	28	22	14	35	1.93
316486--316603	51	2.3	51	82	7	141	30	24	12	32	1.92
316458--316789	158	2.1	158	82	2	389	27	26	15	31	1.95
316585--316658	28	2.6	28	85	4	87	24	27	18	29	1.98
316643--316763	51	2.4	52	84	6	167	28	26	14	29	1.95
321661--323054	49	28.7	49	78	8	1281	31	17	25	24	1.97
321661--323054	101	14.4	98	79	8	1281	31	17	25	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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