genome.fa.s61.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold61
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1437555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1115 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8674--8700	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
8684--8740	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
12656--12726	20	3.6	19	81	7	63	38	16	14	30	1.89
12716--12754	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
15980--16004	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
15959--16025	33	2.0	34	91	2	109	34	11	16	37	1.85
16048--16177	19	7.8	18	70	29	110	36	17	12	33	1.87
16067--16155	13	5.9	13	72	27	70	33	17	13	34	1.89
16046--16175	32	4.0	32	97	1	242	35	17	12	34	1.87
16213--16254	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
25095--25124	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
25737--25778	18	2.4	18	84	4	50	59	0	2	38	1.10
26570--26596	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
26551--26614	33	2.0	32	84	9	85	28	15	15	40	1.88
27489--27514	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27471--27534	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
30264--30641	82	4.7	78	81	7	391	37	31	21	9	1.85
30453--30518	23	2.9	22	75	6	60	34	37	19	7	1.80
30249--30641	160	2.5	161	83	3	497	37	31	21	9	1.85
30541--30596	23	2.5	22	91	5	94	37	35	16	10	1.83
30847--31045	98	2.0	98	99	0	389	24	7	19	49	1.73
45892--46245	182	1.9	183	97	0	665	41	15	18	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46553--46609	20	2.8	20	86	5	71	33	15	12	38	1.85
50718--51476	42	18.0	43	83	4	868	14	30	18	37	1.90
51413--51518	42	2.5	41	86	6	133	16	28	19	35	1.93
52088--52153	31	2.1	31	88	5	98	39	19	24	16	1.92
52574--52939	82	4.6	81	85	2	465	38	30	21	8	1.84
52568--52939	160	2.3	158	83	5	480	38	30	22	8	1.84
53145--53359	110	2.0	110	97	0	403	25	6	17	51	1.69
55549--55585	3	12.3	3	94	0	65	37	0	29	32	1.58
62527--62581	20	2.8	20	88	0	74	34	10	21	32	1.89
65921--66258	154	2.2	154	78	7	348	38	17	16	27	1.91
67628--68083	152	3.0	150	78	11	394	33	8	8	50	1.63
70524--71083	155	3.6	155	78	6	506	27	15	17	40	1.89
74185--74209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74249--74311	32	1.9	33	93	3	110	26	22	12	38	1.90
75504--75539	10	3.7	10	88	3	56	91	0	8	0	0.41
75504--75539	16	2.3	15	90	9	63	91	0	8	0	0.41
76471--76694	113	2.0	112	83	6	283	33	14	13	38	1.85
77001--77230	44	5.3	43	67	18	143	23	18	13	44	1.85
76912--77231	88	3.6	88	81	0	354	24	19	13	42	1.87
79908--79959	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
86115--86171	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
86227--86294	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86248--86272	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
86229--86291	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
86314--86380	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
88832--88903	27	2.7	27	86	0	90	22	36	22	19	1.95
88858--89060	78	2.6	78	84	3	248	23	29	17	29	1.97
90102--90126	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
90179--90279	19	6.1	18	68	27	80	38	15	9	35	1.81
90171--90273	32	3.2	32	92	0	170	37	17	10	33	1.84
91497--91582	19	4.8	18	70	21	65	37	10	16	36	1.83
91518--91659	32	4.5	32	74	11	121	35	14	16	33	1.88
91634--91661	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
91614--91679	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
94772--95101	156	2.1	156	84	2	412	27	13	19	39	1.89
96649--96700	27	1.9	27	84	7	70	55	7	1	34	1.39
98799--98849	25	2.0	25	92	0	84	31	13	33	21	1.92
101654--101724	36	2.0	36	91	0	115	32	21	15	30	1.94
102437--102476	21	1.9	21	89	0	62	30	27	2	40	1.70
102968--103007	21	1.9	21	89	0	62	27	32	2	37	1.70
102119--103241	531	2.1	530	92	1	1883	35	17	8	38	1.80
105796--106314	264	2.0	264	93	0	896	25	22	20	31	1.98
107459--107489	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
111399--111446	16	3.1	16	90	3	71	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111405--111458	16	3.4	16	85	7	67	46	0	0	53	1.00
113546--113599	22	2.4	23	81	12	67	51	0	0	48	1.00
113548--113605	22	2.4	24	75	21	59	55	0	0	44	0.99
114048--114100	2	26.5	2	96	0	97	50	0	0	49	1.00
114276--114308	9	3.7	9	91	0	57	18	0	3	78	0.87
116906--116939	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
117638--117673	17	2.1	18	89	5	56	44	2	0	52	1.15
117901--117954	26	2.1	27	82	6	67	48	1	1	48	1.23
118109--118150	13	3.3	13	90	9	61	47	0	0	52	1.00
119192--119252	25	2.4	25	97	0	113	37	14	6	40	1.72
125492--125640	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
125629--125653	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
125694--125760	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
125716--125740	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
126558--126769	52	4.2	52	76	12	208	33	16	25	24	1.96
126665--126754	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
126760--126955	30	6.9	28	82	7	225	20	18	30	30	1.97
126760--126955	58	3.4	58	91	1	297	20	18	30	30	1.97
126940--126971	16	2.0	16	100	0	64	12	31	31	25	1.92
126912--127001	46	2.0	45	89	4	137	18	22	28	30	1.97
126956--127192	30	7.8	30	74	13	153	26	16	29	27	1.97
127034--127192	30	5.4	29	82	6	178	25	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127052--127162	57	1.9	57	87	3	161	21	18	29	29	1.97
128634--128699	1	66.0	1	78	0	69	0	7	3	89	0.58
128634--128699	23	2.9	22	86	6	87	0	7	3	89	0.58
128625--128697	33	2.2	33	90	5	110	0	6	5	87	0.66
128625--128700	35	2.2	35	92	4	127	0	6	6	86	0.69
132896--132921	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
134712--134737	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
134692--134753	33	1.9	32	87	9	90	29	17	17	35	1.93
134806--134873	33	2.1	33	88	0	100	36	14	13	35	1.85
136343--136367	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136423--136471	19	2.5	20	83	3	64	42	14	14	28	1.84
140874--141089	108	2.0	108	99	0	423	30	12	23	34	1.91
143749--143850	33	3.1	33	94	0	168	26	22	19	31	1.98
144625--144674	21	2.3	22	86	3	66	24	6	18	52	1.67
147203--147574	79	4.7	78	77	8	342	27	24	13	33	1.93
147203--147564	157	2.3	157	83	7	405	27	24	13	33	1.93
147531--147628	51	1.9	51	87	4	144	32	24	9	33	1.87
148814--148895	40	2.0	40	95	0	146	42	21	19	15	1.89
151802--151872	36	2.0	36	97	0	133	39	9	21	29	1.85
152566--152761	58	3.4	58	79	8	168	29	8	16	46	1.75
155276--155312	16	2.3	16	90	0	56	40	5	18	35	1.74
156052--156108	19	2.9	19	78	2	69	35	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157727--157761	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
159659--159723	33	2.0	33	87	6	96	35	15	13	35	1.87
159783--159871	18	5.5	18	67	32	76	42	12	16	28	1.84
159779--159882	31	3.4	31	100	0	208	42	13	15	28	1.85
159789--159881	12	8.7	11	70	29	69	41	12	16	29	1.85
160463--160504	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
168650--168724	19	3.9	19	92	1	114	38	18	14	28	1.90
168709--168735	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
171002--171248	97	2.5	97	84	0	350	29	10	29	29	1.91
172399--172435	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10