genome.fa.s61.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold61
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1437555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  8  of  10  ( 1115 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1175535--1175559	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1175568--1175696	52	2.5	52	94	0	231	36	17	17	28	1.93
1179568--1179593	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1179550--1179613	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1180051--1180117	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1181899--1182016	51	2.3	51	86	0	164	32	11	25	30	1.92
1181720--1182044	130	2.5	128	77	11	313	33	12	25	28	1.92
1181987--1182083	28	3.2	29	84	11	117	28	15	29	25	1.96
1182056--1182172	51	2.3	51	79	2	146	32	9	25	32	1.88
1182112--1182333	79	2.8	79	85	2	304	32	13	24	29	1.93
1182190--1182515	130	2.5	130	86	2	467	33	12	24	29	1.92
1182269--1182384	51	2.3	51	84	3	153	28	11	28	31	1.91
1182399--1182578	51	3.5	51	83	6	240	36	10	23	28	1.88
1182050--1182444	209	1.9	209	92	1	666	34	11	24	29	1.91
1183813--1183838	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1186054--1186098	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1187902--1187932	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1190012--1190037	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1192582--1192607	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1194836--1194866	13	2.4	13	94	0	53	38	12	19	29	1.89
1194817--1194886	33	2.1	33	89	5	106	40	14	20	25	1.90
1194848--1194904	20	2.8	20	83	0	69	43	17	17	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1197818--1198072	88	2.9	87	75	14	236	39	12	27	20	1.89
1197821--1198078	43	5.9	43	76	11	249	39	12	27	20	1.89
1198051--1198344	61	4.9	61	79	7	305	26	21	25	26	1.99
1198198--1198363	55	2.9	55	79	11	188	24	22	24	28	1.99
1198051--1198363	116	2.6	117	81	7	346	26	21	25	26	1.99
1198391--1198499	55	2.0	55	87	0	155	22	20	27	29	1.98
1198415--1199212	163	4.7	162	79	11	658	27	19	26	25	1.99
1198602--1198731	61	2.1	61	84	7	165	31	19	25	23	1.98
1198634--1198829	108	1.8	108	91	1	322	30	20	25	23	1.99
1198693--1198780	46	1.9	46	92	0	149	31	19	28	20	1.97
1198736--1199218	61	8.1	60	82	8	533	27	19	27	24	1.99
1198737--1199218	116	4.0	118	81	8	486	27	19	27	24	1.99
1198736--1199185	177	2.5	176	86	3	591	27	20	27	25	1.99
1205525--1205599	28	2.7	28	87	4	107	22	18	32	26	1.97
1205572--1205697	50	2.5	50	83	6	159	30	11	28	29	1.92
1205640--1205834	79	2.5	79	85	0	246	34	13	22	30	1.92
1205633--1205855	79	2.8	78	78	4	241	34	13	21	30	1.93
1205742--1206018	130	2.1	131	88	4	400	34	12	23	28	1.92
1205790--1205906	51	2.3	51	81	0	153	30	12	25	30	1.93
1205573--1205985	209	2.0	208	89	2	641	33	13	24	28	1.93
1205921--1206090	51	3.3	51	78	4	191	35	12	22	29	1.91
1208391--1208449	20	2.9	21	82	7	77	37	11	16	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1208430--1208460	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
1208391--1208498	53	2.0	53	83	3	137	38	13	17	29	1.89
1208411--1208475	33	2.0	33	93	0	112	36	13	18	30	1.90
1208391--1208498	20	5.8	19	72	18	75	38	13	17	29	1.89
1211373--1211625	88	2.9	85	74	16	237	39	12	26	20	1.89
1211345--1211631	43	6.5	43	77	12	253	39	13	26	20	1.90
1211604--1211902	61	5.0	60	78	7	295	27	21	25	26	1.99
1211734--1211921	55	3.3	55	79	9	196	24	21	25	29	1.99
1211609--1211916	116	2.6	117	81	6	318	25	22	25	27	2.00
1211944--1212799	61	15.0	55	72	17	242	26	20	28	25	1.99
1211968--1212803	163	4.9	163	79	11	650	27	19	27	25	1.99
1212188--1212383	109	1.8	109	92	1	331	31	19	23	25	1.98
1212291--1212832	61	9.1	60	84	7	642	25	20	29	24	1.99
1212325--1212799	237	2.0	232	85	5	643	25	20	29	25	1.99
1219143--1219217	28	2.7	28	87	4	107	22	18	32	26	1.97
1219190--1219315	50	2.5	50	83	6	159	30	11	28	29	1.92
1219258--1219452	79	2.5	79	85	0	246	34	13	22	30	1.92
1219251--1219473	79	2.8	78	78	4	241	34	13	21	30	1.93
1219360--1219636	130	2.1	131	88	4	400	34	12	23	28	1.92
1219408--1219524	51	2.3	51	81	0	153	30	12	25	30	1.93
1219191--1219603	209	2.0	208	89	2	641	33	13	24	28	1.93
1219539--1219708	51	3.3	51	78	4	191	35	12	22	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1222008--1222066	20	2.9	21	82	7	77	37	11	16	33	1.86
1222047--1222077	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
1222008--1222115	53	2.0	53	83	3	137	38	13	17	29	1.89
1222028--1222092	33	2.0	33	93	0	112	36	13	18	30	1.90
1222008--1222115	20	5.8	19	72	18	75	38	13	17	29	1.89
1224963--1225249	43	6.5	43	77	10	251	39	13	26	19	1.90
1225222--1225520	61	5.0	60	79	7	304	26	21	25	26	1.99
1225352--1225539	55	3.3	55	79	9	205	23	21	25	29	1.99
1225222--1225534	116	2.6	117	81	7	328	25	21	25	27	2.00
1225562--1226417	61	15.0	55	72	17	242	26	20	28	25	1.99
1225586--1226421	163	4.9	163	79	11	650	27	19	27	25	1.99
1225806--1226001	109	1.8	109	92	1	331	31	19	23	25	1.98
1225909--1226450	61	9.1	60	84	7	642	25	20	29	24	1.99
1225943--1226417	237	2.0	232	85	5	643	25	20	29	25	1.99
1232579--1232675	51	1.9	51	82	4	124	38	11	23	26	1.89
1232708--1232825	51	2.3	51	86	5	159	33	12	24	28	1.92
1232554--1232854	130	2.3	130	82	3	356	34	13	23	27	1.93
1232809--1232885	28	2.7	29	88	4	113	24	18	32	24	1.97
1232876--1232983	51	2.1	51	84	6	139	32	12	25	30	1.92
1232927--1233127	79	2.5	79	84	1	269	36	11	22	29	1.90
1232839--1233275	209	2.1	209	87	1	653	34	12	24	28	1.92
1232999--1233324	130	2.5	130	82	3	386	34	12	22	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1233077--1233193	51	2.3	51	82	2	155	31	11	25	30	1.92
1233212--1233352	52	2.7	51	84	2	192	38	10	19	31	1.86
1233208--1233374	51	3.3	51	81	3	183	35	11	21	30	1.90
1235713--1235743	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
1235694--1235758	33	2.0	33	100	0	130	40	13	18	27	1.89
1235674--1235781	53	2.0	53	87	3	155	40	13	16	28	1.87
1235674--1235781	20	5.8	19	75	18	102	40	13	16	28	1.87
1240604--1240700	22	4.6	21	77	5	97	29	34	3	32	1.73
1240659--1240770	55	2.1	54	93	1	188	36	28	4	30	1.77
1249176--1249229	20	2.7	20	88	0	72	33	16	16	33	1.92
1250592--1250630	14	2.9	13	85	14	53	82	17	0	0	0.68
1251870--1252005	70	2.0	69	85	5	188	21	31	11	35	1.89
1251870--1252005	35	4.0	35	83	6	165	21	31	11	35	1.89
1251972--1252025	27	2.0	27	96	0	99	24	37	12	25	1.91
1252070--1253431	49	27.8	49	79	8	1369	24	25	17	32	1.97
1252070--1253431	102	13.9	99	84	8	1403	24	25	17	32	1.97
1252070--1253322	354	3.7	348	86	6	1636	24	25	17	32	1.97
1254119--1254143	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1257386--1257416	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1257461--1257533	20	3.7	19	84	12	78	38	16	16	28	1.90
1259100--1259306	79	2.6	79	83	1	236	28	16	29	24	1.97
1259258--1259327	28	2.5	28	88	0	95	25	17	34	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1259340--1259702	52	6.9	52	72	10	204	32	11	25	30	1.92
1259317--1259538	52	4.3	52	78	8	202	31	10	26	31	1.90
1259521--1259596	27	2.8	28	86	6	102	22	19	32	25	1.97
1259207--1259707	263	1.9	263	88	1	754	31	12	27	29	1.93
1259351--1259702	51	6.7	52	72	14	242	32	12	25	29	1.92
1262064--1262089	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1262129--1262196	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1262151--1262175	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1262132--1262194	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1262232--1262308	21	3.7	21	91	3	120	36	16	11	35	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10