genome.fa.s61.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold61
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1437555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1115 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173860--173940	19	4.5	19	80	19	102	32	11	18	38	1.86
173900--173924	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
173881--173945	32	2.0	32	93	0	112	32	12	16	38	1.86
173986--174010	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173999--174144	52	2.8	50	85	8	202	35	19	17	28	1.94
187999--188081	11	7.6	11	74	17	75	83	10	6	0	0.81
188009--188081	22	3.3	22	87	11	105	84	10	4	0	0.74
187986--188081	20	4.5	22	82	11	103	83	11	5	0	0.80
187987--188090	17	6.3	16	75	14	88	82	12	4	0	0.81
187986--188078	1	93.0	1	70	0	51	83	10	5	0	0.79
189518--189837	29	10.7	29	78	8	238	28	28	16	26	1.97
189726--189883	28	5.6	28	84	7	178	35	28	15	20	1.93
189517--189883	56	6.2	58	72	13	196	30	28	15	25	1.96
189727--189883	84	1.8	85	84	10	214	35	28	15	21	1.93
189913--190291	48	7.8	49	83	4	460	24	25	17	31	1.97
189905--190282	197	1.9	197	87	1	551	24	25	18	32	1.97
191037--191093	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
191017--191114	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
191015--191112	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
191156--191180	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
191169--191314	52	2.8	50	84	8	193	36	18	17	28	1.93
194846--195582	28	25.2	28	79	8	552	23	16	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194851--195524	150	4.5	152	78	9	449	22	16	28	32	1.96
195566--195832	27	9.6	28	79	4	240	30	13	30	25	1.94
195616--195807	82	2.3	82	84	6	262	30	13	30	25	1.94
201953--202171	97	2.3	97	89	3	341	28	12	29	29	1.93
205101--205175	20	3.8	19	78	7	78	33	16	14	36	1.89
205221--205249	13	2.2	13	100	0	58	34	17	13	34	1.89
206005--206037	16	2.0	17	88	5	50	33	12	39	15	1.84
206504--206619	51	2.3	50	90	1	187	47	7	15	29	1.73
206552--206589	20	1.9	20	100	0	76	44	10	13	31	1.77
207693--208045	28	12.6	28	85	4	410	24	16	29	29	1.97
208278--208308	13	2.4	13	100	0	62	12	0	0	87	0.55
208278--208307	6	4.8	6	92	8	51	13	0	0	86	0.57
208860--208943	32	2.7	31	82	7	100	22	17	29	29	1.97
208891--209220	28	11.7	28	78	5	317	24	16	28	30	1.97
215169--215214	21	2.2	20	82	14	58	39	15	21	23	1.92
216105--216154	21	2.5	20	87	6	66	42	18	12	28	1.85
216823--217217	61	6.8	60	74	13	279	37	13	24	24	1.92
216963--217429	52	8.6	52	72	14	228	36	15	23	24	1.94
216897--217223	113	2.9	112	84	3	404	36	14	25	23	1.93
216912--217305	113	3.5	112	80	6	341	35	15	24	24	1.94
220164--220209	21	2.2	20	82	14	58	39	15	21	23	1.92
221117--221168	21	2.6	20	87	6	70	40	17	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221876--222150	61	4.6	61	72	11	239	37	13	23	25	1.92
221961--222231	113	2.4	113	83	3	330	37	15	23	23	1.93
222261--222406	52	2.8	51	77	7	152	36	16	22	24	1.94
223944--224016	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
223962--224037	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
223944--224037	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
224076--224101	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
230246--230299	27	2.0	27	88	0	81	22	27	14	35	1.93
230246--230362	61	1.9	61	87	3	173	22	29	12	35	1.91
230269--230332	34	1.9	34	83	3	85	18	25	12	43	1.85
230349--230790	32	13.8	33	76	6	254	29	29	17	23	1.97
230806--231200	32	12.3	32	75	8	286	30	29	18	21	1.97
231271--231465	52	3.8	53	77	6	168	27	22	14	36	1.92
231320--231484	52	3.2	52	77	10	169	26	21	13	38	1.90
231370--231498	52	2.5	53	82	3	163	26	19	15	38	1.91
231294--231524	104	2.2	104	80	7	256	25	22	13	38	1.91
231542--231804	113	2.3	114	78	3	289	25	21	14	38	1.91
234286--234398	52	2.2	53	90	1	174	24	17	15	41	1.89
234404--234515	51	2.2	52	80	4	127	26	26	11	34	1.91
234319--234522	112	1.8	113	88	1	311	25	24	12	38	1.90
234456--234584	60	2.2	59	85	5	170	24	23	13	38	1.90
239294--239422	61	2.1	61	82	4	161	34	13	27	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239375--239722	52	6.7	51	73	10	267	34	14	25	25	1.94
239375--239727	104	3.4	103	82	5	374	33	15	25	26	1.95
239375--239660	156	1.8	156	81	5	355	33	15	25	25	1.95
239824--239949	32	4.0	31	82	8	157	16	17	34	31	1.93
239824--239949	63	2.0	62	87	4	182	16	17	34	31	1.93
240120--240179	28	2.2	27	84	3	84	25	20	30	25	1.99
241207--241280	20	3.8	20	83	3	105	33	12	13	40	1.82
244635--244702	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
244637--244699	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
244656--244680	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
244742--244767	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
244722--244788	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
247189--247581	107	3.7	106	73	11	334	27	27	14	30	1.95
247298--247467	52	3.3	51	76	11	175	29	25	12	32	1.93
247131--247466	104	3.2	103	70	13	288	30	25	12	32	1.92
247451--247527	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
247129--247534	212	1.9	212	88	3	620	28	26	13	31	1.94
247481--247685	79	2.6	79	81	1	223	23	30	17	29	1.97
251533--251587	20	2.8	20	91	0	92	30	14	12	41	1.83
253936--254055	51	2.4	51	84	0	150	31	25	11	31	1.91
254042--254115	28	2.6	28	85	6	96	22	28	20	28	1.99
254098--254217	51	2.4	51	81	8	138	27	29	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254171--254375	77	2.6	77	79	7	227	27	24	13	35	1.92
260892--261020	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
260892--261040	52	2.9	51	90	4	228	30	17	18	33	1.94
261029--261053	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
261040--261098	21	2.8	21	100	0	118	33	10	16	38	1.83
261117--261214	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
261136--261192	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
261115--261212	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
261800--262164	52	6.6	55	74	14	232	36	13	24	25	1.92
261733--262143	227	1.8	228	87	5	618	36	14	24	24	1.92
262064--262798	49	15.7	48	82	10	882	33	17	24	24	1.97
262065--262804	92	7.9	92	92	2	1176	33	17	24	25	1.97
262117--262804	141	5.0	135	84	9	904	32	17	23	25	1.97
262809--263076	32	8.3	32	89	5	416	17	17	35	28	1.93
263078--263530	31	13.6	34	80	10	426	33	13	34	18	1.90
263083--263534	134	3.4	134	89	3	641	32	13	34	19	1.91
263515--263658	31	4.7	30	87	7	166	26	17	29	27	1.97
263763--263800	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
264661--264701	22	1.9	21	85	5	55	2	14	2	80	0.92
272129--272154	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
274373--274417	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
276221--276251	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278255--278334	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
278320--278358	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
278479--278525	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
278481--278523	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
280877--280902	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
281729--281877	52	2.9	52	89	2	228	31	17	17	33	1.93
281866--281890	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281933--282030	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
281952--282008	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
281931--282028	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10