genome.fa.s61.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold61
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1437555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1115 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636346--636384	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
636394--636418	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
636519--636544	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
636499--636566	33	2.1	32	86	13	95	32	17	16	33	1.92
644362--644394	15	2.1	16	88	5	50	48	24	3	24	1.65
648620--648998	189	2.0	188	84	5	489	35	16	10	36	1.84
652816--652868	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
659014--659078	20	3.6	20	73	26	81	24	16	12	46	1.82
659034--659091	13	3.9	13	73	26	53	27	18	13	39	1.89
659014--659091	33	2.4	33	100	0	156	25	17	12	43	1.85
661224--661260	17	2.1	18	90	10	58	40	13	16	29	1.86
661225--661288	32	1.9	32	87	6	92	45	15	14	25	1.83
662713--662759	19	2.5	18	83	10	58	25	6	12	55	1.61
664794--664830	13	2.8	13	87	0	56	37	16	13	32	1.87
664882--664937	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
664979--665115	53	2.6	53	91	1	220	26	15	18	39	1.91
665724--665776	20	2.7	20	91	5	81	30	18	15	35	1.92
665805--665857	19	2.7	20	76	23	67	35	16	18	28	1.93
665828--665892	33	2.0	33	84	3	87	41	15	12	30	1.84
668180--668231	20	2.6	21	76	14	56	40	0	23	36	1.55
672873--672903	3	10.3	3	92	0	53	29	32	0	38	1.57
672871--672909	9	4.3	9	90	0	51	25	30	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674483--674533	20	2.5	20	87	6	68	31	17	15	35	1.92
674562--674614	19	2.7	19	79	2	61	32	13	22	32	1.92
675992--676733	253	3.0	250	85	3	931	39	6	9	44	1.64
677693--677724	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
680192--680268	20	3.9	19	76	6	73	33	12	12	40	1.82
680192--680269	40	2.0	39	84	2	102	33	12	14	39	1.84
689643--689709	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
689663--689687	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
689752--689776	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
689785--689905	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
696824--696879	25	2.2	25	93	0	94	82	0	12	5	0.83
696854--696884	16	1.9	16	100	0	62	64	0	25	9	1.24
698197--698372	31	5.7	31	87	7	243	25	31	19	23	1.98
698352--698859	33	14.9	34	85	9	626	20	32	12	34	1.89
698352--698852	105	4.9	103	88	6	675	20	32	12	33	1.90
698931--699498	49	11.7	49	84	6	719	24	25	17	32	1.97
698931--699564	98	6.4	99	91	4	875	24	25	17	32	1.97
699276--699454	43	4.0	44	83	9	236	25	25	19	30	1.98
699228--699498	92	2.9	92	94	1	461	25	24	18	31	1.97
700424--700490	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
700444--700468	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
700533--700557	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700566--700686	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
708713--708784	11	6.8	10	80	10	72	86	9	2	1	0.74
708712--708765	12	4.6	12	86	11	76	88	11	0	0	0.50
708711--708783	22	3.0	24	84	11	87	84	10	2	1	0.78
708713--708765	23	2.3	23	93	3	90	88	11	0	0	0.51
708712--708772	1	61.0	1	76	0	59	88	9	1	0	0.58
710006--711466	29	50.9	29	90	2	2115	28	32	17	22	1.96
710006--711466	57	25.5	58	89	2	2115	28	32	17	22	1.96
710006--711466	86	17.0	87	89	3	2142	28	32	17	22	1.96
711954--712030	20	3.9	19	76	6	73	33	12	12	40	1.82
711954--712031	40	2.0	39	84	2	102	33	12	14	39	1.84
715656--715707	20	2.5	20	78	3	59	42	11	17	28	1.84
729949--729983	18	1.9	18	88	0	52	20	22	0	57	1.41
739177--739228	20	2.7	20	78	3	61	32	19	15	32	1.93
741522--741575	19	2.7	21	86	8	69	42	7	14	35	1.74
741905--742331	166	2.6	164	85	5	547	42	12	9	35	1.76
743737--744026	153	1.9	150	87	2	418	50	7	8	33	1.61
744903--745047	63	2.3	63	80	2	157	43	13	24	19	1.86
745431--745870	105	4.3	102	77	8	421	41	15	22	19	1.89
745728--745794	28	2.3	30	77	17	77	47	20	14	16	1.82
745509--745912	203	2.0	206	82	6	498	42	16	21	19	1.89
746473--746633	76	2.1	76	83	2	198	40	16	14	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753303--753371	20	3.5	19	82	9	93	42	11	14	31	1.82
753255--753429	90	1.9	91	87	3	255	40	11	16	31	1.84
757849--757873	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
757827--757893	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
763728--763801	21	3.6	21	80	10	73	39	10	18	31	1.86
763829--763903	20	3.7	20	83	3	87	32	12	13	42	1.80
771551--771609	12	5.2	12	73	22	65	37	13	16	32	1.88
771552--771609	20	2.7	21	89	10	82	37	12	17	32	1.86
771640--771701	19	3.6	19	69	24	64	33	16	12	37	1.87
771633--771701	32	2.2	32	100	0	138	34	15	13	36	1.87
773087--773436	153	2.3	152	80	5	375	41	16	14	27	1.88
773540--774228	166	4.1	165	85	5	843	42	14	10	32	1.79
775409--775458	14	3.6	14	78	5	57	64	8	2	26	1.32
775917--775958	21	2.0	21	85	0	57	61	0	9	28	1.27
781826--781916	33	2.8	33	90	6	132	23	2	5	69	1.21
781785--781919	15	8.4	15	66	18	51	20	2	5	71	1.19
782252--782283	17	2.0	17	88	11	50	62	12	21	3	1.43
782395--784521	42	51.0	42	73	12	1394	35	19	29	14	1.92
782411--784463	169	12.3	158	72	14	572	35	19	30	14	1.92
782401--784473	212	9.9	205	74	10	860	35	19	29	14	1.92
783960--784424	251	1.9	251	83	5	618	36	19	30	13	1.91
782395--784521	127	17.0	127	78	8	1464	35	19	29	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791649--791676	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
791630--791696	33	2.0	33	88	5	100	41	13	14	29	1.85
796968--796993	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
802203--802445	30	7.7	30	86	4	263	23	28	15	32	1.95
802202--802414	59	3.4	61	84	8	261	23	28	15	32	1.95
802202--802445	34	7.7	31	85	7	282	23	28	15	32	1.95
802199--802445	67	3.9	65	84	8	307	23	28	14	33	1.94
802447--802581	34	4.0	34	93	0	207	18	32	11	37	1.87
802515--802622	27	3.7	27	82	8	117	23	33	12	31	1.91
802363--802608	129	1.9	128	82	2	305	20	32	12	34	1.90
802515--802679	87	1.9	88	81	7	201	25	31	13	29	1.94
802724--803580	48	17.9	48	76	10	706	25	25	17	30	1.97
802777--803028	39	6.0	39	75	15	225	27	25	19	27	1.99
802729--803169	87	4.9	87	89	3	603	25	24	18	30	1.98
802729--803581	174	4.5	177	78	11	686	25	25	17	30	1.97
802990--803629	52	12.7	50	79	6	605	25	26	16	31	1.97
803007--803629	149	4.1	150	84	4	686	25	26	17	31	1.97
808737--808787	22	2.5	19	81	12	57	43	3	21	31	1.71
813434--813466	8	4.0	8	92	7	57	12	0	0	87	0.53
813435--813466	9	3.7	9	91	8	57	9	0	0	90	0.45
813434--813466	17	1.9	17	100	0	66	12	0	0	87	0.53
814521--814613	33	2.7	34	86	8	127	24	3	5	66	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822267--822320	19	2.8	20	88	2	74	27	14	20	37	1.92
822352--822416	33	2.0	33	84	6	87	33	16	15	33	1.91
828489--828542	20	2.7	20	100	0	108	35	14	18	31	1.91
828576--828601	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
830279--830323	16	2.9	16	87	6	58	40	4	6	48	1.49
831036--831086	20	2.5	20	96	0	93	35	15	9	39	1.81
831927--831984	18	3.2	18	80	7	64	32	12	13	41	1.82
832284--832362	35	2.2	36	77	20	87	22	15	8	53	1.69
840862--840905	20	2.3	20	85	11	58	70	4	0	25	1.06
841161--841201	19	2.2	19	91	8	66	19	21	9	48	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10