genome.fa.s61.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold61
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1437555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1115 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854148--854196	23	2.1	23	92	0	80	51	12	24	12	1.73
856255--856442	93	2.0	93	97	0	358	20	15	18	45	1.86
860861--860927	35	1.9	35	90	0	107	29	0	25	44	1.54
862065--862104	18	2.2	18	95	0	71	15	30	5	50	1.65
869390--869429	20	2.0	20	85	0	53	42	0	2	55	1.13
869386--869446	22	2.7	22	75	9	61	47	0	1	50	1.10
871527--871576	15	3.4	14	84	10	64	32	0	0	68	0.90
871534--871575	21	2.0	22	90	4	68	33	0	0	66	0.92
871949--872010	27	2.3	27	97	0	115	58	16	9	16	1.63
872435--872472	17	2.2	17	90	0	58	42	7	23	26	1.81
872551--872575	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
874531--874582	16	3.3	15	86	7	68	42	0	0	57	0.98
876802--876841	15	2.6	15	84	4	53	55	2	0	42	1.13
876835--876889	25	2.2	26	80	9	60	34	1	3	60	1.25
877678--877790	43	2.5	45	75	15	126	32	5	3	58	1.38
877621--878252	320	2.0	319	90	0	987	37	6	4	51	1.46
878496--878580	43	2.1	41	83	12	106	32	8	3	55	1.47
881758--881800	22	1.9	23	90	4	70	62	0	0	37	0.95
881758--881814	21	2.7	21	86	8	71	61	0	0	38	0.96
882071--882113	18	2.4	18	84	11	61	41	0	2	55	1.12
882124--882152	15	2.0	15	93	6	51	34	0	0	65	0.93
882828--882873	22	2.1	23	84	8	60	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882857--882893	14	2.6	14	86	0	56	48	0	0	51	1.00
883266--883725	168	2.8	167	81	4	491	38	8	17	35	1.80
884782--884806	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
887116--887147	12	2.7	12	100	0	64	56	15	0	28	1.40
888809--888853	21	2.1	22	91	4	74	37	31	0	31	1.58
889369--889402	18	1.9	17	88	5	50	26	11	29	32	1.92
890527--890567	19	2.2	19	86	8	57	51	21	0	26	1.48
896536--896587	20	2.7	20	88	8	72	28	11	17	42	1.84
896657--896681	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
898836--898877	20	2.1	20	86	0	57	45	9	16	28	1.79
899610--899635	11	2.4	11	100	0	52	19	7	26	46	1.77
900001--900420	166	2.5	164	80	5	445	27	10	7	54	1.62
901367--901425	22	2.7	22	89	0	91	42	13	32	11	1.81
903119--903499	155	2.5	155	83	4	462	26	17	18	38	1.92
908378--908449	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
908437--908782	52	6.6	50	67	16	146	32	12	26	29	1.92
908439--908782	104	3.3	102	69	12	273	32	12	25	29	1.92
908590--908664	27	2.8	26	91	6	114	24	21	33	21	1.97
908373--908774	212	1.9	212	87	4	587	31	13	26	28	1.94
911103--911157	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
911268--911324	21	2.7	21	94	0	96	36	21	10	31	1.87
912639--913260	73	8.6	73	72	9	333	25	26	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912854--913433	36	15.8	35	67	12	179	23	26	15	35	1.94
912885--913037	79	1.9	79	80	3	175	19	27	16	36	1.93
912628--913433	37	22.0	36	68	11	289	23	26	14	35	1.94
913190--913273	35	2.3	35	79	4	87	25	21	17	35	1.95
913217--913286	35	2.0	35	88	0	104	21	24	14	40	1.90
913502--913649	52	2.8	52	85	4	199	25	24	16	33	1.95
914424--914508	29	2.9	29	96	0	152	21	14	18	45	1.84
916867--917073	79	2.6	79	76	8	217	31	27	10	30	1.90
917102--917168	28	2.4	28	94	0	116	26	34	14	23	1.94
917206--917279	37	2.0	37	94	0	130	27	21	21	29	1.99
917265--917422	80	2.0	80	80	8	178	31	24	9	34	1.87
917275--917453	79	2.3	79	79	4	182	30	25	10	34	1.90
922174--922212	20	2.0	20	89	0	60	33	12	7	46	1.71
924309--924376	4	17.0	4	78	14	70	1	23	2	72	1.07
929938--930062	20	5.7	20	72	23	92	40	12	16	31	1.84
930828--931322	28	17.5	28	81	6	482	23	16	30	29	1.96
932568--932622	16	3.3	16	79	18	67	7	0	9	83	0.81
932568--932632	14	4.5	14	78	16	62	7	1	7	83	0.88
932568--932649	20	4.2	19	79	11	78	6	1	9	82	0.88
932583--932649	10	6.6	10	75	10	55	5	1	8	83	0.86
932568--932649	16	5.3	15	72	17	62	6	1	9	82	0.88
932585--932647	24	2.6	24	78	12	67	6	1	9	82	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932568--932649	31	2.5	32	76	9	85	6	1	9	82	0.88
946486--946542	20	2.8	20	94	0	96	43	10	15	29	1.80
948217--948246	15	2.1	14	93	6	51	26	0	0	73	0.84
949568--949610	19	2.2	20	84	12	54	81	0	16	2	0.79
951271--951300	11	2.7	11	94	0	51	0	13	33	53	1.40
951391--951453	17	3.8	17	74	22	62	33	15	14	36	1.88
951391--951454	33	2.0	30	88	8	92	34	15	14	35	1.88
951483--951537	19	2.8	20	86	5	76	36	20	14	29	1.92
951523--951549	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
951504--951568	32	2.0	32	90	3	103	41	16	16	24	1.89
951627--951676	20	2.5	20	100	0	100	30	18	12	40	1.86
952074--952103	14	2.1	14	100	0	60	53	13	6	26	1.64
954010--954036	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
955772--955797	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
955752--955815	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
955752--955815	32	2.0	33	87	9	96	28	14	17	40	1.88
957865--957907	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
958349--958387	13	3.0	13	88	0	60	38	15	15	30	1.88
964559--964584	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
964539--964602	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
964539--964602	32	2.0	33	87	9	96	28	14	17	40	1.88
968279--968318	21	1.9	21	89	0	62	25	10	7	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
970644--970703	13	4.9	12	75	17	61	38	11	16	33	1.85
970627--970706	36	2.3	33	89	6	115	37	15	15	32	1.88
971928--971992	4	16.8	4	73	17	57	3	24	0	72	0.99
972066--972245	74	2.5	75	82	4	219	55	8	1	35	1.40
975434--975562	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
975639--975690	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
975647--975711	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
975639--975709	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
976412--976523	52	2.2	52	90	3	172	36	15	25	23	1.93
976677--976761	31	2.9	31	78	18	101	18	17	29	34	1.94
976736--977028	29	10.0	29	88	3	435	23	16	31	29	1.96
976731--977027	59	5.1	59	94	0	515	23	15	31	29	1.95
976731--977230	34	15.9	34	78	15	340	27	14	32	25	1.94
978659--978740	20	4.2	20	76	4	78	0	2	15	81	0.79
978658--978731	27	2.8	26	84	13	91	0	4	14	81	0.84
978659--978742	9	9.1	9	74	10	62	0	2	16	80	0.81
978659--978740	31	2.8	29	85	14	107	0	2	15	81	0.79
978660--978738	5	15.8	5	77	21	51	0	2	16	81	0.81
986469--986534	33	2.0	33	87	0	96	25	16	15	42	1.87
989016--989074	28	2.0	29	87	9	84	30	32	13	23	1.93
989044--989265	52	4.3	52	82	6	227	30	26	11	31	1.92
989253--989324	28	2.6	28	86	4	92	22	34	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988873--989375	264	1.9	262	88	2	765	29	27	12	30	1.93
989279--989481	78	2.6	79	81	4	223	25	30	16	28	1.96
1001876--1001949	7	10.4	7	74	17	55	83	6	9	0	0.80
1001875--1001924	12	4.5	11	85	10	66	86	10	4	0	0.71
1002919--1003632	55	12.3	58	84	9	747	26	28	20	24	1.99
1002919--1003632	116	6.2	115	86	5	842	26	28	20	24	1.99
1004314--1004391	21	3.7	21	84	3	104	38	12	15	33	1.85
1004428--1004481	19	2.8	19	100	0	108	37	11	14	37	1.82
1004521--1004546	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1004501--1004566	33	2.0	33	87	0	96	25	15	16	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10