genome.fa.s64.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold64
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7997333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136136--2136177	19	2.2	19	87	8	59	47	0	0	52	1.00
2136202--2136243	22	1.9	23	85	9	61	59	0	0	40	0.97
2145430--2145502	12	6.6	12	73	19	52	60	0	0	39	0.97
2145422--2145511	29	2.9	31	71	21	82	62	0	0	37	0.96
2145468--2145513	13	3.6	13	88	2	67	65	0	0	34	0.93
2145468--2145513	19	2.4	19	85	10	67	65	0	0	34	0.93
2145422--2145514	31	3.1	29	77	13	91	62	0	0	37	0.96
2145418--2145519	41	2.6	39	75	14	102	60	0	0	39	0.97
2145698--2145781	12	7.4	11	75	16	64	64	1	2	32	1.14
2145694--2145758	23	2.7	23	86	11	78	66	0	3	30	1.07
2145752--2145793	18	2.2	20	87	12	61	54	2	0	42	1.13
2145748--2145797	21	2.4	22	80	16	61	56	2	0	42	1.11
2147585--2147621	2	18.5	2	91	0	56	43	2	0	54	1.14
2158959--2158996	19	2.0	20	89	5	60	86	2	10	0	0.66
2160057--2160101	23	1.9	24	86	4	65	22	0	2	75	0.91
2160962--2161000	13	3.1	12	85	10	51	43	0	2	53	1.14
2160964--2161016	26	2.0	26	82	7	63	43	0	1	54	1.11
2161663--2161688	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2161938--2161988	17	3.0	17	78	18	61	39	1	0	58	1.09
2162741--2162779	15	2.5	15	83	4	51	28	0	0	71	0.86
2166408--2166494	34	2.5	35	80	10	99	44	0	0	55	0.99
2167647--2167785	72	1.9	72	94	0	242	33	11	23	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170655--2170744	18	5.4	16	72	17	60	38	1	1	58	1.12
2170691--2170742	27	1.9	27	84	7	70	42	0	0	57	0.98
2170696--2170759	32	2.0	33	84	3	85	46	0	0	53	1.00
2171843--2171869	13	2.1	13	100	0	54	66	0	7	25	1.17
2172520--2172558	20	2.0	20	90	5	62	48	0	0	51	1.00
2172591--2172637	20	2.3	19	82	13	58	0	27	0	72	0.85
2172593--2172637	15	3.3	15	76	17	53	0	28	0	71	0.87
2172719--2172760	23	1.9	23	85	9	61	66	2	2	28	1.16
2176033--2176078	11	4.1	12	83	8	53	39	0	2	58	1.10
2180237--2180261	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2180261--2180294	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2181084--2181183	44	2.2	45	84	8	134	47	0	0	53	1.00
2181129--2181179	15	3.4	15	78	8	59	47	0	0	52	1.00
2181135--2181194	29	2.1	29	84	6	77	48	0	0	51	1.00
2181129--2181185	15	3.7	15	74	9	53	45	0	0	54	0.99
2184170--2184217	21	2.2	23	88	7	73	20	0	14	64	1.28
2184451--2184494	23	1.9	23	81	9	54	59	6	4	29	1.44
2184735--2184920	29	6.5	29	70	9	116	47	2	13	35	1.58
2184724--2184922	56	3.5	56	78	13	199	47	3	14	34	1.61
2187430--2187470	18	2.2	19	83	12	50	36	0	4	58	1.20
2188161--2188205	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2188620--2188651	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189050--2189100	2	26.5	2	88	7	70	52	1	0	45	1.12
2195569--2195620	2	26.5	2	84	3	70	48	3	0	48	1.20
2196315--2196369	22	2.5	22	82	8	67	41	10	7	40	1.68
2196376--2196441	34	1.9	34	84	6	89	59	4	7	28	1.45
2197071--2197098	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2197806--2197830	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2198787--2198817	14	2.2	14	94	0	53	41	0	9	48	1.36
2198787--2198817	16	1.9	16	93	0	53	41	0	9	48	1.36
2199729--2199757	5	6.0	5	92	8	51	37	0	0	62	0.96
2200890--2200938	18	2.5	20	83	9	66	44	0	2	53	1.12
2200900--2200938	20	1.9	21	89	5	62	46	0	2	51	1.14
2201987--2202029	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2208451--2208523	26	2.7	29	76	22	77	35	5	0	58	1.21
2208639--2208687	19	2.4	21	80	6	66	63	4	0	32	1.13
2208623--2208689	30	2.3	28	80	12	82	64	2	0	32	1.09
2209555--2209597	2	21.5	2	95	0	77	51	46	0	2	1.13
2211738--2211789	13	4.1	13	75	9	54	67	0	0	32	0.91
2211737--2211836	8	12.2	8	73	22	66	60	1	0	39	1.04
2213057--2213086	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2213105--2213129	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
2213650--2213697	13	3.6	13	78	21	55	66	0	0	33	0.92
2213648--2213719	9	7.9	9	69	18	51	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213681--2213743	16	3.8	18	75	23	59	52	0	0	47	1.00
2213663--2213725	23	2.7	24	80	7	67	60	0	0	39	0.97
2213692--2213743	14	3.4	14	73	19	50	50	0	0	50	1.00
2213690--2213743	16	3.4	16	78	19	67	50	0	0	50	1.00
2217090--2217124	18	1.9	18	94	0	61	62	0	0	37	0.95
2217066--2217120	17	3.5	15	77	22	60	69	0	0	30	0.89
2217571--2217622	14	3.6	14	76	5	59	48	0	0	51	1.00
2231531--2231565	2	18.0	2	88	5	54	51	2	0	45	1.16
2235004--2235044	19	2.2	19	90	0	64	31	2	2	63	1.20
2236147--2236310	86	1.9	87	96	1	303	33	7	6	53	1.54
2241521--2241561	21	2.0	21	85	9	57	41	4	0	53	1.22
2244699--2244757	26	2.2	27	78	6	66	40	0	0	59	0.97
2244729--2244767	13	3.1	12	85	10	51	41	0	0	58	0.98
2244730--2244765	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
2244673--2244803	70	1.9	69	82	4	165	44	0	2	53	1.13
2250194--2250250	18	3.6	16	78	19	57	49	0	0	50	1.00
2250231--2250274	9	5.0	9	83	5	54	50	0	0	50	1.00
2250193--2250273	30	2.5	32	82	13	87	50	0	0	49	1.00
2250232--2250271	21	1.9	21	89	0	62	52	0	0	47	1.00
2250220--2250274	26	2.2	24	90	6	83	50	0	0	49	1.00
2250196--2250284	26	3.5	24	77	17	76	49	1	0	49	1.08
2256417--2256448	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258736--2258813	15	5.3	16	71	20	55	60	0	0	39	0.97
2258749--2258805	24	2.5	22	74	20	55	61	0	0	38	0.96
2258731--2258826	18	5.4	17	73	19	63	58	0	0	41	0.98
2258784--2258826	15	2.6	17	89	10	63	51	0	0	48	1.00
2258694--2258823	28	4.9	28	67	18	80	57	0	0	40	1.09
2264741--2264791	16	3.3	15	77	5	57	58	1	0	39	1.09
2266462--2266508	22	2.2	21	78	14	51	51	6	2	40	1.39
2269186--2269307	13	9.5	13	68	16	76	58	0	0	40	1.04
2269185--2269307	5	25.4	5	67	19	66	58	0	0	40	1.04
2269183--2269310	20	6.2	22	73	23	86	58	0	0	40	1.03
2269183--2269304	11	10.7	11	71	18	81	58	0	0	40	1.04
2273101--2273162	21	2.8	20	80	11	52	50	1	1	46	1.20
2275720--2275749	14	2.1	14	100	0	60	40	6	23	30	1.80
2282606--2282639	3	11.3	3	87	0	50	61	2	35	0	1.11
2283064--2283103	21	1.9	21	89	0	62	65	0	0	35	0.93
2283237--2283289	14	3.7	14	85	5	70	22	0	0	77	0.77
2283232--2283292	29	2.1	30	87	3	88	26	0	0	73	0.83
2283236--2283294	15	4.1	14	82	6	64	22	0	0	77	0.76
2283140--2283392	132	1.9	132	86	7	363	34	3	1	60	1.20
2283420--2283452	15	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
2283738--2283775	20	1.9	20	88	0	58	50	10	0	39	1.37
2294506--2294558	17	3.2	17	73	23	51	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297559--2297591	14	2.4	14	100	0	66	30	6	27	36	1.81
2299419--2299467	19	2.4	21	80	10	57	44	0	0	55	0.99
2306459--2306496	15	2.4	16	82	8	51	23	2	0	73	0.95
2308896--2308948	27	2.0	27	85	14	74	24	24	9	41	1.84
2311527--2311682	9	17.3	9	70	18	76	60	0	0	38	1.01
2311532--2311669	22	6.3	22	64	23	67	60	0	0	39	1.02
2311510--2311594	37	2.2	36	80	15	91	62	1	2	34	1.16
2311532--2311679	58	2.7	54	75	12	151	60	0	0	39	1.02
2311531--2311682	7	18.2	8	69	21	66	60	0	0	38	1.02
2311634--2311680	19	2.5	18	83	10	58	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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