genome.fa.s64.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold64
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7997333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311795--2311849	17	3.4	17	70	25	55	41	1	0	56	1.10
2312206--2312268	24	2.6	24	84	2	72	49	0	0	50	1.00
2312267--2312318	14	3.3	15	78	13	52	51	5	0	42	1.25
2321499--2321551	27	2.0	27	85	14	74	24	24	9	41	1.84
2324143--2324213	22	3.4	21	72	16	58	57	0	0	42	0.98
2324125--2324293	82	2.1	83	79	11	188	60	0	0	39	0.97
2324131--2324287	7	19.5	8	69	23	75	60	0	0	39	0.97
2324235--2324284	20	2.5	21	83	9	68	64	0	0	36	0.94
2324216--2324282	10	6.5	11	73	15	54	62	0	0	37	0.95
2324374--2324484	32	3.0	37	73	18	106	44	0	0	54	1.06
2324399--2324453	17	3.4	17	70	25	55	41	1	0	56	1.10
2324376--2324474	23	4.2	24	68	15	64	43	1	0	55	1.06
2324373--2324518	71	2.1	69	80	13	165	43	1	0	54	1.14
2324811--2324873	23	2.7	24	78	14	69	49	0	0	50	1.00
2324811--2324875	24	2.8	23	75	15	62	47	0	0	52	1.00
2324872--2324923	14	3.3	15	78	13	52	51	5	0	42	1.25
2325296--2325334	17	2.4	17	86	4	53	53	2	0	43	1.14
2325365--2325429	29	2.3	27	80	15	69	52	1	0	46	1.10
2336159--2336233	23	3.3	22	75	16	64	58	0	4	37	1.17
2347005--2347040	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2347123--2347231	9	10.7	9	77	20	92	56	2	0	39	1.20
2347130--2347334	11	19.7	11	68	16	80	54	5	2	37	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347124--2347362	21	11.6	19	73	13	147	54	5	2	37	1.36
2347125--2347359	41	5.7	40	77	10	170	54	5	2	37	1.37
2347285--2347362	31	2.6	30	77	18	90	55	5	0	39	1.22
2347285--2347359	32	2.4	32	82	10	93	54	5	0	40	1.23
2347757--2347781	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2349459--2349493	7	5.0	7	89	0	52	71	2	0	25	1.00
2356985--2357041	2	28.5	2	78	7	62	52	0	5	42	1.24
2356972--2357041	35	2.0	34	94	2	122	51	0	8	40	1.33
2357101--2357171	35	2.0	35	97	0	133	32	14	7	46	1.71
2361309--2361350	15	2.9	14	80	16	50	59	0	0	40	0.97
2364091--2364247	69	2.3	69	84	2	199	38	11	33	16	1.85
2364227--2364566	141	2.4	142	80	4	341	42	11	29	16	1.83
2364158--2364565	72	5.8	70	76	8	303	41	10	30	16	1.83
2367372--2367436	31	2.0	33	88	11	100	53	1	0	44	1.09
2367392--2367438	15	3.1	15	77	17	53	59	0	0	40	0.97
2367393--2367443	23	2.4	22	78	15	54	56	0	0	43	0.99
2369750--2369837	32	2.7	33	81	10	101	45	0	0	54	0.99
2369778--2369839	20	2.9	21	79	13	63	40	0	0	59	0.97
2373983--2374033	21	2.5	21	71	9	52	54	0	0	45	0.99
2376109--2376152	23	2.0	21	87	12	63	50	0	0	50	1.00
2376106--2376161	22	2.4	25	77	17	66	53	0	0	46	1.00
2377571--2377617	23	2.1	21	84	7	58	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382866--2382915	25	2.0	25	88	0	73	38	12	18	32	1.87
2385540--2385576	18	2.1	18	89	0	56	2	37	2	56	1.28
2386524--2386669	11	14.0	11	67	16	55	56	1	0	41	1.13
2386607--2386666	21	3.0	20	81	13	61	65	0	0	35	0.93
2386607--2386678	11	6.3	12	71	28	52	63	0	0	36	0.94
2386610--2386683	8	10.4	7	73	17	64	64	1	0	33	1.02
2386633--2386685	14	3.8	13	79	20	54	66	1	0	32	1.03
2388915--2388941	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2390981--2391030	21	2.4	22	80	6	59	40	2	0	58	1.10
2391027--2391074	25	1.9	25	86	0	69	43	4	0	52	1.20
2391077--2391115	21	1.9	21	89	5	62	48	5	0	46	1.24
2391125--2391189	31	2.1	31	94	0	112	16	7	10	64	1.47
2398196--2398240	2	22.5	2	95	0	81	51	0	0	48	1.00
2399041--2399106	29	2.3	28	75	19	66	50	3	0	46	1.16
2399655--2399707	16	3.3	16	76	5	54	54	0	0	45	0.99
2400186--2400277	46	2.0	46	93	0	157	46	6	16	30	1.72
2400562--2400601	21	1.9	20	85	10	53	37	7	0	55	1.29
2400867--2400896	12	2.5	12	88	0	51	43	0	0	56	0.99
2402137--2402194	20	2.9	21	82	12	68	43	0	0	56	0.99
2408433--2408467	9	3.9	9	84	0	52	42	2	28	25	1.69
2415441--2415527	37	2.5	34	84	5	102	32	1	26	40	1.64
2415493--2415548	22	2.5	22	88	0	85	32	1	26	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417786--2417834	14	3.2	14	74	20	53	48	0	0	51	1.00
2417787--2417852	32	2.1	31	88	2	96	42	1	0	56	1.08
2420252--2420327	30	2.7	30	78	17	92	61	5	3	28	1.35
2421100--2421636	268	2.0	264	88	2	788	42	8	11	37	1.72
2422383--2422461	27	2.9	28	86	3	99	45	21	6	26	1.75
2426902--2426947	24	1.9	24	86	0	65	43	17	6	32	1.75
2426933--2427009	27	2.8	28	80	5	95	48	10	7	33	1.66
2427601--2427629	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2427629--2427654	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2428255--2428311	19	3.1	18	77	7	60	57	3	0	38	1.16
2428572--2428625	23	2.5	22	85	11	67	44	0	1	53	1.11
2428608--2428657	26	1.9	26	87	0	73	48	8	2	42	1.44
2433230--2433272	14	2.8	15	80	19	61	69	0	0	30	0.88
2433526--2433580	26	2.2	26	90	3	85	65	7	7	20	1.41
2433691--2433723	11	2.8	12	86	13	50	39	0	0	60	0.97
2434012--2434059	20	2.5	19	86	6	69	58	0	0	41	0.98
2433991--2434092	34	3.1	32	71	17	84	50	0	0	50	1.00
2434031--2434121	26	3.5	26	72	19	66	53	0	0	46	1.00
2436036--2436092	3	19.0	3	96	0	105	31	0	1	66	1.02
2436127--2436380	127	2.0	127	96	0	472	29	16	17	37	1.92
2436835--2436889	17	3.3	17	75	12	51	41	1	0	56	1.10
2436821--2436869	18	2.8	17	78	9	53	40	2	0	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2445319--2445351	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2451580--2451643	18	3.5	18	74	8	58	50	0	0	50	1.00
2452155--2452196	14	3.0	14	80	13	50	30	0	0	69	0.89
2454825--2454888	33	1.9	33	93	0	110	25	25	20	29	1.99
2456205--2456478	144	1.9	144	99	0	539	21	18	18	41	1.90
2456547--2456573	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2457851--2457890	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2462844--2462899	13	4.5	13	73	10	55	60	0	0	39	0.97
2462861--2462925	29	2.2	29	83	8	87	66	0	3	30	1.07
2462865--2462925	24	2.6	25	84	7	74	67	0	3	29	1.07
2462947--2462982	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
2462934--2462984	21	2.4	21	83	9	59	56	3	1	37	1.29
2463020--2463069	24	2.1	24	85	7	66	60	4	4	32	1.34
2463186--2463224	21	1.9	21	89	5	62	35	5	0	58	1.20
2463815--2463848	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2464515--2464552	13	2.9	13	88	0	58	0	15	0	84	0.63
2467833--2467864	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
2469100--2469136	7	5.3	7	100	0	74	45	40	0	13	1.43
2469091--2469136	21	2.2	21	84	7	58	50	32	0	17	1.47
2469133--2469157	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2469185--2469225	17	2.3	19	76	20	52	39	0	2	58	1.11
2472778--2472827	2	25.5	2	80	11	50	56	0	2	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476832--2476862	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
2477117--2477148	7	4.7	7	92	7	57	0	9	0	90	0.45
2477117--2477148	13	2.4	14	94	5	57	0	9	0	90	0.45
2478757--2478800	23	1.9	22	82	17	54	52	2	6	38	1.41
2478921--2478964	19	2.2	20	92	4	72	70	0	0	29	0.88
2481111--2481169	27	2.2	27	84	6	75	44	3	0	52	1.17
2485617--2485665	17	2.8	17	81	3	53	44	6	6	42	1.54
2485756--2485858	18	5.9	17	67	16	68	50	0	0	47	1.14
2485758--2485858	34	3.0	33	74	8	96	50	0	0	47	1.14
2486283--2486331	16	2.9	16	75	24	55	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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