genome.fa.s64.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold64
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7997333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7777794--7777952	82	2.0	80	80	5	176	36	22	6	34	1.81
7779610--7779659	24	2.1	24	85	7	66	26	10	32	32	1.89
7780300--7780455	77	2.0	77	100	0	312	34	17	14	33	1.90
7782246--7782406	78	2.1	76	82	10	193	24	16	19	39	1.92
7784754--7784934	98	1.8	98	85	2	256	23	20	15	39	1.91
7786234--7786302	29	2.4	29	83	9	79	31	11	20	36	1.88
7790375--7790757	191	2.0	191	98	0	748	42	18	14	23	1.88
7810359--7810391	12	2.7	13	90	9	52	36	3	0	60	1.12
7810529--7810614	35	2.5	34	81	12	88	47	0	2	50	1.14
7810529--7810592	17	4.1	15	80	13	60	50	0	1	48	1.10
7812221--7812251	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7812299--7812358	14	4.3	14	82	4	77	35	3	0	61	1.12
7812606--7812689	39	2.1	39	82	2	96	44	4	9	41	1.58
7812947--7813084	67	2.1	67	89	5	208	38	8	18	34	1.82
7816538--7817786	73	17.5	72	76	10	793	53	11	2	32	1.51
7816560--7816742	72	2.5	74	82	7	212	55	9	3	31	1.50
7816840--7817026	66	3.0	63	78	15	190	55	11	1	31	1.45
7816612--7817248	346	1.8	346	81	6	797	54	11	2	32	1.48
7816970--7818135	287	4.1	285	76	11	793	54	11	1	32	1.48
7817668--7817912	125	2.0	124	84	5	325	56	11	2	29	1.48
7817952--7818072	40	3.3	39	65	22	98	56	9	0	34	1.31
7817800--7818124	70	4.5	71	82	4	364	56	9	1	32	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818016--7818065	26	2.0	26	84	7	68	60	6	0	34	1.21
7818086--7818123	20	1.9	20	88	0	58	63	7	0	28	1.23
7817800--7818135	73	4.7	70	81	6	336	56	9	1	32	1.39
7818747--7818787	9	4.3	10	78	9	50	26	0	2	70	0.99
7819008--7819049	20	2.2	20	87	8	61	61	2	4	30	1.29
7819492--7819531	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7825584--7825673	45	2.0	45	100	0	180	31	26	4	37	1.76
7826418--7826500	35	2.4	35	81	0	94	30	10	16	42	1.83
7831056--7831149	35	2.7	35	88	0	125	27	9	20	42	1.83
7831422--7831489	35	1.9	35	100	0	136	45	17	19	17	1.86
7833628--7833723	45	2.1	46	82	1	113	25	17	21	35	1.95
7843655--7843689	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
7853891--7853984	48	2.0	48	86	0	134	38	11	15	34	1.84
7856751--7856792	22	1.9	22	90	0	66	21	11	26	40	1.88
7861528--7861581	22	2.5	22	87	0	81	22	14	20	42	1.88
7865611--7865646	17	2.1	17	94	0	63	38	19	19	22	1.93
7871398--7871439	20	2.1	20	95	0	75	66	0	0	33	0.92
7871454--7871502	16	3.0	17	72	22	59	51	0	0	48	1.00
7871470--7871559	7	11.5	8	67	23	50	52	0	0	47	1.00
7871464--7871561	17	5.4	19	78	10	82	53	0	0	46	1.00
7871496--7871560	2	35.0	2	75	14	50	53	0	0	46	1.00
7871432--7871526	32	2.8	32	84	10	102	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7871454--7871565	34	3.3	35	79	13	126	53	0	0	46	1.00
7871518--7871574	25	2.3	26	88	8	84	59	1	0	38	1.08
7872120--7872165	15	3.5	13	83	16	51	32	0	2	65	1.05
7872125--7872170	15	3.2	15	81	9	60	36	0	2	60	1.09
7872194--7872255	23	2.7	23	80	12	65	37	8	3	51	1.48
7873220--7873256	19	2.0	18	89	5	56	51	0	0	48	1.00
7873234--7873275	14	2.9	14	92	3	66	47	0	0	52	1.00
7873344--7873388	23	1.9	24	90	4	74	80	0	15	4	0.87
7873465--7873537	21	3.6	20	69	22	62	28	2	1	67	1.13
7873916--7874005	24	3.7	23	77	15	85	30	1	1	67	1.05
7873899--7874003	14	7.7	14	68	25	57	30	0	0	67	1.03
7874397--7874447	22	2.3	22	80	6	59	31	1	3	62	1.24
7875034--7875074	16	2.6	16	88	11	66	70	0	0	29	0.87
7875031--7875111	19	4.3	18	76	17	76	62	1	3	32	1.20
7881488--7881540	12	4.2	12	81	9	61	45	1	3	49	1.31
7881492--7881543	26	2.0	25	88	3	77	42	1	7	48	1.43
7881819--7881919	28	3.6	28	74	11	109	37	3	4	53	1.41
7881819--7881939	56	2.2	56	90	3	190	38	4	4	51	1.45
7881819--7881938	28	4.3	27	71	19	86	38	5	5	51	1.45
7885981--7886045	28	2.3	28	78	0	67	36	7	20	35	1.81
7888466--7888503	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
7889965--7890038	27	2.7	27	81	8	96	37	5	17	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7890067--7890118	26	2.0	26	88	0	77	38	9	17	34	1.82
7890141--7890204	28	2.3	28	81	5	67	45	9	14	31	1.76
7893865--7893890	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
7893843--7893910	33	2.1	33	88	2	102	32	11	19	36	1.88
7893942--7893994	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
7893982--7894006	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7896292--7896332	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
7896465--7896502	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
7902638--7902703	20	3.7	20	73	26	83	30	12	21	36	1.90
7902658--7902716	13	4.0	13	73	26	55	33	13	18	33	1.90
7902636--7902736	33	3.1	33	95	1	177	31	12	19	35	1.90
7905268--7905307	21	2.0	19	85	9	53	37	0	0	62	0.95
7905521--7905551	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
7910196--7910251	16	3.6	15	73	23	53	50	0	0	50	1.00
7910194--7910280	31	2.6	32	77	22	83	50	0	0	49	1.00
7910592--7910624	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
7912448--7912512	27	2.3	27	86	5	85	33	0	6	60	1.22
7912783--7912829	22	2.1	23	88	7	71	53	2	0	44	1.12
7912801--7912882	43	2.0	40	90	7	128	46	7	4	41	1.53
7913120--7913195	40	1.9	40	86	5	109	57	2	1	38	1.21
7913457--7913502	9	5.1	9	84	10	58	80	0	19	0	0.71
7913448--7913509	17	3.8	17	74	20	60	75	0	22	1	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7913518--7913546	12	2.5	12	94	5	51	24	0	0	75	0.80
7914572--7914628	24	2.4	25	82	11	75	45	1	1	50	1.22
7914572--7914638	26	2.7	26	79	9	68	47	1	1	49	1.19
7916587--7916625	19	2.2	17	86	9	51	35	0	2	61	1.10
7916583--7916635	26	1.9	29	85	11	76	37	0	1	60	1.08
7916583--7916642	27	2.1	29	82	11	72	40	0	1	58	1.08
7916610--7916648	17	2.3	17	81	0	51	43	2	5	48	1.38
7917025--7917081	21	2.7	21	94	0	96	31	10	17	40	1.84
7917137--7917204	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
7917158--7917182	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7917139--7917201	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
7917244--7917269	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7917224--7917290	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
7919755--7919924	52	3.3	51	79	12	186	29	24	12	32	1.93
7919939--7920108	52	3.3	51	79	12	186	29	24	12	32	1.93
7919724--7920136	184	2.2	184	97	1	776	27	25	13	32	1.94
7919807--7920056	132	1.9	132	81	8	303	27	24	14	33	1.94
7920092--7920168	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
7922393--7922453	9	6.7	9	74	9	52	39	0	1	59	1.08
7922412--7922468	26	2.3	25	87	6	71	45	1	1	50	1.22
7922460--7922502	21	2.0	22	86	8	63	39	4	0	55	1.20
7922735--7922768	15	2.2	16	89	5	52	35	2	2	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7923195--7923416	120	1.9	119	82	4	286	35	5	3	55	1.41
7923595--7923634	20	2.0	20	85	14	55	25	15	0	60	1.35
7927115--7927206	32	2.9	32	71	16	84	55	6	6	31	1.51
7927542--7927602	12	5.1	12	88	7	70	4	26	4	63	1.35
7927892--7927928	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
7928499--7928547	19	2.5	20	83	3	55	57	4	2	36	1.30
7929042--7929071	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
7931631--7931660	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7933821--7933853	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
7935083--7935108	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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