genome.fa.s64.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold64
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7997333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486332--2486426	50	1.9	50	80	8	113	55	0	0	44	0.99
2486389--2486444	12	4.6	11	78	22	51	66	0	0	33	0.92
2486396--2486446	26	2.0	26	85	14	72	62	0	0	37	0.95
2492095--2492172	39	2.1	39	83	9	101	52	2	1	43	1.23
2495123--2495161	2	19.5	2	89	10	62	46	2	0	51	1.14
2499666--2499697	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2504556--2504609	20	2.5	22	74	20	60	57	3	0	38	1.17
2505668--2505719	2	26.5	2	92	3	88	48	0	1	50	1.12
2505995--2506068	30	2.5	30	80	10	82	55	1	9	33	1.41
2506562--2506673	11	10.9	11	70	23	59	36	0	0	62	1.02
2506579--2506696	30	4.1	27	73	17	87	37	0	1	61	1.07
2510536--2510562	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2527588--2527636	2	24.5	2	95	0	89	46	0	0	53	1.00
2535224--2535255	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2535736--2535784	9	5.7	9	75	18	50	44	0	0	55	0.99
2535987--2536055	20	3.3	21	76	10	70	53	2	0	43	1.15
2536581--2536655	16	4.6	16	75	18	59	36	0	1	62	1.04
2536578--2536658	17	5.0	16	70	26	55	37	0	1	61	1.04
2536578--2536678	31	3.2	31	75	12	89	39	0	0	59	1.04
2537266--2537327	32	2.0	30	84	6	79	54	3	0	41	1.16
2538315--2538354	21	1.9	20	85	10	53	75	12	10	2	1.15
2538472--2538500	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538717--2538760	3	14.7	3	95	0	79	65	0	2	31	1.05
2539250--2539328	32	2.4	35	76	18	89	63	0	36	0	0.95
2539282--2539320	20	2.0	20	85	10	53	69	0	30	0	0.89
2539285--2539339	26	2.1	25	83	12	67	63	1	34	0	1.05
2539344--2539371	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2539360--2539422	27	2.3	27	75	5	65	52	6	1	39	1.37
2539548--2539589	20	2.2	19	86	4	57	30	2	0	66	1.04
2539560--2539601	12	3.5	12	78	21	52	33	0	0	66	0.92
2539642--2539705	31	2.0	32	88	8	96	35	9	4	50	1.56
2539851--2539890	20	1.9	20	85	10	53	37	5	5	52	1.45
2541607--2541679	33	2.2	33	97	2	137	67	2	0	30	1.05
2541607--2541658	6	8.2	6	77	8	50	73	1	0	25	0.94
2541622--2541675	16	3.3	16	69	5	54	61	3	0	35	1.14
2542023--2542137	41	2.8	41	75	11	103	53	3	0	42	1.17
2542114--2542179	30	2.3	29	92	5	107	60	4	0	34	1.17
2542984--2543036	14	3.8	13	78	11	52	71	0	3	24	1.02
2543629--2543679	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2543629--2543731	8	13.1	8	77	11	52	54	1	1	41	1.22
2543779--2543849	6	12.5	6	74	14	53	61	0	0	38	0.96
2543781--2543849	15	4.2	16	68	24	54	62	0	0	37	0.96
2543709--2543834	32	3.6	37	71	24	103	54	1	0	43	1.09
2543781--2543846	23	3.0	22	76	6	64	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543817--2543859	18	2.3	18	84	8	50	65	2	2	30	1.18
2543988--2544014	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2544188--2544233	2	23.0	2	90	0	74	45	0	2	52	1.13
2544635--2544666	14	2.3	14	94	0	55	43	0	0	56	0.99
2544613--2544666	23	2.5	21	82	11	56	44	0	1	53	1.11
2548267--2548301	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
2548599--2548696	45	2.2	44	89	5	151	43	5	13	37	1.66
2548753--2548802	26	1.9	26	84	8	66	48	0	0	52	1.00
2548858--2548906	21	2.2	23	79	13	59	40	0	0	59	0.98
2549814--2549878	2	35.5	2	76	22	63	49	0	1	49	1.10
2550302--2550333	2	16.0	2	93	0	55	3	46	0	50	1.17
2552074--2552104	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2554590--2554614	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2555362--2555401	21	2.0	20	90	5	62	47	7	0	45	1.31
2555977--2556019	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2558074--2558113	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2567084--2567120	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
2569156--2569247	45	2.1	42	88	7	132	38	22	7	31	1.82
2569511--2569560	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2571825--2571906	19	3.9	20	73	19	69	52	1	0	46	1.08
2571837--2571885	18	2.8	18	82	11	57	48	0	0	51	1.00
2571830--2571875	16	2.8	17	75	18	53	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571951--2571989	20	2.0	20	89	0	60	41	0	2	56	1.13
2572146--2572172	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
2586646--2586691	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2592858--2592908	9	5.2	10	81	13	54	56	0	0	43	0.99
2592867--2592908	9	4.4	9	88	11	66	59	0	0	40	0.97
2592858--2592907	20	2.5	20	96	0	91	58	0	0	42	0.98
2592904--2592950	16	2.9	16	75	12	51	53	4	0	42	1.20
2597050--2597085	15	2.4	15	90	0	54	58	5	0	36	1.22
2598269--2598303	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
2604051--2604084	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2604786--2604819	18	2.0	16	88	11	50	52	0	0	47	1.00
2604839--2604883	21	2.2	21	84	7	58	42	0	0	57	0.98
2604872--2604949	33	2.6	29	80	18	97	46	0	1	52	1.08
2604898--2604957	18	3.5	18	71	13	63	48	0	0	51	1.00
2604888--2604964	33	2.3	33	97	0	145	51	0	1	46	1.09
2604862--2604961	33	3.5	27	69	19	78	47	0	1	52	1.07
2605055--2605105	27	2.0	27	82	17	65	56	7	3	31	1.46
2605750--2605794	20	2.3	19	85	11	56	42	0	0	57	0.98
2605747--2605795	19	2.5	20	84	15	68	42	0	0	57	0.99
2605929--2606060	60	2.2	60	79	6	133	46	12	0	40	1.41
2605947--2606060	30	3.8	30	75	8	97	47	10	0	42	1.38
2606085--2606171	29	3.1	29	81	8	99	62	0	1	36	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606720--2606756	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2607529--2607574	16	2.9	16	73	0	56	34	4	2	58	1.30
2612809--2612845	3	12.7	3	88	5	58	32	0	2	64	1.07
2613390--2613441	25	2.0	28	85	11	74	55	0	1	42	1.10
2613764--2613802	20	1.9	20	89	5	60	61	0	2	35	1.10
2614122--2614168	20	2.3	20	82	10	60	65	2	4	27	1.22
2615493--2615532	16	2.4	17	83	4	55	40	0	5	55	1.22
2624837--2624905	34	2.0	34	100	0	138	27	17	20	34	1.95
2628337--2628368	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
2630274--2630307	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2631438--2631496	23	2.5	23	77	2	64	50	0	1	47	1.11
2631487--2631555	32	2.2	32	83	0	84	49	1	4	44	1.31
2631598--2631643	18	2.3	21	89	10	71	47	4	2	45	1.34
2632583--2632622	18	2.2	18	86	8	55	50	2	2	45	1.28
2632875--2632906	16	1.9	17	93	6	57	81	0	6	12	0.87
2632875--2632907	17	1.9	17	93	0	57	81	0	6	12	0.85
2632875--2632913	17	2.2	17	86	4	51	76	5	5	12	1.11
2633888--2633918	16	1.9	16	93	0	53	32	12	16	38	1.86
2634094--2634146	22	2.4	22	93	0	79	49	3	5	41	1.44
2634086--2634146	22	2.5	26	71	23	67	47	4	4	42	1.46
2634110--2634157	22	2.2	22	85	7	62	52	6	6	35	1.52
2634153--2634237	16	5.3	16	76	8	75	58	7	0	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636402--2636438	16	2.3	16	95	0	65	48	2	0	48	1.15
2636403--2636446	14	3.0	14	81	12	52	52	2	0	45	1.13
2637312--2637351	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2637748--2637788	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2637807--2637887	11	7.8	12	68	26	51	35	0	8	55	1.31
2637808--2637892	21	4.1	21	73	15	79	35	1	8	55	1.37
2638599--2638641	23	1.9	22	90	4	68	25	0	2	72	0.97
2638606--2638678	19	3.7	19	77	15	51	32	0	2	64	1.08
2638627--2638675	18	2.8	17	79	14	55	36	0	2	61	1.08
2639096--2639129	17	2.1	16	94	5	59	82	0	0	17	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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