genome.fa.s64.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold64
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7997333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   

This is table  43  of  45  ( 5312 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7581185--7581238	21	2.6	21	88	2	74	50	0	7	42	1.30
7581321--7581397	27	2.8	29	75	13	76	63	1	0	35	1.03
7581468--7581500	16	2.1	16	100	0	66	27	18	18	36	1.94
7585893--7586010	16	7.4	16	79	0	119	43	22	15	19	1.88
7585893--7586016	48	2.6	48	84	2	142	42	23	15	18	1.88
7586720--7586840	53	2.3	53	80	5	136	38	25	14	22	1.91
7586818--7586903	32	2.6	31	78	8	91	40	24	17	17	1.90
7586836--7586887	16	3.2	16	80	0	68	40	25	17	17	1.90
7586842--7586893	16	3.2	16	80	0	68	42	26	17	13	1.86
7587244--7587295	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
7594440--7594479	13	2.9	14	85	11	55	85	10	2	2	0.80
7598494--7598546	25	2.0	27	82	7	65	62	0	1	35	1.06
7598935--7598969	4	8.8	4	87	0	52	22	0	5	71	1.07
7599128--7599164	15	2.4	16	90	4	58	54	2	0	43	1.14
7600632--7600662	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
7600611--7600678	33	2.1	33	91	5	111	38	14	13	33	1.85
7601057--7601112	20	2.8	20	81	5	69	25	12	14	48	1.78
7601095--7601122	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
7601074--7601143	33	2.1	33	89	0	104	27	14	14	44	1.83
7603471--7603772	79	3.8	79	83	0	372	27	25	14	32	1.95
7603471--7603771	158	1.9	158	85	1	415	27	24	14	32	1.95
7603708--7603823	50	2.3	51	85	5	164	30	26	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7603812--7603881	28	2.5	28	81	9	81	22	34	17	25	1.96
7603683--7603983	157	1.9	158	80	4	358	27	27	13	31	1.94
7603868--7603984	51	2.3	51	83	0	153	30	27	11	30	1.91
7614879--7614955	20	3.9	19	72	14	66	29	11	12	45	1.78
7622001--7622053	16	3.2	17	82	15	67	73	9	11	5	1.24
7623389--7624300	27	33.3	28	86	6	977	24	31	15	28	1.95
7623389--7624295	82	11.0	80	85	5	1005	24	31	14	28	1.95
7623393--7624838	28	51.4	28	82	7	534	27	30	16	26	1.97
7624209--7624614	32	13.4	32	82	7	367	31	29	18	20	1.96
7624930--7625038	49	2.3	47	84	6	132	22	25	18	33	1.96
7625426--7625502	20	3.9	19	72	14	66	29	11	12	45	1.78
7629767--7629842	20	3.8	19	77	6	80	39	11	13	35	1.81
7629764--7629842	40	2.0	39	87	2	113	39	12	12	35	1.81
7630373--7631338	28	33.7	29	88	3	1315	22	17	31	28	1.96
7632560--7632610	11	4.6	11	83	16	61	1	5	9	82	0.91
7646610--7646684	39	1.9	39	86	0	105	37	13	14	34	1.85
7648686--7648742	26	2.2	26	100	0	114	50	21	10	17	1.75
7651227--7651273	13	3.5	13	83	13	60	82	12	2	2	0.84
7651736--7651760	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
7657897--7657966	16	4.3	16	80	17	74	38	18	14	28	1.90
7657904--7657950	13	3.4	13	91	8	67	38	14	14	31	1.87
7657904--7657966	33	2.0	29	88	11	90	38	17	14	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7658143--7658206	32	2.0	32	100	0	128	43	12	12	31	1.80
7659259--7659323	31	2.1	30	86	8	87	36	23	7	32	1.83
7660541--7660575	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
7660890--7660927	20	2.0	18	90	10	58	34	5	0	60	1.19
7660899--7660936	20	1.9	20	88	0	58	34	7	2	55	1.43
7660880--7660953	30	2.5	28	82	10	76	33	5	5	55	1.46
7661620--7661644	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
7661749--7661786	6	6.3	6	96	0	67	15	65	0	18	1.27
7662921--7663120	58	3.5	56	76	4	168	50	14	10	25	1.73
7663010--7663099	29	3.1	29	68	17	78	50	15	10	24	1.75
7665532--7665584	14	4.0	14	80	14	76	43	0	1	54	1.11
7665530--7665586	25	2.3	25	93	0	96	43	0	1	54	1.10
7665958--7665999	21	2.0	21	90	0	66	73	0	21	4	1.01
7666875--7666997	46	2.6	47	74	12	117	40	21	6	30	1.79
7667074--7667111	17	2.2	17	86	9	51	39	15	5	39	1.70
7669922--7669949	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7670040--7670097	28	2.1	28	100	0	116	43	12	13	31	1.81
7670776--7670855	15	5.4	14	73	15	63	41	1	0	57	1.07
7670793--7670855	22	2.8	22	75	15	65	42	1	0	55	1.09
7671303--7671372	28	2.5	28	84	9	97	54	1	0	44	1.09
7671875--7671966	29	3.0	28	72	22	69	59	0	0	40	0.97
7671958--7672003	20	2.4	19	89	10	67	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7673384--7673453	28	2.5	28	95	0	122	30	18	27	24	1.98
7673412--7674120	79	9.0	78	81	4	751	33	13	25	26	1.94
7673410--7674120	238	3.0	234	82	4	786	33	14	25	26	1.94
7673413--7674120	317	2.2	317	85	3	944	33	13	25	26	1.94
7673412--7674123	159	4.5	157	81	6	733	33	14	25	26	1.94
7688092--7688199	30	3.5	30	75	13	101	26	28	12	32	1.92
7688176--7688288	33	3.4	33	77	3	109	23	30	9	36	1.87
7688176--7688303	34	3.8	33	76	5	123	21	29	10	37	1.88
7688270--7688329	27	2.3	27	85	2	77	23	33	10	33	1.88
7688336--7688672	32	10.7	32	75	8	210	29	31	18	20	1.96
7688330--7688672	64	5.5	64	74	9	240	29	31	17	20	1.96
7688330--7688672	96	3.6	94	71	11	288	29	31	17	20	1.96
7688511--7688659	59	2.4	59	81	8	156	29	32	18	19	1.95
7688447--7688679	124	1.9	123	81	2	279	27	32	18	21	1.97
7688670--7688730	31	2.0	31	83	0	77	18	27	18	36	1.94
7688767--7689253	52	9.3	52	75	8	224	22	22	15	38	1.92
7688822--7689227	102	3.9	103	75	10	345	22	22	16	37	1.94
7689348--7689468	61	2.0	61	83	6	156	26	22	13	38	1.91
7690881--7690953	33	2.2	32	83	13	87	60	0	1	38	1.06
7690964--7691041	22	3.7	21	69	20	56	42	1	2	53	1.22
7693299--7693371	33	2.2	32	83	13	87	60	0	1	38	1.06
7693382--7693459	22	3.7	21	69	20	56	42	1	2	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7703605--7703657	3	17.7	3	92	7	90	67	0	0	32	0.91
7703601--7703664	9	6.8	10	87	8	75	68	0	0	31	0.90
7703813--7703865	21	2.5	20	77	16	54	69	1	3	24	1.15
7704287--7704696	148	2.8	148	82	3	500	25	20	18	35	1.95
7706237--7706341	4	27.8	4	85	11	141	50	21	0	26	1.55
7706237--7706319	18	4.7	18	91	2	125	50	25	0	24	1.49
7706237--7706341	18	5.3	21	82	14	118	50	21	0	26	1.55
7706319--7706362	2	22.0	2	85	0	61	50	4	2	43	1.35
7706241--7706355	22	5.1	22	85	4	122	50	19	0	29	1.53
7706245--7706362	18	6.8	18	82	7	109	50	17	0	31	1.53
7708119--7708165	25	1.9	24	86	4	67	70	10	2	17	1.26
7718921--7718961	21	2.0	20	90	4	64	51	17	12	19	1.76
7719914--7719939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7725686--7725731	23	2.0	23	91	0	74	45	10	8	34	1.70
7733040--7733121	32	2.6	32	82	0	92	45	15	19	19	1.86
7733650--7733680	16	1.9	16	93	0	53	25	12	35	25	1.92
7733919--7734057	73	1.9	74	83	7	185	36	13	21	28	1.92
7740543--7740592	20	2.4	21	86	3	66	40	14	12	34	1.82
7747619--7747980	145	2.5	145	78	7	403	35	10	21	32	1.87
7750506--7750558	20	2.6	21	90	3	81	33	28	15	22	1.94
7755650--7755705	18	2.9	19	81	7	60	55	3	0	41	1.17
7755811--7755861	26	2.0	26	88	7	77	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7755802--7755866	26	2.4	28	77	15	73	60	0	0	40	0.97
7761054--7761087	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7763212--7763324	57	2.0	57	98	0	217	15	9	22	53	1.70
7763440--7763474	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
7764303--7764338	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
7764508--7764540	17	1.9	17	100	0	66	18	3	0	78	0.87
7764542--7764572	13	2.4	13	94	0	53	80	0	0	19	0.71
7766689--7766745	28	2.0	28	93	0	96	29	19	5	45	1.72
7768139--7768594	236	1.9	235	94	0	804	37	14	14	33	1.86
7776631--7776724	47	2.0	47	95	0	170	28	15	18	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45