genome.fa.s70.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold70
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1110102

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325--456	52	2.5	54	78	12	139	31	26	9	31	1.89
3557--3628	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
3617--3961	52	6.6	51	70	13	191	32	12	25	29	1.92
3618--3961	104	3.3	102	70	12	284	32	12	25	29	1.92
3760--3844	27	3.1	27	86	8	111	25	21	30	22	1.98
3552--3955	212	1.9	212	88	4	618	31	13	26	28	1.94
3832--3958	51	2.4	53	82	10	161	35	10	22	31	1.88
6305--6330	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6284--6350	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
6317--6371	20	2.8	20	97	0	101	47	12	14	25	1.80
6390--6457	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
6412--6436	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6393--6455	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
6513--6569	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
7292--7912	55	11.3	55	93	2	995	21	20	29	28	1.98
8894--8965	1	72.0	1	73	0	54	0	6	6	86	0.72
8894--8930	14	2.6	14	95	4	65	0	2	10	86	0.67
8876--8966	25	3.5	25	75	14	78	0	10	6	82	0.84
21426--21497	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
21638--21712	27	2.7	27	87	2	96	22	21	33	22	1.97
21701--21826	50	2.4	51	82	11	166	34	11	23	30	1.89
21434--21821	212	1.8	211	89	4	613	30	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21486--21826	52	6.5	53	68	16	172	31	12	26	29	1.93
21476--21828	104	3.4	101	69	17	281	32	12	25	29	1.92
24176--24201	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
24155--24221	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
24241--24308	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
24263--24287	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24244--24306	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
24364--24420	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
32376--32513	73	1.9	73	86	3	197	45	7	18	28	1.76
36688--36734	2	23.5	2	95	0	85	51	0	2	46	1.13
39974--40021	16	2.9	17	78	6	53	35	0	4	60	1.16
40229--40344	60	2.0	58	82	9	141	44	1	4	49	1.32
40309--40366	21	2.6	22	81	10	64	36	1	5	56	1.32
40451--40515	3	21.0	3	87	6	94	35	0	0	64	0.94
41176--41214	16	2.4	16	82	0	51	43	7	12	35	1.72
41449--41474	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
42638--42700	32	2.0	31	84	12	83	39	15	15	28	1.89
44141--44165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45829--45859	9	3.4	9	95	0	53	25	0	35	38	1.56
50552--50696	72	2.0	72	95	0	263	29	23	14	32	1.94
51468--51537	35	2.0	35	100	0	140	17	14	17	51	1.77
51668--51773	21	5.0	21	70	21	87	35	5	24	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51668--51773	22	5.0	21	73	19	96	35	5	24	33	1.79
51668--51815	64	2.3	64	97	2	282	35	6	23	34	1.80
51744--51852	42	2.6	41	92	1	121	39	5	21	33	1.76
52508--52532	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
55409--55496	3	29.3	3	100	0	176	67	0	0	32	0.91
55977--56051	38	1.9	38	89	7	116	61	1	1	36	1.13
55994--56032	16	2.5	16	91	4	62	61	0	2	35	1.10
55978--56063	23	4.2	20	72	20	72	60	1	1	37	1.12
56017--56063	22	2.2	21	88	7	69	59	2	2	36	1.21
59914--60017	52	2.0	53	96	1	192	25	22	8	44	1.81
63972--63997	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
64949--65253	43	6.8	44	80	11	336	29	18	26	26	1.98
64949--65258	91	3.5	91	89	5	447	30	17	26	25	1.98
65085--65248	42	3.7	42	80	10	202	28	18	27	25	1.98
65275--65665	29	13.6	29	83	3	477	21	16	32	29	1.95
65275--65655	57	6.6	57	90	0	573	20	17	32	29	1.95
67093--67192	32	3.0	32	79	16	107	0	7	9	84	0.79
67106--67193	30	3.0	29	82	11	106	0	6	6	86	0.71
67107--67194	25	3.7	23	79	10	88	0	6	6	86	0.71
67095--67194	51	2.0	52	84	7	134	0	6	9	85	0.76
67106--67194	1	89.0	1	72	0	70	0	6	6	86	0.71
75171--75237	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80215--80241	13	2.1	13	100	0	54	29	22	14	33	1.94
80710--80776	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
86075--86128	21	2.7	20	77	8	65	35	14	12	37	1.85
86962--86993	15	2.1	15	100	0	64	46	0	6	46	1.27
87404--87443	18	2.3	17	86	4	53	42	0	5	52	1.23
89255--89492	97	2.5	97	92	0	397	30	13	28	26	1.94
91526--91624	20	5.7	20	69	30	100	38	12	15	34	1.84
91527--91659	33	4.0	33	96	0	230	36	12	14	36	1.83
91547--91637	13	5.9	13	69	30	56	38	13	15	32	1.86
91700--91724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91733--91860	52	2.5	52	98	1	249	33	17	17	31	1.93
93291--93321	11	2.8	11	100	0	62	93	0	6	0	0.35
94296--95188	54	16.4	54	84	8	1022	28	29	20	21	1.98
94302--95188	163	5.4	163	85	8	1086	28	29	20	21	1.98
94302--95169	217	4.0	217	86	8	1132	28	29	20	21	1.98
96899--97005	48	2.2	48	91	1	178	15	25	11	47	1.79
98559--98733	53	3.3	53	76	10	151	29	26	11	33	1.91
134607--134731	49	2.5	51	92	6	211	31	16	17	34	1.93
134740--134764	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
134824--134909	13	5.9	13	75	21	82	31	15	13	39	1.86
134841--134887	15	3.1	16	73	20	55	29	14	12	42	1.83
134822--134922	32	3.2	32	90	9	165	30	14	12	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134865--134922	19	3.4	19	68	31	58	29	15	12	43	1.83
137989--138044	20	2.8	20	83	0	67	32	10	16	41	1.82
137979--138117	71	2.0	71	89	0	215	29	13	12	43	1.82
138061--138137	20	3.8	20	77	6	84	32	12	11	42	1.80
140634--140753	61	2.0	61	83	6	154	34	14	10	40	1.80
151819--151976	28	5.3	30	83	8	101	24	17	29	28	1.97
151868--152116	28	8.8	28	86	2	327	22	16	31	29	1.96
153432--153568	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
153538--153608	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
154774--154844	8	8.9	8	75	9	65	2	2	11	83	0.87
154796--154825	11	2.7	11	100	0	60	0	0	10	90	0.47
170507--170592	16	5.4	16	75	8	59	22	3	12	61	1.46
170590--170636	22	2.2	21	84	3	58	40	6	8	44	1.60
170808--170886	33	2.4	33	97	0	149	29	6	15	49	1.69
170808--170886	16	4.8	17	76	6	81	29	6	15	49	1.69
171959--171991	14	2.3	15	89	5	50	54	21	3	21	1.58
172218--172263	24	1.9	24	86	8	67	47	0	0	52	1.00
172453--172486	16	2.1	16	88	0	50	47	0	0	52	1.00
177820--177872	25	2.1	25	83	16	65	37	0	0	62	0.96
178028--178069	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
178334--178397	2	32.5	2	81	9	60	40	6	3	50	1.43
179096--179126	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179166--179197	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
179558--179595	19	2.0	20	84	5	51	44	0	2	52	1.14
179733--179762	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
180405--180457	29	1.9	29	85	11	76	41	0	3	54	1.18
181539--181576	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
183600--183710	43	2.6	43	84	2	145	45	15	31	8	1.75
184505--184576	20	3.5	20	84	3	81	44	11	13	30	1.79
186929--186975	13	3.4	14	82	11	62	61	0	0	38	0.96
186936--186977	15	2.7	15	82	13	50	64	0	0	35	0.94
188649--188724	33	2.3	33	82	8	100	46	3	1	48	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7