genome.fa.s70.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold70
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1110102

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807232--807416	92	2.0	93	87	5	264	27	25	16	30	1.97
807232--807414	48	4.0	44	83	7	215	27	25	16	30	1.97
807739--807867	52	2.5	52	94	0	222	33	18	17	30	1.95
810719--811133	208	2.0	207	93	0	704	25	26	21	26	1.99
814092--814321	33	6.9	34	77	12	219	21	33	11	33	1.89
814194--814254	28	2.2	28	91	2	97	21	36	13	29	1.91
814220--814340	36	3.5	36	77	16	130	22	38	10	28	1.87
814328--814482	33	4.8	32	88	4	231	29	30	18	20	1.97
814327--814482	64	2.4	65	88	2	235	29	31	18	20	1.96
814487--814853	43	8.1	43	79	11	394	25	25	18	29	1.98
814488--814897	92	4.4	92	92	2	651	25	25	18	30	1.98
814807--814929	52	2.3	55	83	5	162	26	24	13	36	1.92
814976--815466	49	10.2	49	78	11	498	24	25	17	31	1.97
815080--815457	43	8.1	43	76	14	256	25	25	18	30	1.98
815031--815466	92	4.6	92	83	8	491	25	25	17	31	1.97
815308--815457	52	2.9	52	92	0	255	22	25	18	34	1.96
816320--816409	13	5.9	13	71	28	63	36	13	16	33	1.88
816299--816364	20	3.7	20	71	26	74	34	10	18	36	1.85
816333--816428	19	5.6	19	69	28	81	35	12	16	35	1.87
816300--816430	32	4.0	33	95	1	221	35	11	16	35	1.85
816472--816496	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
816352--816668	152	2.1	152	98	0	616	37	15	11	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816505--816561	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
816518--816580	19	3.6	19	74	24	75	34	12	15	36	1.86
816504--816582	32	2.5	32	97	0	149	35	12	15	36	1.85
816624--816648	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
816639--816785	52	2.8	50	86	6	195	35	18	14	31	1.91
818891--818944	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
820105--820144	19	2.2	19	86	4	55	45	0	2	52	1.14
820105--820156	18	2.8	19	80	13	56	38	0	5	55	1.24
820502--820537	16	2.1	18	90	10	58	63	0	5	30	1.17
824440--824491	2	26.0	2	88	0	77	50	5	0	44	1.26
828367--828406	19	2.1	19	100	0	80	42	5	25	27	1.75
833716--834149	152	2.8	150	80	10	470	23	17	19	39	1.92
866584--867022	154	2.8	153	82	8	493	38	19	17	24	1.92
868866--869427	165	3.4	164	76	7	394	48	9	11	30	1.70
870494--870855	86	4.2	85	75	8	306	43	13	23	18	1.86
870708--870858	42	3.6	42	72	5	135	47	13	22	17	1.82
870444--870858	86	4.9	84	75	8	227	43	13	24	18	1.86
870923--871305	47	8.3	46	78	8	307	39	15	23	21	1.91
871137--871305	90	1.9	88	85	2	212	40	13	24	21	1.89
871322--871411	36	2.5	36	82	10	112	43	11	20	25	1.84
871455--871595	35	4.1	35	77	9	126	41	9	25	22	1.85
871360--871526	88	1.9	87	83	3	219	40	11	22	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871688--871815	36	3.6	36	79	2	143	43	10	23	21	1.84
871783--871919	52	2.6	52	89	1	202	37	11	22	27	1.89
871871--872015	35	4.2	35	78	1	157	40	10	25	24	1.87
872028--872582	81	6.9	81	80	3	541	37	14	28	20	1.91
872011--872578	162	3.5	160	80	1	604	36	14	28	20	1.92
872022--872593	243	2.4	242	81	5	640	37	14	28	20	1.91
873001--873246	88	2.8	87	85	4	316	26	13	28	31	1.94
873001--873246	87	2.8	87	84	5	307	26	13	28	31	1.94
873454--873614	81	2.0	81	80	2	180	45	9	18	26	1.81
873954--873988	16	2.2	15	90	10	52	0	0	17	82	0.66
874601--874639	17	2.4	16	91	4	60	0	7	2	89	0.56
874611--874637	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
875994--876102	32	3.5	32	75	9	109	44	35	11	8	1.70
876019--876104	16	5.4	16	73	8	68	44	34	13	6	1.72
875997--876116	16	7.6	16	69	14	52	43	35	13	8	1.74
879085--879124	20	2.0	20	95	4	73	30	10	15	45	1.78
879167--879192	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
881423--881790	155	2.4	156	76	12	355	40	19	15	24	1.91
883110--883150	22	1.9	21	95	5	73	7	4	12	75	1.16
885380--889120	747	5.0	747	99	0	7421	36	13	21	29	1.91
891533--891589	21	2.7	21	94	0	96	14	21	36	28	1.92
891587--891881	28	10.6	26	76	11	148	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891575--891875	84	3.6	84	82	2	356	26	16	25	30	1.96
891575--891881	56	5.5	55	78	5	312	27	15	26	30	1.96
893094--893131	18	2.2	18	90	9	62	5	0	13	81	0.85
912040--912073	14	2.4	14	90	9	52	61	8	2	26	1.40
916237--917266	28	36.2	28	82	6	1055	22	17	30	29	1.97
916237--917266	86	12.1	84	81	6	1055	22	17	30	29	1.97
916499--916643	77	1.9	77	85	0	200	27	17	25	29	1.97
917222--917284	32	2.0	32	84	6	83	26	19	26	26	1.99
917294--917525	27	8.5	27	77	6	164	33	13	27	26	1.93
917294--917551	54	4.7	54	76	4	189	32	13	27	25	1.94
918815--918888	22	3.3	23	72	12	73	6	12	9	71	1.30
918815--918861	23	2.0	23	84	8	60	6	10	8	74	1.22
925267--925312	9	5.1	9	86	0	56	2	17	0	80	0.81
925252--925312	27	2.3	27	82	5	70	6	16	1	75	1.09
925268--925304	15	2.2	18	86	13	53	2	16	0	81	0.81
926168--926205	16	2.4	16	100	0	76	42	5	10	42	1.62
926944--927128	94	2.0	94	90	3	291	34	14	11	39	1.82
930702--930920	119	1.8	119	83	2	287	45	10	4	39	1.58
930817--931274	216	2.1	216	83	0	576	46	7	8	37	1.63
931570--931602	15	2.1	16	88	5	50	57	6	3	33	1.38
932651--932676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
932631--932694	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934761--934803	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
935244--935282	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
941417--941442	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
942163--942240	20	3.9	20	85	6	104	33	15	11	39	1.83
946042--946138	22	4.4	23	73	7	76	50	5	11	32	1.60
947042--947093	23	2.4	22	82	17	65	21	1	9	67	1.29
947814--947856	16	2.5	17	82	17	54	27	6	4	60	1.43
948070--948155	39	2.2	39	100	0	172	44	17	6	31	1.75
948725--948793	36	1.9	35	85	2	93	56	4	4	34	1.39
953592--953618	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
954480--954509	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
954897--954975	20	3.9	19	70	18	52	46	1	1	50	1.17
955003--955056	26	2.1	27	82	6	67	50	0	1	48	1.11
957192--957225	16	2.1	17	88	5	52	44	2	2	50	1.32
957985--958021	16	2.4	15	90	4	56	72	0	5	21	1.04
959251--959778	165	3.2	163	85	4	685	30	7	9	52	1.62
960209--960244	9	3.9	9	85	7	54	80	2	11	5	0.98
960208--960244	19	1.9	19	100	0	74	81	2	10	5	0.96
961161--961608	174	2.5	175	85	4	564	43	9	8	38	1.69
961784--961823	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
961861--962283	153	2.7	151	79	7	431	24	13	21	40	1.89
967519--967573	24	2.3	23	81	9	67	32	7	20	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
972051--972077	10	2.7	10	100	0	54	37	22	0	40	1.54
975066--975413	152	2.3	151	79	5	380	33	5	7	54	1.51
975481--975526	22	2.1	22	84	4	58	47	2	0	50	1.13
977406--978406	153	6.4	154	76	7	705	28	17	17	37	1.92
977551--978383	324	2.6	311	79	7	862	28	17	17	36	1.93
978129--978465	153	2.2	153	79	2	347	29	16	16	36	1.92
983492--983526	14	2.5	13	86	13	52	42	17	14	25	1.86
987166--987192	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
987177--987269	19	4.8	19	90	1	141	32	18	9	39	1.83
987127--987230	51	2.0	53	86	3	149	30	17	13	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7