genome.fa.s70.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold70
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1110102

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 819 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189986--190027	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
191790--191830	21	2.0	21	86	9	59	36	2	0	60	1.10
192126--192179	19	2.7	20	80	11	56	72	3	1	22	1.10
192121--192179	29	2.0	30	87	9	86	69	3	3	23	1.19
194099--194126	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
194400--194437	11	3.2	12	85	11	51	0	13	2	84	0.73
194786--194825	14	3.0	14	85	7	57	57	0	0	42	0.98
194761--194815	23	2.3	24	79	17	62	49	1	1	47	1.23
196760--197179	153	2.7	152	84	7	512	32	6	9	51	1.59
197290--197331	5	8.6	5	86	5	59	52	0	2	45	1.13
199365--199417	20	2.6	21	87	3	72	41	13	13	32	1.82
199478--199548	31	2.2	32	90	2	108	28	15	16	39	1.89
201174--201238	33	2.0	32	88	8	96	33	15	13	36	1.87
201301--201342	14	3.0	14	96	0	75	23	21	11	42	1.86
201806--201891	35	2.6	33	80	12	104	31	13	22	32	1.93
204612--204684	36	2.0	36	100	0	146	38	8	19	34	1.81
210589--210941	52	6.8	52	68	11	220	28	27	12	32	1.92
210755--210967	51	4.1	49	79	8	201	29	24	12	33	1.92
210581--211083	262	1.9	262	92	1	839	28	27	12	32	1.93
210989--211236	79	3.2	79	77	2	275	27	26	14	31	1.95
210909--211105	107	1.8	108	80	5	238	26	25	15	31	1.95
218328--218356	13	2.2	13	100	0	58	27	6	17	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224417--224471	25	2.2	25	83	0	65	78	3	12	5	1.06
224405--224532	17	7.1	16	70	25	55	75	3	14	6	1.13
225031--225329	112	2.7	112	81	5	345	36	12	12	38	1.81
225128--225366	112	2.1	112	81	3	266	35	14	12	37	1.84
225720--226059	44	7.7	44	74	9	219	26	18	12	42	1.85
225720--225997	132	2.1	132	83	3	344	26	17	12	43	1.85
225720--226039	132	2.4	131	79	6	308	26	18	12	42	1.85
225847--226061	88	2.4	87	88	1	295	25	19	13	42	1.87
225847--226092	88	2.8	88	85	2	244	25	19	12	43	1.85
226082--226143	24	2.6	24	86	0	88	16	9	14	59	1.60
226136--226387	83	3.0	84	74	4	211	25	16	13	44	1.85
226799--226985	60	3.1	61	80	6	177	19	19	17	43	1.88
226870--226989	60	2.0	60	90	3	188	19	19	16	45	1.86
227632--227807	76	2.3	76	80	8	180	23	19	13	43	1.86
228693--228802	41	2.6	43	79	4	143	19	15	15	50	1.79
228768--229312	206	2.6	204	81	5	589	19	22	13	44	1.85
228979--229160	82	2.2	81	82	4	206	18	21	12	47	1.82
229064--229308	125	2.0	122	80	4	276	20	22	13	43	1.87
229573--230063	206	2.4	207	79	5	492	18	22	15	43	1.87
229961--230260	150	2.0	146	79	11	322	17	21	17	44	1.87
230193--230368	72	2.4	73	80	8	198	14	18	22	44	1.86
230582--230720	43	3.2	42	79	4	143	20	20	17	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231696--232275	152	3.8	153	80	8	608	33	6	7	52	1.55
232188--232251	24	2.8	22	73	17	60	42	3	1	53	1.26
234384--234700	144	2.3	138	80	5	350	28	14	18	38	1.90
235886--235934	13	4.2	13	75	24	63	32	12	18	36	1.88
235865--235934	33	2.1	34	89	7	108	32	12	20	34	1.90
253869--253894	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
254767--254816	15	3.3	15	77	0	55	20	40	0	40	1.52
254767--254825	30	2.0	30	86	0	82	20	44	0	35	1.52
254897--254954	30	1.9	30	86	6	82	27	44	1	25	1.64
255408--255477	25	2.7	26	73	4	70	54	15	5	24	1.63
261514--261705	102	1.9	101	81	5	235	36	11	23	28	1.90
263154--263192	21	1.9	21	89	5	62	43	12	23	20	1.86
268875--269134	128	2.0	128	97	0	493	33	19	16	30	1.94
276923--276969	13	3.7	13	91	2	69	25	0	4	70	1.05
278011--278051	12	3.3	13	83	6	50	0	26	0	73	0.84
280116--280402	84	3.5	81	77	8	269	44	15	22	17	1.85
280279--280399	42	2.9	43	69	14	117	44	13	23	18	1.85
280154--280402	83	3.0	83	79	8	274	43	15	24	16	1.87
280774--280876	44	2.4	42	80	9	100	36	16	26	20	1.93
281741--281766	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
284309--284347	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
286426--286456	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288260--288304	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
290522--290547	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
290936--291348	44	9.4	44	69	7	230	39	15	24	20	1.91
290930--291373	132	3.4	132	82	2	493	39	14	24	21	1.91
291386--291490	54	1.9	54	94	0	183	42	11	26	19	1.85
291439--291615	35	5.2	34	76	11	168	41	13	22	22	1.88
292314--292514	75	2.7	76	78	4	210	44	12	15	27	1.83
293148--293285	44	3.2	44	71	13	122	44	15	17	22	1.85
293174--293245	20	3.5	20	72	10	63	44	13	15	26	1.84
294219--294252	11	2.9	12	86	8	52	5	17	2	73	1.16
294600--294644	22	2.1	21	84	8	56	2	15	4	77	1.02
294617--294656	12	3.2	12	85	3	53	2	10	2	85	0.80
312492--312522	16	1.9	16	100	0	62	32	12	22	32	1.92
312491--312537	20	2.3	21	85	3	69	31	10	21	36	1.88
315212--315255	23	2.0	23	90	4	72	27	0	2	70	0.99
315578--315693	21	5.5	21	92	0	178	35	9	21	33	1.86
317128--317189	30	2.0	31	84	12	83	43	14	3	38	1.62
318494--318569	20	3.8	20	86	6	91	35	14	14	35	1.87
331317--331367	8	6.6	8	84	10	63	88	11	0	0	0.52
331313--331391	11	7.0	11	77	16	74	83	12	2	1	0.81
331323--331391	20	3.2	20	87	8	93	84	11	2	1	0.81
331323--331380	10	5.6	10	82	13	73	86	12	1	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331317--331368	1	52.0	1	76	0	50	88	11	0	0	0.52
331323--331393	31	2.3	30	85	11	90	83	12	2	1	0.83
332615--333479	85	10.2	85	90	0	1302	27	29	18	24	1.98
332615--333511	28	31.4	30	85	5	436	27	29	17	24	1.98
334372--334447	20	3.8	20	83	0	107	34	14	11	39	1.83
337795--337871	5	13.7	6	82	13	69	67	1	1	29	1.07
337834--337867	17	1.9	18	94	5	61	70	2	2	23	1.15
337823--337888	30	2.2	30	81	13	73	65	4	1	28	1.21
341419--341472	27	2.0	27	100	0	108	18	25	3	51	1.62
342795--342873	38	2.1	38	95	0	140	31	6	15	46	1.70
343106--343133	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
346835--347175	80	4.3	80	78	2	272	34	10	27	27	1.90
347111--347218	52	2.1	52	85	0	144	37	8	28	25	1.85
349589--349642	20	2.7	20	88	8	74	33	14	12	38	1.85
350494--350536	18	2.3	19	80	4	52	39	9	2	48	1.48
352972--353103	58	2.3	58	80	9	144	24	12	18	44	1.84
353012--353125	58	2.0	58	81	10	135	26	14	16	42	1.86
353287--353445	78	2.0	78	80	4	178	31	16	19	32	1.94
354702--354836	50	2.7	50	87	2	173	27	19	12	40	1.87
356999--357704	79	8.9	78	80	5	663	27	24	13	34	1.92
359243--359295	20	2.6	21	81	6	72	41	9	18	30	1.82
359352--359490	51	2.7	51	80	3	163	34	12	11	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364913--364968	24	2.3	24	90	3	85	51	10	26	10	1.69
370001--370120	51	2.4	51	83	5	136	35	13	23	28	1.92
370106--370176	28	2.5	28	90	0	115	29	22	26	21	1.99
370054--370254	107	1.9	107	83	2	260	33	13	26	26	1.94
370132--370541	79	5.3	79	76	10	411	32	14	26	26	1.94
370134--370541	147	2.7	150	82	6	486	33	14	25	26	1.94
372243--372326	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
372283--372307	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
372264--372331	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
372369--372393	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7