genome.fa.s70.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold70
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1110102

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668938--669126	84	2.2	85	84	8	242	31	12	25	30	1.93
672286--673738	74	20.0	73	77	8	935	38	13	22	26	1.90
672306--673708	219	6.4	217	76	8	1066	38	12	22	26	1.90
673716--673794	31	2.5	31	87	4	106	37	11	20	30	1.88
683050--683174	52	2.4	52	94	0	214	28	16	18	36	1.93
683050--683194	52	2.8	51	88	4	202	29	16	18	35	1.93
683183--683207	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
683248--683314	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
683270--683294	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
692034--692066	12	2.8	12	86	4	50	15	0	42	42	1.46
696257--697178	146	5.8	150	77	11	687	29	11	7	52	1.65
696403--697236	330	2.6	324	80	8	909	29	10	7	52	1.65
696756--696798	18	2.3	19	88	4	61	39	9	2	48	1.48
696403--697178	165	4.8	164	78	10	613	28	11	7	52	1.65
702629--702657	13	2.1	14	93	6	51	27	10	10	51	1.68
702636--702675	21	2.0	21	95	5	73	40	7	7	45	1.61
702522--702764	132	1.8	132	99	0	477	36	13	11	38	1.81
705294--705357	33	2.0	33	84	3	85	31	14	12	42	1.82
705409--705473	33	2.0	32	85	11	87	33	15	18	32	1.92
705429--705453	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
707057--707090	15	2.3	15	89	0	50	47	0	23	29	1.52
715043--715068	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715025--715088	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
721354--721399	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
723815--723840	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
723797--723860	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
727197--727312	51	2.3	51	87	1	171	28	15	8	47	1.75
733023--733062	20	2.0	20	90	0	62	35	10	12	42	1.76
734414--734790	79	4.8	77	82	5	420	32	14	25	27	1.95
734731--734852	49	2.5	50	83	5	140	37	12	22	27	1.90
737190--737306	20	5.8	20	94	0	198	40	12	19	27	1.88
737197--737322	60	2.1	60	86	0	180	42	13	17	26	1.86
738395--738619	30	7.5	29	71	13	125	25	24	9	40	1.85
738365--738729	60	6.1	60	83	2	414	23	22	10	42	1.85
738365--739262	120	7.6	119	77	8	793	23	22	11	42	1.86
738631--738724	30	3.1	30	69	11	84	21	24	13	40	1.89
738629--738822	105	1.8	105	88	0	298	22	24	12	40	1.89
738727--739262	60	9.0	60	79	4	456	23	21	11	42	1.86
738733--739117	30	12.9	29	68	11	145	23	22	12	42	1.87
738729--739273	181	3.0	177	81	5	564	23	22	11	42	1.86
740347--740739	164	2.4	166	84	5	510	27	11	8	51	1.67
740347--740800	166	2.7	166	81	7	426	29	10	8	51	1.66
742644--743020	156	2.4	156	83	5	494	24	16	19	39	1.91
747907--748048	52	2.7	52	86	4	207	30	16	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748114--748138	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
748564--748594	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
748548--748614	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
754064--754184	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
754064--754204	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
754193--754217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
754288--754312	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
754267--754332	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
755132--755526	171	2.3	171	94	1	691	37	14	24	24	1.92
755440--755993	92	5.9	92	90	5	842	30	18	25	25	1.98
755685--755752	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
755665--755731	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
755440--755993	183	3.0	183	93	3	892	30	18	25	25	1.98
755798--756042	101	2.4	100	95	0	427	31	17	26	24	1.97
755440--756042	43	12.7	49	83	10	772	30	18	25	25	1.98
756047--756139	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
756146--756785	34	18.9	34	79	14	643	34	12	32	20	1.91
756146--756784	70	9.4	68	85	9	690	34	12	32	20	1.91
756692--756815	30	4.0	30	79	8	140	35	16	25	22	1.94
758099--758152	16	3.2	16	76	19	56	0	1	16	81	0.78
758106--758152	12	4.3	11	80	15	53	0	0	17	82	0.66
758106--758146	4	10.8	4	84	5	50	0	0	19	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761772--761814	21	2.0	21	95	0	77	30	20	20	27	1.98
765057--765177	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
765057--765197	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
765186--765210	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
765281--765305	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
765260--765325	32	2.0	33	88	2	98	39	15	12	33	1.84
771225--771265	20	2.0	20	90	0	64	41	0	26	31	1.56
771850--771922	20	3.7	19	88	3	92	27	16	17	38	1.91
771869--771922	19	2.8	19	91	2	81	29	14	18	37	1.91
779235--779276	5	8.6	5	84	5	50	85	11	2	0	0.68
779217--779285	31	2.2	31	78	2	75	79	11	5	2	1.01
779235--779284	10	4.9	10	87	2	73	86	12	2	0	0.67
779522--779571	16	3.2	16	78	18	61	80	10	10	0	0.92
779524--779596	34	2.2	33	79	11	78	79	8	12	0	0.93
780566--780788	33	6.8	34	72	14	173	21	32	11	34	1.90
780661--780721	28	2.2	28	91	2	97	21	36	13	29	1.91
780531--780721	62	3.0	62	79	11	222	21	30	12	35	1.90
780795--780949	33	4.8	32	87	5	224	29	31	18	20	1.96
780794--780949	64	2.4	65	89	2	244	29	32	18	19	1.96
780976--781043	21	3.2	21	63	19	50	25	26	17	30	1.97
780954--781320	43	8.1	43	78	11	385	25	25	18	30	1.98
780955--781364	92	4.4	92	91	2	642	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781274--781427	52	2.9	53	80	4	184	25	23	14	36	1.93
781442--781930	49	10.2	49	79	11	451	24	25	17	32	1.97
781546--781921	43	8.0	43	71	20	263	25	25	18	31	1.97
781513--781930	92	4.4	92	83	8	500	24	25	17	32	1.97
781774--781919	52	2.8	52	94	0	256	22	23	18	34	1.96
782130--782186	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
782143--782205	19	3.6	19	74	24	75	34	12	15	36	1.86
782112--782207	32	3.0	32	93	1	156	36	12	16	34	1.87
782249--782273	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
782262--782410	52	2.9	52	86	4	219	34	18	15	31	1.92
784855--785580	366	2.0	366	90	1	1141	33	17	23	26	1.96
786839--786866	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
786909--786973	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
786929--786953	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
789698--790014	29	10.6	29	77	8	237	27	29	15	27	1.96
789724--789884	86	1.9	85	85	1	223	27	30	16	24	1.97
789879--789950	35	2.1	35	86	2	101	22	31	9	36	1.87
789879--789967	34	2.6	35	78	5	92	20	30	12	37	1.89
789941--790064	28	4.3	29	82	9	130	37	29	15	18	1.91
790084--790371	48	5.8	49	78	10	275	27	24	15	32	1.96
790084--790265	43	4.0	43	78	11	193	28	24	16	30	1.96
790129--790322	92	2.1	94	89	3	293	27	24	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790223--790371	52	2.8	54	82	3	185	26	23	16	34	1.95
791077--791115	13	3.2	13	79	20	57	25	7	5	61	1.44
791378--791402	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
791411--791539	52	2.5	52	93	0	213	34	18	17	30	1.94
805360--805405	1	46.0	1	82	0	56	91	8	0	0	0.43
805360--805402	17	2.6	17	96	3	79	90	9	0	0	0.45
805360--805402	11	3.8	12	93	6	65	90	9	0	0	0.45
806846--807022	29	6.1	29	83	3	214	28	27	18	26	1.98
807027--807098	35	2.1	34	84	7	92	23	31	8	36	1.85
807089--807212	28	4.3	29	82	9	139	37	29	14	17	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7