genome.fa.s268.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  596061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30--814	177	4.4	183	77	7	508	42	7	8	41	1.63
1316--1803	164	3.0	161	76	7	462	39	7	10	41	1.69
1638--2301	180	3.7	176	74	7	507	40	8	9	41	1.68
2355--4585	181	12.5	180	77	7	1720	41	8	9	41	1.66
2355--5638	361	9.3	360	74	8	2223	41	8	9	41	1.66
4446--4751	165	1.8	166	80	7	372	41	7	9	41	1.66
4814--5121	165	1.9	166	81	7	376	40	5	10	43	1.62
2359--5435	540	5.8	515	74	12	1764	41	7	9	41	1.66
4977--5638	180	3.7	181	77	10	515	40	8	9	42	1.66
5494--5795	140	2.1	143	81	6	337	39	9	8	42	1.68
5368--5958	320	1.8	321	81	5	728	40	8	8	41	1.67
5664--6244	183	3.2	178	79	5	548	41	7	8	42	1.64
6116--6366	128	1.9	130	82	6	314	41	9	9	38	1.71
6246--8807	180	14.3	179	74	8	1509	40	8	9	41	1.67
6408--6721	170	1.9	169	80	3	371	43	6	8	41	1.62
6561--7213	358	1.8	361	79	5	775	41	7	9	42	1.64
8963--9490	181	2.9	177	72	12	430	42	9	8	40	1.67
8859--10224	696	2.0	699	78	6	1455	40	9	9	40	1.70
10467--10684	120	1.8	120	83	5	289	44	8	11	35	1.71
10619--11996	180	7.6	181	77	5	1187	41	9	8	41	1.67
10584--11954	543	2.5	537	81	3	1554	41	8	8	41	1.67
12587--12619	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12825--16974	180	23.1	181	74	8	2741	41	8	9	40	1.68
14468--14500	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
14804--15665	181	4.8	180	77	8	479	41	8	9	41	1.67
12822--16973	541	7.7	536	74	9	2495	41	8	9	40	1.68
16718--16811	49	1.9	49	97	0	179	47	5	10	36	1.61
16998--17621	179	3.5	179	76	5	483	37	11	10	41	1.74
17532--17753	120	1.9	119	87	2	329	33	13	8	45	1.73
17358--17921	297	1.9	297	82	3	700	38	10	8	42	1.71
17639--18439	179	4.5	179	80	4	823	41	9	9	40	1.69
18618--19071	175	2.6	176	79	5	439	39	8	11	40	1.71
18948--19220	146	1.9	146	84	0	366	42	6	11	39	1.67
20703--20832	46	2.8	45	78	5	118	36	9	16	36	1.81
20735--20832	46	2.1	46	84	0	124	35	9	15	39	1.79
20747--20844	46	2.2	46	84	1	126	35	7	16	40	1.76
20807--20964	64	2.4	64	91	4	246	36	7	15	41	1.75
21054--21149	17	5.6	17	81	6	113	35	19	6	38	1.77
21062--21149	34	2.6	34	90	1	131	37	19	5	37	1.75
21049--21179	34	3.9	34	81	7	115	32	17	11	38	1.85
21049--21162	51	2.2	52	79	1	122	33	18	9	38	1.83
21742--22062	43	7.2	43	80	8	318	26	13	15	43	1.85
21928--22039	54	2.1	55	91	1	181	25	14	18	41	1.88
24506--24557	16	3.2	17	83	10	63	48	1	5	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25110--25193	40	2.1	40	100	0	168	42	9	2	45	1.49
25232--27217	181	11.2	175	71	12	729	41	8	9	39	1.69
25161--27217	359	5.8	349	74	10	919	41	8	9	39	1.68
26315--26618	166	1.9	161	82	6	387	41	8	9	40	1.68
28394--30315	181	10.7	181	75	6	1401	39	7	10	43	1.67
28477--29564	358	3.0	358	78	6	906	39	7	10	42	1.67
28545--30307	539	3.3	533	79	6	1422	39	7	9	43	1.66
30187--30458	141	1.9	141	81	4	327	37	6	10	45	1.64
30436--30803	205	1.8	204	85	2	472	45	6	7	39	1.58
30878--30919	22	1.9	22	100	0	84	38	19	4	38	1.73
30904--32693	181	10.0	181	76	6	1306	40	9	9	40	1.70
30939--32693	537	3.3	536	75	7	1249	41	9	9	40	1.69
30937--32357	718	2.0	717	80	4	1619	41	8	9	40	1.68
32571--32821	128	2.0	128	83	1	315	41	7	11	38	1.71
32839--34238	180	7.8	179	75	8	948	39	7	10	42	1.67
32840--34000	536	2.2	539	82	7	1387	39	7	9	42	1.67
32699--33998	361	3.7	356	76	8	998	39	7	10	42	1.67
32839--34171	182	7.4	180	75	8	658	39	7	9	42	1.67
34268--34875	177	3.4	175	73	8	517	41	7	9	41	1.65
34825--34954	67	1.9	67	87	0	188	42	5	14	37	1.69
34921--35907	182	5.5	180	71	10	645	37	9	10	42	1.71
35967--38127	181	12.1	177	76	9	1411	41	8	9	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35928--38121	536	4.1	530	77	7	1846	41	8	9	40	1.69
38050--38190	75	1.9	75	91	2	230	36	8	8	46	1.65
38934--39424	179	2.7	178	79	8	435	40	6	10	41	1.67
38472--39453	181	5.5	178	73	10	474	39	8	10	41	1.70
39253--39732	244	2.0	243	80	6	535	40	8	7	42	1.65
40344--40379	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
39495--46312	181	38.0	180	76	7	4986	40	8	9	41	1.68
42730--42758	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
39495--54219	718	20.5	712	72	11	4038	40	8	9	41	1.67
39523--51194	181	64.8	177	70	13	2713	40	8	9	41	1.68
46221--46405	93	2.0	93	85	4	250	46	8	11	34	1.69
47056--47370	173	1.8	173	81	3	391	36	8	9	45	1.68
47376--47692	173	1.8	173	80	5	388	40	7	10	40	1.69
48168--48206	20	2.0	20	85	9	55	38	5	2	53	1.37
47600--49075	538	2.7	540	76	8	1189	39	8	10	41	1.70
47050--51378	358	12.1	357	74	7	2468	40	8	10	41	1.68
51378--54438	181	17.0	178	77	6	2244	40	8	9	41	1.68
51395--54438	360	8.5	356	76	6	2340	40	8	9	41	1.68
51395--54350	538	5.5	539	76	8	1566	40	8	9	41	1.67
54479--56840	181	13.1	180	74	9	1513	39	8	9	41	1.68
55632--56490	180	4.8	181	77	8	531	40	9	8	41	1.67
55629--56841	361	3.4	356	76	9	927	39	8	9	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55635--56840	179	6.8	171	72	12	478	39	8	9	42	1.67
56571--57140	299	1.9	298	80	7	665	39	7	9	43	1.65
56844--63860	180	38.9	179	72	10	3039	40	8	9	41	1.69
57334--82465	181	137.6	181	68	13	5009	40	8	9	41	1.68
59988--60028	20	2.0	22	86	13	61	43	4	9	41	1.59
56869--69327	534	23.1	532	73	11	5690	40	8	9	41	1.68
56869--69372	714	17.4	706	72	11	4019	40	8	9	41	1.68
61460--61508	16	2.8	18	75	12	57	44	12	6	36	1.67
61458--61504	18	2.7	18	74	16	53	42	12	6	38	1.69
56869--72183	358	42.3	358	71	11	7041	40	8	9	41	1.68
61824--61891	34	2.0	34	85	5	93	41	5	11	41	1.66
63834--63907	33	2.2	34	88	7	107	43	5	13	37	1.67
64001--64043	20	2.1	21	95	4	79	46	9	9	34	1.68
63870--64231	200	1.8	201	83	6	493	42	7	8	41	1.63
65030--65360	164	2.0	168	81	5	397	39	9	9	41	1.70
66151--66554	171	2.3	169	80	10	433	41	8	8	41	1.66
65913--67006	182	6.1	181	76	6	710	41	7	8	41	1.64
66860--67158	162	1.9	159	81	6	361	41	8	8	41	1.64
69534--69847	168	1.9	168	84	7	433	39	6	11	42	1.66
70280--70313	16	2.1	16	89	10	52	38	2	5	52	1.41
70089--70859	182	4.3	172	73	13	451	39	8	8	43	1.66
69540--72183	711	3.7	710	76	8	1877	39	7	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71896--72513	330	1.9	328	80	2	720	40	7	11	40	1.68
72224--72966	180	4.2	175	77	7	642	39	7	10	42	1.68
73115--82465	361	25.8	360	70	11	3521	40	7	9	41	1.67
73115--75964	360	8.0	362	75	8	1872	40	7	10	41	1.68
81977--82962	496	2.0	495	81	4	1173	39	7	10	41	1.69
82473--84866	181	13.4	179	76	7	1687	40	7	9	41	1.67
82473--90695	359	23.3	356	71	12	3834	40	8	9	41	1.69
83284--83317	14	2.4	14	90	5	50	44	0	0	55	0.99
83008--84879	893	2.1	886	79	7	2018	41	8	9	41	1.67
82497--90675	713	11.6	701	71	12	2800	40	8	9	41	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7