genome.fa.s268.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  596061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187593--187724	62	2.1	62	88	0	201	45	13	12	28	1.80
187841--188872	174	5.8	174	77	8	606	40	8	9	41	1.68
188185--189805	873	1.9	865	79	7	1859	40	8	8	41	1.67
190174--191278	356	3.1	355	78	4	1060	39	8	10	40	1.71
190174--191278	181	6.2	180	77	5	884	39	8	10	40	1.71
191384--191963	179	3.2	177	79	6	523	40	8	11	39	1.71
192014--192369	181	2.0	181	85	4	486	40	8	8	41	1.67
192036--192418	181	2.1	181	81	4	434	40	8	8	42	1.67
192223--192646	226	1.9	226	82	4	534	38	9	9	41	1.71
192089--192826	406	1.8	407	81	6	922	39	9	8	42	1.68
192447--193841	181	7.7	179	74	8	993	41	8	8	42	1.64
193653--193685	16	1.9	18	88	11	52	51	9	3	36	1.49
193933--193973	20	1.9	23	85	14	61	60	7	4	26	1.43
194214--194533	169	1.9	169	80	5	378	40	6	10	42	1.65
194831--197108	180	12.8	178	75	11	1311	40	8	8	41	1.66
195068--195366	165	1.8	163	83	6	397	41	7	8	42	1.64
195211--196558	539	2.5	539	81	5	1542	40	7	8	42	1.64
195232--197109	180	10.5	180	77	7	1495	41	8	8	42	1.65
197112--199156	181	11.4	180	74	8	1264	39	8	10	41	1.69
197704--199020	363	3.6	359	75	9	1025	38	7	10	42	1.68
198227--198661	179	2.4	181	80	5	459	39	6	10	43	1.65
197715--199020	723	1.8	719	82	5	1693	38	7	10	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199149--199207	24	2.4	25	82	2	66	33	3	3	59	1.31
198981--199367	206	1.9	206	81	4	469	40	7	8	43	1.63
199423--200514	180	6.1	181	78	5	878	41	8	9	40	1.68
199423--200371	361	2.6	356	78	7	923	41	9	8	41	1.67
199571--200514	181	5.2	182	75	8	594	41	8	9	40	1.68
200540--202092	180	8.7	179	73	10	664	42	9	7	40	1.66
200989--202092	180	6.1	181	75	9	715	42	8	7	41	1.65
207178--207210	18	1.9	17	88	11	50	42	6	6	45	1.53
207167--209051	181	10.5	181	78	6	1621	42	8	8	40	1.65
209231--209977	180	4.2	179	77	5	604	42	9	7	41	1.65
209232--209965	358	2.0	360	81	5	842	42	9	7	41	1.64
209875--210070	106	1.9	106	81	7	247	49	8	7	34	1.61
210065--211968	180	10.7	179	77	5	1482	41	9	8	40	1.67
210065--211967	354	5.3	354	80	6	1559	41	9	8	40	1.67
210065--212016	534	3.6	525	77	8	1607	41	9	8	40	1.67
212066--212481	179	2.3	177	79	6	457	45	10	7	36	1.66
212029--212839	177	4.6	175	73	12	460	44	10	7	38	1.67
212050--215395	180	18.8	180	75	6	1993	42	10	7	39	1.68
212050--220254	537	15.4	536	73	9	3812	41	10	8	39	1.68
212844--215396	181	14.3	180	75	7	1574	42	9	8	39	1.68
215426--220257	180	26.9	181	75	6	3181	41	9	8	40	1.69
215426--220241	361	13.4	360	74	8	3010	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220274--225447	181	28.9	179	74	8	2903	41	9	8	40	1.69
220446--224730	361	12.0	362	71	11	1038	41	9	8	40	1.68
220294--221431	180	6.3	180	75	8	768	39	9	8	42	1.67
221275--221601	162	2.0	162	87	3	471	44	9	7	38	1.63
221439--225307	538	7.2	536	76	7	2812	42	9	8	39	1.69
221439--225165	898	4.2	897	75	8	2128	42	9	8	39	1.69
225665--225709	17	2.7	18	80	13	51	33	2	11	53	1.49
225732--226330	182	3.3	175	76	10	408	41	8	9	40	1.68
225728--226166	182	2.5	176	79	7	431	42	8	9	38	1.69
225728--226425	181	3.9	179	75	9	501	40	8	9	41	1.66
226701--227122	181	2.4	173	81	6	463	42	7	9	40	1.65
227444--227476	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
227244--228360	181	6.2	180	77	6	943	40	7	10	41	1.68
227319--228360	358	2.9	355	79	5	1059	40	7	10	42	1.67
228492--229063	181	3.2	179	77	5	602	40	7	9	42	1.66
229413--229452	20	2.0	21	85	14	57	47	7	15	30	1.72
229207--229657	180	2.5	180	78	5	466	41	7	10	40	1.68
230733--232190	174	8.1	175	72	12	632	41	10	8	39	1.70
231759--232641	454	1.9	455	82	7	1089	40	9	8	41	1.69
232203--233478	181	7.1	178	72	12	720	42	9	8	40	1.66
233096--233448	182	1.9	183	84	5	473	43	7	7	41	1.62
232728--233419	351	2.0	346	81	6	817	41	9	8	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233777--234205	182	2.4	184	78	7	430	45	10	7	37	1.66
233873--234300	182	2.4	180	79	5	454	46	8	7	36	1.64
233526--234364	181	4.7	179	73	10	619	43	9	8	38	1.66
233873--234377	182	2.8	181	78	7	420	44	8	8	38	1.65
234628--235136	268	1.9	266	81	3	619	38	9	9	42	1.71
234894--236109	182	6.8	176	79	8	864	41	10	6	40	1.66
237934--238311	43	8.5	43	81	10	402	44	16	14	24	1.85
237970--238085	54	2.1	54	90	0	178	46	18	11	23	1.81
238476--238519	18	2.4	18	100	0	88	47	11	4	36	1.60
238614--238665	17	3.0	17	77	5	59	42	23	9	25	1.84
238649--238709	17	3.5	17	75	2	59	37	16	14	31	1.89
238902--238989	17	5.1	17	70	15	56	35	14	17	32	1.90
238947--239043	17	5.7	17	81	8	99	42	7	16	34	1.76
238949--239029	17	4.8	17	85	8	112	40	6	17	35	1.74
238949--239043	34	2.8	34	87	3	129	43	6	15	34	1.73
239128--239261	65	2.1	64	88	4	198	39	16	8	35	1.78
239263--239358	46	2.1	46	82	7	115	42	13	10	33	1.78
239655--239820	79	2.1	79	100	0	332	39	18	13	27	1.89
240484--241582	181	6.1	180	79	5	967	41	10	8	39	1.70
240484--241579	539	2.0	539	81	5	1268	41	10	8	39	1.70
240494--241579	358	3.0	350	77	9	1023	41	10	8	38	1.70
241612--241955	180	1.9	181	82	5	439	42	8	7	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242272--244054	181	9.9	179	77	7	1499	40	8	9	41	1.67
242272--244068	363	5.0	361	77	7	1587	41	8	9	41	1.67
242271--244049	538	3.3	534	79	7	1548	41	8	9	41	1.67
243944--244170	120	1.9	119	80	4	269	48	8	10	32	1.68
243625--244504	482	1.8	482	79	4	1042	42	9	9	38	1.70
244131--244523	181	2.2	181	79	5	411	41	11	10	36	1.76
244669--244714	17	2.6	17	86	10	58	52	2	2	43	1.25
244965--259912	181	83.5	178	71	12	6344	40	8	9	41	1.68
245027--248595	355	10.1	352	71	13	927	40	7	9	41	1.68
251965--252147	94	1.9	94	81	2	215	34	8	8	48	1.64
252681--252818	68	2.0	68	98	0	267	44	9	11	34	1.73
252787--252861	37	2.0	37	92	5	125	37	10	6	45	1.65
252797--252860	18	3.5	18	66	19	51	39	10	4	45	1.60
252852--256835	360	11.1	354	72	11	1394	40	8	9	41	1.68
252824--259909	541	13.1	537	74	10	4044	40	8	9	41	1.68
257196--257228	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
260587--261008	179	2.3	179	79	5	406	39	8	7	43	1.65
261679--263519	181	10.3	180	76	8	1050	40	8	9	41	1.68
261679--263378	536	3.1	538	77	8	1413	39	8	9	41	1.69
264394--264444	21	2.4	21	83	6	59	23	17	29	29	1.97
264917--264975	30	1.9	31	96	3	111	38	25	13	22	1.90
273839--279559	180	31.4	180	72	11	2651	40	7	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273842--276861	361	8.4	359	74	10	1577	40	7	9	42	1.66
273842--276909	181	17.1	179	74	10	1650	40	7	9	42	1.66
277006--283006	361	16.8	352	72	11	1972	40	8	9	41	1.68
278804--279151	190	1.8	191	79	3	405	37	6	12	43	1.68
279563--283138	181	20.0	180	74	7	2191	40	8	9	41	1.68
279570--283110	355	9.9	358	73	8	2130	40	8	9	41	1.69
279804--282903	180	17.3	178	73	9	670	40	8	9	41	1.68
281283--282864	535	2.9	541	80	6	1252	39	8	10	42	1.68
284744--284787	23	1.9	23	85	0	61	31	29	9	29	1.88
290466--291862	177	7.8	177	74	9	842	41	8	9	40	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7