genome.fa.s268.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168093.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_34, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  596061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85060--85379	176	1.8	176	82	2	410	36	9	10	42	1.72
84882--85920	177	5.8	178	74	8	607	38	8	10	42	1.70
85822--86105	156	1.8	157	82	4	367	42	8	9	39	1.68
86388--86420	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
85941--90675	180	26.8	178	69	12	1288	40	8	9	41	1.69
85991--86697	363	2.0	360	80	5	800	41	7	9	42	1.65
87144--87444	158	1.9	156	82	7	365	36	11	10	40	1.76
87286--87928	179	3.6	177	77	8	570	39	9	9	41	1.70
87781--88079	151	2.0	151	82	2	359	43	9	7	40	1.65
87602--88235	331	1.9	330	82	4	796	41	8	8	40	1.67
87932--89092	181	6.4	179	74	5	716	42	8	8	40	1.66
88754--88789	18	1.9	19	88	5	56	47	0	0	52	1.00
89542--90675	181	6.3	180	80	5	1036	39	8	11	40	1.71
94052--94258	59	3.4	58	87	4	261	34	14	8	42	1.76
94360--94405	18	2.4	20	82	17	62	82	0	6	10	0.83
94359--94400	10	4.2	10	79	11	50	85	0	4	9	0.72
94560--94622	30	2.1	30	88	11	94	84	1	3	11	0.81
94516--94607	16	6.0	15	76	9	96	78	2	1	18	0.92
94335--94622	19	14.4	19	67	17	88	72	3	4	20	1.16
94565--94622	10	6.0	9	81	18	64	84	1	3	10	0.81
94759--94797	20	2.0	19	90	5	60	2	2	5	89	0.63
94805--94906	43	2.4	43	90	3	154	33	25	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94805--94931	41	3.0	41	86	4	157	34	23	18	23	1.96
94912--94952	20	2.0	21	95	4	75	39	9	19	31	1.84
94827--95035	104	2.0	104	86	1	294	36	21	17	24	1.94
94931--95120	41	4.6	41	92	2	317	36	22	17	23	1.95
94805--95076	145	1.9	146	87	2	404	36	22	17	23	1.95
94931--95120	83	2.3	83	93	2	319	36	22	17	23	1.95
97503--97544	18	2.3	18	95	0	75	30	23	23	21	1.99
104859--105125	60	4.4	61	84	6	330	32	13	10	43	1.78
105216--105287	22	3.3	21	78	18	76	76	4	5	13	1.12
105206--105308	5	19.6	5	70	18	59	74	2	5	16	1.13
105721--105764	19	2.3	19	80	0	52	40	20	20	18	1.91
106109--106195	21	4.3	21	73	17	69	66	6	5	20	1.36
106158--106197	11	3.5	12	75	25	50	62	5	5	27	1.37
106145--106197	22	2.5	21	87	9	72	64	5	5	24	1.38
106280--106390	11	10.5	11	70	18	51	74	1	2	20	1.03
106281--106408	41	2.9	43	82	10	145	76	1	2	19	0.98
106277--106405	23	5.6	23	69	14	86	75	1	2	20	0.99
106305--106413	11	9.5	11	77	16	98	79	0	2	17	0.84
106307--106413	24	4.4	23	79	15	101	80	0	2	16	0.83
112184--112358	96	1.8	96	81	2	217	34	20	8	36	1.83
112254--112563	146	2.1	146	85	1	424	34	15	10	39	1.81
112421--112690	124	2.2	123	80	7	296	37	15	10	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113485--113732	78	3.1	79	83	5	311	22	8	26	41	1.83
113719--113773	25	2.2	25	86	0	74	14	7	38	40	1.74
118889--119291	181	2.2	180	82	4	467	41	9	8	40	1.68
119320--121306	181	10.9	181	74	8	1160	41	8	9	41	1.67
119322--121306	362	5.5	359	75	8	1375	41	8	9	41	1.67
120248--120722	176	2.6	178	79	6	469	43	8	9	38	1.68
122965--123475	177	2.8	180	76	8	466	43	8	8	40	1.64
123352--124925	713	2.2	710	79	5	1613	39	8	10	41	1.71
122645--124926	179	12.7	180	74	9	1492	40	8	10	40	1.69
124803--125108	160	1.9	158	81	2	371	39	8	10	41	1.70
125299--125929	178	3.5	178	75	8	550	40	8	11	39	1.72
126383--127613	181	6.9	181	73	11	812	40	7	9	42	1.67
127821--128315	179	2.7	178	79	4	503	40	8	8	42	1.66
128934--129498	181	3.1	178	76	9	497	41	8	8	40	1.67
128928--129720	181	4.4	179	75	10	431	41	8	8	40	1.67
130190--131016	181	4.6	179	76	10	713	41	8	8	41	1.66
130341--130810	176	2.7	176	82	6	472	42	8	7	41	1.63
130207--131017	357	2.3	359	79	6	880	41	8	8	41	1.66
130516--131507	496	2.0	496	83	4	1257	40	8	8	41	1.67
131191--131825	176	3.6	177	74	11	456	40	8	9	41	1.69
131219--131875	357	1.8	356	81	5	808	39	8	10	41	1.69
131015--138963	181	44.0	179	71	10	3143	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133363--138962	358	15.5	356	72	10	2767	40	8	9	41	1.68
131015--138962	542	14.7	535	72	9	3665	40	8	9	41	1.68
131015--138962	717	11.0	709	72	11	3332	40	8	9	41	1.68
137830--137890	29	2.1	30	90	3	97	45	11	13	29	1.78
138844--139100	137	1.9	137	81	1	318	37	8	10	42	1.72
138973--141543	539	4.8	530	77	7	1942	39	8	10	42	1.69
138978--144262	180	29.0	180	70	12	2079	39	8	10	41	1.69
141808--142215	179	2.3	179	80	6	452	43	7	8	40	1.64
142299--142434	65	2.1	66	87	5	195	41	5	13	38	1.69
142394--144263	181	10.5	181	75	7	1454	39	9	9	41	1.70
144327--144710	181	2.1	180	78	4	380	40	10	7	41	1.69
144648--144999	176	2.0	178	82	9	432	40	8	9	41	1.68
144978--145061	43	2.0	43	82	0	105	46	8	10	34	1.69
145014--149580	181	25.6	180	74	8	2641	41	9	8	41	1.67
146845--146894	17	2.8	18	75	6	57	40	8	8	44	1.63
148704--149584	180	4.9	182	78	4	777	42	9	8	40	1.68
149687--149987	146	2.1	146	88	0	440	40	9	9	40	1.71
150155--150200	18	2.6	18	76	13	51	39	8	6	45	1.61
150324--150835	182	2.8	178	77	7	491	43	9	8	38	1.67
158168--158304	67	2.0	68	87	1	195	38	13	5	42	1.68
158254--160733	180	14.0	179	75	7	1753	41	10	8	39	1.70
158254--164184	361	16.7	359	71	12	2249	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159588--160086	167	3.0	162	78	6	475	40	9	9	40	1.70
160893--164180	181	18.3	178	74	10	1924	41	9	8	40	1.67
161376--161408	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
162349--162391	17	2.6	17	82	10	54	58	6	0	34	1.25
162451--162954	180	2.8	179	78	8	454	44	9	6	39	1.64
162978--163014	18	2.1	18	94	0	65	35	8	16	40	1.78
164183--171576	181	41.3	179	73	11	3973	40	8	9	42	1.68
165911--165967	25	2.3	25	96	0	105	47	8	10	33	1.69
167119--167553	180	2.5	167	79	11	450	42	7	9	41	1.65
167551--167603	18	3.0	18	70	13	56	47	11	5	35	1.63
167208--171576	361	12.2	355	74	9	2773	39	8	9	42	1.68
164183--171576	540	13.8	536	74	10	3640	40	8	9	42	1.68
171585--171989	85	4.7	85	81	3	409	43	15	14	26	1.85
171582--171989	43	9.5	43	80	4	367	43	14	14	26	1.85
174645--174714	3	24.0	3	77	8	65	67	4	1	27	1.18
174651--174725	18	4.3	17	75	10	71	69	4	1	25	1.14
175359--175834	181	2.6	180	80	3	524	39	8	9	42	1.68
177073--177113	19	2.0	21	86	9	59	43	9	9	36	1.71
176947--177598	180	3.6	179	77	4	456	39	8	8	43	1.66
176390--177907	721	2.1	718	80	4	1669	39	8	9	42	1.68
177895--177930	16	2.2	16	95	0	63	33	0	0	66	0.92
177912--177974	25	2.6	25	80	5	76	30	3	3	63	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177935--182381	181	24.6	180	76	7	3142	40	8	9	41	1.68
177936--182707	539	8.9	538	75	9	3288	40	8	10	41	1.69
176224--187514	897	12.6	885	72	11	5145	40	8	9	41	1.68
182840--183144	164	1.9	163	84	4	418	41	9	9	39	1.71
182979--190073	181	39.4	180	72	10	3042	40	8	9	41	1.69
183694--183734	20	2.0	21	85	4	57	48	4	12	34	1.62
184887--185203	176	1.8	176	81	4	406	38	9	8	42	1.68
184705--189910	180	28.8	177	69	13	1276	40	8	9	41	1.69
182742--190179	538	13.8	538	72	12	2834	40	8	9	41	1.68
187359--187656	145	2.0	146	85	1	393	38	9	9	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7