genome.fa.s346.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168171.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_41, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  255648

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177909--177958	26	1.9	26	84	8	66	48	0	2	50	1.12
178874--178904	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
179031--179095	32	2.0	32	82	11	80	49	0	0	50	1.00
179291--179626	173	1.9	172	82	5	419	42	11	7	39	1.68
179719--179766	23	2.1	22	88	3	69	56	2	0	41	1.11
180285--180327	20	2.0	20	86	8	59	44	2	2	51	1.27
182306--182344	20	1.9	20	85	15	53	46	0	0	53	1.00
182671--182728	17	3.4	17	80	7	64	46	5	3	44	1.42
182656--182737	17	4.7	18	72	21	61	45	4	2	47	1.37
182869--182921	28	2.0	26	85	7	70	47	3	3	45	1.39
184406--184465	29	2.1	28	81	3	66	48	5	1	45	1.34
186049--186102	28	1.9	29	85	14	78	55	0	5	38	1.23
186049--186120	28	2.5	28	78	15	76	54	4	4	37	1.39
186259--186313	27	2.1	25	83	6	65	49	1	1	47	1.23
186470--186499	6	5.0	6	95	0	51	46	0	0	53	1.00
186634--186666	17	2.0	17	88	5	50	36	9	0	54	1.32
187043--187126	42	2.0	42	100	0	168	47	4	2	45	1.36
187211--187270	13	4.8	13	71	20	56	58	0	0	41	0.98
187478--187565	14	6.6	14	69	17	53	50	2	2	45	1.27
187747--187810	16	4.0	16	74	8	67	51	3	0	45	1.17
187850--187951	39	2.4	42	85	14	156	51	2	3	41	1.35
187877--187944	22	3.3	22	68	19	74	48	1	5	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187871--187950	39	2.1	39	100	0	160	52	2	5	40	1.37
188000--188071	27	2.5	29	82	8	85	44	4	0	51	1.20
188054--188096	17	2.6	16	77	3	50	46	4	2	46	1.36
188204--188265	9	6.7	9	75	14	54	58	1	0	40	1.08
188208--188257	17	3.1	16	81	16	50	60	2	0	38	1.09
188194--188263	21	3.5	20	75	21	65	57	1	0	41	1.08
188288--188319	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
188773--188804	13	2.5	13	94	0	55	56	0	0	43	0.99
189082--189122	16	2.5	16	88	4	55	53	2	2	41	1.27
189166--189228	20	3.4	19	70	18	60	53	0	4	41	1.22
189215--189257	10	3.7	11	77	22	52	48	0	0	51	1.00
189511--189550	20	2.0	20	85	9	55	42	2	2	52	1.28
189745--189788	14	3.1	14	81	12	54	54	0	0	45	0.99
189745--189802	28	2.0	29	83	9	75	48	0	0	51	1.00
191972--192307	181	1.9	180	80	6	392	41	10	8	40	1.69
192521--192558	19	2.0	19	90	10	60	50	0	5	44	1.24
192778--192828	19	2.8	18	72	18	52	52	5	1	39	1.37
193053--193090	18	2.1	18	90	0	58	47	2	2	47	1.30
193384--193437	16	3.3	16	86	2	81	50	1	0	48	1.11
193472--193530	24	2.4	26	78	13	72	52	1	0	45	1.10
193480--193543	26	2.5	25	85	7	76	51	1	0	46	1.10
193506--193562	19	2.8	19	75	17	53	45	1	0	52	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193673--193729	9	6.2	10	75	19	52	47	0	0	52	1.00
193678--193729	23	2.3	23	84	15	65	44	0	0	55	0.99
194045--194087	21	2.1	20	86	4	59	44	0	0	55	0.99
194416--194460	17	2.6	17	82	6	56	48	0	2	48	1.13
194418--194508	29	3.4	28	77	16	86	48	2	3	46	1.31
194416--194468	6	9.0	6	78	17	58	49	0	3	47	1.19
194424--194511	25	3.5	25	73	19	76	46	2	3	47	1.31
195850--197926	181	11.7	179	75	8	1449	41	9	8	40	1.68
195976--197926	360	5.5	357	75	9	1440	41	9	8	40	1.68
197845--198009	82	2.0	82	97	0	312	32	6	15	46	1.70
197673--198461	273	3.0	260	77	8	738	37	9	10	42	1.72
198210--198536	179	1.8	178	81	6	401	41	9	8	40	1.69
198762--199870	181	6.2	179	73	11	426	41	9	7	41	1.66
198617--199587	181	5.4	181	76	8	589	41	9	7	40	1.67
199443--199774	171	1.9	171	83	4	420	42	9	6	41	1.62
198580--199900	533	2.5	525	77	6	1272	41	9	7	41	1.66
208408--209807	181	7.7	181	77	5	1168	40	9	9	40	1.70
208442--209804	542	2.5	538	80	5	1469	40	9	9	40	1.70
209650--209924	145	1.9	146	81	8	337	42	9	8	39	1.68
209481--210069	326	1.8	325	84	5	803	41	10	8	40	1.69
209795--210553	181	4.2	179	78	8	659	41	10	8	39	1.69
210765--210806	14	3.5	12	82	17	52	35	0	4	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210756--210806	25	2.0	25	85	7	68	37	1	3	56	1.29
210760--210803	22	2.0	22	82	8	54	36	2	4	56	1.32
210772--210799	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
210854--212348	175	8.4	179	76	7	1179	41	10	8	40	1.69
211405--212144	359	2.1	362	80	6	833	42	9	9	39	1.68
210861--212348	357	4.2	353	76	9	1229	41	10	8	40	1.69
212743--212817	32	2.3	31	80	13	80	53	2	2	41	1.29
213809--214316	180	2.8	180	75	5	481	41	8	9	41	1.67
214044--214596	301	1.8	299	82	3	716	41	8	10	39	1.70
215308--215351	23	2.0	23	90	4	72	54	2	0	43	1.12
215386--215424	12	3.4	11	82	10	51	48	0	2	48	1.15
216332--216448	12	9.3	13	66	16	50	53	0	2	43	1.14
216345--216452	10	11.4	9	67	18	51	53	0	1	44	1.11
216356--216422	19	3.4	19	74	22	57	50	0	2	46	1.16
216844--217476	182	3.5	180	79	5	661	43	9	7	39	1.66
216746--217476	182	4.0	183	77	7	638	42	9	7	40	1.66
217491--218671	181	6.6	180	76	7	892	42	10	7	39	1.68
217526--218716	362	3.3	352	76	8	1073	42	10	7	39	1.68
218958--219005	22	2.2	22	92	0	78	43	2	0	54	1.12
218962--219040	10	7.5	10	71	19	54	45	2	0	51	1.14
219055--219707	182	3.7	180	74	8	503	38	8	9	43	1.68
219055--219733	180	3.8	178	73	9	461	39	8	9	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220171--220543	181	2.1	180	80	4	414	44	7	7	40	1.62
221000--221070	32	2.2	32	80	14	83	52	1	0	46	1.09
220995--221044	25	2.0	26	84	11	68	50	4	0	46	1.20
221000--221069	33	2.2	31	82	12	79	52	1	0	45	1.09
221297--221338	19	2.3	18	95	4	75	52	0	0	47	1.00
221285--221367	26	3.2	25	77	14	71	55	2	0	42	1.13
221305--221344	18	2.2	18	86	4	53	52	2	0	45	1.14
221303--221373	19	3.4	19	75	20	54	53	1	0	45	1.09
222405--222437	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
223377--223441	28	2.5	26	72	18	62	47	3	1	47	1.27
223493--223562	20	3.3	20	70	22	54	50	2	0	47	1.16
223423--223580	23	7.0	23	69	20	77	48	1	2	47	1.26
224077--224106	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
225387--225446	29	2.1	29	81	6	68	43	13	6	36	1.70
225789--225841	22	2.5	22	84	9	65	41	0	1	56	1.10
226837--226863	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
227235--227278	22	2.0	22	86	0	61	31	9	11	47	1.71
227560--227608	25	2.0	25	84	8	64	55	6	16	22	1.63
227840--227888	24	2.0	24	88	7	73	53	8	18	20	1.70
227381--227923	280	1.9	279	92	0	897	45	11	13	29	1.79
229114--229187	33	2.2	32	83	9	87	45	2	1	50	1.24
229246--229314	18	3.7	18	72	14	59	46	0	4	49	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229404--229467	24	2.7	25	84	13	75	53	0	0	46	1.00
229422--229467	22	2.0	22	87	8	65	56	0	0	43	0.99
229596--229645	10	4.9	10	80	9	57	42	2	0	56	1.11
229638--230716	180	5.9	181	74	11	815	38	8	9	43	1.68
229638--230442	365	2.2	359	78	7	826	38	7	9	44	1.66
230870--230960	29	3.1	29	75	7	87	48	0	3	48	1.18
230940--231002	9	7.1	9	77	13	60	50	1	0	47	1.10
230975--231055	31	2.8	29	76	9	69	45	4	3	45	1.42
230940--231042	17	5.5	19	76	16	74	47	3	1	46	1.32
231204--231258	16	3.6	16	81	18	57	49	5	0	45	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6