genome.fa.s1737.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3416254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277--339	23	2.7	23	83	16	94	53	22	7	15	1.67
1618--1721	36	2.8	37	85	7	131	57	11	25	4	1.53
5991--6093	50	2.1	50	92	0	170	61	5	1	31	1.31
6612--6677	22	2.9	24	82	10	77	24	28	1	45	1.62
6611--6677	11	6.0	11	77	19	68	23	28	1	46	1.61
8548--8587	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
8849--8888	20	2.0	21	85	5	55	37	42	17	2	1.63
9056--11485	23	108.4	22	75	10	1860	48	25	0	25	1.57
9054--11485	45	54.2	44	76	11	1814	48	25	0	25	1.57
9488--9525	19	2.1	18	90	5	58	52	21	0	26	1.47
9638--11485	68	27.5	67	75	13	988	48	25	0	25	1.58
10120--10153	7	5.0	7	92	3	52	41	41	0	17	1.50
11271--11328	27	2.2	26	81	6	73	51	20	0	27	1.47
13093--13466	125	3.0	125	91	0	595	31	22	16	29	1.96
21300--21507	69	3.0	68	70	12	192	25	18	25	31	1.98
21277--21585	137	2.3	136	82	7	374	25	18	25	31	1.97
40752--40830	36	2.2	36	86	0	104	11	17	35	35	1.86
51989--52023	16	2.2	16	90	10	54	17	5	2	74	1.14
58960--59031	28	2.6	28	95	0	126	38	11	2	47	1.54
70127--70339	45	4.8	44	80	9	175	23	18	14	43	1.87
70404--70435	12	2.7	12	100	0	64	50	9	0	40	1.35
78745--78775	12	2.5	13	94	5	55	45	0	12	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82831--82863	4	8.2	4	100	0	66	27	0	0	72	0.85
84093--84279	41	4.6	41	86	0	266	32	29	18	18	1.95
84403--84504	47	2.2	47	83	3	134	39	16	6	37	1.76
94408--94445	18	2.1	18	95	0	67	28	26	23	21	1.99
96961--97100	40	3.5	40	74	6	133	30	22	18	28	1.98
96966--97101	41	3.4	41	73	9	129	31	23	17	27	1.97
98034--98090	20	2.8	20	82	15	64	52	3	0	43	1.18
106722--106758	19	2.0	18	89	5	56	48	5	0	45	1.25
106750--106792	20	2.2	20	87	8	61	39	2	2	55	1.25
106869--106917	25	2.0	26	84	8	66	40	0	10	48	1.37
110845--111168	162	2.0	162	95	0	585	23	12	21	42	1.87
114758--114791	17	1.9	18	88	5	52	11	14	17	55	1.68
124827--124868	22	1.9	22	85	9	59	40	14	26	19	1.89
129347--129740	69	5.7	69	81	3	389	22	17	24	35	1.95
129341--129740	139	2.9	137	81	4	448	22	17	24	36	1.95
136491--136536	24	1.9	24	86	8	67	34	0	2	63	1.07
139106--139144	18	2.1	19	95	4	71	51	10	5	33	1.58
150291--150332	22	2.0	22	90	4	68	54	4	16	23	1.61
150451--150638	56	3.3	55	83	6	209	47	6	19	26	1.74
157636--157696	28	2.2	28	94	2	106	32	26	21	19	1.97
158060--158120	27	2.3	26	83	11	70	26	16	18	39	1.91
161829--161858	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163821--163848	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
165865--165901	18	2.0	19	94	5	67	43	0	8	48	1.32
174656--174680	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
177414--177525	47	2.4	48	80	5	122	18	21	20	39	1.93
177716--177761	17	2.8	17	74	9	51	41	4	0	54	1.20
188949--189000	22	2.4	22	83	0	68	59	0	1	38	1.08
192506--192558	19	2.9	19	80	5	65	75	1	1	20	0.99
193317--193346	13	2.3	13	94	0	51	83	0	6	10	0.81
194014--194741	44	16.7	44	69	15	333	27	22	20	28	1.99
194005--194663	89	7.5	89	67	14	279	27	22	20	29	1.98
194023--194661	217	2.9	216	87	2	886	27	22	20	29	1.98
194371--194741	133	2.9	128	71	13	342	27	22	21	28	1.99
194023--194741	217	3.3	216	83	5	857	27	22	20	28	1.99
202877--202922	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
207267--207301	4	8.5	4	87	6	52	77	0	2	20	0.90
208101--208130	13	2.3	13	94	0	51	83	0	6	10	0.81
215180--215281	43	2.4	42	80	8	100	28	27	17	26	1.98
222480--222664	90	2.0	92	86	5	259	51	12	8	28	1.68
225663--225697	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
225819--225853	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
225655--229398	156	24.0	156	99	0	7461	46	6	3	43	1.45
225975--226009	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226131--226165	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
226287--226321	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
226443--226477	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
226599--226633	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
226755--226789	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
226911--226945	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
227067--227101	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
227223--227257	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
227379--227413	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
227535--227569	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
227691--227725	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
227847--227881	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228003--228037	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228159--228193	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228315--228349	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228471--228505	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228627--228661	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228783--228817	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
228939--228973	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
229095--229129	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
229251--229299	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
229251--229305	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229517--229556	16	2.5	16	100	0	80	40	37	0	22	1.54
237389--237513	64	2.0	64	93	0	214	29	30	14	25	1.95
250207--250917	355	2.0	356	99	0	1415	43	11	9	35	1.74
255820--255845	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
255859--256305	44	10.1	44	65	9	165	25	23	19	31	1.98
255833--256358	132	4.0	132	93	1	892	25	23	19	31	1.98
255833--256358	265	2.0	265	93	0	901	25	23	19	31	1.98
270156--270215	28	2.1	28	87	0	84	58	23	1	16	1.47
272534--272619	26	3.3	26	83	8	95	40	27	11	19	1.86
272899--272933	18	1.9	18	88	11	54	54	2	0	42	1.15
274367--274405	19	2.2	18	86	9	53	64	5	5	25	1.35
278220--278377	33	4.8	32	73	8	127	29	25	14	30	1.95
278205--278444	101	2.4	101	92	0	390	28	24	14	32	1.94
278803--278841	20	2.0	20	85	5	53	30	10	2	56	1.46
279572--279601	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
281732--281811	28	2.9	29	78	17	98	41	0	0	58	0.98
282046--282093	23	2.0	25	88	8	73	47	4	6	41	1.48
287704--287738	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
290964--291005	18	2.3	19	83	4	59	57	2	11	28	1.47
291830--291861	14	2.3	14	94	0	55	65	3	0	31	1.08
292393--292559	91	1.8	91	88	2	255	32	23	14	28	1.94
292741--292765	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297958--297995	17	2.2	17	86	9	51	47	0	7	44	1.32
299952--299980	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
308601--308828	101	2.3	101	82	3	262	34	16	22	26	1.95
314304--314458	82	1.9	82	83	10	201	28	20	27	23	1.99
314353--314461	41	2.7	41	91	0	173	27	21	28	22	1.99
317305--317335	9	3.4	9	90	0	53	0	22	0	77	0.77
321218--321700	88	5.5	88	89	0	750	22	25	23	28	1.99
322975--323019	21	2.2	20	88	4	63	13	11	0	75	1.05
323525--323581	12	4.9	11	81	10	69	0	7	7	85	0.73
323524--323578	23	2.3	24	87	9	78	0	7	9	83	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10