genome.fa.s1737.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3416254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1130 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079687--2079718	11	2.9	11	100	0	64	53	9	18	18	1.71
2086741--2086778	20	1.9	20	88	0	58	65	5	10	18	1.41
2094106--2094200	51	1.9	48	93	6	163	43	20	11	25	1.85
2095819--2095873	21	2.6	22	85	8	78	27	5	38	29	1.79
2114747--2115015	126	2.1	126	86	3	371	30	15	15	38	1.89
2115115--2115230	34	3.4	34	79	11	130	43	17	0	38	1.55
2116068--2116105	17	2.3	17	86	4	51	28	5	0	65	1.14
2116180--2116230	16	3.2	16	82	0	66	41	3	27	27	1.73
2127502--2127779	40	7.0	40	83	0	315	36	16	28	17	1.93
2127698--2127763	20	3.3	20	70	8	62	34	16	34	13	1.88
2131449--2131632	76	2.4	76	85	1	235	13	19	29	37	1.90
2131447--2131639	38	5.1	37	81	6	199	12	19	30	37	1.88
2136610--2136639	12	2.5	12	94	0	51	16	23	30	30	1.96
2137396--2137674	80	3.5	79	79	7	253	36	18	27	17	1.93
2137407--2137669	120	2.2	120	81	5	309	36	18	27	17	1.93
2137407--2137676	40	6.8	39	80	4	227	37	18	27	17	1.93
2137450--2137676	80	2.8	79	80	5	260	37	18	26	16	1.92
2151216--2151249	15	2.3	15	94	0	59	32	2	0	64	1.08
2153502--2153544	22	1.9	22	85	4	59	53	4	0	41	1.21
2153617--2153683	22	3.0	22	85	8	75	46	0	0	53	1.00
2160127--2160226	28	3.6	28	91	0	155	31	11	27	31	1.91
2161554--2161578	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165462--2165529	28	2.4	29	90	2	102	23	10	22	44	1.83
2165487--2165523	20	1.9	19	89	10	58	24	10	21	43	1.84
2165484--2165529	9	5.0	9	78	21	51	23	10	21	43	1.84
2165631--2165655	12	2.1	12	100	0	50	16	32	36	16	1.90
2165915--2165960	20	2.1	21	84	11	58	58	15	0	26	1.37
2173078--2173109	16	2.0	16	100	0	64	25	12	25	37	1.91
2182510--2182540	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
2182579--2182632	15	3.3	15	76	18	63	55	1	0	42	1.10
2183758--2183782	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
2187066--2187102	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
2188412--2188465	15	3.6	15	82	0	72	22	16	5	55	1.62
2188402--2188462	30	2.0	31	90	3	97	26	18	3	52	1.60
2191899--2191951	26	2.0	26	100	0	106	30	15	11	43	1.81
2194392--2194424	16	2.1	16	88	5	50	57	0	9	33	1.30
2195063--2195664	302	2.0	299	82	4	737	36	12	16	33	1.87
2198426--2198497	36	2.0	36	94	0	126	37	13	18	30	1.89
2198986--2199071	45	1.9	45	95	0	154	40	13	22	23	1.89
2198985--2199093	45	2.4	45	83	3	130	41	13	22	22	1.89
2199330--2199391	27	2.3	27	85	0	79	37	14	25	22	1.92
2199341--2199393	27	2.0	27	92	0	88	32	13	30	24	1.93
2210717--2210985	39	6.9	39	86	0	360	31	19	32	15	1.93
2210751--2210920	20	8.8	20	66	12	77	30	20	34	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210889--2210950	19	3.3	18	72	17	54	32	12	38	16	1.86
2212402--2212574	37	4.6	37	84	4	186	31	15	18	34	1.92
2212439--2212587	74	2.0	74	86	0	208	30	16	18	34	1.93
2221853--2222338	43	11.4	43	79	4	331	23	14	20	41	1.89
2224169--2224207	13	3.0	13	100	0	78	46	15	7	30	1.74
2239367--2239426	31	2.0	31	86	3	86	43	13	10	33	1.77
2246754--2246791	14	2.7	14	84	11	51	18	26	18	36	1.94
2254238--2254271	16	2.1	17	94	5	61	32	17	11	38	1.86
2256953--2257456	50	9.9	50	81	5	494	27	20	28	23	1.99
2264128--2264161	11	3.0	11	86	4	50	32	2	11	52	1.53
2289223--2289313	45	2.0	45	85	8	123	41	12	17	28	1.85
2292491--2292525	18	1.9	18	88	0	52	25	20	8	45	1.79
2292853--2292882	14	2.1	14	100	0	60	60	20	13	6	1.55
2301135--2301357	54	4.1	54	88	4	317	20	17	19	42	1.90
2301135--2301357	27	8.3	26	88	4	286	20	17	19	42	1.90
2314939--2315154	39	5.5	39	89	1	326	29	2	21	45	1.66
2314965--2315027	19	3.3	19	71	20	67	26	1	23	47	1.61
2327022--2327055	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
2328461--2328512	24	2.1	26	82	13	65	38	0	3	57	1.17
2329739--2329797	29	2.0	30	83	3	75	30	5	13	50	1.63
2337360--2337417	29	2.0	29	96	0	107	43	6	8	41	1.62
2337447--2337693	82	3.0	82	99	0	485	34	8	13	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345415--2345453	20	1.9	21	89	5	62	33	23	0	43	1.54
2368394--2368435	17	2.3	19	84	8	52	26	7	19	47	1.74
2375861--2375891	8	3.8	8	91	8	53	22	3	0	74	0.96
2375951--2375999	24	2.0	24	84	7	64	30	4	0	65	1.11
2380495--2380547	10	4.9	11	82	8	65	81	0	16	1	0.79
2381408--2381842	143	3.0	143	86	0	600	31	19	21	28	1.97
2381753--2381928	97	1.8	97	88	2	273	28	22	22	26	1.99
2381837--2381928	44	2.1	44	87	0	130	28	26	20	25	1.99
2381850--2382160	143	2.2	141	84	2	383	29	19	22	28	1.98
2381610--2382073	240	1.9	240	88	0	687	29	19	23	27	1.98
2381992--2382553	225	2.5	225	87	0	820	31	19	19	29	1.97
2382358--2382512	44	3.6	43	77	9	147	27	21	20	30	1.98
2389169--2389239	27	2.6	27	81	0	88	28	22	32	16	1.96
2389282--2389357	4	19.0	4	75	20	52	69	0	30	0	0.88
2389271--2389344	27	2.9	27	84	9	93	66	0	33	0	0.92
2389300--2389364	10	6.8	10	75	19	59	70	0	29	0	0.87
2389335--2389390	18	3.1	18	76	5	60	69	0	30	0	0.89
2392628--2392654	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
2395758--2396043	151	1.9	150	87	6	427	41	3	10	44	1.55
2399193--2399274	25	3.3	25	82	3	103	23	21	25	29	1.99
2400228--2400281	12	4.7	12	75	13	51	29	7	0	62	1.22
2400219--2400286	34	2.0	34	94	0	118	27	5	0	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403544--2403577	12	2.8	12	86	0	50	23	35	2	38	1.70
2409012--2409354	42	8.2	42	89	1	463	20	18	23	37	1.94
2410110--2410430	148	2.2	148	85	9	437	40	4	9	46	1.56
2414520--2414559	20	2.0	20	90	9	64	35	17	10	37	1.83
2417540--2417617	13	6.5	13	76	16	78	48	10	0	41	1.37
2417540--2417617	36	2.2	36	95	0	138	48	10	0	41	1.37
2417575--2417624	23	2.2	23	92	3	84	50	10	0	40	1.36
2418644--2418703	31	1.9	31	89	0	93	35	21	23	20	1.96
2421441--2421474	17	2.0	17	100	0	68	58	5	11	23	1.55
2421934--2422006	18	3.8	20	75	15	73	26	30	6	36	1.82
2429124--2429199	23	3.3	23	78	7	100	22	19	26	31	1.98
2433824--2433950	66	1.9	66	81	0	155	27	20	25	26	1.99
2445015--2445148	49	2.7	49	84	0	160	41	18	14	25	1.89
2445431--2445513	31	2.7	31	86	0	112	34	20	18	26	1.95
2447001--2447114	57	2.0	57	98	0	219	28	21	17	32	1.96
2450534--2450602	1	69.0	1	85	0	84	0	8	0	91	0.43
2450534--2450602	23	3.1	22	87	6	95	0	8	0	91	0.43
2451512--2451559	26	1.9	26	87	8	73	45	10	2	41	1.50
2462708--2463115	40	10.2	41	85	2	388	35	17	27	19	1.94
2462708--2463115	80	5.1	80	82	0	442	35	17	27	19	1.94
2462719--2463115	120	3.3	118	82	2	481	35	17	27	19	1.94
2462971--2463032	20	3.1	20	76	0	79	32	20	30	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468197--2468252	19	3.0	18	86	5	76	16	30	26	26	1.96
2470722--2470754	15	2.3	15	89	5	50	24	27	21	27	1.99
2478633--2478660	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2491465--2491519	26	2.1	26	86	0	74	41	1	36	20	1.63
2499034--2499085	22	2.3	23	83	6	70	40	21	9	28	1.84
2502235--2502269	15	2.3	15	90	5	52	57	5	2	34	1.37
2504102--2504207	19	5.5	19	71	13	58	64	0	3	31	1.18
2504121--2504194	22	3.2	23	68	14	55	62	1	1	35	1.12
2504165--2504207	13	3.7	13	71	28	51	69	0	4	25	1.07
2504168--2504209	21	2.0	21	100	0	84	66	0	4	28	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10