genome.fa.s1737.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3416254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  8  of  10  ( 1130 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504219--2504268	20	2.9	16	85	11	55	56	0	8	36	1.29
2504259--2504317	26	2.3	26	77	19	61	50	8	3	37	1.49
2505365--2505393	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
2505521--2505560	21	1.9	21	84	0	53	30	10	0	60	1.30
2505869--2505901	16	2.0	17	88	5	50	18	9	0	72	1.10
2506139--2506163	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
2506416--2506442	14	1.9	14	100	0	54	48	0	14	37	1.45
2506540--2506696	40	3.9	40	83	1	181	33	20	21	24	1.97
2506754--2506844	40	2.3	40	82	0	110	31	20	24	23	1.98
2506601--2507229	154	4.1	155	81	4	678	31	18	22	27	1.97
2507556--2507749	7	27.6	7	69	9	81	20	2	34	43	1.63
2507562--2507600	20	1.9	21	89	5	62	20	0	33	46	1.51
2507555--2507691	27	4.9	27	73	15	102	21	0	32	45	1.58
2507652--2507706	22	2.5	22	82	2	67	20	1	30	47	1.60
2507703--2507748	23	2.0	22	83	4	56	15	6	39	39	1.73
2508531--2508561	14	2.2	14	100	0	62	54	0	12	32	1.38
2515723--2516005	9	30.0	9	70	14	128	45	17	1	35	1.59
2515907--2516005	43	2.4	43	85	8	136	45	19	0	35	1.50
2518598--2518760	43	3.8	43	77	3	157	27	14	25	32	1.95
2526389--2526598	83	2.6	83	79	5	230	30	11	11	46	1.76
2526553--2526664	59	1.9	59	87	3	163	26	9	12	50	1.71
2529964--2530013	20	2.5	20	90	0	73	34	4	6	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534117--2534170	23	2.3	24	78	9	67	53	1	1	42	1.22
2534638--2534698	29	2.1	28	84	3	77	26	13	18	42	1.86
2537864--2537916	22	2.5	21	82	14	65	28	20	20	30	1.98
2545796--2547050	419	3.0	419	98	0	2438	27	17	17	38	1.91
2547584--2547657	31	2.4	31	86	0	103	33	14	8	43	1.75
2549136--2549169	17	2.0	17	94	0	59	17	44	5	32	1.73
2550288--2550313	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
2551631--2551705	37	2.0	37	100	0	150	24	17	21	37	1.94
2552342--2552393	21	2.6	20	82	17	72	32	0	3	63	1.12
2552382--2552426	23	2.0	23	82	8	56	22	2	4	71	1.15
2553319--2553354	4	9.0	4	100	0	72	25	50	0	25	1.50
2553934--2553964	16	1.9	16	93	0	53	35	6	32	25	1.82
2581407--2581448	16	2.6	16	81	7	50	66	4	9	19	1.38
2581994--2582043	21	2.3	21	83	10	57	32	12	4	52	1.57
2590967--2591215	50	4.8	50	86	3	309	26	22	29	21	1.99
2594748--2594777	15	2.0	15	93	0	51	16	23	6	53	1.66
2596038--2596063	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2604902--2604935	4	8.5	4	86	0	50	47	0	29	23	1.52
2606340--2606377	18	2.1	18	100	0	76	44	15	5	34	1.69
2610139--2610171	17	1.9	17	93	0	57	18	15	15	51	1.77
2611233--2611512	27	10.4	27	88	0	380	42	21	16	18	1.89
2613932--2613998	26	2.6	26	88	4	91	28	26	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626561--2626586	13	2.0	13	100	0	52	46	15	23	15	1.83
2635236--2635295	10	6.4	9	71	21	52	71	3	6	18	1.22
2641475--2641538	33	1.9	33	100	0	128	21	18	23	35	1.95
2647163--2647195	17	1.9	17	93	0	57	39	0	12	48	1.40
2648880--2648930	21	2.5	21	80	3	59	39	9	7	43	1.67
2652309--2652378	26	2.7	26	90	0	104	20	17	21	41	1.90
2654075--2654186	28	4.0	28	86	3	145	29	21	25	24	1.99
2654063--2654185	56	2.2	56	84	5	160	30	21	23	24	1.99
2654295--2654371	26	3.0	26	78	0	91	37	22	23	16	1.94
2654547--2654722	27	6.5	27	77	5	158	19	15	20	44	1.86
2654593--2654746	54	2.9	53	83	3	175	23	14	17	44	1.86
2654605--2654750	53	2.7	53	81	4	159	23	15	16	43	1.86
2654552--2654769	27	8.1	27	77	8	149	20	14	20	44	1.85
2659205--2659247	20	2.2	20	82	0	50	30	9	13	46	1.75
2675029--2675078	24	2.2	23	80	13	59	54	6	20	20	1.65
2677137--2677186	23	2.2	23	89	7	75	52	24	8	16	1.70
2683357--2683407	23	2.2	23	79	6	59	49	19	11	19	1.79
2683440--2683494	20	2.8	20	83	2	76	63	14	12	9	1.51
2686014--2686223	75	2.8	76	83	8	268	43	6	8	41	1.59
2691611--2691645	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
2692017--2692132	22	4.9	24	66	21	66	33	11	16	38	1.84
2691895--2692198	47	6.5	47	88	1	432	33	11	14	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2699108--2699142	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
2699394--2699596	47	4.3	47	98	0	361	32	12	15	39	1.84
2700964--2701068	23	4.6	23	70	13	63	40	27	1	30	1.67
2701077--2701159	23	3.6	23	83	3	87	38	20	6	34	1.77
2706070--2706106	19	2.0	19	94	5	67	32	13	5	48	1.65
2706085--2706160	40	1.9	40	97	0	143	23	9	2	64	1.36
2712294--2712326	17	2.0	17	88	5	50	15	6	15	63	1.49
2714417--2714483	27	2.5	27	92	0	116	22	14	19	43	1.87
2726268--2726319	20	2.6	20	81	0	68	53	0	0	46	1.00
2726268--2726328	13	4.6	13	74	10	52	50	1	0	47	1.10
2727002--2727279	132	2.1	133	97	1	531	36	6	7	49	1.57
2741428--2741461	17	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
2743748--2743971	42	5.3	41	71	10	132	25	17	16	40	1.90
2750245--2750444	41	4.8	40	82	4	229	20	22	28	29	1.98
2750870--2751046	89	2.0	90	88	1	266	27	1	27	44	1.62
2755079--2755415	23	14.7	23	75	9	224	30	5	23	40	1.76
2755083--2755423	46	7.5	46	74	10	254	31	5	23	40	1.77
2755083--2755415	137	2.4	137	82	7	358	30	5	23	40	1.76
2755079--2755423	160	2.2	160	93	1	584	30	5	23	40	1.76
2756081--2756121	22	1.9	21	85	5	55	78	7	2	12	1.06
2756073--2756137	27	2.4	25	78	14	67	76	4	7	10	1.13
2759349--2759394	24	1.9	24	82	8	58	6	17	13	63	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2760359--2760422	26	2.5	25	76	19	60	20	6	4	68	1.30
2761954--2762001	25	1.9	25	82	0	60	29	22	22	25	1.99
2769088--2769163	23	3.3	23	81	0	71	36	19	17	26	1.94
2783106--2783138	12	2.8	12	100	0	66	9	0	39	51	1.34
2786264--2786323	30	2.0	30	100	0	120	36	10	20	33	1.86
2787946--2787976	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
2802141--2802312	29	5.9	28	80	8	193	22	28	13	36	1.92
2802151--2802317	59	2.8	60	87	6	227	20	28	14	37	1.92
2802144--2802312	88	1.9	87	85	3	232	21	28	13	36	1.91
2806603--2806651	10	5.1	10	79	16	50	61	2	2	34	1.19
2806596--2806695	29	3.5	29	69	18	75	60	3	5	32	1.34
2806603--2806647	20	2.3	19	85	11	56	64	2	2	31	1.18
2807145--2807193	9	5.6	8	79	15	53	28	2	0	69	1.00
2807136--2807192	27	2.2	24	84	9	69	26	3	1	68	1.15
2807165--2807245	27	3.0	27	75	5	83	33	0	2	64	1.07
2807145--2807203	9	6.4	9	75	14	50	28	1	0	69	0.98
2811208--2811257	27	1.9	27	84	8	68	24	28	4	44	1.72
2834287--2834353	26	2.6	25	83	4	89	16	26	23	32	1.96
2834441--2834504	24	2.7	24	97	2	121	18	25	15	40	1.90
2841684--2841722	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
2842236--2842399	73	2.2	73	75	5	170	18	23	22	35	1.95
2842380--2842463	25	3.4	25	77	0	96	23	22	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844336--2844434	43	2.3	43	92	0	162	37	25	14	23	1.92
2849662--2849874	7	29.9	7	69	11	65	42	34	0	21	1.59
2849692--2849880	14	13.3	14	70	11	89	45	31	1	21	1.59
2849805--2849879	22	3.5	21	71	12	62	46	28	1	24	1.60
2861004--2861169	40	4.2	40	91	0	233	27	23	19	29	1.98
2874921--2875069	38	3.9	36	78	7	145	15	16	28	38	1.90
2874921--2875069	76	2.0	76	84	0	199	15	16	28	38	1.90
2886401--2886440	20	1.9	22	90	10	66	32	10	2	55	1.47
2906525--2906857	171	1.9	171	90	0	531	30	26	15	27	1.96
2911797--2911869	30	2.5	29	88	6	103	47	2	6	42	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10