genome.fa.s1737.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3416254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  3  of  10  ( 1130 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751239--751354	35	3.3	35	80	2	135	38	24	18	18	1.93
751109--751288	75	2.4	75	80	7	206	34	19	21	24	1.96
751399--751582	37	5.0	37	99	0	359	35	24	2	38	1.68
753647--753694	22	2.2	22	100	0	96	27	10	18	43	1.82
756157--756213	25	2.3	25	81	6	71	38	21	19	21	1.93
763347--763413	27	2.4	27	92	2	107	29	28	22	19	1.98
763368--763480	25	4.5	25	74	5	95	30	23	26	20	1.98
765595--765619	12	2.1	12	100	0	50	28	0	0	72	0.86
765561--765617	27	2.1	27	87	6	80	31	1	1	64	1.13
771434--771476	22	2.0	21	86	4	59	11	0	37	51	1.39
771567--771881	126	2.5	125	89	3	481	31	17	22	28	1.97
773208--773259	26	2.0	26	96	0	95	28	15	17	38	1.90
775012--775146	22	6.6	21	77	15	149	22	0	31	44	1.59
775012--775155	43	3.5	42	75	19	151	24	1	30	43	1.63
775033--775103	35	2.0	36	94	2	126	21	0	35	43	1.53
774999--775120	57	2.2	55	94	2	208	22	0	35	40	1.60
775628--775669	18	2.3	18	83	0	57	47	7	28	16	1.73
776318--776343	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
776516--776553	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
777424--777505	22	3.7	22	79	11	87	46	2	29	21	1.64
777435--777492	11	5.3	11	87	0	80	43	3	32	20	1.69
782385--782434	25	2.0	25	96	0	91	22	16	10	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786415--786479	29	2.3	29	89	2	96	29	4	33	32	1.78
788738--788812	20	3.8	20	78	16	84	42	1	30	25	1.63
790524--790558	16	2.2	16	94	0	61	54	5	22	17	1.64
793414--793451	19	2.0	19	90	10	60	39	0	39	21	1.53
799752--799805	27	2.0	27	100	0	108	18	33	3	44	1.67
805424--805461	19	2.0	19	90	10	60	39	0	39	21	1.53
809580--809606	12	2.2	12	100	0	54	51	14	11	22	1.73
828245--828729	94	5.2	94	83	3	537	32	19	20	27	1.97
828289--828751	44	9.9	48	65	20	137	32	19	20	27	1.97
828300--828869	138	4.1	138	69	17	386	32	19	20	28	1.97
828680--828873	44	4.3	44	72	14	160	31	17	22	28	1.96
828590--828873	138	2.1	137	85	2	390	31	18	21	28	1.97
828859--828954	50	1.9	50	95	0	174	36	13	19	30	1.91
828721--828941	94	2.4	94	81	6	261	33	15	21	29	1.94
828861--828969	50	2.2	50	90	3	166	34	15	20	29	1.93
829281--829315	15	2.2	16	95	5	63	57	31	5	5	1.46
830497--830553	30	1.9	30	85	3	80	19	17	3	59	1.51
835011--835178	84	2.0	88	84	4	227	30	25	15	28	1.96
835189--835373	89	2.1	89	82	6	232	24	26	22	26	2.00
836218--836439	97	2.3	97	90	1	356	46	8	15	29	1.75
836735--836783	1	49.0	1	79	0	53	2	6	2	89	0.62
836708--836782	10	7.6	10	77	3	80	2	12	1	84	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836708--836778	29	2.4	30	81	9	83	2	12	1	83	0.83
836708--836783	24	3.2	24	78	14	77	2	11	1	84	0.79
836735--836781	19	2.5	19	86	6	69	2	6	2	89	0.63
836727--836784	29	2.0	30	90	6	93	3	8	1	86	0.76
841400--841451	20	2.7	18	80	16	59	57	3	3	34	1.35
841397--841447	21	2.4	20	87	9	66	58	3	3	33	1.35
843979--844011	4	8.2	4	100	0	66	48	27	0	24	1.51
847736--847833	20	4.9	20	71	14	76	14	28	19	37	1.91
851977--852379	207	2.0	204	87	3	585	35	13	15	35	1.87
868371--868429	27	2.2	27	82	8	68	25	1	5	67	1.20
873532--873598	27	2.5	27	75	0	71	17	25	17	38	1.92
877160--877221	22	2.8	22	77	15	65	22	3	32	41	1.70
877167--877330	50	3.5	46	80	9	154	20	3	34	42	1.68
877170--877330	23	6.9	23	75	15	118	19	3	34	42	1.67
879013--879075	32	2.0	32	90	0	99	30	15	11	42	1.82
884412--884445	17	2.0	17	88	0	50	35	17	11	35	1.87
886471--886512	15	2.7	15	88	3	57	4	19	2	73	1.12
886522--886594	5	14.6	5	76	20	64	57	4	0	38	1.18
886524--886566	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
886530--886595	24	2.7	25	81	9	73	59	4	0	36	1.18
887804--887877	23	3.2	23	90	0	112	37	1	10	50	1.46
888774--888806	5	6.6	5	89	10	50	15	0	3	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889489--889582	41	2.2	43	79	5	111	25	0	28	45	1.54
896429--896487	19	2.8	21	80	15	77	69	1	1	27	1.07
896832--896872	22	1.9	21	85	5	55	56	2	0	41	1.13
898224--898264	22	1.9	21	85	5	55	56	2	0	41	1.13
900903--901088	93	2.0	93	100	0	372	24	19	11	44	1.84
903758--903860	41	2.5	41	87	0	143	35	23	15	25	1.94
905761--905956	51	3.9	50	77	4	205	25	17	25	32	1.97
905760--905956	102	1.9	101	90	5	317	24	17	25	31	1.97
912636--912668	16	2.1	16	94	0	57	63	3	12	21	1.41
912946--912984	3	13.0	3	94	0	69	64	0	0	35	0.94
916144--916472	133	2.5	133	96	1	597	31	22	17	28	1.96
916131--916475	89	3.9	90	71	5	220	31	22	17	28	1.96
916114--916476	44	8.2	44	73	6	207	30	22	17	29	1.96
927929--927966	18	2.1	18	85	9	51	81	2	10	5	0.94
929009--929047	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
929284--929369	23	3.7	23	85	3	120	25	20	22	31	1.98
929794--929818	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
937944--937968	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
940408--940458	21	2.4	22	84	12	63	13	29	0	56	1.38
945780--945987	40	5.2	40	85	0	265	43	25	17	14	1.86
953033--953062	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
953125--953157	13	2.5	13	100	0	66	39	15	0	45	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954240--954269	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
962930--962960	14	2.1	15	94	5	55	41	0	0	58	0.98
963174--963235	26	2.3	27	86	2	90	37	33	1	27	1.67
969932--970035	41	2.5	41	95	0	181	22	29	23	25	1.99
976024--976085	30	2.2	29	82	8	74	51	0	3	45	1.17
976216--976258	22	2.0	22	86	9	61	41	0	2	55	1.12
976284--976319	17	2.1	18	89	5	56	75	5	13	5	1.17
976737--976822	21	4.0	22	83	8	115	17	20	23	38	1.93
976736--976822	44	2.0	41	86	6	120	18	20	22	37	1.94
982866--982903	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
983325--983367	10	4.2	10	82	11	52	67	2	0	30	1.03
987374--987412	20	1.9	21	84	5	53	25	0	2	71	0.98
987730--987770	21	2.0	21	85	9	57	51	0	2	46	1.14
988044--988081	14	2.6	14	84	15	51	57	0	0	42	0.98
989418--989484	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
989529--989580	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
991579--991604	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
991590--991694	31	3.4	30	73	12	97	52	1	3	41	1.30
991587--991727	61	2.3	61	88	1	210	51	3	2	42	1.34
993027--993248	50	4.4	50	84	5	322	23	17	28	30	1.97
993022--993203	101	1.8	101	98	0	355	23	18	28	30	1.97
1002665--1002853	94	2.0	95	94	3	337	34	11	7	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008934--1008958	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
1015685--1015713	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
1016042--1016073	6	5.3	6	100	0	64	15	0	31	53	1.43
1020435--1020575	25	5.7	24	70	15	90	33	20	25	20	1.97
1020675--1020728	24	2.2	24	83	0	63	24	18	29	27	1.98
1029438--1029506	24	2.9	23	71	12	59	34	18	24	21	1.96
1041956--1042082	26	4.9	26	78	7	123	35	30	11	22	1.90
1044946--1044976	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
1045029--1045065	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1045280--1045336	30	1.9	29	85	3	78	19	35	0	45	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10