genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397269.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_12.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5666189

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129021--2129064	23	1.9	23	90	0	70	36	9	20	34	1.84
2131138--2131212	35	2.1	35	87	0	105	36	4	13	46	1.62
2139955--2139979	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2144480--2144596	53	2.2	53	98	0	225	52	20	11	16	1.74
2149271--2149300	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
2149247--2149325	22	3.6	22	78	0	86	37	3	0	58	1.16
2149435--2149483	22	2.3	22	80	16	59	38	0	0	61	0.96
2149622--2149672	21	2.5	21	84	9	61	52	1	0	45	1.12
2154654--2154687	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
2156187--2156229	16	2.6	17	81	7	52	39	4	2	53	1.34
2156365--2156401	19	2.0	20	89	10	60	62	0	0	37	0.96
2156368--2156410	18	2.3	18	80	11	52	62	0	0	37	0.95
2168345--2168374	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
2168305--2168455	56	2.7	56	81	5	180	52	7	5	33	1.53
2189277--2189324	23	2.1	22	84	7	60	39	4	0	56	1.19
2189290--2189336	22	2.1	23	84	4	60	42	2	2	53	1.25
2197085--2197122	18	2.1	18	90	0	58	36	7	2	52	1.45
2198296--2198330	15	2.3	15	90	0	52	60	2	2	34	1.26
2206511--2206544	18	1.9	18	88	5	52	52	5	8	32	1.56
2209608--2209632	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2211241--2211450	107	2.0	107	96	0	384	33	11	16	38	1.85
2211993--2212045	22	2.3	22	78	15	54	43	1	1	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2214630--2214658	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2223595--2223748	5	31.4	5	65	14	54	29	1	0	68	1.05
2223592--2223663	14	5.4	14	73	15	55	29	1	0	69	0.97
2223634--2223751	15	8.0	15	71	16	77	29	2	0	66	1.10
2223692--2223754	33	1.9	33	87	12	94	30	1	0	68	0.99
2225397--2225542	29	5.1	28	77	3	130	46	10	26	17	1.79
2225397--2225542	58	2.5	58	85	0	202	46	10	26	17	1.79
2226691--2226772	33	2.5	33	100	0	164	32	17	8	41	1.79
2227470--2227583	56	2.0	56	100	0	228	38	21	7	33	1.80
2230517--2230590	23	3.3	22	73	14	78	52	4	1	41	1.28
2230721--2230774	23	2.4	22	72	12	56	38	0	1	59	1.08
2230722--2230773	22	2.3	22	80	9	52	40	0	1	57	1.10
2231798--2231839	20	2.1	20	86	8	59	57	2	0	40	1.12
2236641--2236690	24	2.0	26	81	14	61	62	4	0	34	1.14
2239194--2239222	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2245221--2245303	41	2.0	41	92	0	139	28	21	22	26	1.99
2250133--2250184	25	2.1	25	85	7	70	44	3	23	28	1.71
2250926--2251119	42	4.8	42	80	12	210	60	7	12	19	1.56
2251016--2251091	33	2.3	33	93	2	127	60	6	13	19	1.54
2250974--2251118	76	1.9	75	85	4	202	57	7	13	20	1.60
2251083--2251202	58	2.1	58	82	6	145	65	5	15	14	1.42
2251144--2251330	42	4.8	42	80	15	190	59	8	12	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251232--2251329	32	2.9	32	82	13	108	60	6	11	22	1.53
2251194--2251329	69	1.9	69	85	11	186	58	8	11	22	1.59
2251267--2251350	37	2.2	38	87	6	102	61	3	13	21	1.46
2251235--2251343	32	3.3	32	74	19	98	60	5	11	22	1.51
2251183--2251350	74	2.3	75	74	15	170	60	6	12	20	1.55
2255234--2255273	21	1.9	21	89	0	62	65	7	27	0	1.20
2259933--2259999	34	2.0	34	93	0	116	17	5	26	49	1.70
2265769--2265798	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2268558--2268630	34	2.1	34	87	5	103	32	12	19	35	1.89
2269303--2269368	27	2.4	27	82	0	69	43	9	6	40	1.61
2269460--2269504	21	2.1	22	83	4	56	60	4	8	26	1.46
2273632--2273683	24	2.2	24	85	0	68	13	15	40	30	1.86
2273642--2273688	24	2.0	24	86	0	67	12	19	36	31	1.89
2278281--2278415	15	9.1	15	67	18	70	68	1	0	29	0.98
2278269--2278413	20	7.4	19	66	19	59	67	1	0	31	0.99
2278280--2278389	48	2.5	43	80	14	116	69	1	0	29	0.99
2278272--2278428	33	4.6	33	71	13	113	67	1	0	30	1.03
2278313--2278408	29	3.2	29	73	14	72	70	1	0	28	0.94
2278638--2278679	15	2.7	15	88	3	57	38	16	4	40	1.70
2279741--2279787	21	2.3	20	85	7	60	44	4	4	46	1.42
2282464--2282500	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2286566--2286793	119	2.0	113	85	10	306	34	8	6	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289638--2289671	3	11.7	3	93	6	61	67	0	0	32	0.91
2300923--2300974	15	3.4	15	75	21	54	67	0	0	32	0.91
2301034--2301077	19	2.3	19	88	0	61	63	0	2	34	1.07
2302700--2302756	27	2.1	27	87	12	82	28	19	31	21	1.97
2305392--2305490	52	1.9	52	82	0	126	22	21	14	42	1.88
2306475--2306548	26	2.8	27	72	22	68	28	18	32	20	1.96
2314098--2314184	43	2.0	43	100	0	174	16	33	4	45	1.67
2321000--2321112	30	3.8	30	74	9	106	53	5	7	33	1.53
2320979--2321113	60	2.2	60	80	5	148	52	4	7	35	1.50
2327739--2327774	18	2.0	18	100	0	72	50	16	16	16	1.79
2337933--2337962	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2340800--2341137	111	3.1	111	89	3	502	18	27	16	37	1.92
2352634--2352734	47	2.2	46	86	10	143	48	9	23	17	1.77
2364165--2364203	19	2.1	19	90	0	60	61	0	0	38	0.96
2364346--2364383	19	2.0	19	85	10	51	42	0	2	55	1.14
2366214--2366238	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2372301--2372337	19	1.9	19	88	0	56	81	2	8	8	0.97
2387870--2387918	17	2.9	17	90	0	71	6	16	2	75	1.09
2389877--2389952	38	2.0	38	82	10	93	36	0	0	63	0.95
2389976--2390069	20	4.6	19	70	17	64	44	4	0	51	1.21
2390449--2390498	24	2.0	25	88	3	75	48	0	0	52	1.00
2401364--2401388	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408695--2408737	20	2.2	20	83	4	52	67	0	6	25	1.15
2412964--2413017	22	2.5	21	79	5	63	37	0	0	62	0.95
2413792--2413905	60	1.9	59	87	1	165	45	13	3	37	1.60
2424387--2424557	84	2.0	84	100	0	342	32	19	14	33	1.92
2442586--2442616	15	2.1	15	93	0	53	16	0	41	41	1.48
2442755--2442999	71	3.4	71	81	7	283	42	14	4	37	1.67
2442781--2443135	84	4.5	76	79	13	337	41	14	5	39	1.67
2442980--2443012	13	2.6	13	85	4	50	42	24	0	33	1.55
2442918--2443135	84	2.6	84	91	2	350	40	13	5	40	1.67
2449031--2449079	23	2.1	23	100	0	98	16	12	28	42	1.84
2449136--2449180	22	2.0	22	86	0	63	48	20	0	31	1.49
2453646--2453676	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
2464052--2464103	21	2.5	22	78	15	65	53	1	0	44	1.11
2464052--2464103	20	2.5	21	81	12	63	53	1	0	44	1.11
2464330--2464363	15	2.2	16	89	5	52	73	0	0	26	0.83
2464573--2464655	35	2.3	36	85	4	114	46	13	0	39	1.43
2466911--2467067	79	2.0	79	85	5	210	35	16	10	37	1.83
2470561--2470589	14	2.0	15	93	6	51	3	20	0	75	0.94
2479929--2479997	26	2.7	25	80	14	72	49	0	2	47	1.16
2483271--2483322	25	2.1	25	96	0	95	28	11	13	46	1.78
2483889--2483928	2	21.0	2	90	10	66	50	0	50	0	1.00
2487834--2487959	67	1.9	67	94	0	225	39	12	21	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491165--2491216	25	2.1	25	81	0	59	57	1	5	34	1.33
2500176--2500232	21	2.7	21	86	0	78	36	10	17	35	1.84
2505660--2505700	10	3.9	11	87	9	50	78	0	0	21	0.76
2505655--2505704	17	2.7	18	87	9	66	80	0	0	20	0.72
2505673--2505706	10	3.4	10	95	0	59	88	0	0	11	0.52
2505655--2505706	20	2.7	20	85	8	63	80	0	0	19	0.71
2506326--2506375	15	3.3	15	73	18	50	70	0	30	0	0.88
2506341--2506402	11	5.8	11	75	17	51	70	0	29	0	0.87
2506347--2506390	19	2.4	19	84	3	54	75	0	25	0	0.81
2507153--2507212	4	16.0	4	74	22	51	73	1	0	25	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14