genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397280.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_77.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1703557

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1992	171	11.6	172	77	6	1617	39	12	12	35	1.81
1811--2183	190	2.0	191	85	2	509	41	11	12	34	1.79
2929--3235	170	1.9	160	81	5	296	37	14	12	32	1.83
2935--3559	171	3.7	170	77	3	475	38	14	12	33	1.84
4489--4922	169	2.5	170	83	4	516	38	13	14	34	1.85
5222--7086	171	10.9	171	77	4	1391	39	13	13	34	1.83
5216--7084	341	5.5	337	75	7	1164	39	13	13	33	1.84
5227--7052	683	2.7	678	80	4	1859	39	13	13	34	1.83
5249--7086	512	3.6	507	75	5	1218	39	13	13	33	1.83
10836--15699	171	28.5	172	77	6	3795	35	13	12	38	1.83
10899--15699	512	9.4	508	78	6	3947	35	13	12	38	1.83
15862--16243	171	2.2	170	83	5	470	35	13	12	38	1.82
15991--16752	341	2.2	341	80	5	819	33	15	12	38	1.85
15805--16752	170	5.6	167	77	7	748	34	14	12	38	1.84
18210--18666	171	2.7	171	82	3	521	41	14	12	31	1.83
20430--20470	5	7.8	5	84	10	55	56	2	21	19	1.54
20776--21669	171	5.2	170	78	9	741	35	11	12	40	1.80
20914--21669	170	4.4	169	79	8	624	35	10	12	41	1.78
21563--21795	126	1.8	126	84	1	315	31	13	8	46	1.73
21392--21965	297	1.9	297	82	2	724	34	13	9	42	1.77
21689--22984	171	7.6	169	76	7	886	35	13	12	38	1.83
21689--22978	342	3.8	339	78	6	1206	35	14	12	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088--24169	171	6.3	169	80	6	1038	36	12	14	35	1.85
25861--26012	35	4.3	36	84	1	193	32	7	15	44	1.75
25861--25996	71	1.9	71	86	3	193	32	6	15	45	1.72
27286--28205	171	5.4	170	79	5	838	38	11	14	35	1.83
27286--28205	341	2.7	341	80	4	926	38	11	14	35	1.83
29321--29882	172	3.3	171	77	6	501	36	11	14	35	1.82
29739--30034	151	2.0	152	86	2	425	40	12	12	34	1.81
32394--32466	16	4.8	16	69	25	50	0	27	1	71	0.95
44757--44833	21	3.5	21	79	8	82	1	32	0	66	1.00
44774--44841	21	3.2	21	73	8	66	1	30	0	67	0.99
46704--48161	171	8.5	171	79	4	1332	38	12	13	35	1.83
46732--48161	687	2.1	682	81	5	1625	38	12	13	35	1.83
48014--48309	148	2.0	148	80	7	334	36	12	16	34	1.87
48591--51864	171	19.2	171	77	4	2566	34	13	12	38	1.83
48596--51864	341	9.6	338	77	7	2431	34	13	12	38	1.83
48596--51858	512	6.4	508	77	6	2682	34	13	12	38	1.83
57912--58525	171	3.6	171	78	5	483	34	16	12	36	1.87
58558--59265	171	4.1	169	79	3	686	35	13	13	37	1.85
58597--62269	342	10.9	340	74	9	2443	35	13	12	38	1.82
59329--61811	171	14.5	170	76	7	1768	35	13	11	39	1.82
59325--62277	512	5.8	507	75	8	1850	35	13	11	39	1.81
59452--62258	341	8.3	336	75	8	1882	35	13	11	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61672--61953	150	1.9	150	82	1	359	32	14	10	41	1.80
61822--62258	170	2.6	169	80	7	483	33	13	12	40	1.82
62534--62982	181	2.5	182	86	2	600	38	9	12	39	1.76
63028--63366	181	1.9	181	81	7	420	37	10	14	37	1.80
63721--64052	181	1.8	181	87	0	493	35	11	14	38	1.82
70955--71002	18	2.6	19	86	3	62	56	0	4	39	1.19
73295--78527	182	28.9	180	71	10	2182	37	11	14	37	1.82
73326--76167	721	3.9	709	77	8	2353	36	11	14	37	1.82
74536--74868	172	1.9	171	82	1	416	36	12	14	36	1.84
75264--76332	575	1.9	577	82	5	1356	36	10	15	37	1.83
75845--76852	503	2.0	503	86	4	1390	36	11	16	35	1.84
76347--79777	364	9.4	363	73	8	1896	37	11	14	36	1.82
76347--78011	731	2.3	727	81	4	1881	37	10	14	37	1.81
76348--79745	546	6.2	544	75	7	2492	37	11	14	36	1.82
78480--78548	31	2.2	31	84	5	84	36	8	7	47	1.62
78501--78551	17	3.2	17	67	16	54	35	3	7	52	1.49
76348--80015	727	5.0	723	78	7	2362	37	11	14	36	1.82
78549--79734	182	6.5	181	75	5	699	38	11	13	36	1.82
80045--80437	181	2.2	182	81	5	449	36	10	14	38	1.80
80426--80477	15	3.8	15	71	23	60	44	9	5	40	1.61
80432--80496	25	2.6	25	100	0	130	43	9	7	40	1.65
80978--86502	182	30.3	182	70	11	580	36	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81342--81417	30	2.5	30	95	2	134	40	10	5	43	1.62
81589--86412	182	26.7	182	73	9	1087	36	11	14	37	1.82
81721--86502	540	8.8	538	75	8	2618	36	11	14	37	1.82
81373--86502	363	14.2	364	74	7	3642	36	11	14	37	1.82
87129--87189	21	2.8	22	78	9	63	32	11	24	31	1.91
89230--90847	182	8.9	181	75	7	1253	36	11	14	37	1.83
89148--90848	363	4.7	361	75	7	1303	36	11	14	37	1.82
89284--90876	545	2.9	537	80	6	1586	36	11	14	37	1.83
92127--93085	182	5.3	182	78	5	787	36	12	12	38	1.81
92127--96451	182	23.7	181	70	12	697	36	12	13	37	1.83
92747--93114	186	2.0	186	80	4	420	36	12	12	38	1.81
93118--101476	182	46.0	182	71	10	4322	36	12	14	37	1.83
92145--96453	718	5.9	723	79	7	3560	36	12	13	37	1.83
97525--97807	154	1.8	154	81	6	349	36	9	17	36	1.83
98692--99698	545	1.8	545	84	2	1360	36	12	14	37	1.83
97782--102312	727	6.2	715	73	10	2327	36	11	14	37	1.82
98320--100040	545	3.2	546	78	6	1250	35	12	14	37	1.84
101293--101688	212	1.9	213	80	4	478	37	9	12	40	1.75
101479--102241	182	4.2	178	74	7	565	39	11	12	37	1.78
102334--103775	182	7.9	182	78	3	1290	37	11	14	36	1.83
101845--102801	489	2.0	489	82	2	1181	38	10	13	37	1.80
102334--105223	363	8.0	361	75	5	2267	37	11	14	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102334--105210	727	4.0	722	83	4	3516	37	11	14	36	1.83
102334--105211	545	5.3	544	75	6	2244	37	11	14	36	1.83
103821--105223	182	7.7	182	77	4	1235	36	11	14	36	1.83
107460--107530	28	2.5	28	93	2	115	1	30	1	66	1.09
108653--108699	24	2.0	24	86	0	67	78	0	19	2	0.85
113720--113798	38	2.1	38	97	0	149	30	2	24	43	1.67
115895--116227	181	1.8	182	83	1	445	39	8	14	38	1.76
118561--121507	182	16.2	182	73	8	1364	36	12	14	36	1.84
118561--127520	364	24.7	364	74	5	6178	36	12	14	37	1.84
118561--127519	546	16.5	542	74	6	5252	36	12	14	37	1.84
121513--127512	182	33.0	182	73	7	3661	35	12	14	37	1.84
127345--127789	234	1.9	235	81	5	542	36	9	15	38	1.81
128905--129578	183	3.8	175	73	9	468	36	12	15	36	1.84
129253--129588	176	1.9	174	82	6	419	34	11	15	38	1.84
133109--133153	22	2.1	21	84	8	56	0	33	0	66	0.92
139041--144011	182	27.2	178	72	10	954	36	11	14	37	1.82
139041--142569	182	19.4	180	75	6	2301	37	11	13	37	1.81
139041--146363	363	20.3	362	72	8	4225	36	11	14	37	1.82
139044--145760	544	12.4	540	71	11	1919	36	11	14	37	1.82
143898--144199	156	1.9	156	79	0	334	34	13	18	33	1.90
144124--145994	181	10.5	180	71	11	499	36	12	14	37	1.83
144429--144907	169	2.8	170	79	5	441	37	11	14	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144834--145154	168	1.9	164	81	5	385	35	13	12	39	1.82
144988--146074	362	3.0	361	76	6	906	35	11	14	37	1.83
144041--146369	724	3.3	717	77	7	2321	36	11	14	37	1.83
146756--146780	11	2.3	11	100	0	50	56	0	28	16	1.41
147659--147709	4	12.5	4	80	2	57	64	0	35	0	0.94
147659--147709	16	3.1	16	91	2	75	64	0	35	0	0.94
147672--147716	8	5.6	8	83	0	54	64	0	35	0	0.94
147659--147734	16	4.9	16	75	12	70	64	1	34	0	1.02
149908--151734	727	2.5	725	80	4	1865	37	11	13	37	1.82
149922--153290	182	18.5	179	73	7	2043	36	11	13	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6