genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397280.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_77.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1703557

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928375--928445	29	2.5	28	77	4	70	43	16	5	33	1.72
930211--930450	55	4.4	53	75	11	146	38	17	12	31	1.87
930211--930434	82	2.7	82	79	6	222	38	17	12	31	1.87
930211--930631	27	15.4	27	75	7	303	38	17	10	33	1.83
930261--930631	55	6.8	55	85	5	394	39	16	9	34	1.82
930257--930503	137	1.8	137	83	5	329	38	17	10	33	1.85
934460--934519	30	2.0	30	100	0	120	33	20	13	33	1.91
935738--935781	21	2.0	22	91	4	72	31	0	6	61	1.22
937315--937356	21	2.0	22	85	4	59	52	14	2	30	1.54
938012--938095	28	3.0	28	89	1	134	28	9	32	29	1.89
938078--938279	63	3.2	63	85	2	289	29	10	17	42	1.84
938355--938387	15	2.2	15	94	0	57	36	12	15	36	1.84
940393--940461	15	4.5	16	77	10	56	71	7	0	21	1.10
941866--941891	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
942113--942159	8	6.4	8	79	18	57	42	2	10	44	1.51
942121--942163	20	2.2	20	95	0	77	46	2	9	41	1.48
985184--985243	25	2.4	25	80	0	75	25	18	31	25	1.97
990015--990054	13	3.1	13	85	0	53	72	0	27	0	0.85
990014--990056	9	4.7	9	82	2	50	74	0	25	0	0.82
1009562--1009747	36	5.4	33	78	9	113	34	8	13	43	1.75
1009555--1009775	35	6.3	35	83	4	250	33	8	13	44	1.73
1009555--1009775	71	3.2	71	81	5	254	33	8	13	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1009591--1009766	36	5.1	32	81	5	102	33	8	13	44	1.73
1016709--1016996	28	10.0	29	79	7	282	41	8	13	35	1.76
1016720--1016950	28	8.0	28	85	5	291	41	8	13	36	1.75
1016720--1016950	58	4.0	57	83	5	279	41	8	13	36	1.75
1016709--1016944	57	4.1	57	84	4	278	41	8	13	35	1.75
1016722--1016950	115	2.0	115	84	5	302	41	7	13	36	1.74
1028403--1028441	18	2.2	18	85	0	51	0	20	5	74	1.01
1029928--1030093	73	2.3	73	80	2	181	25	19	15	39	1.91
1046584--1046654	16	4.4	16	74	10	56	23	0	9	66	1.22
1071600--1071914	29	10.8	29	80	5	305	37	10	11	40	1.76
1077941--1078027	33	2.6	32	81	7	84	28	3	2	65	1.21
1078006--1078132	19	6.8	19	71	22	85	29	1	0	68	0.99
1078007--1078101	25	3.6	28	72	21	80	29	2	0	68	1.01
1078044--1078127	32	2.6	32	83	12	102	28	0	0	71	0.86
1077967--1078135	40	4.2	40	74	12	143	30	2	0	66	1.07
1080721--1080957	49	4.8	49	82	1	197	35	22	10	31	1.88
1098209--1098372	68	2.4	68	84	0	202	37	17	9	35	1.81
1098250--1098378	68	1.9	68	90	0	204	36	19	7	36	1.81
1105648--1105680	13	2.8	12	90	9	50	18	0	3	78	0.87
1105649--1105691	21	2.0	21	86	0	59	20	0	2	76	0.89
1106188--1106244	28	2.0	28	93	6	98	49	10	22	17	1.77
1106864--1106932	21	3.3	20	80	13	68	57	0	39	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1112282--1112324	21	2.0	21	100	0	86	39	9	23	27	1.85
1114071--1114152	30	2.7	30	73	7	76	40	1	8	50	1.41
1114647--1114671	11	2.3	11	100	0	50	24	40	0	36	1.55
1116166--1116306	73	1.9	73	82	5	178	27	18	14	39	1.90
1121720--1121749	15	2.0	15	93	0	51	26	43	0	30	1.55
1127373--1129032	182	9.3	181	75	9	1269	38	14	11	35	1.82
1131859--1132031	35	4.9	35	80	4	168	43	15	6	34	1.74
1132311--1132339	15	1.9	15	100	0	58	24	27	13	34	1.93
1141312--1147444	170	36.2	170	73	7	3243	38	13	13	33	1.84
1144194--1147400	171	18.9	163	71	10	1015	38	13	13	34	1.84
1144194--1144843	163	3.9	164	76	12	535	36	13	14	35	1.85
1141675--1147331	341	16.7	334	72	10	1264	38	13	13	34	1.84
1145182--1145816	168	3.8	169	76	10	442	40	12	13	33	1.83
1151255--1151293	8	4.8	8	90	3	60	0	35	2	61	1.10
1151872--1151923	21	2.4	22	72	15	54	21	19	5	53	1.65
1153327--1153956	339	1.9	340	80	6	747	38	13	14	34	1.85
1152858--1154804	170	11.5	169	75	7	902	38	13	14	34	1.85
1154740--1154860	64	1.9	63	87	1	179	47	6	5	40	1.54
1154803--1155510	170	4.2	170	76	7	575	39	12	12	34	1.81
1155513--1155857	174	2.0	177	80	6	389	37	14	14	33	1.87
1156055--1159397	170	19.7	168	76	7	2365	38	13	13	34	1.84
1156055--1159316	340	9.6	338	77	6	2763	38	13	13	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1159426--1160155	169	4.3	169	74	10	492	39	11	13	35	1.81
1159440--1160155	338	2.1	339	79	6	747	38	11	13	36	1.82
1160435--1160464	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
1167820--1167861	8	5.1	8	91	2	66	57	2	40	0	1.12
1173946--1181564	170	45.1	169	73	8	4397	38	13	13	33	1.85
1173945--1180251	169	37.2	171	73	8	3517	38	13	13	33	1.84
1173947--1181524	339	22.4	340	72	10	3124	38	13	13	33	1.85
1181609--1181677	31	2.2	31	86	2	93	23	14	18	43	1.87
1181370--1181914	283	1.9	283	97	0	1036	33	13	17	35	1.89
1181745--1182073	172	1.9	171	82	5	405	38	13	13	33	1.85
1181748--1182123	171	2.2	170	80	6	395	39	14	12	33	1.84
1185130--1186561	170	8.4	169	72	9	643	38	13	13	34	1.85
1185292--1185869	169	3.4	169	77	7	392	38	14	14	33	1.86
1186722--1209251	170	131.8	168	69	10	5946	37	13	14	34	1.85
1198604--1209251	341	31.3	339	73	8	4819	38	13	13	34	1.84
1198608--1214761	511	31.5	508	70	10	5353	38	13	13	34	1.85
1209332--1213500	171	24.6	171	72	8	1767	37	14	13	34	1.85
1209332--1214026	341	13.9	342	72	9	1987	37	13	13	34	1.85
1211520--1213017	170	8.8	168	71	11	486	37	14	13	34	1.86
1213502--1214164	170	3.9	170	75	5	421	36	13	13	35	1.84
1214857--1218629	170	22.2	170	75	8	2101	38	14	13	34	1.85
1214920--1218631	509	7.3	507	74	9	2247	38	14	13	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1214857--1218629	339	11.1	332	73	9	1627	38	14	13	34	1.85
1218082--1218629	169	3.2	169	89	2	751	37	14	13	34	1.86
1219674--1219721	25	1.9	25	91	0	78	27	33	14	25	1.94
1221085--1221127	21	2.0	21	90	0	68	0	27	0	72	0.85
1221087--1221128	7	6.0	7	82	0	57	0	30	0	69	0.89
1225692--1225720	15	2.0	15	93	6	51	13	37	6	41	1.72
1228741--1228781	21	2.0	21	90	0	64	2	31	2	63	1.20
1229347--1229380	17	2.0	17	100	0	68	29	35	5	29	1.81
1230016--1234094	171	24.0	169	73	9	2244	38	13	13	33	1.84
1230005--1231336	683	1.9	680	79	5	1452	38	13	14	33	1.85
1230795--1234033	340	9.5	342	73	10	1341	38	13	13	33	1.84
1229983--1233370	511	6.6	499	74	10	1615	38	13	13	33	1.84
1230068--1234094	682	5.9	681	77	7	2832	38	13	13	33	1.84
1234163--1235462	171	7.6	170	72	8	727	39	12	13	34	1.83
1236083--1237025	170	5.5	169	71	9	526	37	13	13	34	1.85
1236461--1236912	174	2.6	170	76	10	416	38	11	15	34	1.83
1258151--1260569	170	14.4	169	73	8	1434	38	13	13	35	1.83
1260219--1260256	20	1.9	19	94	5	67	52	5	5	36	1.47
1261086--1261141	27	2.1	27	83	3	69	51	12	5	30	1.61
1260917--1261314	197	2.0	196	82	4	480	41	14	11	32	1.83
1261113--1263313	170	13.0	169	69	11	706	38	12	12	35	1.82
1261122--1262000	334	2.6	331	79	7	844	39	13	12	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1261461--1263290	170	10.8	168	70	9	869	38	12	13	36	1.82
1261328--1263262	341	5.7	334	72	9	1223	38	12	12	36	1.82
1265267--1265321	17	3.2	17	79	7	58	0	34	0	65	0.93
1265275--1265322	23	2.1	24	85	11	66	0	31	0	68	0.90
1265279--1265316	14	2.7	14	88	8	51	0	31	0	68	0.90
1266361--1267502	171	6.7	169	74	8	762	37	13	12	36	1.82
1266686--1267310	340	1.8	339	80	6	746	36	14	12	36	1.84
1266433--1268276	171	10.9	170	71	9	723	37	13	12	35	1.84
1268283--1270476	171	13.0	166	71	11	976	38	12	12	36	1.81
1268364--1270208	510	3.6	494	76	9	1367	38	11	12	36	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6