genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397280.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_77.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1703557

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151272--153083	545	3.3	545	77	7	1220	36	11	13	38	1.81
158436--158464	15	1.9	15	100	0	58	20	20	13	44	1.85
158624--158739	27	4.3	27	81	5	128	25	24	19	30	1.98
160776--160835	31	1.9	31	82	0	75	25	23	3	48	1.66
161509--167685	182	34.0	182	75	7	4616	36	11	13	37	1.82
161509--177074	364	42.6	364	68	13	4787	36	11	13	37	1.82
161513--167685	909	6.8	897	75	9	3985	36	11	13	37	1.82
166972--167540	195	3.0	193	79	7	490	36	11	13	38	1.81
168556--168988	184	2.4	183	80	5	468	37	11	12	37	1.80
169034--169200	49	3.4	49	89	0	255	37	14	16	31	1.89
169420--170936	181	8.4	179	73	11	555	36	11	12	39	1.79
170117--170174	31	2.0	30	83	12	77	34	10	8	46	1.69
170166--175211	182	27.3	181	67	14	1445	36	11	13	38	1.82
170166--170929	362	2.1	361	82	5	904	36	10	14	38	1.81
171110--175211	182	22.4	181	68	12	1503	36	11	13	37	1.82
172184--172584	199	2.0	198	83	4	497	36	11	12	39	1.80
172403--173440	363	2.9	361	73	5	937	36	11	14	37	1.82
175253--177074	181	10.2	178	74	9	1161	36	11	14	38	1.81
175253--176734	181	8.2	182	78	5	1304	36	11	14	38	1.81
176569--177006	169	2.6	165	74	10	354	35	11	16	36	1.84
177344--177371	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
180627--180694	35	1.9	35	88	5	102	25	11	30	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187675--188780	182	6.1	179	75	10	685	36	12	13	37	1.83
187671--188988	715	1.8	712	81	5	1579	36	12	13	37	1.83
189168--192890	182	20.6	179	71	12	1328	36	11	14	37	1.82
190794--191787	540	1.8	538	81	5	1220	37	11	13	37	1.81
192739--193021	142	2.0	142	85	0	377	36	10	12	40	1.77
192626--193213	324	1.8	322	84	2	811	37	11	13	37	1.81
196181--197237	182	5.8	180	77	7	890	37	10	14	37	1.81
196285--197242	363	2.6	362	79	6	1042	37	10	14	37	1.80
197244--199972	170	16.0	170	74	8	1474	34	12	13	38	1.83
197443--198369	512	1.8	511	81	4	1168	32	11	14	41	1.82
201001--201067	25	2.7	25	95	0	116	28	34	16	20	1.95
203857--204447	170	3.5	169	82	6	664	35	15	12	37	1.85
204292--204581	150	1.9	150	79	8	322	34	15	15	35	1.89
204688--207074	341	7.0	339	75	8	1689	33	13	13	39	1.84
204443--207074	171	15.5	170	75	8	1742	33	12	14	39	1.84
206947--207193	119	2.1	120	80	5	277	33	9	13	43	1.76
207176--207577	170	2.4	170	82	3	459	35	15	14	34	1.88
207298--207903	326	1.9	327	79	7	703	33	13	14	38	1.86
207593--207980	169	2.3	169	80	3	415	32	11	13	42	1.80
208087--208670	171	3.4	170	76	3	591	41	12	11	33	1.79
208028--208670	341	1.9	342	85	3	911	40	12	11	34	1.80
210905--210959	24	2.2	24	79	17	60	0	36	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214444--214490	23	2.0	24	87	4	69	0	40	0	59	0.97
216986--223818	171	40.0	171	71	5	3089	38	12	12	33	1.81
216991--224258	512	14.2	509	72	7	3059	38	12	12	34	1.81
219126--220449	683	1.9	681	81	3	1554	39	12	12	35	1.82
223853--224258	170	2.4	170	84	0	488	42	11	9	35	1.74
224953--227759	171	16.5	169	74	8	1703	33	13	14	38	1.85
227268--227581	170	1.8	171	79	4	366	37	12	12	37	1.81
228199--229026	182	4.6	181	78	6	651	37	13	11	37	1.81
228177--229046	363	2.4	361	77	5	862	37	14	11	37	1.82
230521--230558	20	1.9	20	94	0	67	34	18	15	31	1.92
231717--231807	45	2.0	45	93	0	155	41	15	13	29	1.85
235188--235303	61	1.9	61	85	3	162	27	14	29	28	1.95
240426--240588	49	3.3	49	81	2	166	28	6	25	39	1.81
240968--241082	36	3.2	36	76	1	106	22	19	28	29	1.98
242219--242369	5	30.4	5	69	16	66	70	1	1	26	1.06
242219--242402	19	9.4	18	67	25	74	69	1	2	27	1.09
242247--242339	49	1.9	47	85	8	125	68	1	2	27	1.07
242219--242518	33	9.0	33	65	22	98	65	1	3	29	1.17
242305--242356	14	3.5	14	85	12	59	71	0	0	28	0.87
242320--242422	33	2.8	38	74	17	108	65	0	3	30	1.17
242216--242405	86	2.2	85	80	12	194	68	1	2	27	1.10
242359--242587	113	2.0	114	94	0	406	61	1	4	32	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262575--262620	24	2.0	23	83	12	58	71	2	8	17	1.21
265240--265492	71	3.6	71	76	4	231	43	11	6	34	1.67
265240--265489	35	7.0	36	74	2	191	44	11	6	33	1.67
265226--265424	106	1.9	106	87	0	290	43	11	7	37	1.68
275072--275132	4	15.8	4	84	6	72	50	21	0	27	1.49
275065--275138	30	2.5	30	88	0	103	50	18	0	31	1.48
275777--275818	22	1.9	22	85	0	57	47	23	0	28	1.52
279031--279074	21	2.0	22	82	4	54	27	0	9	63	1.24
282215--282756	285	1.9	285	88	0	825	42	9	8	39	1.67
284022--284051	11	2.6	11	94	5	51	70	0	0	30	0.88
291933--291996	27	2.4	27	78	0	74	32	21	12	32	1.91
294491--294515	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
300053--300138	19	4.6	19	66	18	63	31	10	16	41	1.82
300057--300198	52	2.6	55	91	4	218	33	10	14	41	1.80
307175--307280	55	1.9	55	84	3	142	42	18	16	22	1.89
310457--310622	30	5.6	30	71	9	119	28	8	24	38	1.84
310536--310622	31	2.9	30	81	8	95	28	9	21	40	1.84
310750--310795	21	2.2	20	80	3	56	23	2	4	69	1.17
312033--312120	37	2.4	37	86	0	131	35	11	18	35	1.86
312697--312745	19	2.6	19	87	3	73	55	0	0	44	0.99
313619--313672	21	2.5	21	87	3	72	70	0	27	1	0.98
316369--316421	25	2.1	25	89	0	79	28	18	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327522--327563	19	2.2	20	83	12	52	26	2	4	66	1.23
329736--329819	30	2.7	31	80	12	93	42	2	0	54	1.13
331879--331950	30	2.4	30	90	0	108	36	19	2	41	1.66
333897--333921	12	2.1	12	100	0	50	28	24	24	24	2.00
335354--335442	27	3.2	28	71	14	76	32	1	1	65	1.08
335353--335419	16	4.5	15	75	20	61	34	1	0	64	1.03
335504--335567	26	2.6	26	75	7	53	29	3	0	67	1.06
335475--335544	24	2.8	24	76	4	68	32	2	0	64	1.08
340408--340453	18	2.7	18	77	9	53	60	10	6	21	1.52
340870--340908	19	2.1	19	90	0	60	58	0	2	38	1.12
341285--341344	31	1.9	31	86	6	86	50	3	21	25	1.64
342129--342169	21	2.0	21	90	0	64	70	0	26	2	0.99
345700--345743	21	2.0	22	91	4	72	31	0	6	61	1.22
347883--347980	35	2.8	35	81	4	108	17	32	21	28	1.96
347883--348006	35	3.5	35	81	3	106	19	31	19	29	1.96
349255--349302	20	2.4	20	96	0	87	35	8	16	39	1.79
349838--349874	18	2.0	19	89	5	58	21	5	13	59	1.54
350153--350197	18	2.6	18	92	3	74	73	0	20	6	1.05
352742--352777	12	2.9	13	84	16	58	0	41	16	41	1.48
353420--353463	21	2.0	22	86	4	63	61	9	0	29	1.27
355907--355960	22	2.5	22	93	0	90	48	7	18	25	1.74
358424--358474	24	2.2	23	96	3	93	39	17	7	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361531--361564	8	4.1	8	88	7	50	52	0	0	47	1.00
361524--361603	31	2.6	31	77	11	85	53	0	0	46	1.00
361519--361592	26	2.6	29	76	17	75	50	0	0	50	1.00
361728--361952	73	3.0	76	89	6	368	49	0	12	36	1.47
362154--362191	20	1.9	20	94	0	67	68	0	15	15	1.22
369320--369360	19	2.0	21	90	9	68	41	24	2	31	1.68
370912--370966	20	2.8	20	78	10	60	49	1	5	43	1.36
386082--386162	38	2.1	38	93	4	137	29	11	13	45	1.78
394109--394146	20	1.9	20	88	0	58	34	21	7	36	1.82
413381--413595	68	3.2	68	81	0	241	36	16	10	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6