genome.fa.s1836.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2428596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978--1026	24	2.0	24	100	0	98	36	4	8	51	1.51
9531--9568	3	13.0	3	84	15	53	31	0	0	68	0.90
9520--9574	16	3.7	15	83	13	69	29	0	0	70	0.87
9686--9760	25	3.0	25	96	0	132	38	20	14	26	1.91
12302--12341	16	2.4	17	87	8	55	30	5	5	60	1.40
24281--24540	141	1.8	141	87	3	389	27	28	18	25	1.98
24794--24831	3	13.0	3	84	15	53	31	0	0	68	0.90
24783--24837	16	3.7	15	83	13	69	29	0	0	70	0.87
24949--25023	25	3.0	25	96	0	132	38	20	14	26	1.91
27571--27610	16	2.4	17	87	8	55	30	5	5	60	1.40
37194--37260	11	5.9	11	76	16	57	28	17	20	32	1.96
37218--37278	23	2.7	23	92	0	95	32	16	16	34	1.91
38274--38332	21	2.8	20	74	7	55	38	6	1	52	1.38
38901--38949	14	3.4	14	88	2	71	32	2	32	32	1.70
38907--38991	7	12.1	7	79	0	53	25	2	34	37	1.69
38919--38991	21	3.5	21	71	0	65	26	1	32	39	1.65
38902--38985	35	2.4	35	78	6	89	27	2	33	36	1.70
50244--50274	10	3.1	10	95	0	53	58	0	38	3	1.15
56018--56065	9	4.8	10	80	14	55	43	20	31	4	1.71
59545--60030	243	2.0	243	97	0	911	24	16	25	33	1.95
61668--61712	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
62523--62726	31	6.6	31	98	0	390	19	19	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64222--64267	16	2.9	16	90	0	65	15	17	26	41	1.88
64361--64432	27	2.7	27	93	2	119	25	29	23	22	1.99
64372--64422	16	3.5	16	70	25	58	27	29	21	21	1.99
71181--71211	14	2.2	14	100	0	62	58	0	29	12	1.35
84289--84334	20	2.3	20	100	0	92	34	34	4	26	1.76
88146--88225	42	1.9	42	86	0	115	26	3	30	40	1.73
91062--91113	23	2.3	23	86	6	70	40	13	17	28	1.87
91789--91833	20	2.2	20	96	0	81	33	11	26	28	1.91
92327--92361	17	2.0	18	88	5	54	34	11	5	48	1.63
95475--95585	3	37.7	3	88	1	154	32	1	0	65	1.03
108407--108494	1	88.0	1	68	0	50	84	0	13	2	0.73
108407--108495	21	4.3	20	81	9	117	83	0	14	2	0.75
108404--108495	41	2.2	42	86	5	134	82	0	15	2	0.76
108409--108483	5	14.8	5	81	13	91	82	0	14	2	0.77
109695--110163	84	5.6	84	95	2	809	26	14	22	36	1.93
109695--110163	167	2.8	167	94	1	814	26	14	22	36	1.93
109695--110156	251	1.8	251	94	1	829	26	14	22	36	1.93
110775--111299	113	4.6	113	94	0	798	38	13	20	28	1.90
111594--111705	3	37.7	3	86	1	154	32	1	0	66	1.03
113147--113187	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
120581--120609	14	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
124646--124690	21	2.1	21	87	0	63	24	11	31	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127029--127065	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
129734--130149	210	2.0	207	87	3	602	23	27	18	30	1.97
133427--133456	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
133922--133955	13	2.5	14	90	4	52	70	0	2	26	1.01
137798--137889	28	3.1	28	75	14	94	18	9	28	43	1.82
137792--137901	33	3.5	33	75	14	115	16	10	31	41	1.81
142837--142895	14	4.5	14	75	16	63	13	11	16	57	1.65
142820--142895	38	2.0	38	84	5	100	14	14	19	51	1.76
142845--142895	24	2.1	24	85	0	66	13	11	17	56	1.66
143941--144000	16	3.8	16	90	0	93	8	15	25	51	1.70
145872--145911	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
155451--155530	22	3.6	23	78	8	103	25	23	26	25	2.00
155451--155530	21	3.7	21	81	5	97	25	23	26	25	2.00
161242--161366	64	1.9	64	87	7	182	28	17	21	32	1.96
161243--161380	64	2.2	64	83	10	167	28	18	21	31	1.97
161393--161430	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
165926--165981	22	2.8	19	78	19	60	39	5	5	50	1.48
165939--165981	22	2.0	22	100	0	86	44	4	4	46	1.45
165976--166033	18	3.2	18	90	2	80	43	1	6	48	1.40
166046--166111	32	2.1	31	86	11	89	39	3	1	56	1.24
177824--177885	2	31.0	2	100	0	124	0	50	0	50	1.00
191180--191210	14	2.2	14	94	0	53	6	38	9	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193379--193425	22	2.1	23	88	4	69	23	12	25	38	1.90
207354--207389	17	2.1	17	90	10	56	72	0	8	19	1.10
216138--216192	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
222239--222495	142	1.8	142	86	1	372	23	24	26	24	2.00
223187--223251	22	3.0	22	75	4	62	50	3	1	44	1.26
223346--223414	19	3.6	19	70	14	61	46	1	5	46	1.35
223409--223453	23	2.0	23	81	0	54	51	2	2	44	1.26
223549--223586	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
223801--223859	14	4.1	14	84	4	82	35	20	5	38	1.75
223800--223857	29	2.0	29	96	0	107	32	20	5	41	1.75
226801--226921	34	4.0	30	75	17	124	37	4	5	52	1.44
226856--226910	17	3.2	17	69	19	51	38	3	5	52	1.42
228160--228208	18	2.7	19	87	6	66	63	2	2	32	1.17
228177--228223	20	2.4	18	86	10	58	53	2	0	44	1.12
229822--229861	20	2.1	19	90	4	62	0	30	0	70	0.88
230064--230123	27	2.2	27	96	0	111	21	13	41	23	1.88
232735--232777	21	2.0	21	86	0	68	39	0	9	51	1.34
236559--236596	17	2.2	17	100	0	76	21	23	15	39	1.92
243581--243610	3	10.0	3	92	0	51	30	33	0	36	1.58
244092--244127	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
246110--246173	32	2.0	32	87	0	92	18	25	10	45	1.82
265603--265627	12	2.1	12	100	0	50	32	8	32	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265666--265725	30	2.0	30	100	0	120	36	16	16	30	1.91
276529--276701	81	2.1	82	89	3	260	23	19	21	34	1.96
276529--276701	41	4.2	41	87	3	251	23	19	21	34	1.96
277559--277622	21	3.2	19	71	16	56	31	23	20	25	1.98
277566--277779	41	5.2	41	91	1	338	31	24	21	22	1.98
278031--278055	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
287892--287927	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
302254--302310	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
315914--315953	21	1.9	21	89	0	62	50	27	0	22	1.50
317583--317652	36	2.0	35	91	5	115	45	18	5	30	1.72
322194--322254	21	3.2	21	61	29	55	42	19	4	32	1.73
322146--322260	35	3.3	35	90	3	169	45	18	5	31	1.71
329453--329479	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
335900--335968	21	3.3	22	73	15	56	49	5	13	31	1.65
339661--339734	33	2.2	33	95	0	130	27	25	12	35	1.91
341983--342045	21	3.0	21	95	0	117	23	17	28	30	1.97
347923--348003	21	3.8	21	76	12	67	14	23	37	24	1.93
347968--348005	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
351785--351824	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
354175--354208	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
366547--366584	15	2.5	15	84	12	51	42	0	44	13	1.43
366563--366623	18	3.4	18	76	0	68	50	0	42	6	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
366572--366618	15	3.1	15	73	11	51	51	0	42	6	1.27
373445--373673	109	2.0	111	90	6	356	24	15	20	39	1.91
377317--377363	16	2.9	16	93	0	76	21	23	14	40	1.90
377613--377658	23	2.0	24	95	4	85	45	0	4	50	1.21
377827--377895	7	9.9	7	88	0	93	17	0	34	47	1.48
378519--378564	7	6.6	7	89	0	74	15	0	36	47	1.45
378981--379038	7	8.3	7	82	0	71	18	0	32	48	1.49
378981--379032	21	2.5	21	93	0	86	21	0	30	48	1.51
379123--379193	2	35.0	2	81	8	81	42	1	5	50	1.34
378981--379471	260	1.9	260	80	7	568	35	5	11	47	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12