genome.fa.s1836.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2428596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223754--2223816	31	2.0	31	87	6	92	19	19	23	38	1.93
2225182--2225214	17	1.9	17	88	11	50	33	0	15	51	1.43
2225952--2225984	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2229925--2229983	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
2229998--2230328	54	6.0	54	81	7	398	52	12	0	35	1.39
2230030--2230302	32	9.7	32	71	25	233	52	12	0	34	1.40
2230132--2230185	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2230174--2230216	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2230176--2230224	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2230230--2230278	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
2230272--2230315	22	2.0	22	82	8	54	54	4	0	40	1.21
2230282--2230323	22	1.9	22	95	0	75	50	11	0	38	1.40
2230576--2230606	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2231851--2231914	31	2.1	29	76	15	67	25	21	14	39	1.91
2232030--2232082	23	2.2	25	84	15	69	45	1	0	52	1.11
2232074--2232117	19	2.2	19	84	8	52	40	0	0	59	0.98
2232040--2232121	29	3.0	29	82	7	91	46	0	0	53	1.00
2232073--2232135	29	2.2	29	82	5	74	38	1	3	57	1.24
2232203--2232265	30	2.2	30	77	13	69	31	0	6	61	1.21
2236761--2236799	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2238111--2238248	70	2.0	70	98	0	267	34	19	13	31	1.91
2239807--2239835	5	5.8	5	100	0	58	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241624--2241653	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
2243992--2244017	9	2.9	9	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2244909--2244941	15	2.1	16	88	5	50	39	15	6	39	1.72
2245558--2245626	25	2.8	25	86	4	95	28	10	20	40	1.85
2250610--2250713	3	34.7	3	88	0	154	34	3	0	61	1.14
2252846--2252894	18	2.8	18	78	9	57	24	0	2	73	0.94
2252885--2252921	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
2263520--2263576	9	6.1	10	69	22	52	80	0	15	3	0.84
2263520--2263579	18	3.4	17	81	6	75	81	0	15	3	0.81
2264706--2265295	82	7.2	82	96	0	1056	29	14	21	35	1.93
2264706--2265295	165	3.6	165	97	0	1085	29	14	21	35	1.93
2265914--2266684	113	6.8	113	96	0	1294	37	14	19	28	1.91
2266937--2267034	3	32.7	3	87	0	142	34	4	0	61	1.15
2270716--2270781	31	2.1	32	88	2	98	12	9	34	43	1.73
2270712--2270788	31	2.6	29	82	9	93	10	9	32	48	1.69
2271297--2271343	16	2.8	17	81	9	60	31	25	4	38	1.75
2271300--2271344	18	2.6	17	82	6	56	31	26	2	40	1.68
2276571--2276655	13	6.0	13	69	20	55	50	3	2	43	1.32
2277023--2277122	45	2.2	45	98	0	191	33	15	15	37	1.88
2277457--2277528	24	3.0	24	84	8	101	51	16	11	20	1.75
2279333--2279405	36	2.0	36	97	0	137	28	20	9	41	1.84
2282130--2282238	24	4.5	25	74	11	84	49	14	14	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284007--2284079	36	2.0	36	94	0	128	28	19	9	42	1.82
2284738--2284773	18	2.0	18	94	0	63	13	19	50	16	1.79
2286151--2286208	7	8.3	7	80	0	62	48	31	0	20	1.50
2286151--2286208	21	2.8	21	86	0	71	48	31	0	20	1.50
2286886--2286932	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
2286884--2286933	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
2287213--2287256	16	2.8	16	89	0	70	45	4	15	34	1.67
2296697--2296730	16	2.1	17	88	5	52	41	20	14	23	1.89
2297552--2297619	20	3.3	20	76	8	73	36	19	7	36	1.79
2297618--2297673	20	2.8	20	88	0	85	28	26	12	32	1.93
2297635--2297999	152	2.4	152	85	4	491	30	18	10	39	1.86
2297942--2297998	20	2.8	20	89	0	78	31	26	8	33	1.87
2297838--2298164	172	1.9	173	89	3	516	29	19	12	38	1.88
2297962--2298318	193	1.9	193	95	0	644	28	20	12	37	1.90
2298136--2298184	20	2.5	20	89	0	71	24	26	14	34	1.94
2298154--2298191	20	1.9	20	88	0	58	26	28	7	36	1.84
2298307--2298344	20	1.9	20	94	0	67	26	31	7	34	1.85
2298151--2298454	153	2.0	154	97	0	574	29	19	11	38	1.88
2300317--2300375	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
2300399--2300741	22	15.5	22	88	0	506	46	10	0	41	1.43
2300772--2300822	10	5.1	10	75	0	57	29	9	21	39	1.85
2300773--2300822	20	2.5	20	96	0	91	30	10	22	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303562--2303619	3	19.0	3	81	10	64	36	0	0	63	0.94
2303563--2303617	11	5.1	11	76	24	55	36	0	0	63	0.95
2304119--2304154	17	2.2	17	90	5	56	75	0	16	8	1.04
2305180--2305384	110	1.9	108	82	7	261	37	7	9	45	1.65
2307461--2307516	20	2.8	20	73	10	51	21	12	7	58	1.57
2314226--2314300	22	3.4	22	92	0	123	34	10	12	42	1.77
2314977--2315158	76	2.4	76	91	1	294	25	20	20	32	1.97
2315168--2315937	112	6.8	112	79	7	761	39	13	19	27	1.89
2315168--2315937	225	3.4	225	81	7	792	39	13	19	27	1.89
2315632--2315809	40	4.5	40	95	2	306	49	9	23	17	1.76
2315632--2315809	79	2.2	80	94	3	306	49	9	23	17	1.76
2316260--2316327	3	23.0	3	80	14	79	32	0	0	67	0.91
2316259--2316327	31	2.2	32	87	5	97	31	0	0	68	0.90
2316827--2316861	16	2.2	16	90	10	54	74	0	17	8	1.06
2318603--2318647	23	2.0	23	86	8	65	8	22	4	64	1.40
2318595--2318648	23	2.4	21	79	11	63	7	22	3	66	1.33
2320525--2320554	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
2321412--2321476	32	2.0	32	90	0	103	18	21	18	41	1.90
2324835--2325192	43	8.4	43	78	7	309	28	19	3	48	1.66
2324837--2325190	129	2.8	127	80	7	360	28	19	3	48	1.66
2332948--2333013	28	2.2	29	86	7	89	42	15	31	10	1.81
2338526--2338573	19	2.5	19	80	12	55	45	6	16	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350607--2350681	31	2.4	31	93	0	123	24	10	17	48	1.79
2350783--2350844	31	2.0	31	84	6	81	56	1	1	40	1.19
2351835--2351869	19	1.9	17	88	11	52	42	2	0	54	1.15
2352893--2352946	18	3.1	17	76	7	54	57	7	0	35	1.27
2355966--2356174	65	3.2	64	82	9	230	25	17	24	31	1.97
2356136--2356173	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2359272--2359347	32	2.4	32	84	4	100	43	3	5	47	1.44
2360326--2360387	19	2.9	22	81	16	76	29	20	29	20	1.98
2363442--2363495	27	2.0	27	82	7	65	55	0	25	18	1.43
2364437--2364500	24	2.8	24	76	21	75	29	20	29	20	1.97
2368367--2368418	27	2.0	26	84	3	68	34	11	13	40	1.81
2370476--2370521	22	2.1	22	95	0	83	34	21	26	17	1.95
2370436--2370564	65	2.0	65	92	3	215	31	17	24	27	1.97
2370498--2370618	43	2.8	42	86	5	154	25	16	24	33	1.96
2371037--2371085	21	2.3	21	82	0	62	2	26	24	46	1.63
2371096--2371140	21	2.1	21	87	0	63	0	33	22	44	1.53
2371102--2371147	21	2.2	21	84	0	56	0	34	21	43	1.53
2379337--2379465	41	3.1	41	68	6	107	36	19	13	30	1.91
2379342--2379506	83	2.0	84	86	1	233	36	18	12	32	1.89
2379631--2379970	41	8.2	41	82	3	369	35	17	19	27	1.94
2379645--2379953	166	1.9	166	84	1	422	35	17	19	27	1.94
2379631--2379970	83	4.1	83	80	6	375	35	17	19	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381377--2381486	41	2.7	41	91	6	179	32	19	13	34	1.91
2381522--2381658	42	3.4	40	73	17	122	23	18	19	37	1.94
2385232--2385256	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
2390485--2390596	39	2.9	38	80	12	129	45	0	21	32	1.58
2392128--2392180	23	2.3	23	90	0	88	24	26	30	18	1.98
2392199--2392413	103	2.1	103	98	0	412	35	25	13	26	1.92
2392862--2392989	64	2.0	67	87	7	192	27	18	18	35	1.95
2392877--2393034	64	2.5	63	80	9	151	27	20	16	35	1.94
2399107--2399170	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
2399193--2399403	103	2.0	103	97	0	395	36	25	13	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12