genome.fa.s1836.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2428596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  4  of  12  ( 1328 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723364--723421	21	2.8	20	84	7	71	18	17	37	25	1.93
723566--723611	4	11.5	4	80	0	56	67	4	2	26	1.21
723830--723882	21	2.5	21	84	0	70	33	32	13	20	1.91
725594--725655	19	3.2	19	80	15	74	50	22	16	11	1.76
726163--726200	20	2.0	20	84	5	51	47	13	10	28	1.76
726208--726255	20	2.4	20	96	0	87	16	16	25	41	1.89
726246--726361	20	5.8	21	71	8	89	32	15	18	32	1.93
726300--726398	40	2.4	41	80	6	112	29	14	25	31	1.94
729610--729679	31	2.3	30	80	9	81	58	4	7	30	1.44
729774--729821	17	2.8	17	87	9	62	50	4	0	45	1.21
729882--730032	13	11.5	13	67	14	60	45	5	5	42	1.53
729814--730012	104	2.0	102	83	7	255	45	6	6	42	1.53
729791--729971	18	9.6	18	70	18	95	46	6	3	43	1.46
730068--730230	2	84.5	2	72	18	105	48	1	4	46	1.29
730005--730194	103	1.8	103	86	2	274	47	1	4	45	1.33
730309--730382	37	2.1	36	84	5	96	41	8	9	40	1.67
730489--730553	13	5.0	12	75	15	58	46	27	0	26	1.53
730489--730553	27	2.5	27	87	5	89	46	27	0	26	1.53
730610--730678	20	3.4	21	82	7	65	46	2	7	43	1.46
730642--730679	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
731311--731337	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
731332--731375	2	22.0	2	86	9	63	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731642--731686	16	2.8	16	100	0	90	40	0	20	40	1.52
732433--732464	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
746183--746255	30	2.4	31	88	4	105	32	5	8	53	1.54
751799--751832	17	1.9	18	88	5	52	38	11	35	14	1.83
756308--756345	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
769595--769673	31	2.7	30	69	20	76	39	10	13	36	1.79
771003--771055	27	2.0	26	92	3	88	32	24	18	24	1.97
771147--771211	31	2.2	29	83	5	76	32	10	7	49	1.66
771996--772254	51	4.9	51	73	14	202	47	16	8	27	1.75
771983--772149	57	3.0	56	75	16	177	47	13	10	28	1.76
772070--772406	105	3.1	104	79	9	340	42	16	11	28	1.83
772119--772307	54	3.5	56	75	9	171	41	18	11	28	1.85
772173--772336	54	3.1	53	70	15	142	45	14	12	28	1.81
774292--774439	69	2.1	69	83	4	183	24	25	20	29	1.99
782423--782448	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
782935--783271	168	2.0	168	100	0	674	35	21	14	28	1.92
784231--784318	24	3.7	23	84	6	113	35	20	20	23	1.96
788416--788824	38	10.8	36	73	13	254	43	4	7	44	1.53
788524--788550	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
788416--788632	122	1.8	119	88	5	330	44	4	7	44	1.51
788491--788587	45	2.1	44	87	9	133	44	2	5	48	1.36
788450--788622	84	2.1	81	84	8	215	43	4	6	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788557--788824	110	2.4	111	75	9	276	44	4	7	43	1.52
790242--790282	17	2.4	18	84	8	50	24	0	4	70	1.06
793858--794034	95	1.9	95	83	2	230	33	14	19	32	1.92
795230--796153	165	5.6	165	88	1	1271	31	24	18	26	1.97
795206--796192	84	11.9	82	74	6	740	31	24	18	26	1.97
796498--796522	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
796495--796537	18	2.4	18	88	0	59	11	0	4	83	0.78
797219--797251	5	6.4	5	96	3	57	36	3	0	60	1.12
804663--804699	15	2.5	15	95	0	65	5	16	70	8	1.30
805994--806047	22	2.5	22	100	0	108	59	3	0	37	1.15
807358--807435	16	5.5	15	71	26	55	26	1	2	69	1.09
807348--807450	39	2.5	40	80	12	113	26	0	1	70	1.03
807758--807790	13	2.4	14	90	5	50	78	0	0	21	0.75
810366--810406	21	2.0	21	90	0	64	26	24	19	29	1.98
822822--822861	21	1.9	21	89	0	62	25	25	27	22	2.00
830651--830743	28	3.2	28	86	6	123	44	32	8	15	1.76
830640--830777	32	4.5	32	83	10	180	42	34	8	13	1.75
830640--830845	32	6.4	33	73	16	164	42	31	8	16	1.79
830806--830874	28	2.5	28	85	0	93	43	30	10	15	1.80
830855--830937	31	2.6	32	86	1	123	39	24	10	25	1.87
842299--842355	30	1.9	30	96	3	107	38	28	15	17	1.91
847870--847936	23	2.9	23	75	4	71	37	16	16	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847870--847922	24	2.3	23	86	3	70	37	16	15	30	1.90
850159--850221	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
850587--850649	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
851016--851078	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
849985--851787	428	4.2	431	96	2	3372	39	12	7	40	1.72
851431--851494	23	2.8	23	79	11	78	40	20	4	34	1.73
851441--851494	23	2.4	22	90	3	81	38	18	5	37	1.74
851787--851898	25	4.8	25	74	14	114	37	9	10	41	1.73
854734--854796	23	2.7	23	87	0	90	38	19	6	36	1.77
855528--855561	16	2.1	16	94	0	59	26	20	5	47	1.73
859266--859318	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
859456--859498	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
859461--859507	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
859432--859900	181	2.6	182	87	3	658	26	16	13	43	1.86
865243--865355	35	3.2	36	80	6	104	34	4	15	46	1.66
869800--869919	34	3.4	36	80	7	138	32	3	18	45	1.66
871910--871947	16	2.4	16	100	0	76	34	0	23	42	1.55
886385--886514	3	43.7	3	85	1	181	63	0	1	34	1.10
886761--887772	114	8.8	114	94	2	1719	29	19	13	37	1.90
888383--889019	52	12.2	52	93	3	1070	37	22	15	24	1.93
890011--890083	9	8.7	9	73	22	52	0	19	0	80	0.71
889995--890087	31	2.9	32	87	6	134	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889996--890086	20	4.3	20	76	17	87	0	18	0	81	0.69
900631--900662	15	2.3	15	89	10	50	62	9	6	21	1.47
902757--902893	3	45.7	3	86	0	193	63	0	1	34	1.09
906920--907110	96	2.0	96	84	2	249	41	18	11	28	1.85
907422--907544	21	5.9	21	83	9	135	24	31	18	25	1.98
907422--907544	42	3.0	41	84	7	149	24	31	18	25	1.98
907563--907660	21	4.7	21	91	2	144	20	32	18	28	1.96
907563--907660	42	2.4	41	89	1	160	20	32	18	28	1.96
911015--911072	21	2.8	21	100	0	116	20	36	18	24	1.95
911017--911203	42	4.4	42	73	14	116	24	31	18	26	1.97
911127--911202	21	3.7	21	92	1	127	19	32	18	28	1.96
916297--916422	50	2.5	50	88	0	189	15	34	29	21	1.94
919874--919910	12	3.2	12	77	14	51	32	5	51	10	1.60
921794--921842	24	2.0	24	92	7	82	16	30	6	46	1.71
932224--932300	6	12.7	6	94	2	136	32	49	0	18	1.48
932224--932298	37	2.0	37	97	0	141	32	50	0	17	1.46
932986--933014	15	1.9	15	100	0	58	58	0	34	6	1.25
934444--934472	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
934800--934839	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
942699--942754	29	1.9	29	89	7	87	12	35	28	23	1.91
942758--942851	33	2.8	33	85	3	109	9	36	26	27	1.88
942849--942876	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942829--942862	10	3.4	10	84	15	52	8	29	38	23	1.85
945180--945339	69	2.3	69	91	0	257	38	5	37	18	1.75
956242--956278	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
956586--956611	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
956809--956875	2	34.0	2	96	3	127	50	0	0	49	1.00
957391--957521	50	2.6	49	78	4	129	20	32	25	21	1.97
957643--957684	10	4.2	10	85	11	59	30	28	0	40	1.57
957725--957765	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
957827--958043	107	2.0	108	94	4	384	36	8	11	44	1.70
959877--959906	3	10.0	3	92	0	51	33	30	33	3	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12