genome.fa.s1836.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2428596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1922602--1922644	11	3.7	11	84	6	50	23	2	2	72	1.08
1927620--1927653	14	2.4	14	90	5	50	41	8	11	38	1.73
1930126--1930263	22	6.8	18	82	9	78	29	31	23	15	1.95
1930141--1930288	22	6.9	22	86	6	205	28	31	23	16	1.96
1930125--1930265	40	3.4	40	86	7	192	29	31	22	16	1.96
1937693--1937860	63	2.7	63	80	0	156	27	20	21	30	1.98
1941127--1941161	10	3.5	10	92	0	52	60	22	2	14	1.48
1946514--1946605	21	4.3	21	72	9	71	29	25	19	26	1.99
1946514--1946605	44	2.1	44	84	7	118	29	25	19	26	1.99
1948386--1948419	16	2.1	16	100	0	68	26	11	38	23	1.89
1948526--1948554	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
1951532--1951565	17	1.9	18	88	5	52	26	26	26	20	1.99
1952159--1952254	47	2.0	47	97	0	183	23	6	13	56	1.60
1955473--1955584	57	1.9	59	85	7	158	42	14	6	36	1.71
1958292--1958778	244	2.0	240	95	1	866	43	13	13	28	1.83
1960676--1960703	7	4.0	7	100	0	56	0	14	14	71	1.15
1966134--1966230	48	2.0	48	97	0	185	46	15	16	21	1.84
1984479--1984528	17	3.0	17	79	5	66	42	2	12	44	1.53
1995425--1995471	24	1.9	25	91	4	78	55	21	4	19	1.60
1996054--1996110	29	2.0	29	85	0	78	33	0	8	57	1.29
2001263--2001306	21	2.1	21	86	0	61	38	15	15	29	1.89
2001757--2001800	21	2.1	21	95	0	79	36	15	20	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010431--2010517	30	2.8	31	82	3	113	50	13	9	26	1.72
2011619--2011712	21	4.5	21	90	5	136	21	26	34	18	1.96
2011716--2011763	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
2013295--2013383	34	2.6	34	94	0	151	60	4	0	34	1.17
2013522--2013610	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
2013525--2013599	31	2.4	33	77	11	84	60	1	0	38	1.06
2018649--2018696	21	2.3	21	100	0	96	33	6	8	52	1.57
2021606--2021677	35	2.1	35	97	0	135	40	11	19	29	1.86
2022054--2022093	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
2031112--2031759	106	6.3	102	80	8	551	35	22	18	24	1.96
2030926--2031678	106	7.3	99	80	11	577	35	22	18	23	1.96
2031320--2031761	209	2.1	210	87	2	627	35	21	18	25	1.96
2032244--2032315	35	2.1	35	97	0	135	41	11	19	27	1.85
2032691--2032730	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
2032734--2032768	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2032923--2032957	17	2.1	17	88	0	52	42	5	0	51	1.25
2041820--2041850	16	1.9	16	100	0	62	19	9	19	51	1.74
2047015--2047055	17	2.3	18	80	16	50	39	7	2	51	1.43
2051306--2051339	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
2051811--2052058	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
2052458--2052533	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
2056199--2056239	19	2.2	19	86	0	55	36	9	26	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059103--2059152	17	2.9	17	85	8	66	64	2	4	30	1.23
2059144--2059172	9	3.0	10	90	10	51	62	0	0	37	0.96
2062169--2062288	50	2.4	50	78	1	134	16	32	26	24	1.96
2062411--2062451	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
2062577--2062909	111	3.0	111	96	0	621	36	7	11	45	1.68
2064417--2064451	18	1.9	18	94	0	61	31	20	22	25	1.98
2064795--2064843	3	16.3	3	82	0	53	34	26	32	6	1.81
2064804--2064851	24	2.0	24	91	0	78	35	22	31	10	1.88
2070335--2070468	64	2.1	64	81	2	153	25	11	25	38	1.89
2070651--2070704	16	3.4	16	78	0	63	16	11	24	48	1.79
2070679--2070807	16	8.1	16	74	1	71	21	13	20	44	1.86
2071102--2071160	2	30.0	2	89	3	93	47	3	0	49	1.18
2071259--2071307	24	2.1	23	88	3	71	34	4	0	61	1.15
2073471--2073508	19	2.0	19	89	0	58	34	2	0	63	1.09
2075526--2075788	132	2.0	132	97	0	499	27	12	17	42	1.85
2077309--2078116	105	7.9	104	92	3	1226	33	24	18	23	1.97
2077309--2078116	211	3.9	209	90	6	1239	33	24	18	23	1.97
2077729--2078139	94	4.3	94	90	4	599	32	25	18	23	1.97
2078153--2078322	86	2.0	84	84	6	218	34	22	19	24	1.97
2078978--2079026	24	2.1	23	88	3	71	34	4	0	61	1.15
2081191--2081228	19	2.0	19	89	0	58	34	2	0	63	1.09
2085846--2085887	22	2.0	20	86	9	57	28	4	21	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085931--2085990	21	2.9	21	78	9	68	70	0	6	23	1.11
2086716--2086753	19	2.0	19	89	0	58	57	10	0	31	1.32
2086728--2086783	25	2.3	25	87	3	78	67	8	0	23	1.18
2091552--2091586	14	2.4	14	90	9	52	62	0	2	34	1.10
2092307--2092344	19	2.0	19	94	0	67	55	10	0	34	1.34
2092337--2092386	14	3.8	14	76	15	52	62	6	0	32	1.20
2093914--2093945	7	4.6	7	100	0	64	0	28	0	71	0.86
2099267--2099300	16	2.1	16	88	5	50	47	0	0	52	1.00
2100386--2100450	30	2.2	30	88	0	94	13	21	33	30	1.92
2106837--2106929	31	2.9	32	76	6	100	26	19	22	31	1.98
2108643--2108676	6	5.5	6	96	3	59	52	0	2	44	1.16
2110928--2111194	98	2.6	98	89	4	381	22	17	23	36	1.94
2111262--2111888	213	2.9	212	88	2	905	22	17	24	36	1.94
2111242--2111888	106	6.0	106	88	2	893	22	17	23	36	1.95
2112730--2112794	33	2.0	33	93	0	112	29	9	18	43	1.81
2112783--2112859	36	2.1	38	92	4	131	36	14	23	25	1.93
2113725--2113784	23	2.6	23	79	10	77	30	28	25	16	1.97
2113800--2114017	103	2.1	103	94	0	382	37	23	13	25	1.91
2114466--2114593	64	2.0	67	89	7	201	27	19	18	34	1.95
2114478--2114638	64	2.5	64	79	12	179	28	21	16	33	1.95
2116659--2116708	17	2.9	17	85	8	57	2	18	4	76	1.04
2120118--2120159	15	2.6	17	81	14	61	71	0	11	16	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126960--2126984	11	2.3	11	100	0	50	20	8	36	36	1.82
2134128--2134293	65	2.6	63	80	11	185	25	18	24	31	1.98
2134590--2134614	9	2.8	9	100	0	50	60	0	8	32	1.26
2134751--2134796	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2136953--2136998	24	1.9	24	86	0	65	36	19	21	21	1.95
2142773--2142982	65	3.3	62	76	11	208	26	18	23	31	1.97
2145542--2145571	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
2161433--2161513	32	2.6	31	84	2	108	32	22	17	28	1.96
2161433--2161525	31	2.9	32	83	1	116	34	19	18	27	1.95
2162061--2162102	18	2.3	18	80	8	50	42	26	2	28	1.67
2165597--2165689	31	2.9	32	82	7	102	35	20	17	26	1.94
2166228--2166269	18	2.3	18	80	8	50	42	26	2	28	1.67
2173766--2173794	15	1.9	15	100	0	58	44	0	0	55	0.99
2174253--2174324	30	2.4	29	84	11	92	34	12	12	40	1.81
2174679--2174744	30	2.2	29	89	2	96	43	9	19	27	1.81
2179763--2179829	30	2.2	30	83	0	80	43	8	14	32	1.77
2180935--2181031	19	5.2	19	79	10	101	43	6	19	30	1.76
2182877--2183173	129	2.3	129	94	0	504	40	10	14	35	1.80
2183379--2183420	20	2.0	21	86	4	59	66	7	0	26	1.17
2184387--2184445	21	2.8	21	94	0	100	52	20	6	20	1.69
2196172--2196234	28	2.2	28	83	5	74	63	4	1	30	1.24
2197018--2197084	30	2.2	30	91	0	107	46	10	17	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201787--2201853	30	2.2	30	86	0	89	44	7	13	34	1.72
2201787--2201853	15	4.5	15	75	0	71	44	7	13	34	1.72
2202953--2203026	19	3.9	19	85	0	94	45	6	18	28	1.75
2202954--2203026	38	1.9	38	88	0	110	46	6	19	27	1.75
2204780--2204813	15	2.4	14	90	5	50	50	0	2	47	1.16
2205246--2205502	129	2.0	129	95	0	460	38	11	14	35	1.82
2218246--2218326	12	6.8	12	71	5	56	35	6	18	39	1.76
2218245--2218326	24	3.4	24	79	1	74	36	6	18	39	1.75
2222896--2223033	64	2.2	64	86	5	190	35	19	18	26	1.95
2222976--2223079	45	2.3	45	86	3	138	34	24	14	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12