genome.fa.s1838.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3924084

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779--820	22	2.0	21	85	4	57	19	35	23	21	1.96
9005--9054	24	2.0	24	84	3	64	14	32	26	28	1.94
14051--14111	20	2.9	21	85	7	70	16	26	36	21	1.94
17916--17955	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
22192--22241	22	2.3	22	100	0	100	34	22	10	34	1.87
22192--22249	22	2.6	22	91	5	82	34	24	12	29	1.91
22886--22918	17	1.9	18	88	11	52	78	0	9	12	0.95
23068--23099	16	2.0	16	100	0	64	75	0	0	25	0.81
23591--23630	13	2.9	14	81	7	55	45	0	0	55	0.99
23672--23835	54	3.1	54	96	0	303	45	7	7	39	1.61
28281--28335	23	2.3	23	87	6	74	43	20	21	14	1.87
29962--30007	19	2.3	21	85	7	60	69	4	13	13	1.33
30922--30957	14	2.6	14	90	0	54	41	5	25	27	1.77
32579--32605	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
35164--35378	71	3.0	71	97	0	403	60	3	11	24	1.48
39026--39087	23	2.9	20	74	11	52	20	24	29	25	1.99
39026--39085	21	2.7	22	70	14	52	21	23	30	25	1.99
47804--48207	201	2.0	201	99	0	799	35	15	10	38	1.82
52877--52980	20	5.1	20	75	18	81	33	23	14	28	1.94
52858--52971	40	2.8	40	83	9	117	36	25	13	24	1.92
52900--52981	20	4.0	21	79	16	91	31	21	15	30	1.95
52985--53091	39	2.7	39	84	5	126	30	21	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52921--53091	20	8.6	19	72	11	78	30	21	12	35	1.91
53076--53110	18	1.9	18	88	0	52	25	17	11	45	1.81
53248--53286	16	2.6	15	84	11	53	28	5	0	66	1.12
53879--53913	12	2.9	12	91	0	52	62	22	0	14	1.31
54036--54087	24	2.2	23	86	6	77	26	19	15	38	1.91
56351--56389	18	2.2	18	95	0	69	58	23	2	15	1.49
56720--56758	20	2.0	20	94	0	69	15	15	25	43	1.86
57624--57696	21	3.5	20	76	16	60	30	16	32	20	1.95
57839--57880	12	3.5	12	78	12	50	66	4	0	28	1.12
58066--58106	21	2.0	21	95	0	73	34	34	14	17	1.90
58224--58321	42	2.3	42	85	0	133	18	17	34	29	1.94
59825--59892	13	5.2	13	72	13	59	58	17	14	8	1.61
59838--59893	20	2.8	20	100	0	112	58	17	14	8	1.61
59829--59913	40	2.1	40	80	6	100	57	16	15	10	1.64
59821--59940	54	2.2	53	88	1	168	54	19	16	10	1.70
59831--59946	34	3.1	38	74	15	116	56	17	15	10	1.66
60337--60394	22	2.6	22	97	0	107	24	15	43	17	1.87
60557--60611	20	2.8	20	88	0	83	29	16	20	34	1.94
60617--60665	19	2.5	19	86	3	62	22	16	30	30	1.96
61378--61716	131	2.6	130	81	4	362	40	15	9	35	1.79
64564--65565	233	4.3	233	83	5	1188	33	16	17	32	1.93
64564--65565	465	2.1	465	85	4	1349	33	16	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65393--65843	149	3.0	150	83	4	552	34	15	14	35	1.89
77857--78224	131	2.8	130	82	1	457	40	15	11	32	1.83
79767--79843	27	2.9	27	86	0	91	18	10	29	41	1.83
80467--80493	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
80545--80639	47	2.0	47	89	2	129	43	6	1	49	1.35
80648--80711	15	3.9	16	80	10	51	48	6	1	43	1.37
82319--82349	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
83978--84060	20	4.2	20	92	0	139	46	24	12	16	1.81
86109--86209	42	2.4	42	98	0	193	23	35	21	18	1.96
86352--86401	21	2.4	21	79	0	64	22	16	28	34	1.95
86832--86907	21	3.6	21	85	0	80	23	32	18	25	1.97
86839--86927	42	2.1	42	85	0	115	23	35	17	22	1.95
88276--88433	64	2.5	64	93	1	262	30	1	17	50	1.56
88592--88643	20	2.6	20	81	0	68	44	19	17	19	1.87
88491--88620	54	2.4	54	88	5	192	30	20	18	30	1.97
89801--89839	6	6.5	6	84	0	51	53	12	2	30	1.52
89805--89847	12	3.6	12	77	0	50	46	18	2	32	1.62
89797--89847	24	2.1	24	92	0	84	47	15	3	33	1.64
90225--90274	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
90224--90273	14	3.8	13	72	17	50	44	22	8	26	1.80
90649--90684	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
92878--92931	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92878--92945	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
95850--95903	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
95850--95917	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
99628--99666	16	2.6	15	84	11	53	66	0	5	28	1.12
99822--100012	19	9.6	21	81	9	183	28	11	21	38	1.88
99822--100012	40	4.8	41	81	11	161	28	11	21	38	1.88
106317--106818	250	2.0	250	100	0	1004	23	26	20	29	1.99
116665--116699	16	2.2	16	90	10	54	17	40	5	37	1.73
118850--118894	22	2.0	23	86	4	65	42	11	2	44	1.52
135625--135794	21	8.4	21	70	10	122	38	25	13	22	1.91
136599--136673	35	2.1	36	82	7	91	29	26	13	30	1.94
140551--141480	55	16.9	55	85	5	958	30	23	15	30	1.95
140545--141750	55	21.9	55	80	9	794	29	23	15	31	1.96
141483--141750	107	2.5	108	83	4	324	26	22	17	33	1.96
142144--142280	73	1.9	73	89	0	211	23	16	22	37	1.94
142115--142293	37	4.8	37	82	2	189	24	16	21	36	1.94
147551--147584	6	5.8	6	89	3	52	50	14	17	17	1.79
147844--147924	21	3.9	21	96	0	144	17	17	16	49	1.80
151278--152207	55	16.9	55	86	3	908	29	23	15	31	1.95
151272--152477	55	21.9	55	82	7	811	28	23	16	31	1.96
151278--152477	110	10.9	110	80	8	894	29	23	15	31	1.95
152197--152477	107	2.6	107	81	5	314	27	22	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152864--153000	73	1.9	73	93	0	238	22	18	23	35	1.96
152846--153013	37	4.5	37	87	2	239	24	17	23	35	1.95
158067--158147	21	3.9	21	98	0	153	17	18	16	48	1.82
164658--164949	145	2.0	146	80	4	331	49	6	22	20	1.72
170167--170214	24	2.0	25	83	4	62	12	25	12	50	1.75
171710--171766	28	2.1	26	83	6	69	8	15	15	59	1.59
173540--173566	13	2.1	13	100	0	54	70	7	7	14	1.32
173616--173649	14	2.2	16	90	10	54	64	0	0	35	0.94
173616--173648	15	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
174054--174084	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
174944--174970	11	2.5	11	100	0	54	44	0	7	48	1.31
175165--175271	19	5.5	19	78	6	124	20	20	16	42	1.90
175386--175422	5	7.4	5	96	0	65	35	21	43	0	1.53
176051--176162	22	5.4	22	82	6	101	39	24	17	18	1.92
176095--176142	19	2.5	19	100	0	96	41	18	20	18	1.90
176152--176195	21	2.1	21	82	0	52	36	29	13	20	1.91
176434--176478	18	2.5	18	88	0	72	20	28	15	35	1.93
177341--177847	139	3.7	138	86	2	665	29	27	17	25	1.98
178095--178126	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
179090--179120	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
180071--180100	14	2.1	14	93	0	51	33	0	3	63	1.11
180802--180842	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185471--185583	60	1.9	60	81	3	138	38	8	9	42	1.69
186037--186061	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
186278--186352	21	3.6	20	77	13	71	34	25	18	21	1.96
187909--188115	76	2.7	77	87	2	285	24	31	23	20	1.98
193898--193937	21	1.9	21	84	0	53	25	37	25	12	1.91
195882--195915	17	2.0	17	88	0	50	14	0	29	55	1.40
196504--196713	77	2.7	77	87	4	282	24	30	23	21	1.99
196504--196714	76	2.8	77	86	5	277	24	30	23	21	1.99
197778--197981	65	3.2	63	79	12	193	26	19	22	31	1.98
198435--198504	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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