genome.fa.s1838.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3924084

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724349--724398	20	2.5	19	76	17	57	22	12	26	40	1.88
728564--728602	21	1.9	20	89	5	60	48	0	0	51	1.00
729800--730273	158	3.0	158	88	9	714	42	4	4	48	1.44
730691--730755	34	1.9	34	84	6	87	36	12	3	47	1.57
732052--732110	25	2.4	25	97	0	109	42	6	5	45	1.52
732768--732815	20	2.4	20	82	6	62	41	6	8	43	1.60
735119--735172	23	2.4	21	79	11	54	22	9	1	66	1.30
739306--739977	112	6.0	112	95	0	1157	35	11	20	33	1.88
743556--743583	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
747425--747463	18	2.2	18	86	9	53	30	38	12	17	1.88
754339--754593	126	2.0	126	96	0	474	30	12	24	32	1.92
756712--756793	23	3.6	23	74	11	80	26	25	20	26	1.99
759397--759447	20	2.5	20	100	0	102	31	29	15	23	1.95
759397--759458	20	3.1	20	90	0	61	35	24	16	24	1.95
759494--759596	45	2.3	46	87	1	145	31	19	17	32	1.95
761549--761623	39	1.9	39	91	0	123	38	1	6	53	1.36
761549--761612	21	3.2	20	68	20	53	39	1	7	51	1.40
763353--763510	81	2.0	81	87	0	226	40	32	5	20	1.76
767788--767862	20	3.7	20	67	10	53	26	17	22	33	1.96
771091--771123	15	2.1	16	88	5	50	36	12	0	51	1.39
774339--774368	12	2.5	12	88	0	51	66	0	26	6	1.16
778385--778482	5	18.8	5	70	12	54	70	2	7	20	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778434--778482	11	4.5	11	77	10	55	77	2	4	16	1.01
778437--778477	21	1.9	21	90	5	64	78	2	4	14	1.03
787724--787756	15	2.1	15	94	5	57	87	0	12	0	0.53
788502--788533	15	2.2	14	94	5	55	84	0	15	0	0.63
787373--789322	389	5.0	389	96	0	3605	35	16	16	31	1.91
788891--788922	15	2.2	14	94	5	55	84	0	15	0	0.63
789280--789311	15	2.2	14	94	5	55	84	0	15	0	0.63
790458--790491	13	2.6	13	85	0	50	32	0	35	32	1.58
790741--790770	5	6.0	5	100	0	60	40	0	40	20	1.52
794799--794832	13	2.6	13	85	0	50	32	0	35	32	1.58
801830--801901	34	2.1	34	100	0	144	44	13	5	36	1.68
804721--804932	41	5.2	40	67	12	119	29	16	19	33	1.94
804640--804973	83	4.1	81	82	6	349	29	17	18	34	1.94
804984--805170	41	4.5	41	79	5	196	27	18	18	35	1.94
811767--811818	28	2.0	28	85	11	74	42	0	1	55	1.10
811935--811977	2	22.5	2	86	9	63	53	0	0	46	1.00
812320--812365	20	2.3	20	96	0	83	39	4	17	39	1.69
812688--812735	25	1.9	25	91	0	78	64	4	2	29	1.23
813195--813261	25	2.7	24	75	6	62	44	1	1	52	1.19
813336--813378	21	2.0	22	86	9	61	53	9	4	32	1.53
813961--814003	16	2.7	16	100	0	86	34	4	6	53	1.49
818912--818971	8	7.2	8	72	12	50	35	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818912--818984	25	3.0	24	80	10	76	32	0	0	67	0.91
819029--819072	23	2.0	21	86	8	61	54	6	2	36	1.40
819089--819326	30	8.0	29	72	15	155	55	0	4	40	1.21
819194--819326	59	2.3	59	84	2	169	56	0	3	39	1.17
819194--819341	30	5.0	30	83	5	167	55	0	4	40	1.19
820902--820936	13	2.8	13	91	4	54	57	0	0	42	0.99
822346--822606	126	2.1	126	96	0	486	21	26	20	31	1.98
822994--823093	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
823614--823707	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
823711--823758	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
825481--825541	23	2.7	23	72	10	54	55	1	0	42	1.09
828369--828405	3	12.0	3	94	5	65	35	0	0	64	0.94
828370--828416	22	2.1	22	84	7	60	42	0	0	57	0.98
830659--830700	17	2.5	16	85	11	57	21	4	0	73	1.01
830685--830732	18	2.6	18	75	15	53	29	2	0	68	1.01
830695--830737	9	4.9	9	81	13	54	30	2	0	67	1.03
835318--835359	18	2.3	19	84	12	52	83	4	9	2	0.88
837622--837847	114	2.0	114	93	0	389	34	14	20	31	1.92
839030--839134	54	1.9	54	86	0	147	39	14	23	22	1.91
840205--840890	76	9.0	76	98	0	1286	21	21	21	36	1.96
840205--840890	303	2.3	303	97	1	1302	21	21	21	36	1.96
841041--841081	3	14.0	3	94	5	75	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843971--844027	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
852401--852451	20	2.6	20	85	14	79	76	0	3	19	0.94
852404--852479	18	3.9	21	73	19	83	78	1	3	15	0.96
852401--852493	28	3.3	26	74	15	78	79	3	3	13	0.98
852404--852481	12	6.2	12	77	13	70	79	1	3	15	0.94
852410--852463	14	3.9	14	77	17	51	77	0	3	18	0.91
852401--852503	24	4.3	23	77	14	84	79	4	2	12	1.00
852455--852538	10	8.3	10	76	9	55	80	9	1	8	0.94
852419--852538	36	3.4	35	81	9	111	80	6	1	11	0.98
852439--852539	31	3.2	31	69	17	75	80	7	1	9	0.99
852460--852498	19	2.1	19	85	9	53	84	10	2	2	0.81
852558--852607	20	2.3	21	76	13	57	78	4	6	12	1.08
852454--852610	11	14.2	11	69	16	65	77	7	4	11	1.12
852648--852684	17	2.1	18	90	5	58	83	0	2	13	0.74
865108--865167	23	2.9	20	85	9	68	20	33	26	20	1.97
872739--872764	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
872733--872771	14	2.8	14	84	0	51	53	7	0	38	1.30
874887--874969	28	3.0	28	98	0	157	39	6	7	46	1.56
875103--875179	20	3.7	22	80	11	83	40	25	11	22	1.88
875125--875193	20	3.4	21	84	7	72	39	24	13	23	1.90
875246--875292	20	2.3	20	92	0	76	27	23	19	29	1.98
875326--875377	20	2.6	20	81	6	61	36	19	7	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875638--875737	27	3.7	27	89	0	146	32	3	30	35	1.73
875923--875973	20	2.5	20	96	0	93	17	11	21	49	1.79
880764--881065	36	7.9	36	76	14	241	44	4	10	40	1.59
880764--881065	153	2.0	151	82	8	364	44	4	10	40	1.59
881084--881114	14	2.1	15	94	5	55	48	6	6	38	1.55
882582--882654	31	2.4	31	100	0	146	26	21	8	43	1.80
882849--882899	17	3.1	16	77	20	52	39	0	0	60	0.97
882998--883032	18	1.9	18	94	0	61	42	2	0	54	1.15
882998--883040	18	2.4	18	88	0	59	41	2	0	55	1.12
883151--883212	19	3.3	19	80	8	81	38	0	0	61	0.96
883197--883285	42	2.2	42	85	4	128	44	2	1	51	1.21
883389--883439	25	2.1	24	85	10	68	43	1	1	52	1.23
885584--885608	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
885785--885836	24	2.2	24	89	0	77	38	21	17	23	1.93
886893--886930	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
886953--887026	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
886949--887016	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
886930--887044	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
887133--887169	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
889039--889105	19	3.5	19	75	4	71	38	22	22	16	1.92
889020--889104	20	4.4	19	74	4	62	41	23	18	16	1.90
889094--889151	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889086--889156	32	2.2	33	97	2	135	47	23	19	8	1.77
889163--889258	19	5.6	17	68	25	62	13	19	22	43	1.86
889185--889242	14	3.9	14	70	16	53	12	17	25	44	1.83
889168--889259	32	2.8	33	90	3	150	14	18	22	44	1.86
889243--889297	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
889779--889823	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
891139--891196	20	2.9	20	87	5	73	44	24	15	15	1.85
891460--891503	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
891691--891804	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
891671--891806	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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