genome.fa.s1838.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3924084

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  12  of  18  ( 2134 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332647--2332705	24	2.5	24	76	20	61	0	11	5	83	0.81
2332634--2332699	16	4.1	16	78	11	64	1	12	4	81	0.90
2332634--2332719	30	2.8	30	77	14	84	1	13	5	79	0.98
2332647--2332719	14	4.7	15	76	18	69	0	15	5	79	0.90
2336116--2336152	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
2338617--2338671	28	2.0	28	85	0	74	49	3	0	47	1.19
2342454--2342592	74	1.9	74	84	0	188	31	17	20	30	1.96
2346175--2346210	15	2.4	15	95	0	63	50	0	50	0	1.00
2348040--2348081	22	1.9	22	85	0	57	23	23	14	38	1.92
2349663--2349802	35	4.0	35	72	9	113	27	19	17	35	1.94
2349666--2349801	71	1.9	71	84	0	182	27	19	17	35	1.95
2353012--2353074	24	2.6	24	95	5	110	28	22	28	20	1.98
2353620--2353690	18	3.9	18	90	0	115	18	21	30	29	1.97
2353898--2353969	37	2.0	36	89	10	112	26	5	26	41	1.77
2356625--2356671	21	2.2	21	92	7	78	29	19	14	36	1.92
2357151--2357514	183	2.0	183	98	1	712	32	24	16	26	1.96
2360936--2361018	32	2.6	32	84	3	96	32	16	13	37	1.88
2366368--2366417	25	2.0	25	100	0	100	44	12	12	32	1.78
2366834--2366902	23	3.0	22	80	4	75	26	26	24	23	2.00
2366918--2367135	103	2.1	103	95	0	391	37	24	13	24	1.91
2367680--2367722	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
2373661--2373724	23	2.8	23	82	0	74	28	25	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373740--2373957	103	2.1	103	95	0	391	36	25	13	24	1.92
2374439--2374476	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2374504--2374546	21	2.0	21	86	0	59	16	20	27	34	1.94
2376552--2376614	21	3.0	21	83	0	90	28	26	19	25	1.98
2378350--2378421	17	4.2	17	82	5	74	36	13	9	40	1.78
2385404--2385791	191	2.0	192	97	1	742	35	16	7	40	1.77
2385883--2386183	147	2.1	147	99	0	595	29	26	8	35	1.86
2388445--2388478	16	2.1	16	100	0	68	35	0	47	17	1.48
2389237--2389300	23	2.8	23	76	9	76	35	23	21	18	1.95
2390147--2390366	45	4.9	45	95	1	388	30	21	7	40	1.80
2392907--2392980	35	2.1	35	100	0	148	37	12	10	39	1.78
2392924--2392981	17	3.4	17	71	4	62	34	13	12	39	1.82
2397037--2397167	55	2.4	55	83	2	156	44	15	20	19	1.87
2397829--2397979	72	2.1	72	92	0	248	37	11	26	23	1.90
2401387--2401620	125	1.9	125	84	3	319	33	15	25	25	1.95
2402413--2402518	36	2.9	36	79	5	115	32	23	19	24	1.98
2402817--2402896	37	2.2	37	84	4	99	43	16	17	22	1.87
2402896--2403624	54	13.5	54	93	0	1179	36	17	26	19	1.94
2403619--2403859	56	4.5	55	80	9	257	31	15	22	30	1.95
2404153--2404442	146	2.0	144	97	2	546	47	15	22	13	1.81
2407769--2407807	20	2.0	20	90	10	62	17	30	20	30	1.96
2409457--2409508	25	2.1	25	82	13	63	48	0	7	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409451--2409520	26	2.7	27	72	18	67	48	0	7	44	1.30
2409474--2409568	48	1.9	50	85	8	133	48	1	5	45	1.32
2411948--2412025	23	3.5	23	70	17	67	61	2	1	34	1.18
2411997--2412022	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2412199--2412235	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2413608--2413664	25	2.3	25	100	0	114	36	14	19	29	1.91
2419229--2419346	56	2.1	56	85	3	157	16	17	12	52	1.74
2426055--2426132	21	3.7	21	73	0	75	32	11	14	42	1.81
2426140--2426197	23	2.7	21	83	5	62	15	24	29	31	1.95
2430269--2430355	41	2.1	42	86	2	122	32	14	18	34	1.92
2432774--2432907	47	2.9	47	76	11	132	29	18	3	47	1.66
2432811--2432996	101	1.8	102	88	3	284	27	20	2	48	1.63
2434326--2434450	31	4.0	31	72	13	94	33	20	17	28	1.95
2434728--2434798	2	36.0	2	97	2	135	50	0	0	49	1.00
2435394--2435530	64	2.2	63	82	6	161	24	24	18	32	1.97
2437165--2437290	61	2.1	61	98	0	243	37	6	28	27	1.81
2438707--2438790	35	2.4	36	95	2	152	44	8	7	40	1.62
2441212--2441277	32	2.1	32	91	0	105	40	18	16	24	1.90
2449546--2449573	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2456659--2456705	21	2.2	21	96	0	85	36	23	0	40	1.55
2456875--2456920	18	2.6	18	92	0	74	28	15	23	32	1.95
2459167--2459227	30	2.0	30	96	0	113	16	9	14	59	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459889--2460029	69	2.0	70	97	1	266	34	6	21	37	1.79
2460905--2460979	21	3.6	21	76	7	73	30	26	17	25	1.97
2463848--2463970	63	2.0	63	91	0	201	37	14	11	36	1.82
2466166--2466219	21	2.6	22	85	11	78	29	25	16	27	1.97
2469414--2469536	63	2.0	63	91	0	201	37	14	11	36	1.82
2485939--2486016	29	2.7	29	88	4	86	26	20	8	43	1.81
2485995--2486148	81	1.9	81	90	0	245	29	20	12	37	1.89
2486584--2486808	45	5.5	44	73	21	236	27	26	11	34	1.91
2486618--2486763	35	3.9	34	75	20	139	27	25	10	36	1.88
2486534--2486818	80	3.6	79	93	2	475	26	26	11	36	1.90
2487249--2487444	95	2.1	96	85	5	265	26	22	15	36	1.93
2503798--2503850	21	2.4	23	81	9	65	56	1	9	32	1.42
2505193--2505258	28	2.4	28	92	7	116	31	24	16	27	1.96
2505836--2505916	32	2.6	32	86	7	105	46	2	4	45	1.37
2506924--2506975	26	2.0	25	81	11	59	53	0	1	44	1.11
2506932--2506988	25	2.3	26	82	11	77	52	0	3	43	1.18
2508625--2508673	3	16.7	3	87	12	75	67	0	0	32	0.91
2508968--2509026	17	3.4	17	68	25	50	16	23	10	49	1.77
2508968--2509057	36	2.5	36	98	0	171	18	22	11	47	1.80
2508998--2509053	17	3.2	16	69	26	51	21	19	12	46	1.83
2509112--2509203	36	2.6	36	91	5	152	20	19	9	50	1.76
2508951--2509312	143	2.5	145	91	3	584	27	19	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509144--2509464	113	2.9	113	85	4	420	28	19	14	38	1.90
2510155--2510610	115	4.0	115	96	0	781	30	19	15	34	1.93
2511881--2511923	10	4.4	10	82	5	61	0	9	4	86	0.71
2511881--2511926	19	2.5	18	89	6	74	0	10	4	84	0.75
2515443--2515479	18	2.0	19	89	5	58	62	0	13	24	1.31
2519260--2519291	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
2523100--2523151	26	2.0	25	81	11	59	53	0	1	44	1.11
2523108--2523164	25	2.3	26	82	11	77	52	0	3	43	1.18
2524721--2524757	3	12.7	3	83	16	51	67	0	0	32	0.91
2526664--2526835	83	2.1	83	91	0	272	33	20	14	30	1.93
2527110--2527179	29	2.4	29	92	4	115	48	0	5	45	1.26
2528472--2528517	9	5.2	9	82	17	53	54	0	0	45	0.99
2528434--2528520	26	3.4	26	72	10	81	50	0	0	49	1.00
2528447--2528537	41	2.2	42	81	14	111	49	1	0	49	1.08
2539765--2539980	36	6.0	36	96	0	387	45	18	18	17	1.86
2540145--2540179	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
2540152--2540197	21	2.2	21	84	0	56	45	2	0	52	1.13
2540744--2540793	22	2.3	22	82	3	66	62	24	12	2	1.40
2542608--2543086	238	2.0	240	98	1	935	34	22	16	27	1.95
2543161--2543222	23	2.5	25	80	17	76	35	0	4	59	1.19
2544576--2544684	55	2.0	55	96	0	200	33	18	19	28	1.95
2545698--2545726	14	2.0	15	93	6	51	62	10	6	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546508--2546573	18	3.7	18	80	10	73	50	7	10	31	1.65
2548503--2548545	20	2.2	20	87	4	61	34	2	4	58	1.32
2554708--2554753	16	2.7	18	74	16	53	52	10	10	26	1.69
2554707--2554774	34	2.0	33	83	8	84	48	11	8	30	1.70
2554707--2554772	18	3.8	18	75	15	57	48	12	9	30	1.71
2556256--2556284	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2561739--2561798	30	2.0	30	86	0	84	41	13	18	26	1.87
2567379--2567408	16	1.9	16	93	6	53	70	0	26	3	1.03
2567895--2567931	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
2570194--2570246	22	2.5	22	84	9	65	73	3	9	13	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18