genome.fa.s1838.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3924084

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130104--2130147	20	2.2	20	91	0	70	18	4	6	70	1.27
2134269--2134300	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2139052--2139207	28	5.5	28	83	5	161	24	19	29	26	1.98
2139121--2139206	14	5.9	15	82	8	115	29	19	26	24	1.99
2139118--2139214	14	6.8	14	82	4	113	27	20	26	24	1.99
2139118--2139214	43	2.3	43	88	0	149	27	20	26	24	1.99
2151050--2151078	13	2.2	13	100	0	58	41	20	10	27	1.85
2151888--2151931	2	22.0	2	90	0	70	45	0	2	52	1.13
2152914--2152965	17	2.8	18	85	11	70	21	1	1	75	1.00
2153042--2153066	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2153042--2153076	13	2.8	12	87	12	52	22	0	0	77	0.78
2153115--2153139	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2153311--2153335	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2153565--2153625	16	4.1	15	78	16	56	13	4	3	78	1.03
2153565--2153628	30	2.2	29	83	13	78	14	4	3	78	1.04
2153571--2153641	25	2.8	25	77	14	74	14	7	2	76	1.11
2158942--2159101	36	4.5	36	88	4	225	27	20	13	38	1.90
2159016--2159080	21	3.4	20	68	24	59	26	21	10	41	1.86
2159014--2159203	102	1.9	102	87	2	283	26	19	12	41	1.86
2159116--2159348	73	3.2	72	83	2	288	24	19	14	41	1.88
2158942--2159588	247	2.7	244	86	5	873	25	19	13	41	1.88
2159363--2159486	36	3.4	36	86	3	169	26	19	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159116--2159348	36	6.4	36	82	2	279	24	19	14	41	1.88
2158943--2159690	138	5.4	138	78	10	683	25	19	13	41	1.88
2159501--2159623	37	3.4	36	83	8	151	24	20	13	41	1.88
2159296--2159720	65	6.2	68	70	16	245	27	19	12	40	1.88
2159676--2159762	34	2.6	33	85	3	120	39	16	12	32	1.86
2161534--2161575	17	2.5	17	92	0	66	21	0	2	76	0.90
2161530--2161589	9	6.7	10	73	21	53	21	0	3	75	0.95
2161529--2161575	6	8.0	6	77	13	53	21	0	2	76	0.89
2161716--2161873	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
2161840--2162109	20	13.5	20	86	1	281	37	24	17	20	1.94
2165278--2165428	33	4.2	34	79	13	153	47	17	19	15	1.82
2165278--2165466	19	10.7	19	76	17	201	46	17	20	15	1.85
2165264--2165466	52	3.9	52	83	10	263	45	17	21	15	1.85
2165475--2165572	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
2165456--2165572	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
2165678--2165713	14	2.6	14	86	4	56	44	22	0	33	1.53
2167110--2167172	21	3.0	21	70	9	65	20	19	36	23	1.95
2167629--2167694	19	3.4	20	87	6	91	45	27	16	10	1.80
2167666--2167757	33	2.8	33	90	1	150	46	21	19	11	1.82
2167699--2167762	18	3.7	18	74	18	55	45	20	20	14	1.85
2167685--2167741	14	3.7	14	72	20	51	45	22	19	12	1.83
2167758--2167886	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167758--2167849	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2167933--2168584	93	7.1	93	97	1	1240	46	18	12	22	1.83
2170252--2170318	20	3.3	21	77	8	84	13	23	17	44	1.85
2170418--2170467	16	3.0	18	69	22	54	44	22	22	12	1.85
2170397--2170467	32	2.2	32	89	0	106	46	19	22	11	1.81
2170834--2170987	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93
2170833--2170987	40	3.8	40	82	4	186	18	18	26	37	1.93
2170974--2171056	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2170954--2171052	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2171266--2171349	21	3.9	22	67	29	56	32	3	1	63	1.19
2171717--2171783	26	2.4	27	78	7	82	16	10	1	71	1.20
2171717--2171788	28	2.7	25	75	25	60	15	9	1	73	1.15
2176622--2176686	18	3.7	18	95	2	114	33	7	30	27	1.85
2177213--2177330	33	3.3	36	88	8	179	39	38	10	11	1.74
2180083--2180121	20	1.9	21	84	5	53	61	12	0	25	1.31
2184503--2184585	29	2.8	29	90	1	130	42	9	15	32	1.80
2199824--2199919	3	31.7	3	87	6	131	38	0	0	61	0.96
2205290--2205321	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2216215--2216246	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2223567--2223642	12	6.1	13	79	8	70	80	0	19	0	0.72
2223572--2223644	7	10.6	7	75	19	73	82	0	17	0	0.68
2223569--2223642	25	2.8	26	88	10	98	81	0	18	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223569--2223631	9	7.0	9	81	16	69	80	0	19	0	0.70
2223569--2223645	27	2.8	26	78	18	86	80	0	19	0	0.71
2225010--2225370	92	3.9	92	94	0	596	27	14	22	34	1.94
2226069--2226861	113	7.0	112	84	4	888	38	14	17	29	1.90
2226129--2226861	226	3.2	224	88	4	1014	38	14	17	29	1.90
2227082--2227173	3	30.3	3	80	10	107	38	1	0	60	1.04
2239404--2239455	22	2.5	22	90	6	81	21	28	26	23	1.99
2245377--2245462	24	3.5	24	79	16	95	30	16	16	37	1.91
2245423--2245501	41	2.0	41	92	5	135	36	12	13	36	1.83
2252220--2252376	83	1.9	83	87	0	233	42	3	8	45	1.51
2252722--2252773	28	1.9	27	88	7	79	25	7	9	57	1.57
2255623--2255681	22	2.8	21	82	7	66	25	16	28	28	1.97
2256354--2256445	21	4.3	21	73	13	71	26	11	26	35	1.91
2256372--2256462	43	2.1	43	89	0	137	28	13	24	34	1.93
2256392--2256462	21	3.3	22	76	20	78	28	15	23	32	1.95
2258374--2258417	20	2.2	20	100	0	88	29	13	25	31	1.94
2262210--2262273	29	2.2	29	100	0	128	25	3	23	48	1.65
2262622--2262686	22	3.0	20	78	10	67	29	15	29	26	1.96
2262651--2262754	54	1.9	55	86	2	147	31	20	21	26	1.98
2262649--2262767	54	2.2	54	79	5	141	29	19	23	27	1.98
2262758--2262849	40	2.3	41	88	1	132	22	18	31	27	1.97
2262817--2262870	20	2.6	21	79	5	65	20	25	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263372--2263463	21	4.3	21	73	13	71	26	11	26	35	1.91
2263390--2263480	43	2.1	43	89	0	137	28	13	24	34	1.93
2263410--2263480	21	3.3	22	76	20	78	28	15	23	32	1.95
2277453--2277497	23	2.0	23	86	0	63	24	24	26	24	2.00
2277875--2277902	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
2279237--2279281	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2282405--2282449	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2282417--2282726	149	2.1	144	94	4	532	34	21	17	27	1.95
2284192--2284236	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2287338--2287382	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2287350--2287664	149	2.1	149	95	1	569	34	20	16	28	1.95
2287765--2287792	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
2289131--2289175	21	2.1	21	83	0	54	17	22	28	31	1.97
2290510--2290556	19	2.5	19	93	3	78	34	0	25	40	1.56
2291020--2291067	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2292972--2293113	36	3.9	36	87	1	178	21	19	30	29	1.97
2292972--2293105	18	7.4	18	79	0	151	20	19	29	30	1.97
2294072--2294193	32	3.9	31	83	3	147	27	18	18	35	1.95
2294072--2294193	62	1.9	64	85	5	167	27	18	18	35	1.95
2306705--2306840	65	2.1	64	87	4	193	28	22	18	30	1.97
2306705--2306857	65	2.4	64	85	3	173	28	20	18	32	1.96
2316705--2316760	20	2.7	21	75	10	62	30	17	19	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321809--2321862	24	2.2	24	93	0	90	22	7	18	51	1.70
2323090--2323118	14	2.1	14	100	0	58	27	24	20	27	1.99
2324724--2324754	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2325049--2325107	3	19.7	3	79	6	57	30	3	3	62	1.28
2328186--2328229	18	2.4	18	85	7	54	72	0	11	15	1.11
2328202--2328233	9	3.6	9	91	0	55	75	0	3	21	0.95
2329575--2329630	2	29.0	2	82	7	71	50	1	0	48	1.11
2330076--2331231	106	11.0	106	90	1	1725	22	18	24	34	1.96
2331513--2331574	30	2.0	32	87	9	92	35	19	14	30	1.92
2331954--2332030	22	3.5	22	90	0	127	20	12	27	38	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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