genome.fa.s1838.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3924084

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1934360--1934445	17	5.3	17	75	10	72	24	31	26	17	1.97
1934345--1934445	32	3.2	32	91	0	157	23	30	26	18	1.98
1935792--1935869	33	2.3	34	78	12	81	67	1	1	29	1.06
1937051--1937186	8	15.5	8	66	21	51	75	4	3	16	1.12
1937074--1937122	20	2.5	21	80	12	59	79	4	4	12	1.01
1937198--1937253	21	2.7	21	81	13	71	69	0	0	30	0.89
1948620--1948661	22	1.9	22	95	0	75	33	19	21	26	1.97
1952882--1952920	20	2.0	20	89	0	60	35	15	12	35	1.86
1952952--1953031	21	3.8	21	98	1	151	33	18	23	23	1.97
1962257--1962296	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
1962397--1962430	12	2.7	13	86	9	52	38	5	5	50	1.51
1964120--1964161	19	2.2	20	82	4	50	69	11	2	16	1.29
1964553--1964630	23	3.6	23	80	8	76	29	19	23	28	1.98
1968861--1968903	18	2.4	18	80	7	52	2	30	4	62	1.28
1970642--1970681	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
1980884--1980941	29	2.0	29	96	0	107	41	31	1	25	1.66
1989673--1990384	215	3.3	214	89	2	1053	50	8	11	29	1.67
1990468--1990579	2	54.5	2	68	15	50	44	2	7	45	1.45
1990468--1990790	20	16.1	21	65	18	86	44	4	6	44	1.49
1990489--1990556	22	3.2	22	84	12	97	45	2	5	45	1.42
1990489--1990577	42	2.1	42	87	8	128	44	3	6	44	1.46
1990647--1990684	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1990690--1990743	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19
1990722--1990780	22	2.5	24	81	13	77	44	1	5	49	1.34
1990869--1990913	13	3.6	12	80	11	54	37	6	0	55	1.26
1990869--1990941	25	2.8	26	79	10	78	38	5	1	54	1.32
1990853--1990965	58	1.9	58	81	10	133	39	7	2	50	1.44
1990899--1991010	33	3.4	33	78	9	120	41	6	5	47	1.51
1990949--1991156	18	10.7	18	68	20	98	42	8	7	40	1.64
1991002--1991158	38	4.0	38	80	12	165	42	8	7	41	1.63
1990984--1991148	80	2.0	80	86	5	226	43	7	7	41	1.61
1991157--1991199	22	2.0	22	81	9	52	39	9	4	46	1.57
1991206--1991286	2	39.0	2	74	16	67	44	4	2	48	1.37
1991152--1991281	61	2.1	62	84	5	174	42	8	3	46	1.50
1991064--1991235	92	1.8	93	84	7	233	41	9	6	42	1.62
1991002--1991308	92	3.2	93	76	11	225	42	8	5	43	1.58
1990937--1991415	20	24.6	20	66	20	80	44	8	5	42	1.57
1991371--1991502	51	2.5	53	86	8	191	45	6	4	43	1.49
1991369--1991552	18	10.2	18	71	15	130	45	5	5	42	1.53
1991442--1991537	33	2.8	33	85	4	120	43	6	6	43	1.54
1991392--1991552	87	1.9	87	86	2	234	44	6	6	43	1.54
1991563--1991615	21	2.5	21	87	0	79	39	7	5	47	1.56
1991548--1991644	22	4.5	21	76	12	72	37	6	8	48	1.58
1991656--1991682	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1991678--1991740	15	4.3	15	78	15	78	44	0	3	52	1.17
1991684--1991741	28	2.1	27	87	9	82	46	0	3	50	1.18
1994646--1994755	51	2.2	48	89	7	168	49	4	2	43	1.37
1994848--1994886	16	2.4	16	91	0	60	33	17	28	20	1.96
1995583--1995645	22	2.8	22	74	16	58	7	25	0	66	1.18
1999635--1999695	21	2.9	21	92	0	95	62	6	31	0	1.21
1999992--2000378	184	2.1	183	89	1	598	46	7	3	42	1.48
2001992--2002035	14	3.1	14	84	12	63	47	0	0	52	1.00
2002087--2002136	26	1.9	26	87	0	73	34	6	10	50	1.60
2002256--2002306	25	2.0	24	85	14	68	56	0	0	43	0.99
2002243--2002291	19	2.5	19	83	12	55	48	0	0	51	1.00
2002253--2002311	28	2.1	29	84	9	77	57	0	0	42	0.98
2002554--2002604	25	2.0	25	88	0	75	25	39	11	23	1.89
2002723--2002779	17	3.1	17	70	18	51	50	0	0	49	1.00
2002722--2002812	4	24.5	4	67	14	52	49	0	0	50	1.00
2002722--2002812	6	16.3	6	76	15	52	49	0	0	50	1.00
2002729--2002811	43	1.9	43	95	0	148	49	0	0	50	1.00
2002874--2002962	42	2.1	42	93	0	151	13	43	13	29	1.82
2005564--2005722	35	4.6	33	67	20	96	47	5	5	40	1.51
2005458--2005620	64	2.5	64	80	9	170	46	4	4	44	1.44
2005564--2005723	67	2.3	66	82	11	182	47	5	6	40	1.52
2008982--2009055	20	3.7	20	90	1	112	29	31	10	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010292--2010324	12	2.8	12	95	0	57	45	6	21	27	1.75
2015590--2015629	21	1.9	21	89	0	62	25	27	22	25	2.00
2016056--2016106	21	2.7	18	77	14	57	52	13	7	25	1.67
2017270--2017317	19	2.5	19	100	0	96	41	25	4	29	1.74
2018815--2018885	34	2.1	34	84	2	90	22	29	14	33	1.93
2019155--2019194	21	1.9	21	94	0	71	27	27	20	25	1.99
2019258--2019287	15	2.0	15	93	0	51	13	23	43	20	1.86
2019238--2019305	33	2.0	33	82	5	82	20	22	36	20	1.95
2020404--2020434	13	2.4	13	100	0	62	35	6	16	41	1.74
2020661--2020698	20	1.9	20	94	0	67	50	2	13	34	1.55
2023309--2023381	32	2.3	32	95	0	128	34	17	9	38	1.83
2023309--2023393	32	2.7	32	90	0	125	36	16	9	37	1.81
2027029--2027059	15	2.1	15	93	0	53	51	0	16	32	1.44
2039559--2039737	81	2.2	81	91	2	288	36	8	16	39	1.79
2039567--2039695	39	3.2	39	68	21	104	37	7	16	38	1.77
2039838--2039889	22	2.5	20	77	17	61	51	1	0	46	1.12
2040962--2040988	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2046420--2046779	100	3.4	100	79	8	335	35	23	17	23	1.95
2046521--2046724	110	1.9	110	86	0	291	36	22	17	23	1.94
2046885--2047173	129	2.2	129	96	0	533	34	21	16	26	1.95
2047598--2047641	2	24.0	2	82	17	60	50	0	0	50	1.00
2049141--2049265	31	4.0	31	81	9	155	31	20	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2049142--2049268	63	2.0	62	88	7	186	30	20	18	30	1.96
2057032--2057156	41	3.1	41	84	2	164	36	12	19	32	1.89
2062530--2062572	19	2.3	18	88	8	59	41	0	0	58	0.98
2066857--2066944	45	1.9	46	86	6	126	32	18	22	26	1.97
2077783--2077842	29	2.1	29	96	3	113	25	15	33	26	1.95
2082000--2082061	32	1.9	32	86	0	88	46	4	3	45	1.40
2081999--2082068	32	2.2	31	82	7	86	44	4	4	47	1.42
2082354--2082402	22	2.2	21	79	10	53	59	4	2	34	1.28
2083620--2083685	31	2.2	29	81	5	78	46	3	3	46	1.33
2084906--2084969	19	3.4	19	72	14	60	43	1	0	54	1.09
2085912--2085969	23	2.7	22	82	12	77	34	0	0	65	0.93
2085925--2085966	19	2.2	20	87	12	61	33	0	0	66	0.92
2086294--2086369	25	3.0	25	98	0	143	35	1	11	51	1.47
2087190--2087217	12	2.3	12	100	0	56	7	25	25	42	1.80
2102548--2102623	3	25.3	3	100	0	152	32	0	0	67	0.91
2102653--2102693	17	2.4	17	83	0	55	26	0	14	58	1.37
2104625--2104671	23	2.0	23	87	0	67	23	44	14	17	1.85
2105207--2105247	3	13.7	3	94	0	64	60	0	0	39	0.96
2105409--2106204	137	5.8	137	89	1	1069	24	15	25	34	1.94
2112122--2112261	45	3.1	45	93	0	226	55	12	5	26	1.57
2113843--2113889	23	2.0	23	87	0	67	19	40	19	21	1.92
2114425--2114456	3	10.7	3	93	0	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116037--2116078	17	2.5	17	96	0	75	28	11	23	35	1.91
2116116--2116171	17	3.2	17	82	7	60	39	8	12	39	1.75
2119276--2119360	29	2.9	29	83	0	116	23	28	34	14	1.93
2120641--2120682	21	2.0	22	90	4	68	54	7	2	35	1.41
2122341--2122404	14	4.6	14	84	0	92	23	17	31	28	1.97
2122439--2122484	20	2.3	20	96	0	83	13	21	36	28	1.91
2126234--2126304	23	3.1	23	65	25	60	33	4	12	49	1.60
2126781--2126826	16	3.1	15	84	9	58	47	2	0	50	1.13
2127972--2128001	14	2.1	15	93	6	53	26	6	16	50	1.70
2130097--2130147	20	2.6	19	81	6	66	17	7	9	64	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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