genome.fa.s1838.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3924084

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797857--2797916	3	20.0	3	73	13	52	61	1	3	33	1.22
2798069--2798555	247	2.0	248	92	3	820	35	17	15	31	1.91
2798497--2798610	42	2.7	42	90	0	174	40	18	19	21	1.92
2798246--2798847	291	2.1	291	92	1	1012	36	16	16	30	1.91
2798535--2799235	249	2.8	249	93	0	1197	36	16	15	30	1.90
2798069--2799108	540	1.9	538	92	1	1746	36	17	16	30	1.91
2801295--2801332	19	2.0	19	94	0	67	28	21	28	21	1.98
2801330--2801395	25	2.5	26	90	9	100	33	16	21	28	1.95
2801358--2801499	65	2.2	65	83	8	175	27	19	22	30	1.98
2801384--2801549	65	2.6	65	77	12	173	26	18	23	31	1.98
2802156--2802216	23	2.7	23	84	0	86	18	22	26	32	1.97
2807397--2807464	23	3.0	23	72	8	66	23	19	22	35	1.96
2816805--2816832	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
2817047--2817085	14	2.8	14	84	0	51	35	25	12	25	1.92
2822703--2822771	3	23.0	3	74	11	61	60	1	2	34	1.20
2825046--2825114	33	2.1	33	94	0	120	36	14	24	24	1.93
2850203--2850268	18	3.8	17	78	13	71	30	9	13	46	1.74
2850179--2850330	17	8.8	17	73	6	108	36	9	9	43	1.71
2850203--2850285	35	2.4	35	89	0	121	32	9	13	44	1.76
2857075--2857110	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2857080--2857373	134	2.2	132	75	6	288	45	6	6	42	1.55
2859053--2859116	3	21.0	3	84	15	87	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2859054--2859116	22	2.9	22	90	6	94	68	0	0	31	0.90
2859053--2859113	19	3.3	19	90	4	90	67	0	0	32	0.91
2859577--2860022	112	3.9	113	80	7	485	27	19	14	38	1.91
2860405--2860483	22	3.6	22	89	0	122	36	12	15	35	1.85
2868703--2868789	43	2.0	44	88	2	131	36	24	9	29	1.86
2869610--2869697	46	1.9	46	86	4	124	30	19	12	37	1.89
2870156--2870193	15	2.3	16	82	17	51	71	0	5	23	1.07
2870733--2870760	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2872671--2872740	3	23.3	3	78	16	74	62	0	0	37	0.95
2872675--2872740	25	2.7	25	83	6	82	63	0	0	36	0.95
2872671--2872740	22	3.2	22	84	8	81	62	0	0	37	0.95
2875491--2875823	86	3.9	85	86	3	400	30	14	23	31	1.94
2875491--2875886	127	3.1	129	80	4	415	29	14	23	32	1.94
2875491--2875804	43	7.3	43	85	3	357	31	14	22	31	1.94
2876288--2876337	21	2.4	21	75	0	55	6	36	20	38	1.77
2880821--2880884	30	2.1	29	83	11	76	35	28	18	17	1.93
2882297--2882333	2	19.5	2	83	10	51	45	2	0	51	1.15
2882297--2882333	11	3.2	12	85	11	51	45	2	0	51	1.15
2882713--2882740	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2885596--2885659	30	2.1	30	88	0	92	34	26	18	20	1.96
2892309--2892422	43	2.7	41	81	11	133	34	18	14	33	1.90
2892393--2892738	41	8.4	41	80	4	329	34	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2892413--2892721	166	1.9	166	82	6	394	36	18	19	26	1.94
2893204--2893315	21	5.4	21	67	18	67	48	0	0	50	1.13
2893204--2893308	42	2.5	41	85	8	133	45	0	0	52	1.13
2894754--2894963	115	1.8	115	86	2	305	31	19	6	42	1.77
2895866--2896041	36	4.9	37	72	15	127	44	2	5	46	1.41
2895923--2896041	36	3.3	36	76	15	136	46	3	4	46	1.39
2896027--2896085	28	2.0	28	90	6	91	44	6	3	45	1.47
2896014--2896154	31	4.5	31	74	17	107	43	3	5	46	1.44
2896175--2896215	22	1.9	21	90	5	64	21	2	4	70	1.18
2896091--2896466	191	2.0	192	95	4	696	32	8	9	49	1.66
2897555--2897603	14	3.2	16	80	11	50	18	2	4	75	1.06
2897579--2897629	15	3.4	14	77	17	50	23	5	0	70	1.09
2901360--2901558	95	2.1	96	88	3	303	34	15	18	31	1.92
2902921--2903010	36	2.4	36	87	3	135	31	20	11	37	1.87
2902905--2902987	21	4.3	20	68	18	59	32	19	12	36	1.88
2903092--2903192	21	5.4	21	63	26	73	25	20	12	40	1.88
2903037--2903213	36	4.9	36	93	0	273	24	20	14	39	1.91
2902921--2903386	210	2.2	209	92	1	770	26	19	13	39	1.89
2903074--2903452	174	2.2	175	87	2	557	25	20	13	39	1.90
2903090--2903351	138	1.9	138	87	3	384	26	20	12	40	1.89
2903226--2903386	73	2.2	73	84	2	198	24	20	15	39	1.91
2903226--2903386	37	4.4	37	80	5	175	24	20	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2903438--2903524	33	2.6	34	85	5	115	41	17	8	33	1.78
2904155--2904450	36	8.5	36	76	11	226	42	3	6	46	1.47
2904215--2904450	67	3.4	69	75	15	200	43	3	5	47	1.43
2904457--2904515	14	4.3	13	76	22	50	27	0	6	66	1.17
2905565--2905598	15	2.3	15	89	0	50	20	2	0	76	0.92
2905679--2905717	20	1.9	20	84	5	51	20	5	0	74	1.01
2905682--2905736	15	3.6	15	76	16	51	23	5	0	70	1.07
2913173--2913225	22	2.7	19	78	18	63	47	0	1	50	1.12
2918270--2918532	95	2.7	95	84	3	330	33	18	16	31	1.93
2919858--2919971	36	3.1	37	82	7	153	28	18	12	40	1.87
2919855--2920256	137	2.9	137	82	5	434	26	19	12	41	1.87
2920123--2920238	36	3.2	36	80	2	135	25	19	10	43	1.83
2920250--2920408	33	4.7	34	77	11	148	40	17	8	33	1.79
2920250--2920411	68	2.4	68	81	9	204	40	18	8	32	1.80
2920250--2920411	35	4.8	33	76	15	170	40	18	8	32	1.80
2920920--2920970	17	2.8	19	79	11	61	45	0	3	50	1.20
2926627--2926751	30	4.2	30	71	11	96	57	12	16	14	1.65
2928586--2928933	134	2.6	134	85	0	437	25	17	31	25	1.97
2929148--2929280	38	3.8	33	75	14	117	39	12	15	32	1.85
2929148--2929284	74	1.9	72	85	8	190	38	12	14	34	1.84
2929248--2929386	65	2.2	63	85	2	179	43	12	10	33	1.77
2929252--2929386	63	2.1	64	84	2	173	42	12	11	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2929483--2929643	65	2.4	66	80	8	164	39	13	17	29	1.88
2929894--2929952	31	1.9	31	86	3	84	40	16	15	27	1.89
2929990--2930127	36	3.8	36	83	7	156	35	13	18	32	1.89
2930106--2930380	106	2.6	106	91	2	437	41	10	15	32	1.81
2930121--2930440	106	3.0	104	85	5	324	42	9	15	32	1.80
2930464--2930568	35	2.9	36	87	5	151	38	11	19	31	1.87
2930378--2930629	122	2.0	125	86	2	357	42	10	15	31	1.80
2932105--2932218	34	3.4	35	82	11	107	4	14	7	72	1.23
2932190--2932224	12	2.8	13	91	4	54	2	11	8	77	1.10
2932239--2932293	22	2.4	23	79	8	60	0	21	7	70	1.11
2933204--2933236	13	2.5	13	100	0	66	39	15	30	15	1.88
2936155--2936282	30	4.3	29	69	13	82	58	11	15	14	1.63
2936167--2936246	29	2.7	29	82	3	88	61	8	12	17	1.56
2947023--2947124	21	4.8	21	77	15	102	20	18	26	34	1.96
2947045--2947131	44	2.0	44	95	0	156	21	18	27	32	1.97
2948106--2948172	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
2950930--2950978	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2951773--2951836	28	2.2	29	78	8	69	28	4	4	62	1.35
2959015--2959040	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2960115--2960169	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
2960697--2960764	35	1.9	35	87	0	100	41	16	10	32	1.82
2963056--2963242	94	2.0	95	96	1	349	32	8	10	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2963211--2963248	3	12.7	3	94	0	67	28	0	2	68	1.03
2965309--2965389	3	27.0	3	94	0	117	38	1	0	60	1.05
2976785--2977049	133	2.0	132	96	2	487	35	16	21	26	1.95
2978002--2978054	10	5.3	10	84	8	72	84	0	15	0	0.61
2977999--2978054	18	3.0	19	85	10	80	83	0	16	0	0.64
2977998--2978054	30	1.9	30	92	0	96	82	0	17	0	0.67
2980237--2980316	35	2.3	35	95	2	142	31	17	20	31	1.95
2980273--2981473	339	3.6	339	88	6	1728	37	15	19	27	1.91
2981000--2981296	97	2.9	97	91	6	441	35	15	18	30	1.92
2980273--2981053	113	6.9	113	98	1	1482	38	15	19	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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