genome.fa.s1991.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305--458	36	4.3	36	85	4	222	18	19	24	37	1.94
5042--5178	21	6.6	21	84	9	92	16	21	22	39	1.92
5060--5178	21	5.7	21	84	7	127	17	21	21	38	1.93
10433--10477	23	2.0	23	82	8	56	46	15	20	17	1.84
12061--12089	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
13789--13943	65	2.4	65	88	4	217	20	20	26	32	1.97
13776--14412	263	2.4	264	84	7	807	22	19	25	32	1.97
13888--14145	99	2.6	99	89	0	401	20	19	25	33	1.97
13996--14307	164	1.9	165	83	7	407	22	18	25	33	1.97
14085--14210	65	1.9	67	85	3	175	20	19	25	34	1.96
14115--14767	105	6.2	105	93	3	1038	22	18	24	33	1.97
14115--14767	204	3.1	207	90	5	1014	22	18	24	33	1.97
14155--14754	309	1.9	308	93	1	1042	23	19	24	33	1.97
26177--26222	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
26265--26365	43	2.5	40	76	20	102	67	4	0	26	1.17
28168--28235	3	22.7	3	96	0	127	30	0	0	69	0.89
31196--31228	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
31259--31296	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
31419--31466	18	2.7	18	77	9	53	39	0	8	52	1.32
34569--34627	23	2.5	23	76	13	66	22	6	8	62	1.47
36333--36903	285	2.0	285	95	0	1027	33	7	14	44	1.73
37884--38043	84	1.9	84	89	0	248	44	21	2	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38638--38698	5	12.4	5	77	10	63	75	4	1	18	1.06
38638--38714	25	3.1	24	76	9	84	75	3	1	19	1.03
39426--39527	34	2.9	36	85	7	154	27	13	14	44	1.83
40075--40735	105	6.3	105	90	3	924	22	17	26	33	1.96
41339--41496	68	2.4	65	84	4	199	36	8	22	31	1.85
41340--41661	65	4.7	67	70	12	160	40	10	20	28	1.86
41475--41753	36	7.9	36	77	10	245	42	13	18	25	1.87
41420--41727	138	2.2	138	85	2	413	40	12	18	27	1.87
41511--41697	102	1.8	103	85	1	268	42	12	18	26	1.86
41613--41787	36	4.9	36	84	6	187	41	16	19	23	1.90
42233--42268	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
42682--42730	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
42694--42737	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
43354--43438	31	2.8	29	77	18	84	1	15	8	75	1.09
46909--46992	5	17.6	5	73	18	56	75	3	1	20	1.03
46904--46992	4	21.2	4	72	24	60	75	3	1	20	1.01
46900--47016	50	2.2	55	76	21	126	70	3	5	20	1.21
47706--47806	34	2.9	34	89	4	148	32	11	10	44	1.76
52944--53021	39	2.1	39	83	9	101	56	11	10	21	1.64
61372--61442	23	3.1	23	91	0	106	26	12	25	35	1.92
61488--61538	25	2.0	25	84	3	66	37	1	3	56	1.29
62458--62505	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63193--63274	39	2.1	39	93	0	137	18	14	18	48	1.81
63537--63572	18	2.0	18	88	0	54	50	11	5	33	1.61
63998--64069	23	3.2	23	80	4	83	41	20	4	33	1.72
64409--64474	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
66675--66755	19	4.4	19	81	4	103	55	11	2	30	1.48
68539--68603	33	2.0	33	90	3	105	23	47	0	29	1.52
68637--68701	21	3.1	21	77	0	67	18	29	13	38	1.89
71088--71133	22	2.1	22	95	0	83	15	13	8	63	1.52
71419--71901	229	2.1	228	96	0	885	39	7	8	44	1.62
72548--72579	15	2.1	15	94	0	55	34	0	6	59	1.23
74794--74882	34	2.7	33	84	3	124	38	14	41	5	1.70
78797--78848	9	6.1	9	76	13	56	34	0	1	63	1.06
78789--78846	16	3.6	16	88	4	80	34	0	1	63	1.04
87495--87557	24	2.6	24	97	0	117	38	3	6	52	1.43
89100--89315	108	2.0	108	81	0	252	43	7	13	35	1.73
92577--92642	33	2.1	31	83	8	80	37	24	13	24	1.91
98882--98923	20	2.0	21	86	4	59	61	4	0	33	1.17
99344--99371	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
102010--102050	15	2.6	16	81	18	50	21	9	12	56	1.65
108240--108264	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
111118--111176	30	2.0	30	83	6	75	47	0	1	50	1.11
111360--111406	13	3.4	13	83	13	58	38	0	4	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114042--114107	30	2.2	30	91	0	105	10	30	25	33	1.90
114059--114106	19	2.3	20	86	10	62	10	29	27	33	1.90
114598--114622	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
114456--114881	37	12.0	36	75	16	333	44	4	7	44	1.51
114498--114825	33	9.3	34	78	14	262	44	3	7	44	1.50
114805--114830	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
114474--114953	37	13.5	38	74	14	227	43	3	7	45	1.49
114732--114893	67	2.4	64	82	13	166	45	3	8	43	1.49
115015--115085	3	24.0	3	97	2	135	33	0	0	66	0.92
116137--116186	2	25.5	2	95	4	93	48	0	0	52	1.00
118187--118231	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
121584--122123	165	3.3	164	93	2	893	31	23	20	25	1.98
121583--122023	80	5.4	80	74	7	384	31	23	19	25	1.98
121662--122180	84	6.2	85	74	8	451	31	24	19	24	1.98
122823--123210	33	11.7	33	74	17	283	44	3	7	43	1.50
122938--122962	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
122900--123199	31	9.3	31	74	17	183	44	4	7	44	1.52
122973--123157	94	1.9	96	69	24	95	43	3	8	44	1.53
122825--123198	103	3.8	96	77	16	315	44	4	7	43	1.51
123137--123162	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
122858--123222	64	5.5	64	73	18	191	44	3	7	43	1.51
123334--123404	3	25.0	3	88	11	114	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123334--123404	20	3.7	20	88	9	112	33	0	0	66	0.92
123334--123404	23	3.1	22	90	9	108	33	0	0	66	0.92
124446--124500	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
126525--126564	17	2.3	18	83	12	57	50	0	12	37	1.41
127094--127150	23	2.5	23	85	2	71	56	12	19	12	1.67
133124--133308	72	2.5	73	85	6	250	47	18	15	19	1.83
134203--134411	105	2.0	104	98	0	400	53	11	15	19	1.72
134557--134583	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
137470--137513	12	3.8	12	90	3	63	11	9	47	31	1.71
137468--137513	24	2.0	24	91	4	76	10	10	47	30	1.73
137624--137668	12	3.5	13	82	11	58	13	13	51	22	1.75
137624--137667	13	3.5	13	90	3	63	13	13	52	20	1.74
138646--138689	18	2.5	18	88	3	63	34	18	0	47	1.49
138901--139206	149	2.1	149	98	0	594	36	21	15	27	1.93
141429--141522	35	2.6	36	81	13	104	30	5	11	52	1.60
146302--146376	37	2.0	37	82	10	91	48	4	1	46	1.29
146960--147034	37	2.0	37	82	10	91	46	4	0	49	1.20
148425--148511	29	3.0	29	96	3	158	41	6	3	48	1.47
148858--148882	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
151463--151624	61	2.7	60	76	1	162	32	16	5	45	1.71
151734--151762	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
158112--158232	59	2.1	59	82	3	145	29	17	23	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158771--158832	13	4.7	13	76	4	61	19	20	19	40	1.92
158764--158832	27	2.6	26	86	4	84	18	21	18	40	1.91
159136--159198	19	3.4	19	63	20	51	20	25	38	15	1.92
159117--159197	37	2.2	37	97	0	153	18	25	39	16	1.91
167517--167601	29	2.9	29	89	0	125	14	37	28	20	1.91
170833--170872	20	2.0	20	95	0	71	37	20	20	22	1.94
170882--171055	20	8.8	20	74	9	142	39	22	13	24	1.90
170882--171036	60	2.6	59	79	10	170	40	22	14	23	1.90
170825--171063	100	2.4	100	87	4	333	39	21	14	24	1.90
171004--171063	20	3.0	20	78	11	70	41	21	10	26	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13