genome.fa.s1991.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  11  of  13  ( 1445 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962958--1963096	65	2.2	64	84	6	174	23	23	20	33	1.97
1964776--1964818	21	2.0	21	95	0	77	48	20	0	30	1.50
1965037--1965077	21	2.0	21	90	0	64	24	24	24	26	2.00
1965753--1965871	32	3.8	32	89	3	163	36	21	17	24	1.94
1969709--1969738	15	2.0	15	93	0	51	30	16	20	33	1.94
1969838--1969878	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
1970331--1970395	31	2.1	31	85	2	87	47	13	4	33	1.64
1971030--1971078	26	2.0	24	84	8	62	44	4	6	44	1.47
1972055--1972102	17	2.7	18	77	6	53	33	0	4	62	1.14
1972717--1972782	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
1984275--1984367	49	2.0	46	91	6	150	40	26	12	19	1.88
1986334--1986381	16	2.7	18	75	18	55	64	0	0	35	0.94
1986337--1986374	16	2.4	16	90	0	58	63	0	0	36	0.95
1986717--1987299	245	2.4	246	84	5	725	25	17	24	33	1.96
1986717--1987263	124	4.4	123	89	2	701	25	17	24	32	1.97
1990295--1990330	17	2.1	18	89	5	56	75	0	16	8	1.04
1991314--1991339	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
1992373--1992411	17	2.4	17	86	4	53	64	0	0	35	0.94
1994088--1994146	29	2.0	29	96	0	109	47	13	15	23	1.81
1998766--1998824	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2007591--2007643	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2008071--2008143	37	2.0	37	91	0	119	24	15	12	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015738--2015810	23	3.5	22	70	21	66	47	26	6	19	1.74
2015744--2015810	21	3.2	21	70	19	68	47	25	7	19	1.75
2016135--2016195	31	2.0	29	81	6	68	47	6	14	31	1.70
2024690--2024751	21	3.0	21	80	13	74	24	29	19	27	1.98
2025480--2025526	18	2.6	18	96	0	85	27	21	19	31	1.97
2025558--2025645	35	2.5	35	90	1	142	20	25	20	34	1.97
2025557--2025620	20	3.5	19	69	20	55	21	23	20	34	1.97
2025558--2025655	35	2.8	35	85	3	99	20	26	20	32	1.97
2028437--2028484	24	2.0	24	100	0	96	25	20	4	50	1.66
2028706--2028757	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2032112--2032213	38	2.6	38	74	14	102	40	2	6	50	1.44
2032137--2032327	29	5.6	35	78	13	138	45	4	3	46	1.39
2032199--2032283	29	2.9	29	92	0	143	47	4	2	45	1.36
2032020--2032320	106	3.0	103	78	11	252	45	4	3	46	1.40
2032249--2032330	37	2.2	36	91	2	128	46	4	1	47	1.31
2032278--2032374	47	2.0	48	84	5	126	46	6	2	45	1.40
2034066--2034100	9	3.9	9	89	10	54	82	0	8	8	0.83
2034131--2034174	5	8.2	5	80	14	52	75	2	2	20	1.03
2035265--2035333	26	2.6	27	86	9	88	43	1	2	52	1.25
2035276--2035367	34	2.5	36	84	10	125	45	2	2	50	1.26
2036677--2036724	17	3.0	16	79	8	53	56	25	2	16	1.51
2040129--2040163	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040536--2040673	64	2.2	64	84	7	183	28	18	19	33	1.96
2051700--2051739	21	1.9	21	89	0	62	15	25	35	25	1.94
2051981--2052178	38	5.4	38	72	20	113	44	6	3	44	1.47
2052064--2052125	29	2.1	30	87	6	90	41	4	3	50	1.40
2052087--2052211	38	3.2	38	81	10	146	45	4	2	48	1.34
2052190--2052223	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2053794--2053861	32	2.1	32	81	8	75	39	2	5	51	1.41
2054474--2054521	24	2.0	24	83	4	60	47	0	2	50	1.12
2058769--2058804	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
2058857--2059279	36	11.8	36	76	16	337	45	4	5	44	1.46
2059044--2059098	28	2.0	27	86	6	76	50	7	1	40	1.40
2059008--2059138	66	2.0	63	86	4	181	48	4	4	42	1.44
2058972--2059279	102	3.0	102	88	5	430	47	3	4	44	1.41
2059146--2059222	29	2.7	29	78	11	81	50	6	1	41	1.36
2059174--2059279	34	2.8	38	83	11	112	47	2	3	46	1.35
2060599--2060657	16	3.7	15	80	14	73	15	5	0	79	0.89
2060609--2060668	26	2.3	27	82	8	70	18	8	0	73	1.08
2064625--2064672	16	2.9	16	90	3	69	35	0	2	62	1.07
2074043--2074067	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2090174--2090210	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2094186--2094216	16	1.9	16	100	0	62	32	6	3	58	1.40
2095276--2095337	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2097769--2097847	26	3.3	25	68	21	78	24	21	10	44	1.83
2097776--2097847	20	3.3	20	68	20	63	23	22	11	43	1.85
2098450--2098487	20	1.9	20	88	0	58	71	10	15	2	1.25
2098470--2098517	12	3.9	12	83	10	53	70	12	12	4	1.29
2098475--2098512	11	3.4	11	89	7	58	71	10	13	5	1.30
2100279--2100396	36	3.3	36	83	8	159	33	16	12	36	1.87
2100279--2100413	71	1.9	72	85	1	191	32	19	14	34	1.91
2100499--2100580	36	2.3	36	78	4	94	36	19	12	31	1.89
2100320--2100638	167	1.9	165	83	8	405	32	17	12	37	1.88
2100554--2100792	105	2.3	102	83	9	290	30	20	12	37	1.89
2100387--2101019	273	2.3	267	84	6	801	31	17	12	38	1.86
2100738--2100857	36	3.4	36	79	6	113	30	20	12	35	1.90
2101171--2101269	29	3.5	29	87	4	148	27	11	15	46	1.79
2101171--2101281	29	3.9	29	86	3	145	27	9	14	47	1.76
2101278--2101380	52	2.0	53	92	1	172	33	13	17	35	1.89
2101367--2101432	31	2.1	31	91	0	105	37	9	15	37	1.79
2101384--2101529	66	2.2	67	80	7	163	29	13	12	44	1.80
2102258--2102346	28	3.1	28	83	4	99	28	12	14	44	1.81
2102375--2102742	40	8.5	45	73	14	247	25	29	18	26	1.98
2102365--2102837	130	3.6	130	88	3	655	25	29	19	25	1.98
2102760--2102929	91	1.8	93	89	2	272	25	25	24	24	2.00
2109521--2109551	16	1.9	16	100	0	62	32	6	3	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114276--2114495	40	5.4	40	75	9	178	30	18	17	34	1.94
2114256--2114527	81	3.3	81	75	11	241	33	20	15	30	1.94
2114256--2114524	41	6.6	41	77	6	226	32	20	15	30	1.94
2118629--2118687	21	2.8	21	78	0	64	20	5	18	55	1.61
2118891--2119056	43	3.9	43	84	3	201	28	23	21	27	1.99
2118875--2119056	85	2.1	86	83	3	233	26	21	22	28	1.99
2119687--2119713	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2123710--2123743	17	2.0	17	88	0	50	41	2	2	52	1.31
2128181--2128213	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
2128520--2128550	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2129349--2129405	24	2.4	24	96	0	105	36	7	29	26	1.83
2132536--2132644	24	4.5	24	78	4	121	49	16	15	18	1.80
2132538--2132607	12	5.8	12	73	6	61	51	18	14	15	1.77
2132536--2132644	48	2.3	48	85	3	139	49	16	15	18	1.80
2135040--2135069	13	2.3	13	94	0	51	13	20	50	16	1.78
2137752--2137927	92	1.9	94	92	3	302	40	3	6	49	1.47
2139472--2139584	60	1.9	60	81	0	136	37	13	15	34	1.86
2143378--2143712	167	2.0	167	99	0	661	34	21	19	24	1.96
2152007--2152041	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2153622--2153668	3	15.0	3	86	8	67	61	0	0	38	0.96
2154802--2154957	31	5.0	31	94	1	260	37	23	19	20	1.95
2155189--2155721	263	2.0	263	99	0	1048	30	19	5	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156303--2156348	13	3.4	14	82	11	51	71	0	2	26	0.97
2156287--2156359	17	4.6	16	72	16	53	71	1	2	24	1.07
2156506--2156549	13	3.1	14	80	9	54	70	4	6	18	1.27
2156440--2156586	74	1.9	72	81	10	168	61	2	8	27	1.35
2156506--2156549	14	3.2	13	83	6	52	70	4	6	18	1.27
2156611--2156655	22	2.0	22	86	0	63	62	0	0	37	0.96
2156639--2156679	2	20.5	2	89	0	64	48	2	0	48	1.14
2157085--2157165	37	2.2	37	84	0	99	34	9	13	41	1.78
2157911--2158650	106	7.0	106	86	4	973	23	17	23	34	1.96
2159903--2160247	171	2.0	173	91	4	563	25	17	20	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13