genome.fa.s1991.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  4  of  13  ( 1445 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648921--648960	20	2.0	20	85	0	53	25	22	20	32	1.98
649919--649970	19	2.7	19	90	0	86	28	15	32	23	1.95
650023--650079	24	2.4	24	96	0	105	28	22	26	22	1.99
660603--660631	13	2.2	13	100	0	58	51	0	0	48	1.00
661768--661819	20	2.7	20	81	3	61	28	0	1	69	0.99
661779--661819	14	2.9	14	85	0	55	26	0	0	73	0.84
661819--661895	26	3.0	26	62	17	61	38	2	7	50	1.45
661801--661900	51	2.0	51	88	4	148	38	3	6	53	1.41
665845--665899	28	2.0	28	92	0	92	21	21	18	38	1.94
666630--666678	21	2.3	22	74	22	59	16	10	14	59	1.61
669752--669958	78	2.7	76	81	3	236	33	1	35	28	1.69
669929--669970	21	2.0	21	95	0	75	35	0	30	33	1.58
669935--669982	21	2.3	21	92	0	78	37	0	29	33	1.58
678279--678309	16	1.9	16	93	0	53	29	0	6	64	1.18
678786--678839	27	2.0	27	82	3	65	59	9	1	29	1.39
685335--685363	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
696827--696864	17	2.2	18	86	13	53	28	0	5	65	1.14
698047--698092	23	2.0	23	87	8	67	28	8	13	50	1.70
698630--698711	15	5.5	15	85	2	112	39	4	19	36	1.73
698630--698711	30	2.8	29	92	1	128	39	4	19	36	1.73
698625--698710	45	1.9	44	92	2	145	41	3	19	34	1.69
698697--698763	20	3.3	20	95	0	125	41	8	14	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698932--699012	28	2.8	29	78	14	87	55	1	1	41	1.15
698931--699022	28	3.2	28	76	11	73	52	2	1	44	1.20
698971--699105	27	5.0	27	66	18	73	51	0	0	46	1.11
699047--699094	14	3.4	14	75	13	53	58	0	0	41	0.98
698949--699094	29	5.1	29	67	25	89	52	1	0	45	1.14
699041--699122	26	3.2	26	75	16	82	48	0	0	51	1.00
699047--699093	19	2.5	20	82	6	62	57	0	0	42	0.98
699052--699105	21	2.7	20	85	5	65	53	0	0	46	1.00
699016--699120	50	2.1	50	80	7	115	48	0	0	50	1.07
699294--699413	42	2.9	42	97	0	222	44	19	20	16	1.87
699675--699951	22	12.5	22	85	3	369	41	0	10	48	1.41
699975--700033	31	1.9	31	89	0	91	44	10	5	40	1.60
700592--700687	47	2.0	47	100	0	192	46	16	14	21	1.83
700859--700892	17	2.1	16	88	5	50	44	5	11	38	1.65
702989--703048	28	2.1	29	87	3	86	50	6	6	36	1.55
704581--704631	20	2.4	22	83	6	70	35	29	9	25	1.88
704625--705009	20	19.0	20	73	9	183	29	11	23	36	1.90
704628--704886	20	12.8	20	77	7	202	28	12	22	35	1.91
704794--704928	62	2.2	62	81	2	155	34	11	22	31	1.90
705732--705794	32	2.0	32	87	0	90	31	15	20	31	1.94
708140--708184	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
722939--722984	21	2.2	21	84	7	58	63	26	8	2	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723892--723929	6	6.3	6	90	0	58	5	0	78	15	0.91
723892--723929	12	3.2	12	96	0	67	5	0	78	15	0.91
726181--726301	59	2.1	59	90	0	188	34	25	15	23	1.95
728190--728303	38	3.0	38	75	16	119	35	13	0	50	1.48
728596--728658	33	2.0	32	84	6	83	34	23	12	28	1.92
730426--730452	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
734422--734462	16	2.6	16	96	0	73	17	29	24	29	1.97
736483--736529	20	2.3	20	96	0	85	36	10	12	40	1.78
742899--742939	18	2.5	17	84	11	50	34	7	4	53	1.50
746580--746737	85	1.9	85	87	0	235	29	17	20	32	1.95
746713--746777	13	5.0	13	92	0	103	32	18	21	27	1.97
754210--754234	13	1.9	13	100	0	50	40	16	24	20	1.91
759074--759113	21	1.9	21	94	0	71	22	7	17	52	1.69
761308--761360	28	1.9	27	84	3	70	30	5	0	64	1.17
764173--764207	13	2.8	13	91	4	54	57	0	0	42	0.99
767198--767238	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
767306--767909	126	4.8	126	98	0	1147	21	25	20	32	1.98
767306--767907	251	2.4	251	97	0	1141	21	25	20	32	1.97
768297--768390	27	3.0	34	73	20	112	40	3	4	52	1.37
768297--768390	28	3.2	28	83	11	100	40	3	4	52	1.37
768910--769003	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
769007--769054	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770770--770857	31	2.7	31	80	5	95	59	2	0	38	1.10
770770--770848	34	2.4	33	83	6	99	60	1	0	37	1.05
770803--770878	33	2.3	34	84	8	95	64	5	0	30	1.15
773930--773977	22	2.0	24	88	11	73	41	0	10	47	1.37
777392--777457	33	1.9	33	82	17	82	45	19	13	21	1.85
778462--778532	37	1.9	37	94	0	124	35	9	38	16	1.82
779877--779913	5	7.4	5	100	0	74	81	0	0	18	0.70
781224--781268	20	2.2	20	80	0	54	2	26	0	71	0.98
783576--783961	66	6.0	66	75	10	255	43	19	10	26	1.83
783584--783931	192	1.8	190	79	8	402	44	19	8	26	1.80
783656--783965	127	2.4	128	79	7	328	44	19	10	26	1.82
785359--785431	36	2.0	36	100	0	146	36	21	8	32	1.83
793603--793684	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
798236--798317	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
806444--806468	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
807885--807917	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
807983--808057	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
807987--808051	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
808805--808850	14	3.3	14	93	0	83	50	23	15	10	1.75
808785--808850	28	2.5	26	83	13	75	53	19	13	13	1.73
809064--809095	14	2.3	14	94	0	55	40	0	3	56	1.15
809611--809673	21	3.0	20	86	6	90	38	4	3	53	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810886--810950	33	2.0	33	90	6	105	30	24	10	33	1.90
815317--815463	60	2.5	60	75	4	145	36	14	12	35	1.85
816661--816720	26	2.3	26	82	2	77	23	15	21	40	1.91
818536--818578	13	3.5	13	87	6	54	30	0	0	69	0.88
818821--818918	31	3.2	31	82	5	101	42	12	5	39	1.64
820167--820208	19	2.2	19	91	0	66	26	7	23	42	1.80
820299--820586	68	4.2	68	76	7	253	33	20	22	23	1.97
820325--820591	136	2.0	136	88	1	401	33	20	22	23	1.97
820367--820622	136	1.9	133	84	4	338	35	20	21	22	1.96
827144--827184	10	4.1	10	84	12	57	31	26	0	41	1.56
827282--827606	103	3.0	110	87	8	495	37	6	9	45	1.64
833951--834079	60	2.1	61	85	5	174	37	4	19	37	1.73
838055--838124	32	2.3	31	80	11	81	35	17	14	32	1.90
838446--838676	51	4.6	50	77	12	242	24	11	15	48	1.78
838447--838676	97	2.3	100	81	9	265	24	11	15	48	1.79
839620--839661	3	13.7	3	80	14	50	33	0	0	66	0.92
839614--839656	23	1.9	22	95	4	77	32	0	0	67	0.91
841813--841845	15	2.3	14	94	5	57	30	3	0	66	1.06
844350--844390	22	2.0	21	85	9	57	51	0	4	43	1.23
844839--844866	10	2.8	10	100	0	56	10	0	0	89	0.49
857014--857058	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
860002--860151	31	5.0	31	84	5	177	35	22	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860002--860151	62	2.5	59	88	8	216	35	22	20	22	1.96
860331--860377	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
860968--861012	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
863953--864102	31	5.0	31	82	9	188	36	22	19	22	1.95
863953--864100	58	2.5	60	88	8	216	35	22	19	22	1.96
864278--864324	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
864921--864960	20	2.0	20	85	0	53	17	22	30	30	1.97
867904--868052	31	5.0	31	84	7	179	36	22	20	21	1.95
867904--868050	60	2.5	59	87	9	210	36	21	20	21	1.96
868861--868904	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13