genome.fa.s1991.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871833--871988	31	5.0	31	87	3	217	36	21	20	21	1.95
871833--871986	62	2.5	62	91	4	249	36	21	20	21	1.95
872166--872212	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
872811--872855	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
875807--875958	31	5.0	31	87	3	211	36	21	20	21	1.96
875807--875958	62	2.5	61	90	4	236	36	21	20	21	1.96
876765--876809	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
879114--879224	58	1.9	58	94	0	195	26	22	9	42	1.83
879520--879669	60	2.5	60	86	9	209	35	22	21	21	1.96
879520--879662	29	4.8	29	79	13	148	34	23	20	20	1.96
880311--880381	38	1.9	38	88	11	112	29	22	14	33	1.93
880504--880548	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
895788--895865	39	2.0	39	100	0	156	23	7	23	46	1.78
900180--900224	16	2.8	16	83	10	56	22	4	28	44	1.72
900305--900663	82	4.3	80	80	8	326	36	16	16	29	1.92
900298--900626	164	2.0	166	85	4	448	34	17	17	30	1.93
900298--900663	164	2.2	166	83	4	425	36	16	17	29	1.92
900641--900830	84	2.3	83	80	8	208	34	15	15	34	1.89
901357--901703	82	4.2	80	88	2	361	36	18	14	30	1.91
901442--901703	82	3.2	81	91	1	389	35	19	15	29	1.93
902812--902866	27	2.1	27	86	3	76	56	20	1	21	1.51
902907--902968	32	1.9	32	90	0	97	51	19	8	20	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904179--904232	21	2.6	21	81	0	63	33	11	27	27	1.91
905167--905246	37	2.1	38	84	9	101	17	10	37	35	1.83
914508--914558	25	2.2	24	86	10	70	43	7	1	47	1.43
915131--915168	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
919611--919677	29	2.4	28	77	7	82	52	1	2	43	1.25
922407--922478	3	23.3	3	89	10	110	31	0	0	68	0.90
923874--923940	30	2.3	29	79	7	73	20	13	10	55	1.67
923795--923967	59	2.9	59	77	10	158	16	16	10	57	1.65
923861--923998	29	4.7	28	71	20	72	21	12	9	57	1.63
926100--926161	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
928613--928687	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
930460--930497	4	10.0	4	88	11	62	50	23	0	26	1.50
930970--931208	105	2.3	102	83	7	288	30	19	12	37	1.89
931154--931273	36	3.4	36	79	6	113	30	20	12	35	1.90
931525--931657	29	4.7	29	93	3	218	31	9	14	45	1.76
931525--931672	29	5.2	27	91	4	122	31	8	13	45	1.74
931668--931770	52	2.0	53	94	1	181	32	14	19	33	1.92
931758--931821	30	2.1	30	91	0	101	35	7	14	42	1.74
932099--932204	51	2.1	51	85	1	142	26	15	13	45	1.82
932705--932818	36	3.4	35	70	25	102	23	20	14	42	1.88
932916--933240	129	2.5	132	86	4	442	25	30	17	26	1.98
932932--933281	134	2.7	129	84	4	373	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932996--933499	217	2.3	217	96	1	909	25	28	17	27	1.97
933163--933338	83	2.1	83	81	2	210	26	28	18	26	1.98
933652--933705	3	17.3	3	85	14	74	31	0	0	68	0.90
933652--933713	25	2.5	25	89	10	92	30	0	1	67	1.00
935104--935170	30	2.3	29	79	7	73	20	13	10	55	1.67
935025--935197	59	2.9	59	77	10	158	16	16	10	57	1.65
935091--935228	29	4.7	28	71	20	72	21	12	9	57	1.63
945430--945500	20	3.5	20	84	3	72	36	29	8	25	1.85
945730--945772	22	2.0	22	85	0	59	27	13	25	32	1.94
945830--945871	22	1.9	22	90	0	66	26	9	28	35	1.88
945838--945908	20	3.4	21	83	12	85	25	11	28	35	1.90
947799--947867	13	4.7	15	75	20	74	62	0	7	30	1.22
947799--947867	29	2.4	29	100	0	138	62	0	7	30	1.22
947821--947869	14	3.2	16	68	26	52	63	0	6	30	1.19
949784--949835	20	2.6	20	90	0	86	40	26	11	21	1.87
949826--949883	21	2.8	21	94	0	98	32	22	22	22	1.98
949912--950144	20	11.6	20	84	4	272	34	25	20	19	1.96
950527--950597	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
950718--950772	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
950718--950788	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
950784--950886	19	5.9	19	74	19	100	10	24	21	43	1.84
950784--950889	52	2.0	52	94	0	185	10	24	20	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952413--952469	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
952403--952488	33	2.6	33	94	0	154	10	20	20	47	1.79
952403--952525	19	6.9	19	74	17	113	10	18	23	47	1.80
954449--954484	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
954591--954692	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
954699--954917	33	6.5	33	80	11	246	14	20	18	47	1.83
954707--954794	14	5.6	14	73	23	68	12	20	19	47	1.81
954740--954975	52	4.6	50	93	3	325	13	21	17	47	1.82
954721--954917	85	2.3	85	88	3	290	13	20	18	47	1.82
954754--954975	104	2.1	105	95	0	401	13	21	17	47	1.82
954806--955003	33	5.8	33	77	12	186	13	20	19	46	1.83
957287--957311	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
957486--957532	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
958215--958563	20	17.5	20	87	4	454	20	18	26	34	1.96
958899--958925	10	2.7	10	100	0	54	22	0	7	70	1.12
958924--958967	18	2.4	18	100	0	88	36	0	0	63	0.95
958926--958988	18	3.0	23	80	19	59	31	0	1	66	1.01
959888--959965	17	4.5	17	73	17	63	74	0	6	19	1.03
959888--959998	34	3.2	34	82	12	113	73	0	7	18	1.10
959919--959979	6	10.7	6	75	16	58	77	0	4	18	0.95
959929--959976	24	2.0	23	92	4	78	79	0	6	14	0.92
959883--959979	28	3.4	29	78	16	91	75	0	6	18	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960030--960150	4	30.5	4	73	15	65	72	4	3	19	1.15
960263--960328	21	3.1	20	83	12	78	74	1	1	22	0.99
960263--960322	31	2.0	30	83	9	77	75	1	1	21	0.99
960277--960326	4	12.8	4	80	16	52	76	0	0	24	0.80
960277--960328	17	3.0	16	81	18	52	75	0	0	25	0.81
963550--963673	50	2.5	51	85	6	173	26	25	21	26	2.00
966391--966443	25	2.1	25	82	6	63	71	3	1	22	1.12
966345--966451	48	2.2	48	80	11	110	67	6	4	21	1.33
968679--968717	20	2.0	19	90	5	60	43	0	23	33	1.54
969742--969812	31	2.3	30	83	7	81	47	0	2	49	1.16
971566--971640	39	1.9	39	91	0	123	32	26	4	37	1.75
974281--974307	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
976979--977049	32	2.3	31	82	2	88	45	8	2	43	1.49
987967--988862	51	17.8	51	74	10	592	41	22	5	31	1.75
987946--988607	101	6.5	101	83	5	675	41	22	5	30	1.76
987984--988857	152	5.8	152	77	9	659	41	22	4	31	1.74
988022--988857	101	8.3	102	81	7	584	41	22	4	31	1.74
988072--988842	354	2.2	351	84	3	976	41	22	4	30	1.74
990832--990872	16	2.6	16	88	3	57	39	9	19	31	1.84
990832--990886	16	3.4	17	80	12	53	36	10	23	29	1.89
991800--991843	20	2.1	22	87	8	65	54	4	2	38	1.33
997371--997412	14	2.9	15	79	13	52	52	2	2	42	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
997695--997780	28	3.1	28	93	0	145	30	17	19	32	1.95
998215--998268	8	6.8	8	83	8	65	38	1	0	59	1.08
998205--998253	17	3.0	16	85	8	64	40	2	0	57	1.10
998201--998272	25	3.1	23	76	9	74	43	1	0	55	1.08
1000170--1000211	21	2.0	21	95	0	75	19	21	28	30	1.97
1000170--1000227	21	3.0	19	85	12	66	18	18	31	31	1.96
1006935--1006996	21	3.1	21	86	11	87	17	19	32	30	1.95
1006940--1006998	18	3.1	19	90	7	84	18	22	30	28	1.97
1016160--1016307	78	1.9	78	85	2	208	30	6	18	44	1.75
1020981--1021056	20	3.7	20	71	13	64	25	23	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13